租税特別措置法施行令 附　則 （平成一四年三月三一日政令第一〇五号）

この政令は、平成十四年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 附則第十四条の規定 平成十四年九月一日 第二十五条の八第十九項の表の改正規定、同条第二十項の表の改正規定、第二十五条の九の改正規定、第二十五条の十第一項の改正規定、同条の次に十条を加える改正規定、第二十五条の十一の二の改正規定及び第二十五条の十二の改正規定並びに附則第十三条の規定 平成十五年一月一日 第二条の三の見出しの改正規定（「老人等」を「障害者等」に改める部分に限る。）及び第二条の四の見出しの改正規定並びに附則第四条第一項の規定 平成十八年一月一日 第六条の十の次に一条を加える改正規定、第二十九条の三の次に一条を加える改正規定、第四十二条の九の見出しの改正規定及び同条の改正規定並びに附則第九条第七項後段及び第二十四条第八項後段の規定 漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）の施行の日 第二十条の二第一項の改正規定、同条第十七項の改正規定、同項を同条第十八項とする改正規定、同条第十六項を同条第十七項とする改正規定、同条第十五項第六号の改正規定、同項を同条第十六項とする改正規定、同条第十四項を同条第十五項とする改正規定、同条第十三項を同条第十四項とする改正規定、同条第十二項を同条第十三項とする改正規定、同条第十一項を同条第十二項とする改正規定、同条第十項を同条第十一項とする改正規定、同条第九項を同条第十項とする改正規定、同条第八項を同条第九項とする改正規定、同条第七項を同条第八項とする改正規定、同条第六項を同条第七項とする改正規定、同条第五項を同条第六項とする改正規定、同条第四項を同条第五項とする改正規定、同条第三項を同条第四項とする改正規定、同条第二項の次に一項を加える改正規定、第二十二条の改正規定、第二十二条の五の改正規定、第二十二条の八の改正規定（同条第三項の次に一項を加える改正規定に限る。）、第二十九条の五第一項の改正規定、第三十九条の改正規定、第三十九条の五の改正規定（同条第四項の次に一項を加える改正規定に限る。）、第三十九条の七第八項の改正規定及び第五十五条の改正規定（「第二十条の二第六項」を「第二十条の二第七項」に改める部分に限る。）並びに附則第二十六条第一項及び第二項の規定並びに第三十七条中地方自治法施行令（昭和二十二年政令第十六号）別表第一租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）の項の改正規定（「第二十条の二第六項」を「第二十条の二第七項」に改める部分に限る。） 都市再開発法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十一号。以下「都市再開発法等改正法」という。）の施行の日 第二十条の二第十五項の改正規定（同項第六号の改正規定を除く。）、同条第十四項の改正規定、同条第十三項の改正規定、同条第十二項の改正規定、同条第十一項の改正規定、同条第十項の改正規定、同条第九項の改正規定、同条第八項の改正規定、同条第七項の改正規定、同条第六項の改正規定、同条第五項の改正規定、同条第四項の改正規定、同条第三項の改正規定、第二十二条の三に四項を加える改正規定、第二十二条の六の改正規定、第二十二条の八の改正規定（同条第三十一項の改正規定及び同条第三十項を同条第三十一項とし、同項の次に一項を加える改正規定（同条第三十項を同条第三十一項とする部分を除く。）に限る。）、第二十五条の四の改正規定、第三十九条の二の改正規定、第三十九条の三第六項の改正規定、第三十九条の五の改正規定（同条第三十二項の改正規定及び同条第三十一項を同条第三十二項とし、同項の次に一項を加える改正規定（同条第三十一項を同条第三十二項とする部分を除く。）に限る。）、第三十九条の七第三十六項の改正規定、第三十九条の三十七第一項の改正規定及び第四十二条の二の次に一条を加える改正規定 マンションの建替えの円滑化等に関する法律（平成十四年法律第七十八号）の施行の日 第二十二条の四第二項の改正規定及び第三十九条の三第五項の改正規定 土地収用法の一部を改正する法律（平成十三年法律第百三号）の施行の日 第二十二条の八の改正規定（第六号に規定する同条の改正規定、同条第三十項第二号の改正規定、同条第二十四項の改正規定及び第五号に規定する同条の改正規定を除く。）及び第三十九条の五の改正規定（第六号に規定する同条の改正規定、同条第三十一項第二号の改正規定及び第五号に規定する同条の改正規定を除く。） 都市再開発法等改正法の施行の日又はマンションの建替えの円滑化等に関する法律の施行の日のいずれか早い日 第三十二条の十一を削る改正規定、第三十二条の十の改正規定（同条第六項の改正規定（「第五十六条の二第一項」を「第五十六条の三第一項」に改める部分を除く。）を除く。）及び第三十二条の九の次に一条を加える改正規定 全国新幹線鉄道整備法の一部を改正する法律（平成十四年法律第六十四号）の施行の日

改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成十四年分以後の所得税について適用し、平成十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に設定される租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号。以下「改正法」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第三条の二に規定する特定株式投資信託について適用し、施行日前に設定された改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第三条の二に規定する特定株式投資信託については、なお従前の例による。

改正法附則第三条第二項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する障害者等未確認公債の利子で平成十八年一月一日を含む利子の計算期間に対応するものの額に当該計算期間の初日から平成十七年十二月三十一日までの期間の日数を乗じた額を当該計算期間の日数で除して計算した金額とする。

改正法附則第三条第三項に規定する障害者等に該当する個人で同項の確認を受けようとするものは、平成十八年一月一日前に同項に規定する障害者等未確認公債（以下この条において「障害者等未確認公債」という。）に係る同項に規定する販売機関の営業所等（以下この条において「販売機関の営業所等」という。）の長に、その者の氏名、生年月日及び住所並びに障害者等（同項に規定する障害者等をいう。以下この条において同じ。）に該当する旨その他の財務省令で定める事項を記載した申請書（以下この条において「障害者等確認申請書」という。）を提出し、その者の障害者等確認書類（同項に規定する書類をいう。以下この条において同じ。）を提示して、障害者等に該当することにつき確認を受けなければならない。

前項の場合において、販売機関の営業所等の長は、当該提示を受けた障害者等確認書類によりその者が障害者等に該当する事実を確認しなければならないものとし、当該事実を確認したときは、同項の規定により提出のあった障害者等確認申請書にその確認した旨及び当該確認に係る障害者等確認書類の名称を記載しなければならない。

第二項の障害者等確認申請書を提出した者は、その提出の際、改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第二条の四第三項において準用する所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第四十八条第一項の規定により証印を受けた当該障害者等未確認公債に係る同項に規定する通帳、証書、証券その他の書類（以下この条において「通帳等」という。）を提示して、当該通帳等にその者が障害者等に該当することにつき確認した旨の表示を受けることができるものとする。 この場合において、販売機関の営業所等の長は、当該提示を受けた通帳等に当該確認した旨の表示をするものとする。

販売機関の営業所等の長は、第二項の規定により提出があった障害者等確認申請書に第三項の規定による確認した旨の記載をした場合には、当該提出をした者の各人別に、その者の氏名、生年月日及び住所並びに障害者等に該当する事実その他の財務省令で定める事項を、平成十八年一月三十一日までに当該販売機関の営業所等の所在地の所轄税務署長に通知しなければならない。

販売機関の営業所等の長は、障害者等確認申請書の提出を受けた場合には、当該申請書を財務省令で定めるところにより保存しなければならない。

新令第五条の三第四項第四号の規定は、個人が施行日以後に支出する同号に規定する負担金について適用し、個人が施行日前に支出した旧令第五条の三第四項第五号に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第五条の四第二項の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第十条の二第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備について適用し、個人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第十条の二第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備については、なお従前の例による。

新令第五条の五第三項の規定は、個人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第十条の三第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、個人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第十条の四第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。

新令第五条の八第二項及び第十項の規定は、個人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第十条の六第一項第一号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第十条の七第一項第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第五条の九第一項第三号の規定は、個人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第十一条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十一条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第五条の十二第二項の規定は、個人が施行日以後に取得又は建設をする新法第十一条の四第一項に規定する特定余暇利用施設について適用し、個人が施行日前に取得又は建設をした旧法第十一条の四第一項に規定する特定余暇利用施設については、なお従前の例による。

新令第六条の三第五項の規定は、個人が施行日以後に取得等をする新法第十一条の七第一項に規定する再商品化設備等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十一条の七第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。

改正法附則第七条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十二条の規定に基づく旧令第六条の五第二項（旧法第十二条第一項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

新令第六条の五第二項、第十項及び第十一項の規定は、個人が施行日以後に取得等をする新法第十二条第一項に規定する工業用機械等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十二条第一項に規定する工業用機械等（同項の表の第一号の第三欄に掲げる資産を除く。）については、なお従前の例による。

新令第六条の六第三項の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作をする新法第十二条の二第二項に規定する医療用機器等について適用し、個人が施行日前に取得又は製作をした旧法第十二条の二第二項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。

改正法附則第七条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の二の規定に基づく旧令第六条の九（旧法第十三条の二第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）の施行の日以後における旧令第六条の九の規定の適用については、同条第一項中「漁業再建整備特別措置法施行令（昭和五十一年政令第百三十二号）」とあるのは「漁業再建整備特別措置法施行令及び中小漁業融資保証法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百二十九号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法施行令（昭和五十一年政令第百三十二号）」と、「漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号）第五条第一項」とあるのは「漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号。第四項までにおいて「旧漁業再建整備法」という。）第五条第一項」と、「同法」とあるのは「旧漁業再建整備法」と、同条第二項第一号中「漁業再建整備特別措置法」とあり、及び「同法」とあるのは「旧漁業再建整備法」と、同条第三項及び第四項中「漁業再建整備特別措置法」とあるのは「旧漁業再建整備法」とする。

改正法附則第七条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の三（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六条の十の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第七条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第七条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第五項第二号中「都市計画法」とあるのは「建築基準法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第八十五号。以下この項において「建築基準法等改正法」という。）第二条の規定による改正前の都市計画法（以下この項において「旧都市計画法」という。）」と、「同法」とあるのは「旧都市計画法」と、「建築基準法」とあるのは「建築基準法等改正法第一条の規定による改正前の建築基準法（次号において「旧建築基準法」という。）」と、同項第三号中「都市計画法」とあるのは「旧都市計画法」と、「都市再開発法」とあるのは「建築基準法等改正法第三条の規定による改正前の都市再開発法」と、「建築基準法」とあるのは「旧建築基準法」とする。

改正法附則第七条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条の二の規定に基づく旧令第七条の二の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第六項中「幹線道路の沿道の整備に関する法律（」とあるのは、「建築基準法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第八十五号）第四条の規定による改正前の幹線道路の沿道の整備に関する法律（」とする。

新令第八条第二項の規定は、個人が施行日以後に取得又は建設をする新法第十五条第一項に規定する倉庫用建物等について適用する。

改正法附則第七条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十五条の規定に基づく旧令第八条の規定は、なおその効力を有する。

個人が施行日前に支出した旧令第十八条の三第三項第八号から第十号までに掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。

個人が施行日前に旧法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）をした旧令第二十五条第十三項第二号の二に掲げる区域（以下この条において「旧区域」という。）に係る同表の第七号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をする旧区域に係る同欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日前に行った旧令第二十五条の八第十八項に規定する株式等の同項に規定する登録金融機関への売委託による同項に規定する株式等の譲渡に係る所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二百二十四条の三の告知及び同法第二百二十五条の支払調書の提出については、なお従前の例による。

新令第二十五条の九第一項第一号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十五年一月一日以後に行う新法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の同項の譲渡による所得について適用する。

商法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第百二十八号。以下この項及び附則第十五条第二項において「商法等改正法」という。）附則第七条第一項の規定の適用がある場合における新令第二十五条の九第一項第一号の規定の適用については、同号に規定する店頭転換社債型新株予約権付社債には、商法等改正法附則第七条第一項の規定によりなお従前の例によることとされた旧令第二十五条の九第一項第一号に規定する店頭売買転換社債を含むものとする。

改正法附則第十三条第四項第一号に規定する政令で定める要件は、次に掲げるものとする。 その上場株式等（新法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等をいう。以下この条及び次条において同じ。）は、新法第二十九条の二第一項本文の規定の適用を受けて取得をした同項に規定する特定新株予約権等に係る上場株式等でないこと。 その上場株式等の第七項第一号の金額の計算及び同項第二号の日の判定の基礎となる金額、事実その他の事項が、その保管の委託がされている他の保管口座（改正法附則第十三条第四項第一号に規定する他の保管口座をいう。以下この条において同じ。）において管理されていること。

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その者の有価証券の保管の委託に係る口座を開設している証券業者（改正法附則第十三条第三項に規定する証券業者をいう。以下この条及び次条において同じ。）が行う上場株式等の募集（証券取引法（昭和二十三年法律第二十五号）第二条第三項に規定する有価証券の募集に該当するものに限る。）により上場株式等の取得をした場合には、その取得は当該証券業者への改正法附則第十三条第四項第一号に規定する買付けの委託による取得に該当するものとみなして、この条及び同項の規定を適用する。

次の各号に掲げる上場株式等が株券等の保管及び振替に関する法律（昭和五十九年法律第三十号）に規定する顧客口座簿に記載又は記録をする方法により当該各号に定める他の保管口座に保管の委託がされた場合には、当該保管の委託がされた上場株式等は当該他の保管口座を開設している証券業者への改正法附則第十三条第四項第一号に規定する買付けの委託による取得又は当該証券業者からの取得（以下この条においてこれらの取得を「特定取得」という。）がされたものと、第一号に掲げる上場株式等のうち租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第三百四十一号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下この条及び次条において「新措置法令」という。）第二十五条の十の二第十四項第八号に規定する株式交換等により取得がされたものは第一号に規定する従前の上場株式等の取得の日に特定取得がされたものとそれぞれみなして、この条及び改正法附則第十三条第四項の規定を適用する。 新措置法令第二十五条の十の二第十四項第五号から第九号までに規定する事由その他財務省令で定める事由により取得をした上場株式等であって、当該上場株式等の取得の基因となった上場株式等（以下この号において「従前の上場株式等」という。）の取得が特定取得に該当し、かつ、当該従前の上場株式等がその特定取得の日の翌日から当該事由の生じた日まで引き続き他の保管口座に保管の委託がされていたものであるもの 当該他の保管口座 新措置法令第二十五条の十の二第十四項第十号に規定する事由により取得をした上場株式等であって、当該上場株式等の取得の基因となった同号に規定する上場株式等償還特約付社債（以下この号において「従前の社債」という。）の取得が特定取得に該当し、かつ、当該従前の社債がその特定取得の日の翌日から当該事由の生じた日まで引き続き他の保管口座に保管の委託がされていたものであるもの 当該他の保管口座 新措置法令第二十五条の十の二第十四項第十一号に規定する事由により取得をした上場株式等で当該上場株式等の取得の基因となった同号に規定する有価証券オプション取引の権利の行使又は義務の履行が他の保管口座を開設している証券業者に設けられた口座において行われたもの 当該他の保管口座

準備口座（改正法附則第十三条第三項に規定する準備口座をいう。以下この条において同じ。）に受け入れる他の保管口座の上場株式等が、改正法附則第十三条第四項第一号に規定する特定上場株式等に該当するか又は同項第二号に規定する上場株式等に該当するかどうかの判定は、それぞれの他の保管口座ごとに、その銘柄を区分して、当該他の保管口座における上場株式等の受入れの日（当該他の保管口座において二回以上にわたって受け入れた同一銘柄の上場株式等がある場合には、当該同一銘柄の上場株式等のうち先に当該他の保管口座に受け入れたものから順次払出しがされたものとした場合にその同一銘柄の上場株式等の受入れの日とされる日又は合理的な基準により定められたその同一銘柄の上場株式等の受入れの日として財務省令で定める日）及び受け入れた当該上場株式等の数並びにその受入れが同項第一号の証券業者への買付けの委託による取得又は同号の証券業者からの取得によるものかどうかを基礎として行うものとする。

準備口座を設定した証券業者に開設されている他の保管口座に保管の委託がされている改正法附則第十三条第四項第一号に規定する特定上場株式等及び同項第二号に規定する上場株式等（以下この項において「非特定上場株式等」という。）の当該準備口座への移管は、同条第四項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者からの当該証券業者の当該他の保管口座を開設している営業所（国内にあるものに限る。以下この条及び次条において同じ。）の長への依頼に基づき、当該営業所の長が、その移管の際に、当該特定上場株式等及び非特定上場株式等のすべてについて、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に交付せずに、当該他の保管口座から当該準備口座に直接移管する方法又は当該準備口座への振替の方法により、行わなければならないものとする。

準備口座を設定した証券業者に開設されている他の信用取引口座（改正法附則第十三条第六項に規定する他の信用取引口座をいう。以下この条において同じ。）においてその決済が終了していない信用取引（同項に規定する信用取引をいう。以下この条及び次条において同じ。）の当該準備口座への移管は、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者からの当該証券業者の当該他の信用取引口座を開設している営業所の長への依頼に基づき、当該営業所の長が、その移管の際に、当該信用取引のすべてについて、当該他の信用取引口座から当該準備口座への振替の方法により、行わなければならないものとする。

他の保管口座から準備口座に受け入れた改正法附則第十三条第四項第一号に掲げる上場株式等（以下この項において「受入特定上場株式等」という。）又は同条第四項第二号に掲げる上場株式等（以下この項及び次項において「受入非特定上場株式等」という。）をその受入れ後に譲渡した場合にその譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該受入特定上場株式等又は受入非特定上場株式等の取得価額及び当該受入特定上場株式等又は受入非特定上場株式等の所有期間の判定の基礎となる取得の日については、次に定めるところによる。 当該他の保管口座に係る銘柄ごとの受入特定上場株式等の取得価額については、第四項の規定によりその受入特定上場株式等の受入れの日とされた日において証券業者への改正法附則第十三条第四項第一号に規定する買付けの委託による取得又は証券業者からの取得をした上場株式等のこれらの取得のために要した費用の額（当該他の保管口座で処理されたものに限る。次項において同じ。）のうち当該受入特定上場株式等に対応する金額（第三項第一号に規定する従前の上場株式等及び同項の規定により特定取得がされたものとみなされた上場株式等にあっては、これらの上場株式等につき所得税法施行令第二編第一章第四節第三款第二目及び新令第二十五条の十三第四項の規定に準じて計算した一単位当たりの取得価額に相当する金額を基礎として算出した金額）を当該受入特定上場株式等の取得価額とした場合における当該他の保管口座に係る銘柄ごとの受入特定上場株式等の当該取得価額の合計額とする。 受入特定上場株式等の新法第三十七条の十第二項に規定する所有期間の判定の基礎となる取得の日については、第四項の規定により当該他の保管口座に係る上場株式等につき判定された当該受入特定上場株式等の受入日（その受入れが証券業者への改正法附則第十三条第四項第一号に規定する買付けの委託による取得又は証券業者からの取得によるものとされる場合の上場株式等の受入れの日をいう。次項において同じ。）をその取得の日とする。 当該他の保管口座に係る銘柄ごとの受入非特定上場株式等の取得価額については、当該受入非特定上場株式等の平成十三年十月一日における価額（新令第二十五条の十第二項各号に掲げる株式等の区分に応じ当該各号に定める金額をその一単位当たりの価額として計算した金額をいう。）の百分の八十に相当する金額とする。 受入非特定上場株式等の新法第三十七条の十第二項に規定する所有期間の判定の基礎となる取得の日については、平成十三年九月三十日を当該受入非特定上場株式等の取得の日とする。

受入非特定上場株式等の前項第三号の取得価額及び同項第四号の取得の日については、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、同項第三号及び第四号の規定にかかわらず、次に定めるところによることができる。 平成四年十二月三十一日以前に特定取得又は他の保管口座に保管の委託がされていた上場株式等について、付された新措置法令第二十五条の十の二第十四項第九号に規定する新株予約権若しくは与えられた新株の引受権の行使により取得をした受入非特定上場株式等を受け入れた証券業者が保存する帳簿（証券取引法第百八十八条（外国証券業者に関する法律（昭和四十六年法律第五号）第二十一条において準用する場合を含む。）の規定により証券業者が作成したものに限る。以下この項において同じ。）にその取得に要した費用の金額及びその取得に係る受入日の記載又は記録（以下この項において「記載等」という。）がある場合には、当該受入非特定上場株式等については、当該受入非特定上場株式等につきその記載等がされた金額に対応する金額を基礎として前項第一号の規定の例により算出された金額を同項第三号の取得価額とし、その記載等がされた受入日を同項第四号の取得の日とする。 第三項第一号に規定する事由により取得をした受入非特定上場株式等（前号の新株予約権及び新株の引受権の行使により取得をしたものを除く。）の取得の基因となった同項第一号に規定する従前の上場株式等が平成四年十二月三十一日以前に特定取得をされ、かつ、当該受入非特定上場株式等を受け入れた証券業者が保存する帳簿に当該従前の上場株式等の取得に要した費用の金額及び特定取得に係る受入日の記載等がある場合には、当該受入非特定上場株式等については、当該従前の上場株式等につきその記載等がされた金額に対応する金額を基礎として前項第一号の規定の例により算出された金額を同項第三号の取得価額とし、かつ、その記載等がされた受入日を同項第四号の取得の日とする。

他の信用取引口座から準備口座に受け入れた信用取引の決済により生ずべき所得の金額の計算の基礎となる金額は、当該信用取引について当該他の信用取引口座で処理された新令第二十五条の十の十第四項各号に掲げる金額に相当する金額とする。

平成十四年九月一日から改正法附則第十三条第四項に規定するいずれか一の日の前日までの間に、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の他の保管口座に、当該他の保管口座が開設されている証券業者以外の証券業者（第一号において「他の証券業者」という。）に当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が開設している有価証券の保管の委託に係る口座（以下この項において「他の証券業者の保管口座」という。）において保管の委託がされている上場株式等で次の各号に掲げるものの全部又は一部が移管された場合（当該他の証券業者の保管口座において保管の委託がされている上場株式等の一部の移管がされる場合には、当該移管がされる上場株式等と同一銘柄の当該他の証券業者の保管口座において保管の委託がされている上場株式等（第一号に掲げる上場株式等又は第二号に掲げる上場株式等に該当するものに限る。）はすべて当該移管がされる上場株式等に含まれる場合に限る。）には、当該移管がされた第一号に掲げる上場株式等は改正法附則第十三条第四項第一号に規定する特定上場株式等と、当該移管がされた第二号に掲げる上場株式等は同項第二号に規定する上場株式等とそれぞれみなして、同項の規定を適用する。 当該他の証券業者の保管口座にその取得（平成五年一月一日以後の取得であって、当該他の証券業者への改正法附則第十三条第四項第一号に規定する買付けの委託による取得又は当該他の証券業者からの取得に該当するものに限る。）後直ちに保管の委託がされた上場株式等（その取得後その移管の時まで引き続き当該他の証券業者の保管口座において保管がされていることその他財務省令で定める要件を満たすものに限る。次号において「他社特定上場株式等」という。）であるものとして財務省令で定めるところにより証明がされたもの 当該他の証券業者の保管口座に平成十三年九月三十日以前からその移管の時まで引き続き保管の委託がされている上場株式等（他社特定上場株式等を除く。）であるものとして財務省令で定めるところにより証明がされたもの

前項の移管を行う場合には、同項の他の保管口座に同項各号に掲げる上場株式等の受入れをしようとする居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、同項の他の証券業者の保管口座（以下この項において「移管元の保管口座」という。）が開設されている証券業者（以下この項において「移管元の証券業者」という。）の営業所の長に対し、当該移管元の保管口座に係る前項各号に掲げる上場株式等（以下この項において「保管上場株式等」という。）を当該他の保管口座に移管することを依頼する旨、移管する保管上場株式等の種類、銘柄、数その他財務省令で定める事項を記載した書類を提出して当該移管元の保管口座に係る保管上場株式等を、当該他の保管口座に移管することを依頼しなければならないものとし、当該依頼を受けた移管元の証券業者の営業所の長は、当該依頼に係る保管上場株式等のすべてを、株券等の保管及び振替に関する法律に規定する顧客口座簿に記載又は記録をして、当該他の保管口座に移管しなければならないものとする。

第十項の規定の適用がある場合における第七項の規定の適用については、同項中「改正法附則第十三条第四項第一号に掲げる上場株式等（」とあるのは「改正法附則第十三条第四項第一号に掲げる上場株式等（第十項第一号に掲げる上場株式等を含む。」と、「同条第四項第二号に掲げる上場株式等（」とあるのは「同条第四項第二号に掲げる上場株式等（第十項第二号に掲げる上場株式等を含む。」と、同項第一号及び第二号中「、第四項の規定」とあるのは「、第四項の規定又は第十項第一号の証明」とする。

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が贈与、相続（限定承認に係るものを除く。）又は遺贈（包括遺贈のうち限定承認に係るものを除く。）により取得した上場株式等（当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が他の保管口座を開設している証券業者（以下この項及び次項において「同一証券業者」という。）に当該贈与をした者、当該相続に係る被相続人又は当該遺贈に係る包括遺贈者（以下この項において「被相続人等」という。）が開設した有価証券の保管の委託に係る口座（以下この項及び次項において「相続等口座」という。）において保管の委託がされているものに限る。）で次の各号に掲げるものの全部又は一部が、平成十四年九月一日から改正法附則第十三条第四項に規定するいずれか一の日の前日までの間に、当該相続等口座から当該他の保管口座に移管された場合（当該上場株式等の一部が移管される場合には、当該相続等口座に保管の委託がされている上場株式等のうち、当該移管がされる上場株式等と同一銘柄の上場株式等はすべて当該移管がされる上場株式等に含まれる場合に限る。）には、その移管がされた当該各号に掲げる上場株式等は当該各号に定める上場株式等に該当するものとみなして、同項の規定を適用する。 その被相続人等が平成五年一月一日以後に特定取得（当該同一証券業者への改正法附則第十三条第四項第一号に規定する買付けの委託による取得及び当該同一証券業者からの取得をいう。以下この号において同じ。）をした上場株式等で、その特定取得の日以後引き続き当該相続等口座に保管の委託がされていたことその他財務省令で定める要件を満たすもの 当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が当該特定取得があった日に特定取得をし、かつ、当該特定取得の日以後引き続き当該他の保管口座において保管の委託をしていた上場株式等 平成十三年九月三十日以前から引き続き当該相続等口座に保管の委託がされていた上場株式等（前号に掲げるものを除く。） 当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同日に取得をし、かつ、当該取得の日以後引き続き当該他の保管口座において保管の委託をしていた上場株式等

前項の相続等口座に保管の委託がされている同項第一号に掲げる上場株式等（以下この項において「特定相続株式等」という。）及び前項第二号に掲げる上場株式等（以下この項において「非特定相続株式等」という。）の前項の他の保管口座への移管は、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者からの同項の同一証券業者の当該相続等口座を開設している営業所の長への依頼に基づき、当該営業所の長が、その移管の際に、当該依頼に係る特定相続株式等及び非特定相続株式等のすべてについて、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に交付せずに、当該相続等口座から当該他の保管口座に直接移管する方法又は当該他の保管口座への振替の方法により、行わなければならないものとする。 この場合において、当該特定相続株式等又は非特定相続株式等の取得が同項の贈与によるものであるときは、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、その依頼の際に、財務省令で定める書類を提出しなければならないものとする。

第十三項の規定の適用がある場合における第七項の規定の適用については、同項中「改正法附則第十三条第四項第一号に掲げる上場株式等（」とあるのは「改正法附則第十三条第四項第一号に掲げる上場株式等（第十三項第一号に掲げる上場株式等を含む。」と、「同条第四項第二号に掲げる上場株式等（」とあるのは「同条第四項第二号に掲げる上場株式等（第十三項第二号に掲げる上場株式等を含む。」とする。

第五項、第六項、第十項及び第十三項の移管に関する記録並びに当該記録及びこれらの移管に関する書類の保存に関し必要な事項は、財務省令で定める。

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日から同年十二月三十一日までの間に、証券業者の営業所に新法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座開設届出書（改正法附則第十三条第三項の規定により同年一月一日に提出されたものとみなされるものを除く。次項において「特定口座開設届出書」という。）を提出して特定口座（同号に規定する特定口座をいう。以下この条において同じ。）を開設する場合には、新法第三十七条の十一の三第三項第二号ハに規定する政令で定める上場株式等は、新措置法令第二十五条の十の二第十四項各号に掲げるもののほか、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が当該特定口座の開設の日の前日において有する上場株式等のうち次に掲げる上場株式等でその開設の日に当該特定口座に受け入れる上場株式等とする。 当該特定口座を開設する証券業者に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有価証券の保管の委託に係る口座（以下この項において「他の保管口座」という。）にその取得（平成五年一月一日以後の取得で当該証券業者への買付けの委託（買付けの委託の媒介、取次ぎ又は代理を含む。）による取得又は当該証券業者からの取得に該当するものに限る。）後直ちに保管の委託がされた上場株式等（次に掲げる要件を満たすものに限る。次号において「特定上場株式等」という。）で当該他の保管口座から移管がされるもの その上場株式等について、その取得後引き続き当該他の保管口座において保管がされていること。 新法第二十九条の二第一項本文の規定の適用を受けて取得をした同項に規定する特定新株予約権等に係る上場株式等でないこと。 その上場株式等について、第三項において読み替えられた前条第七項第一号の金額の計算及び同項第二号の日の判定の基礎となる金額、事実その他の事項が、当該他の保管口座において管理されていること。 当該特定口座を開設する証券業者に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有価証券の保管の委託に係る口座に平成十三年九月三十日以前から引き続き保管の委託がされている上場株式等（特定上場株式等を除く。）で当該口座から移管がされるもの

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日から同年十二月三十一日までの間に、証券業者の営業所に特定口座開設届出書を提出して特定口座を開設する場合には、新法第三十七条の十一の三第三項第三号に規定する政令で定める事項は、新措置法令第二十五条の十の二第二十項各号に掲げるもののほか、当該特定口座の開設の日の前日までに当該特定口座を開設する証券業者に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の当該特定口座以外の有価証券の信用取引の契約に係る口座（以下この項において「他の信用取引口座」という。）において処理されている上場株式等の信用取引（当該特定口座の開設の日以後に当該信用取引に係る決済が行われ、かつ、当該決済を当該特定口座において行うこととされているものに限る。）を当該特定口座の開設の日に当該他の信用取引口座から当該特定口座に移管することができることとする。

第一項の上場株式等の移管の方法、移管がされた上場株式等の取得価額及び取得時期の特例、前項の信用取引の移管の方法、移管がされた上場株式等の信用取引に係る必要経費の特例その他第一項及び前項の規定の適用に関し必要な事項については、前条第二項から第十六項までの規定の例による。 この場合において、同条第二項中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、同条第三項中「定める他の保管口座」とあるのは「定める他の保管口座（次条第一項第一号に規定する他の保管口座をいう。以下この条において同じ。）」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「同号」と、「及び改正法附則第十三条第四項」とあるのは「及び次条第一項」と、同条第四項中「準備口座（改正法附則第十三条第三項に規定する準備口座」とあるのは「特定口座（次条第一項に規定する特定口座」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「同項第一号」と、同条第五項中「準備口座を設定した」とあるのは「特定口座を開設する」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「当該準備口座」とあるのは「当該特定口座」と、「同条第四項」とあるのは「同条第一項」と、同条第六項中「準備口座を設定した」とあるのは「特定口座を開設する」と、「改正法附則第十三条第六項」とあるのは「次条第二項」と、「当該準備口座」とあるのは「当該特定口座」と、同条第七項中「準備口座」とあるのは「特定口座」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「同条第四項第二号」とあるのは「同条第一項第二号」と、同条第九項中「準備口座」とあるのは「特定口座」と、同条第十項中「改正法附則第十三条第四項に規定するいずれか一の日」とあるのは「次条第一項の特定口座の開設の日」と、「は改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「は同条第一項第一号」と、同項第一号中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、同条第十二項中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「同条第四項第二号」とあるのは「同条第一項第二号」と、同条第十三項中「改正法附則第十三条第四項に規定するいずれか一の日」とあるのは「次条第一項の特定口座の開設の日」と、「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、同条第十五項中「改正法附則第十三条第四項第一号」とあるのは「次条第一項第一号」と、「同条第四項第二号」とあるのは「同条第一項第二号」とする。

平成十五年四月一日から平成十六年十二月三十一日までの間は、所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）第七条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この条において「新措置法」という。）第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座（以下この条において「特定口座」という。）に係る同項第二号ハに規定する政令で定める上場株式等は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）による改正後の租税特別措置法施行令（以下この条において「平成十六年新令」という。）第二十五条の十の二第十四項各号及び前条第一項各号に掲げるもののほか、当該特定口座を開設する新措置法第三十七条の十一の三第一項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が有する新措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等（新措置法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する証券業者等（以下この条において「証券業者等」という。）に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有価証券の保管の委託に係る口座に保管の委託がされているものを除く。以下この条において「特例上場株式等」という。）とする。

平成十五年四月一日から平成十六年十二月三十一日までの間に、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同項の特定口座に特例上場株式等の保管の委託をしようとする場合には、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、特例上場株式等を当該特定口座に保管の委託をする旨、保管の委託をする特例上場株式等の種類、銘柄、数その他財務省令で定める事項を記載した書類を当該特定口座が開設されている証券業者等の営業所（平成十六年新令第二十五条の十の二第五項に規定する営業所をいう。以下この条において同じ。）の長に提出しなければならない。

特定口座への特例上場株式等の受入れ後に当該特例上場株式等と同一銘柄の上場株式等（新措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等をいう。）の譲渡をした場合における譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該特例上場株式等の取得価額及び当該特例上場株式等の取得の日の判定については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。 当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座を開設している証券業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の証券取引法第四十一条第一項に規定する取引報告書その他の財務省令で定める書類により当該特例上場株式等の取得に要した金額及び取得の日の確認をした場合 当該確認がされた金額を基礎として附則第十四条第七項第一号の規定の例により算出された金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該確認がされた取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。 当該特例上場株式等の当該特定口座への受入れの際に、当該特定口座を開設している証券業者等の営業所の長が、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から提出を受けた当該特例上場株式等の株券の写しその他の財務省令で定める書類により当該特例上場株式等の取得の日の確認をした場合（前号に掲げる場合を除く。） 当該確認がされた取得の日における当該特例上場株式等の価額（平成十六年新令第二十五条の十第二項各号に掲げる株式等の区分に応じ当該各号に定める金額に準じて算出した当該取得の日における金額をその一単位当たりの価額として計算した金額をいう。）に相当する金額を基礎として附則第十四条第七項第一号の規定の例により算出された金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、当該確認がされた取得の日を当該特例上場株式等の取得の日とする。 前二号に掲げる場合以外の場合 平成十三年十月一日における当該特例上場株式等の価額（平成十六年新令第二十五条の十第二項各号に掲げる株式等の区分に応じ当該各号に定める金額をその一単位当たりの価額として計算した金額をいう。）の百分の八十に相当する金額を基礎として附則第十四条第七項第一号の規定の例により算出された金額を当該特例上場株式等の取得価額とし、平成十三年九月三十日を当該特例上場株式等の取得の日とする。

特定口座において処理された特例上場株式等の前項に規定する売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる取得価額及び取得の日が同項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日と異なる場合には、当該特定口座を開設する証券業者等の営業所の所在地の所轄税務署長がその異なることについて当該営業所の長の責めに帰すべき理由があると認める場合を除き、当該特定口座において新措置法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額又は同条第四項に規定する満たない部分の金額として計算された金額は、当該特例上場株式等の前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日を基礎として計算されたものとみなす。

前項に規定する異なる場合において、その異なることにより所得税の負担を減少させる結果となるときは、当該特定口座に係る新措置法第三十七条の十一の五第一項各号に掲げる金額については、同条の規定は適用しない。

第二項の特例上場株式等の受入れに関する記録並びに当該記録及び当該受入れに関する書類の保存に関し必要な事項は、財務省令で定める。

平成十五年四月一日から同年十二月三十一日までの間における前各項の規定の適用については、第一項中「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）第七条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この条において「新措置法」という。）」とあるのは「新法」と、「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）による改正後の租税特別措置法施行令（以下この条において「平成十六年新令」という。）」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第三百四十一号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下この条において「新措置法令」という。）」と、「新措置法」とあるのは「新法」と、第二項中「平成十六年新令」とあるのは「新措置法令」と、第三項中「新措置法」とあるのは「新法」と、「平成十六年新令」とあるのは「新措置法令」と、第四項中「新措置法」とあるのは「新法」と、「源泉徴収選択口座内調整所得金額」とあるのは「特定口座内調整所得金額」と、「同条第四項に規定する満たない部分」とあるのは「同条第三項に規定する超える部分」と、第五項中「新措置法」とあるのは「新法」とする。

新令第二十五条の十三の二第一項第一号及び第三項の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日以後に行う新法第三十七条の十四の二第一項に規定する上場株式等の同項に規定する取得について適用する。

商法等改正法附則第七条第一項の規定の適用がある場合における新令第二十五条の十三の二第一項第一号の規定の適用については、同号に規定する店頭転換社債型新株予約権付社債には、商法等改正法附則第七条第一項の規定によりなお従前の例によることとされた旧令第二十五条の十三の二第一項第一号に規定する店頭売買転換社債を含むものとする。

新令第二十五条の二十第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第二十五条の二十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第二十六条第十九項の規定は、居住者が施行日以後に新法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。以下この条において同じ。）を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合について適用し、居住者が施行日前に旧法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。

新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第二十七条の四第三項第四号の規定は、法人が施行日以後に支出する同号に規定する負担金について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第三項第五号に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第二十七条の五第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等については、なお従前の例による。

新令第二十七条の七第五項の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。

新法第四十二条の九第一項の表の第一号の第一欄に規定する観光振興地域が沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号）附則第八条第二項の規定により同法第六条第三項第一号に規定する観光振興地域とみなされた地域である場合には、新令第二十七条の九第一項第一号に定める期間は、同法附則第八条第二項に規定する期間とする。

新法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に規定する情報通信産業振興地域が沖縄振興特別措置法附則第八条第一項の規定により同法第二十八条第三項第一号に規定する情報通信産業振興地域とみなされた地域である場合には、新令第二十七条の九第一項第二号に定める期間は、同法附則第八条第一項に規定する期間とする。

新令第二十七条の十一第二項及び第八項の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の十一第一項第一号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の十二第一項第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条第一項第三号の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条の三第五項及び第六項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条の八第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十四条の五第一項に規定する特定余暇利用施設について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧法第四十四条の五第一項に規定する特定余暇利用施設については、なお従前の例による。

新令第二十八条の十二第五項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。

改正法附則第二十三条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十五条の規定に基づく旧令第二十八条の十四（旧法第四十五条第一項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

新令第二十八条の十四第二項、第十項及び第十一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等（同項の表の第一号の第三欄に掲げる資産を除く。）については、なお従前の例による。

新令第二十八条の十六第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第四十五条の三第一項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第四十五条の三第一項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。

改正法附則第二十三条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の規定に基づく旧令第二十九条（旧法第四十六条第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）の施行の日以後における旧令第二十九条の規定の適用については、同条第一項中「漁業再建整備特別措置法施行令」とあるのは「漁業再建整備特別措置法施行令及び中小漁業融資保証法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百二十九号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法施行令（昭和五十一年政令第百三十二号）」と、「漁業再建整備特別措置法第五条第一項」とあるのは「漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号。第四項までにおいて「旧漁業再建整備法」という。）第五条第一項」と、「同法」とあるのは「旧漁業再建整備法」と、同条第二項第一号中「漁業再建整備特別措置法」とあり、及び「同法」とあるのは「旧漁業再建整備法」と、同条第三項及び第四項中「漁業再建整備特別措置法」とあるのは「旧漁業再建整備法」とする。

改正法附則第二十三条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の三の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第二十三条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第五項第二号中「都市計画法」とあるのは「建築基準法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第八十五号。以下この項において「建築基準法等改正法」という。）第二条の規定による改正前の都市計画法（以下この項において「旧都市計画法」という。）」と、「同法」とあるのは「旧都市計画法」と、「建築基準法」とあるのは「建築基準法等改正法第一条の規定による改正前の建築基準法（次号において「旧建築基準法」という。）」と、同項第三号中「都市計画法」とあるのは「旧都市計画法」と、「都市再開発法」とあるのは「建築基準法等改正法第三条の規定による改正前の都市再開発法」と、「建築基準法」とあるのは「旧建築基準法」とする。

法人が、施行日前に、その取得し、又は新築した賃貸住宅に係る改正法附則第二十三条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条第一項に規定する供用日（次項において「供用日」という。）から同条第一項第一号に掲げる優良賃貸住宅に該当するものとして同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該賃貸住宅につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第四項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の法人税法第二条第三十一号の三に規定する連結確定申告書（次項において「連結確定申告書」という。）に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第三項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四第八項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。

法人が、施行日前に、その取得し、又は新築した賃貸住宅に係る供用日から改正法附則第二十三条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条第一項第二号イ又はロに掲げる優良賃貸住宅に該当するものとして同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該賃貸住宅につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第四項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の連結確定申告書に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第五項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の四第九項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。

改正法附則第二十三条第十九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第五項中「幹線道路の沿道の整備に関する法律第九条第二項」とあるのは、「建築基準法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第八十五号）第四条の規定による改正前の幹線道路の沿道の整備に関する法律第九条第二項」とする。

法人が、施行日前に、その取得し、又は新築した建築物に係る改正法附則第二十三条第十九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二第一項に規定する供用日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該建築物につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第五項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の法人税法第二条第三十一号の三に規定する連結確定申告書に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第三項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の五第十項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。

新令第二十九条の六第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十八条第一項に規定する倉庫用建物等について適用する。

改正法附則第二十三条第二十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条の規定に基づく旧令第二十九条の六の規定は、なおその効力を有する。

法人が、施行日前に、その取得し、又は建設した建物又は構築物に係る改正法附則第二十三条第二十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条第一項に規定する供用日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度において当該建物又は構築物につき法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第六項の規定により読み替えて適用する同法第三条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の三十六第一項の規定の適用を受けている場合において、当該適用を受けた最初の連結事業年度の法人税法第二条第三十一号の三に規定する連結確定申告書に法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百七十一号）第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第三項に規定する財務省令で定める書類の添付があるときは、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の六第三項に規定する最初の事業年度の確定申告書に同項に規定する財務省令で定める書類の添付があったものとみなす。

改正法附則第二十四条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の二の規定に基づく旧令第三十二条の三の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第二十四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の四の規定に基づく旧令第三十二条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項中「前条第四項」とあるのは「第三十二条の二第十三項及び第十四項」と、同条第四項中「前事業年度」とあるのは「前事業年度（当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）」とする。

施行日から全国新幹線鉄道整備法の一部を改正する法律（平成十四年法律第六十四号）の施行の日の前日までの間における新令第三十二条の十一の規定の適用については、同条第六項中「第五十六条の三第五項第一号」とあるのは、「第五十六条の二第五項第一号」とする。

新法第五十七条の五第七項に規定する法人の施行日から平成十五年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における新令第三十三条の五第十三項の規定の適用については、同項第二号中「百分の三十」とあるのは、「百分の三十二」とする。

新令第三十九条第五項、第七項、第十二項及び第十四項の規定は、法人が都市再開発法等改正法の施行の日以後に行う新法第六十四条第一項に規定する収用等による資産の譲渡に係る法人税について適用する。

新令第三十九条の五第五項の規定は、法人が都市再開発法等改正法の施行の日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。

新令第三十九条の五第三十二項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。

法人が施行日前に旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得（建設及び製作を含む。以下この項において同じ。）をした旧令第三十九条の七第六項第二号の二に掲げる区域（以下この項において「旧区域」という。）に係る同表の第七号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をする旧区域に係る同欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧法第六十五条の八第一項の特別勘定については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十五第一項第一号及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の十五第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第三項第八号、第十号及び第十一号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の八第一項第一号及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の三十五の八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第四十条の三第一項第三号の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。

改正法附則第三十二条第五項の規定の適用がある場合における同項各号に掲げる者に対する新法第七十条の四第五項、第六項及び第三十二項並びに新法第七十条の六第九項の規定の適用については、次に定めるところによる。 改正法附則第三十二条第五項第一号に掲げる者については、新法第七十条の四第五項中「第一項本文の規定の適用を受ける受贈者」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第三十二条第五項の規定により第一項に規定する受贈者とみなされた同条第五項第一号に規定する受贈者（第七十条の六までにおいて「受贈者」という。）」と、「第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十六号）附則第二十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第七十条の六までにおいて「昭和五十年旧法」という。）第七十条の四第一項の規定」と、「農地等に係る贈与者」とあるのは「農地等（同項に規定する農地等をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与者（同項に規定する贈与者をいう。以下この条において同じ。）」と、「同項ただし書及び第三項」とあるのは「昭和五十年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第二項」と、同条第六項中「第一項及び第三項」とあるのは「昭和五十年旧法第七十条の四第一項及び第二項」と、同条第三十二項中「第一項の」とあるのは「昭和五十年旧法第七十条の四第一項の」と、新法第七十条の六第九項中「同条第一項」とあるのは「昭和五十年旧法第七十条の四第一項」とする。 改正法附則第三十二条第五項第二号に掲げる者については、新法第七十条の四第五項中「第一項本文の規定の適用を受ける受贈者」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第三十二条第五項の規定により第一項に規定する受贈者とみなされた同条第五項第二号に規定する受贈者（第七十条の六までにおいて「受贈者」という。）」と、「第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法による改正前の租税特別措置法（第七十条の六までにおいて「平成三年旧法」という。）第七十条の四第一項の規定」と、「農地等に係る贈与者」とあるのは「農地等（同項に規定する農地等をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与者（同項に規定する贈与者をいう。第七十条の六までにおいて同じ。）」と、「同項ただし書及び第三項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第二項」と、同条第六項中「第一項及び第三項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の四第一項及び第二項」と、同条第三十二項中「第一項の」とあるのは「平成三年旧法第七十条の四第一項の」と、新法第七十条の六第九項中「同条第一項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の四第一項」とする。 改正法附則第三十二条第五項第三号に掲げる者については、新法第七十条の四第五項中「第一項本文の規定の適用を受ける受贈者」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第三十二条第五項の規定により第一項に規定する受贈者とみなされた同条第五項第三号に規定する受贈者（第七十条の六までにおいて「受贈者」という。）」と、「第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（平成七年法律第五十五号）附則第三十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第七十条の六までにおいて「平成七年旧法」という。）第七十条の四第一項の規定」と、「農地等に係る贈与者」とあるのは「農地等（同項に規定する農地等をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与者（同項に規定する贈与者をいう。第七十条の六までにおいて同じ。）」と、「同項ただし書及び第三項」とあるのは「平成七年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第三項」と、同条第六項中「第一項及び第三項」とあるのは「平成七年旧法第七十条の四第一項及び第三項」と、同条第三十二項中「第一項の」とあるのは「平成七年旧法第七十条の四第一項の」と、新法第七十条の六第九項中「同条第一項」とあるのは「平成七年旧法第七十条の四第一項」とする。 改正法附則第三十二条第五項第四号に掲げる者については、新法第七十条の四第五項中「第一項本文の規定の適用を受ける受贈者」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第三十二条第五項の規定により第一項に規定する受贈者とみなされた同条第五項第四号に規定する受贈者（第七十条の六までにおいて「受贈者」という。）」と、「第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（第七十条の六までにおいて「平成十二年旧法」という。）第七十条の四第一項の規定」と、「農地等に係る贈与者」とあるのは「農地等（同項に規定する農地等をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与者（同項に規定する贈与者をいう。第七十条の六までにおいて同じ。）」と、「同項ただし書及び第三項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第三項」と、同条第六項中「第一項及び第三項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の四第一項及び第三項」と、同条第三十二項中「第一項の」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の四第一項の」と、新法第七十条の六第九項中「同条第一項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の四第一項」とする。 改正法附則第三十二条第五項第五号に掲げる者については、新法第七十条の四第五項中「第一項本文の規定の適用を受ける受贈者」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第三十二条第五項の規定により第一項に規定する受贈者とみなされた同条第五項第五号に規定する受贈者（第七十条の六までにおいて「受贈者」という。）」と、「第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（第七十条の六までにおいて「平成十三年旧法」という。）第七十条の四第一項の規定」と、「農地等に係る贈与者」とあるのは「農地等（同項に規定する農地等をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与者（同項に規定する贈与者をいう。第七十条の六までにおいて同じ。）」と、「同項ただし書及び第三項」とあるのは「平成十三年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第三項」と、同条第六項中「第一項及び第三項」とあるのは「平成十三年旧法第七十条の四第一項及び第三項」と、同条第三十二項中「第一項の」とあるのは「平成十三年旧法第七十条の四第一項の」と、新法第七十条の六第九項中「同条第一項」とあるのは「平成十三年旧法第七十条の四第一項」とする。 改正法附則第三十二条第五項第六号に掲げる者については、新法第七十条の四第五項中「第一項本文の規定の適用を受ける受贈者」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第三十二条第五項の規定により第一項に規定する受贈者とみなされた同条第五項第六号に規定する受贈者（第七十条の六までにおいて「受贈者」という。）」と、「第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（第七十条の六までにおいて「平成十四年旧法」という。）第七十条の四第一項の規定」と、「農地等に係る贈与者」とあるのは「農地等（同項に規定する農地等をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与者（同項に規定する贈与者をいう。第七十条の六までにおいて同じ。）」と、「同項ただし書及び第三項」とあるのは「平成十四年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第三項」と、同条第六項中「第一項及び第三項」とあるのは「平成十四年旧法第七十条の四第一項及び第三項」と、同条第三十二項中「第一項の」とあるのは「平成十四年旧法第七十条の四第一項の」と、新法第七十条の六第九項中「同条第一項」とあるのは「平成十四年旧法第七十条の四第一項」とする。

新法第七十条の八第五項の規定は、改正法附則第三十二条第八項の規定の適用を受けようとする者の申請について準用する。 この場合において、新法第七十条の八第五項中「第三十九条第一項」とあるのは、「第三十九条第五項」と読み替えるものとする。

改正法附則第三十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十七条の四の規定に基づく旧令第四十二条の六の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第三項中「前条第二項」とあるのは、「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第百五号）による改正前の租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第四十二条の五第二項」とする。

改正法附則第三十三条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十八条の三第二項の規定に基づく旧令第四十二条の八第三項の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第三十三条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第八十三条の五第一項の規定に基づく旧令第四十三条の三第一項の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第三十四条第二項から第四項までの規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令（昭和四十七年政令第五十七号）第五条の規定の適用については、同条第一号及び第二号中「数量」とあるのは、「税率の異なるごとに区分した数量」とする。

改正法附則第三十四条第二項から第四項までの規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令第九条の規定の適用については、同条第二号及び第三号中「航空機燃料の数量」とあるのは、「航空機燃料の税率の異なるごとに、その数量」とする。

前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第九条の規定は、個人が施行日以後に行う租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号。以下この条において「旧平成十一年租税特別措置法等改正法」という。）附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同項の規定により読み替えられた旧平成十一年租税特別措置法等改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡について適用する。