租税特別措置法施行令 附　則 （平成一四年八月一日政令第二七一号）

この政令は、平成十四年八月一日から施行する。 ただし、第二条中租税特別措置法施行令第三章に十九節を加える改正規定（第三十九条の百第三項及び第四項に係る部分に限る。）は、マンションの建替えの円滑化等に関する法律（平成十四年法律第七十八号）の施行の日から施行する。

この附則に別段の定めがあるものを除き、第一条の規定による改正後の法人税法施行令（以下「新法人税法施行令」という。）の規定、第二条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下「新租税特別措置法施行令」という。）の規定、第三条の規定による改正後の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令の規定、第八条の規定による改正後の法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十三年政令第百三十五号）附則第七条の規定及び第九条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十三年政令第百四十一号）附則第二十一条の規定は、法人（法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号。以下「改正法」という。）第一条の規定による改正後の法人税法（以下「新法人税法」という。）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成十五年三月三十一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の同日以後に終了する計算期間の所得に対する法人税、法人の同日以後に終了する事業年度の退職年金等積立金に対する法人税及び法人の同日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の同日前に終了した計算期間の所得に対する法人税、法人の同日前に終了した事業年度の退職年金等積立金に対する法人税及び法人の同日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第二十八条第一項に規定する政令で定める期間は、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第二十三条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条第一項の表の第一号の第一欄に掲げる低開発地域工業開発地区として指定された地区において同号の第二欄に掲げる事業の用に供する設備の新設又は増設をする場合における当該指定の日から四十年間とする。 ただし、当該指定された地区が当該期間内に同号の第一欄に規定する低開発地域工業開発地区に該当しないこととなる場合には、当該指定の日からその該当しないこととなる日までの期間に限るものとする。

改正法附則第二十八条第一項の規定により読み替えて適用する改正法第三条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この条において「新租税特別措置法」という。）第六十八条の二十七第一項の規定の適用を受ける場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の五十六の規定の適用については、同条中「地区又は地域において事業の用に供する設備について同項」とあるのは、「地区又は地域並びに租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第二十三条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条第一項の表の第一号に掲げる地区において事業の用に供する設備について法第六十八条の二十七第一項（法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第二十八条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」とする。

改正法附則第二十八条第二項に規定する政令で定める区分は、次の各号に掲げる場合の区分とし、同項に規定する政令で定める事業は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める事業とする。 その漁業協同組合等（漁業再建整備特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十三号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号。第七項までにおいて「旧漁業再建整備法」という。）第五条第一項に規定する漁業協同組合等をいう。第六項までにおいて同じ。）が協業化事業等（同条第一項に規定する経営規模の拡大又は生産行程についての協業化に関する事業をいう。以下この号及び次号において同じ。）について定められた他の中小漁業構造改善計画（同項に規定する中小漁業構造改善計画をいう。第六項までにおいて同じ。）に係る認定を受けたことのない漁業協同組合等である場合 協業化事業等 その漁業協同組合等が協業化事業等について定められた他の中小漁業構造改善計画に係る認定を受けたことのある漁業協同組合等である場合 協業化事業等及び旧漁業再建整備法第五条第一項に規定する漁船用燃料その他のエネルギーの使用の合理化に関する事業

改正法附則第二十八条第二項に規定する中小漁業構造改善計画を実施する者として政令で定めるものは、同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度（漁業再建整備特別措置法施行令及び中小漁業融資保証法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第二百二十九号）第一条の規定による改正前の漁業再建整備特別措置法施行令（昭和五十一年政令第百三十二号）第七条第三項の規定により旧漁業再建整備法第五条第一項の認定が取り消された日を含む連結事業年度を除く。次項及び第六項において同じ。）終了の日において漁業協同組合等の構成員である者のうち、旧漁業再建整備法第五条第一項の認定に係る中小漁業構造改善計画（前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める事業について計画が定められているものに限る。以下この項及び第六項において同じ。）に従って当該中小漁業構造改善計画に定める構造改善事業を同日において実施しているものである旨の当該漁業協同組合等の証明書の交付を受けているものとする。

改正法附則第二十八条第二項に規定する中小漁業構造改善計画に係るものを主として営む場合として政令で定める場合は、同項の規定により読み替えて適用する新租税特別措置法第六十八条の三十第一項に規定する連結親法人又はその連結子法人が同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の日において同項に規定する構成員に該当し、かつ、当該連結事業年度において次の各号のいずれかに該当する事実がある場合とする。 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度（当該構成員に係る漁業協同組合等で旧漁業再建整備法第五条第一項の認定を受けたもののその認定を受けている期間に限る。以下この号において同じ。）の総収入金額（固定資産、有価証券又は山林の譲渡に係るもの及び合併又は分割による移転に係るものを除く。）のうちに当該連結事業年度の計画対象事業（中小漁業構造改善計画に係る旧漁業再建整備法第四条第一項に規定する特定業種に属する事業をいう。次号において同じ。）に係る収入金額（固定資産、有価証券又は山林の譲渡に係るもの及び合併又は分割による移転に係るものを除く。）の占める割合が百分の五十を超えること。 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度終了の日においてその使用する漁船の合計総トン数のうちに計画対象事業に係る漁船の合計総トン数の占める割合が百分の五十を超えること。

改正法附則第二十八条第二項に規定する他の中小漁業構造改善計画に係る認定を受けた漁業協同組合等の構成員に準ずる者として政令で定めるものは、同項の規定により読み替えて適用する新租税特別措置法第六十八条の三十第一項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の日において中小漁業構造改善計画に係る旧漁業再建整備法第五条第一項の認定を受けた漁業協同組合等の構成員である者のうち、当該中小漁業構造改善計画に係る当該認定前に他の中小漁業構造改善計画（旧中小漁業振興特別措置法（昭和四十二年法律第五十九号）第四条の二第一項に規定する中小漁業構造改善計画を含む。）に係る当該認定（旧中小漁業振興特別措置法第四条の二第一項の認定を含む。）を受けた他の漁業協同組合等の構成員であったものとする。

改正法附則第二十八条第二項に規定する燃料の使用の合理化に著しく資する漁船として政令で定めるものは、旧漁業再建整備法第四条第一項に規定する特定業種の別及び漁船の大きさに応じ、その主機関の一時間当たりの燃料消費量及び船型、船体の重量又は推進器の直径について農林水産大臣が財務大臣と協議して定める基準に適合する漁船であって、当該基準に適合するものであることにつき財務省令で定めるところにより証明されたものとする。

改正法附則第二十八条第六項の規定により読み替えて適用する新租税特別措置法第六十八条の三十六第一項の規定の適用を受ける場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第二項の規定の適用については、同項中「二千平方メートル」とあるのは「千六百平方メートル」と、「千平方メートル」とあるのは「八百五十平方メートル」と、「二千立方メートル」とあるのは「千六百立方メートル」と、「四千五百立方メートル」とあるのは「四千立方メートル」とする。

改正法附則第二十九条第四項第一号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する創業中小企業投資損失準備金の金額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて計算した金額とする。 当該創業中小企業投資損失準備金に係る改正法附則第二十九条第三項に規定する特定会社（以下この条において「特定会社」という。）の株式の一部を有しないこととなった場合（次号に掲げる場合を除く。） その有しないこととなった当該特定会社の株式の数がその有しないこととなった時の直前において有していた当該特定会社の株式の数のうちに占める割合 当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社の資本の減少により株式の一部を有しないこととなった場合 当該資本の減少による払戻しとして取得した金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額（新法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における新法人税法第二十四条第一項第三号及び第四号の規定により利益の配当の額とみなされる金額に該当する金額を除く。）がその株式の一部を有しないこととなった時の直前において有していた当該特定会社の株式の帳簿価額の合計額のうちに占める割合

改正法附則第二十九条第三項に規定する投資育成会社（以下この条において「投資育成会社」という。）が同項に規定する前連結事業年度等（以下この項及び第四項において「前連結事業年度等」という。）から繰り越された創業中小企業投資損失準備金の金額（前連結事業年度等の終了の日までに同条第三項又は第四項の規定により益金の額に算入された金額（改正法第三条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の四第三項又は同条第二項において準用する同法第五十五条第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）を有する場合において、当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を被合併法人とする適格合併が行われ、かつ、当該適格合併に係る合併法人が被出資会社（当該適格合併直前において、当該投資育成会社がその株式を中小企業投資育成株式会社法（昭和三十八年法律第百一号）第五条第一項第一号から第三号までに掲げる事業として保有している株式会社をいう。次項において同じ。）であるときは、当該投資育成会社の当該適格合併の日における被合併法人である特定会社に係る創業中小企業投資損失準備金の金額で前連結事業年度等から繰り越されたものは、当該適格合併後においては、当該合併法人に係る創業中小企業投資損失準備金の金額とみなして、改正法附則第二十九条第三項及び第四項の規定を適用する。

前項に規定する創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を被合併法人とする適格合併が行われた場合において、当該適格合併に係る合併法人が被出資会社でないときにおける当該創業中小企業投資損失準備金の金額を有する投資育成会社に対する改正法附則第二十九条第四項の規定の適用については、当該投資育成会社が当該適格合併直前において被合併法人である特定会社の株式を有しないこととなったものとみなして、同項第一号の規定を適用する。

投資育成会社が前連結事業年度等から繰り越された創業中小企業投資損失準備金の金額を有する場合において、当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を分割法人とする適格分割型分割が行われ、かつ、当該適格分割型分割に係る分割承継法人が被出資会社（分割型分割直前において、当該投資育成会社がその株式を中小企業投資育成株式会社法第五条第一項第一号から第三号までに掲げる事業として保有している株式会社をいう。以下この条において同じ。）であるときは、当該投資育成会社の当該適格分割型分割の日における分割法人である特定会社に係る創業中小企業投資損失準備金の金額のうち当該創業中小企業投資損失準備金の金額に第一号に掲げる金額のうちに第二号に掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額に相当する金額は、当該適格分割型分割後においては、当該分割承継法人に係る創業中小企業投資損失準備金の金額とみなして、改正法附則第二十九条第三項及び第四項の規定を適用する。 当該適格分割型分割直前において有していた当該適格分割型分割に係る分割法人である特定会社の株式の帳簿価額の合計額 当該適格分割型分割に係る分割法人である特定会社の株式の法人税法第六十一条の二第三項に規定する分割純資産対応帳簿価額

前項に規定する創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を分割法人とする分割型分割が行われた場合において、次の各号に掲げる事実があるときにおける当該創業中小企業投資損失準備金の金額を有する投資育成会社に対する改正法附則第二十九条第四項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。 当該分割型分割が適格分割型分割に該当しない場合（次号及び第四号に掲げる場合を除く。） 当該投資育成会社が当該分割型分割の時において分割法人である特定会社の株式のうち当該分割型分割によりその分割承継法人に移転した資産及び負債に対応する部分（新法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における法人税法第六十一条の二第一項の規定の適用につき同条第三項の規定により譲渡を行ったものとみなされる同項の分割承継法人に移転した資産及び負債に対応する部分をいう。次号及び第三号において同じ。）を有しないこととなったものとみなして、改正法附則第二十九条第四項第一号の規定を適用する。 当該分割型分割に係る分割承継法人が被出資会社でない場合（第四号に掲げる場合を除く。） 当該投資育成会社が当該分割型分割直前において分割法人である特定会社の株式のうち当該分割型分割により当該分割承継法人に移転した資産及び負債に対応する部分を有しないこととなったものとみなして、改正法附則第二十九条第四項第一号の規定を適用する。 当該分割型分割に係る分割法人である特定会社が当該分割型分割により特定会社でないこととなった場合（当該分割型分割に係る分割承継法人が被出資会社である場合に限る。） 当該投資育成会社が当該分割型分割直前において分割法人である特定会社の株式のうち当該分割型分割により当該分割承継法人に移転した資産及び負債に対応する部分以外のものを有しないこととなったものとみなして、改正法附則第二十九条第四項第一号の規定を適用する。 当該分割型分割に係る分割承継法人が被出資会社でなく、かつ、当該分割型分割に係る分割法人である特定会社が当該分割型分割により特定会社でないこととなった場合 当該投資育成会社が当該分割型分割直前において分割法人である特定会社の株式の全部を有しないこととなったものとみなして、改正法附則第二十九条第四項第一号の規定を適用する。

改正法附則第二十九条第三項又は第四項の規定の適用がある場合において、投資育成会社の新法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、改正法附則第二十九条第三項又は第四項の規定により益金の額に算入される金額は、新法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属益金額に含まれるものとする。

施行日からマンションの建替えの円滑化等に関する法律の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法施行令第三十九条の百一の規定の適用については、同条第五項中「第六十五条第一項若しくは第五項」とあるのは、「第六十五条第一項若しくは第六項」とする。

改正法附則第三条第一項に規定する内国法人及び当該内国法人との間に当該内国法人による新法人税法第四条の二に規定する完全支配関係がある同条に規定する他の内国法人が同項の規定の適用を受けて新法人税法第四条の三第一項の申請書を提出した場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の百二十八第五項の規定の適用については、同項第一号中「法人税法第四条の三第九項に規定する承認の処分があつた場合における同項第一号又は第二号に定める日」とあるのは「法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号。次号において「改正法」という。）附則第三条第三項の規定により読み替えて適用する法人税法第四条の三第五項に規定する時価評価法人及び連結事業年度前開始法人並びに当該時価評価法人又は連結事業年度前開始法人が発行済株式又は出資を直接又は間接に保有するものの同項の当該連結事業年度終了の日の翌日」と、同項第二号中「法人税法第四条の三第十項」とあるのは「改正法附則第三条第三項の規定により読み替えて適用する法人税法第四条の三第十項」とする。