租税特別措置法施行令 附　則 （平成一五年三月三一日政令第一三九号）

この政令は、平成十五年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第三十五条第五項の改正規定（「第百十二条第十一項」を「第百十二条第十二項」に改める部分に限る。）、第三十九条の二十三第四項から第七項までの改正規定（同条第七項を同条第八項とする部分、同条第六項を同条第七項とする部分、同条第五項を同条第六項とする部分及び同条第四項を同条第五項とする部分を除く。）及び第三十九条の二十四第六項から第八項までの改正規定（「第二項各号」を「第二項」に改める部分を除く。）並びに附則第四十四条及び第四十五条の規定 平成十五年三月三十一日 第四十六条の五の改正規定 平成十五年五月一日 附則第三十九条及び第四十条の規定並びに附則第四十二条中国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）附則第十四項、第十六項及び第十七項の改正規定 平成十五年七月一日 第六条の八の改正規定、第十八条の五第八項第一号の改正規定、第二十条の二第一項第二号の改正規定、同条第二項第一号の改正規定、第二十二条第一項の改正規定、第二十二条の九第一項第二号の改正規定、第二十五条第十三項第五号の改正規定、第二十九条の二の改正規定、第三十八条の四第十二項第二号の改正規定、同条第十三項の改正規定、第三十八条の五第五項第一号の改正規定、第三十九条の七第六項第五号の改正規定、第三十九条の六十の改正規定、第四十条の三第一項第一号の二の改正規定、第四十条の六第十四項の改正規定（「第七十条の四第五項」を「第七十条の四第六項」に改める部分を除く。）、第四十条の十二（見出しを含む。）の改正規定、第四十条の十九の改正規定、第四十八条の六の改正規定、同条の次に二条を加える改正規定及び第四十九条から第五十条の二までの改正規定並びに附則第十二条第一項、第三項、第五項及び第六項並びに第二十三条第二項の規定 平成十五年十月一日 第二条の五第二項の改正規定、第二条の二十七の改正規定、第三条の四の改正規定、第四条の二の改正規定、第四条の四第一項の改正規定（「公募投資信託等の収益の分配」を「私募公社債等運用投資信託等の収益の分配」に改める部分及び「国外公募投資信託等」を「国外私募公社債等運用投資信託等」に改める部分に限る。）、第二十五条の十の二の改正規定（同条第一項の改正規定、同条第十二項第二号の改正規定及び同条第二十二項第二号の改正規定を除く。）、第二十五条の十の四の改正規定、第二十五条の十の六から第二十五条の十の八までの改正規定、第二十五条の十の九第七項の改正規定（「信用取引」を「信用取引等」に改める部分に限る。）、第二十五条の十の十の改正規定、第二十五条の十の十一第二項の改正規定及び第二十五条の十四の改正規定並びに附則第四条、第六条及び第十四条の規定並びに附則第四十二条中国税収納金整理資金に関する法律施行令第二条第十五号の改正規定 平成十六年一月一日 第二十六条第八項第四号及び第十一項第一号の改正規定、同条第十五項第二号の改正規定、第四十一条の改正規定（「雇用・能力開発機構」を「独立行政法人雇用・能力開発機構」に改める部分に限る。）並びに第四十二条第三項第二号の改正規定 平成十六年三月一日 第四十六条の四第一項及び第二項の改正規定 平成十六年四月一日 第五条の十一の次に一条を加える改正規定、第二十八条の七の改正規定、第三十九条の十第一項の改正規定、第三十九条の二十三第四項から第七項までの改正規定（同条第七項を同条第八項とする部分、同条第六項を同条第七項とする部分、同条第五項を同条第六項とする部分及び同条第四項を同条第五項とする部分に限る。）、同条第一項から第三項までの改正規定、同条に第一項として一項を加える改正規定、第三十九条の二十四の二の改正規定、第三十九条の五十の改正規定、第三十九条の百十の改正規定及び第四十二条の十の改正規定並びに附則第二十七条及び第二十八条の規定 産業活力再生特別措置法の一部を改正する法律（平成十五年法律第二十六号）の施行の日 第六条の次に一条を加える改正規定、第二十八条の十一の改正規定（同条第二項に係る部分に限る。）及び第三十九条の五十三の次に一条を加える改正規定 食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法の一部を改正する法律（平成十五年法律第七十一号）の施行の日 第二十二条の八第二十七項の改正規定及び第三十九条の五第二十八項の改正規定 石油公団法及び金属鉱業事業団法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第九十三号）附則第一条第二号に定める日 第四十二条の八の改正規定 平成十五年四月一日又は漁業協同組合合併促進法の一部を改正する法律（平成十五年法律第十三号）の施行の日の翌日のいずれか遅い日

改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成十五年分以後の所得税について適用し、平成十四年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の二第八項の規定は、同項に規定する加入者保護信託がこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に支払を受けるべき所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号。以下「改正法」という。）第十二条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第三条の三第一項に規定する国外公社債等の利子等について適用し、当該加入者保護信託が施行日前に支払を受けるべき改正法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第三条の三第一項に規定する国外公社債等の利子等については、なお従前の例による。

平成十五年十二月三十一日において旧法第八条の二第一項第一号に掲げる受益証券（無記名のものを除く。）を有する個人が、平成十六年一月一日以後最初に当該受益証券の収益の分配の支払の確定する日までに当該受益証券の収益の分配に係る所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第三百三十六条第二項第一号に規定する金融機関の営業所等の長に対して同条第一項の規定による告知をした場合又は平成十六年一月一日前に同条第二項各号に掲げる場合に相当する告知をしている場合には、これらの告知をし、又はしている場合は、同項第一号に掲げる場合に該当するものとみなして同条の規定を適用する。

平成十五年十二月三十一日において無記名の旧法第八条の二第一項第一号に掲げる受益証券を所得税法施行令第三百三十九条第三項に規定する金融機関の営業所等（以下この条において「金融機関の営業所等」という。）に保管の委託をしている個人が、当該保管の委託に係る契約（同項に規定する保管委託取次契約（以下この条において「保管委託取次契約」という。）を含む。以下この条において同じ。）を締結した際又は当該締結の日から同年十二月三十一日までの間に、当該金融機関の営業所等の長（当該保管の委託が保管委託取次契約に係るものである場合には、当該保管委託取次契約に基づき当該受益証券の保管の委託の取次ぎをした同項に規定する財務省令で定める金融機関の営業所等の長。以下この項において同じ。）に対して同令第三百三十六条第一項又は第三項の規定による告知に相当する告知をしている場合（当該金融機関の営業所等の長が同令第三百三十九条第六項に規定する事項の記載又は記録をした同項の帳簿に相当する帳簿を備えている場合に限る。）には、当該保管の委託に係る契約は当該告知をした日に締結されたものと、当該告知をしたことは当該締結の際に同令第三百三十九条第三項に規定する告知書の提出があったことと、当該帳簿は同条第六項の帳簿とそれぞれみなして、同条の規定を適用する。

平成十五年十二月三十一日において無記名の旧法第八条の二第一項第一号に掲げる受益証券（前項の規定の適用を受けるものを除く。）を金融機関の営業所等に保管の委託をしている個人が、平成十六年一月一日以後最初に当該保管の委託をしている当該受益証券の収益の分配の支払を受ける日までに、所得税法施行令第三百三十九条第一項に規定する告知書に同条第三項に規定する財務省令で定める事項を記載し、これを当該金融機関の営業所等の長（当該保管の委託が保管委託取次契約に係るものである場合には、当該保管委託取次契約に基づき当該受益証券の保管の委託の取次ぎをした同項に規定する財務省令で定める金融機関の営業所等の長）に提出をした場合には、当該保管の委託に係る契約は当該提出をした日に締結されたものと、当該告知書は当該締結の際に提出された同項の告知書とそれぞれみなして、同条の規定を適用する。

新令第四条第四項の規定は、同項に規定する加入者保護信託が施行日以後に支払を受けるべき同項に規定する国外発行投資信託等の受益証券の収益の分配について適用し、当該加入者保護信託が施行日前に支払を受けるべき改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第四条第四項に規定する国外発行投資信託等の受益証券の収益の分配については、なお従前の例による。

平成十五年十二月三十一日において旧法第八条の四第一項に規定する特定投資法人の投資口（同項に規定する投資口をいう。）を有する個人が、平成十六年一月一日以後最初に当該投資口の利益の配当の支払の確定する日までに当該投資口の利益の配当に係る所得税法施行令第三百三十六条第一項に規定する支払事務取扱者に対して同項の規定による告知をした場合又は同年一月一日前に同条第二項各号に掲げる場合に相当する告知をしている場合には、これらの告知をし、又はしている場合は、同項第六号に掲げる場合に該当するものとみなして同条の規定を適用する。

改正法附則第六十五条第二項に規定する政令で定める配当等は、新法第八条の五第一項の国内に恒久的施設を有する非居住者が支払を受ける所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二十四条第一項に規定する配当等とする。

新令第四条の五第四項の規定は、同項に規定する加入者保護信託が施行日以後に支払を受けるべき同項に規定する株式の利益の配当について適用し、当該加入者保護信託が施行日前に支払を受けるべき旧令第四条の六第四項に規定する株式の利益の配当については、なお従前の例による。

個人が施行日前に支出した旧令第五条の三第四項第五号、第六号及び第八号に掲げる負担金については、なお従前の例による。

個人が平成十五年十二月三十一日以前に支出した旧令第五条の三第六項第一号に掲げる試験研究に係る同条第七項第一号に定める試験研究費の額については、なお従前の例による。

新令第五条の九第一項第一号及び第四号の規定は、個人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第十一条第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十一条第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

個人が施行日前に旧令第五条の十第二号から第五号までに掲げる地域又は区域において取得等をした旧法第十一条の二第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。

改正法附則第七十二条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十一条の三第二項の規定に基づく旧令第五条の十一第四項の規定は、なおその効力を有する。

新令第六条の三第五項の規定は、個人が施行日以後に取得等をする新法第十一条の九第一項に規定する再商品化設備等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十一条の七第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。

新令第六条の五第二項、第八項及び第九項の規定は、個人が施行日以後に取得等をする新法第十二条第一項に規定する工業用機械等について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十二条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

改正法附則第七十二条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の三（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六条の十第一項から第十二項まで及び第十六項の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第七十二条第十五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条（第二項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第七条第七項及び第十項の規定は、なおその効力を有する。

新令第七条の二第四項の規定は、個人が施行日以後に取得又は新築をする新法第十四条の二第二項第二号に掲げる建築物について適用する。

改正法附則第七十二条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条の二の規定に基づく旧令第七条の二の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第七十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第二十条の二の規定に基づく旧令第十二条の二の規定は、なおその効力を有する。

新令第二十条の二第一項第三号及び第二項第一号の規定は、個人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十条の二第七項第二号及び第九項第二号の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条第一項の規定は、個人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第三十三条第一項に規定する収用等による譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十三条第一項に規定する収用等による譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条第十七項の規定は、個人が施行日以後に新法第三十三条第三項に規定する補償金を取得する場合について適用し、個人が施行日前に旧法第三十三条第三項に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

新令第二十二条の九第一項第二号の規定は、個人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条第十二項第五号の規定は、個人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の四第二項及び第三項の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。

施行日前の旧令第二十五条の八第十一項に規定する特定株式投資信託（以下この条において「特定株式投資信託」という。）の終了によりその特定株式投資信託の受益証券を有する同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対して支払われる同項に規定する金額については、なお従前の例による。

平成十五年四月一日から同年十二月三十一日までの間の特定株式投資信託の終了によりその特定株式投資信託の受益証券を有する旧法第三十七条の十第五項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対して支払われる金額（当該受益証券につき支払われるものに限る。）は、同項に規定する私募証券投資信託等の終了によりその私募証券投資信託等の受益証券を有する者に対して支払われる金額には含まれないものとする。

改正法附則第七十八条第二項の移管は、同項に規定する特定口座を開設している新法第三十七条の十一の三第三項第一号の証券業者に開設されている当該特定口座以外の口座においてその決済が終了していない発行日取引（改正法附則第七十八条第二項に規定する発行日取引をいう。）につきその者からの当該証券業者の当該特定口座以外の口座（当該特定口座を開設している者が有するものに限る。）を開設している営業所の長への依頼に基づき、当該営業所の長が、その移管の際に、当該発行日取引のすべてについて、当該特定口座以外の口座から当該特定口座への振替の方法により行わなければならないものとする。

改正法附則第七十九条第四項の規定により還付をする場合には、その還付をすべき同項に規定する超過額（以下この条において「超過額」という。）に相当する金額は、同項の証券業者が旧法第三十七条の十一の四の規定により平成十五年分の所得税として納付すべき金額（旧令第二十五条の十の十第七項の規定の適用がある場合には、同項の規定による控除後の金額とし、既に納付された金額を除く。）から控除する。

前項の規定を適用する場合において、同項の証券業者が同項の規定により控除することができない金額があるときは、旧法第三十七条の十一の四第一項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価又は同項に規定する上場株式等の信用取引の差金決済に係る差益に相当する金額に係る所得税の所得税法第十七条の規定による納税地（同法第十八条第二項の規定による指定があった場合には、その指定をされた納税地）の所轄税務署長は、当該控除することができない金額に相当する金額を当該証券業者に還付する。

前項の規定の適用を受けようとする同項の証券業者は、同項の規定に該当することとなった旨を記載した書面に、当該証券業者に開設されている改正法附則第七十九条第四項の特定口座ごとの同項第一号に規定する徴収をした、又は徴収をすべき所得税の額の合計額、還付をした、又は還付をすべき所得税の額の合計額、同項第二号に掲げる金額及び超過額に相当する金額並びに当該超過額のうち第一項の規定により控除した金額の合計額その他必要な事項を記載した明細書を添付して、これを前項の税務署長に提出しなければならない。

第二項の規定による還付金について国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第五十八条第一項に規定する還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、前項の書面が提出された日の翌日以後一月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当する日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日）までの期間とする。

第二項の規定による還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令の規定の適用については、同令第二条第十五号に掲げる還付金とみなす。

新令第二十五条の十七の規定は、施行日以後にされる新法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、施行日前にされた旧法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。

新令第二十五条の二十第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第二十五条の二十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第二十五条の二十二第一項及び第二項の規定は、新法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。

新令第二十六条の二十四第二項第二号の規定は、平成十六年一月一日以後に行う新法第四十一条の十四第一項第二号に規定する有価証券先物取引等に係る同項に規定する差金等決済について適用する。

新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第三項第五号、第六号及び第八号に規定する負担金については、なお従前の例による。

法人の平成十五年一月一日から平成十五年三月三十一日までの間に開始する事業年度（施行日以後に終了する事業年度に限る。）に支出した旧令第二十七条の四第五項第一号に掲げる試験研究に係る同条第六項第一号に掲げる試験研究費の額については、同条第五項（第一号に係る部分に限る。）及び同条第六項（同条第五項第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

新令第二十八条第一項第一号及び第四号の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条の三第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第四十三条の三第一項に規定する特定中核的民間施設について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧法第四十三条の三第一項に規定する特定中核的民間施設については、なお従前の例による。

新令第二十八条の三第五項及び第六項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条の三第二項に規定する保全事業等資産については、なお従前の例による。

法人が施行日前に旧令第二十八条の四第二号から第五号までに掲げる地域又は区域において取得等をした旧法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。

改正法附則第九十六条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十四条の四第二項の規定に基づく旧令第二十八条の七第五項の規定は、なおその効力を有する。

新令第二十八条の十第一項及び第二項第二号の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の七第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の七第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条の十二第五項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の九第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。

新令第二十八条の十四第二項、第八項及び第九項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

改正法附則第九十六条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の三第一項から第十項までの規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第九十六条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第三項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四第七項及び第十二項の規定は、なおその効力を有する。

新令第二十九条の五第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条の二第三項第二号に掲げる建築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条の二第三項第二号に掲げる建築物については、なお従前の例による。

改正法附則第九十六条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第十一項中「法第六十八条の三十五第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百十五条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項」と、「第三十九条の六十四第三項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）附則第三十二条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第三項」とする。

改正法附則第九十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十七条の規定に基づく旧令第三十三条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第十九項中「第三十九条の七十九第十六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）による改正前の租税特別措置法施行令（第二十一項において「旧令」という。）第三十九条の七十九第十六項」と、同条第二十項中「法第六十八条の五十一第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の五十一第一項」と、「法第五十七条第三項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条第三項」と、同条第二十一項中「第三十九条の七十九第十六項」とあるのは「旧令第三十九条の七十九第十六項」とする。

新令第三十九条第十四項の規定は、法人が施行日以後に新法第六十四条第二項に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が施行日前に旧法第六十四条第二項に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の七第五項第五号の規定は、法人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の七第九項及び第十項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十五第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の十五第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十七第一項及び第二項の規定は、新法第六十六条の六第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十六条の六第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。

法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第八号及び第十一号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十二の二第一項及び第三項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第二項の認定の申請については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十三第三項の規定は、法人の附則第一条第八号に定める日以後に終了する事業年度において生じた新法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額について適用し、法人の同日前に終了した事業年度において生じた旧法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十四の二第五項の規定は、法人の附則第一条第八号に定める日以後に終了する事業年度において生じた新法第六十六条の十四第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額について適用し、法人の同日前に終了した事業年度において生じた旧法第六十六条の十四第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十五第一項及び第三項の規定は、医療法人が施行日以後に行う新法第六十七条の二第一項の承認の申請について適用し、医療法人が施行日前に行った旧法第六十七条の二第一項の承認の申請については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十五第五項の規定は、医療法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する証明書の提出について適用する。

新令第三十九条の三十五の八第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の三十五の八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の十第一項及び第二項の規定は、新法第六十八条の三の七第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十八条の三の七第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十九第十項第三号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同号に掲げる費用について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の三十九第一項第三号に掲げる費用については、なお従前の例による。

連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。）が平成十五年一月一日から平成十五年三月三十一日までの間に開始する連結事業年度（施行日以後に終了する連結事業年度に限る。）に支出した旧令第三十九条の三十九第六項に規定する試験研究（旧令第二十七条の四第五項第一号に掲げる試験研究に係る部分に限る。）に係る旧令第三十九条の三十九第七項第一号に掲げる試験研究費の額については、同条第六項及び第七項の規定（旧令第二十七条の四第五項第一号に掲げる試験研究に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。

新令第三十九条の四十六第一項第一号及び第四号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十七第四項及び第五項の規定は、連結親法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の十八第二項に規定する保全事業等資産について適用し、連結親法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十八第二項に規定する保全事業等資産については、なお従前の例による。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に旧令第三十九条の四十八に規定する地域又は区域において取得等をした旧法第六十八条の十九第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。

改正法附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二十一第二項の規定に基づく旧令第三十九条の五十第五項の規定は、なおその効力を有する。

新令第三十九条の五十三第一項及び第二項第二号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十四第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十四第一項の表の第一号及び第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の五十四の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十五第一項に規定する再商品化設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十五第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。

新令第三十九条の五十六の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

改正法附則第百十五条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十二（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十一第一項から第十項までの規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第百十五条第十八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第三項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十三第二項及び第七項の規定は、なおその効力を有する。

新令第三十九条の六十四第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第六十八条の三十五第三項第二号に掲げる建築物について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第六十八条の三十五第三項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。

改正法附則第百十五条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第四項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十六条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第十項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）附則第二十一条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第十項」とする。

改正法附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の五十一の規定に基づく旧令第三十九条の七十九の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第十九項中「第三十三条第十六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十九号）による改正前の租税特別措置法施行令（次項において「旧令」という。）第三十三条第十六項」と、同条第二十項中「第三十三条第十六項」とあるのは「旧令第三十三条第十六項」とする。

新令第三十九条の百六第二項及び第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の平成十八年十二月三十一日前に終了する新法第六十八条の七十一第十一項（新法第六十八条の七十二第三項において準用する場合を含む。）、第六十八条の七十九第十一項、第六十八条の八十三第十二項又は第六十八条の八十五第十二項（以下この項において「特別勘定の益金算入規定」という。）に規定する完全支配関係を有することとなった日の前日を含む連結事業年度においては、法人税法第六十一条の十二第一項各号に規定する五年前の日は平成十四年一月一日として、特別勘定の益金算入規定を適用する。

新令第三十九条の百十五第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の九十第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の百十五第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の九十第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十七第一項及び第二項の規定は、新法第六十八条の九十第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第六十八条の九十第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百二十二の二第一項の規定は、医療法人である連結親法人の施行日以後に終了する連結事業年度に係る同項に規定する証明書の提出について適用する。

改正法附則第百二十三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条の三の規定に基づく旧令第四十条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「法第七十条の三第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百二十三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第七十条の三第一項」と、同条第二項中「法第七十条の三第一項」とあるのは「旧法第七十条の三第一項」と、「建物登記簿に記載された当該家屋の不動産登記法施行令第七条に定める」とあるのは「登記簿に記録された当該家屋の」と、同条第三項中「法第七十条の三第二項第二号」とあるのは「旧法第七十条の三第二項第二号」と、「法第三十五条第一項の規定の」とあるのは「租税特別措置法（以下「法」という。）第三十五条第一項の規定の」と、「法第七十条の三第二項第四号ロ」とあるのは「旧法第七十条の三第二項第四号ロ」と、同条第四項及び第五項中「法第七十条の三第二項第四号ロ」とあるのは「旧法第七十条の三第二項第四号ロ」と、同条第六項中「法第七十条の三第三項」とあるのは「旧法第七十条の三第三項」と、同条第七項中「法第七十条の三第五項」とあるのは「旧法第七十条の三第五項」と、同条第八項中「法第七十条の三第六項」とあるのは「旧法第七十条の三第六項」と、同条第九項中「法第七十条の三第六項第一号」とあるのは「旧法第七十条の三第六項第一号」と、同条第十項中「法第七十条の三第六項第三号」とあるのは「旧法第七十条の三第六項第三号」と、「法第七十条の三第六項に」とあるのは「旧法第七十条の三第六項に」と、同条第十一項中「法第七十条の三第二項」とあるのは「旧法第七十条の三第二項」と、同条第十二項中「法第七十条の三第三項」とあるのは「旧法第七十条の三第三項」とする。

新令第四十条の十第一項の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る相続税の延納について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税の延納については、なお従前の例による。

改正法附則第百二十四条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第八十一条の規定に基づく旧令第四十二条の十一の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「法第八十一条」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百二十四条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第八十一条」と、同条第二項中「法第八十一条」とあるのは「旧法第八十一条」とする。

改正法附則第百三十一条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。 申告者の住所又は居所及び氏名又は名称 貯蔵場所（たばこ税法（昭和五十九年法律第七十二号）第二十七条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。以下この条において同じ。）の所在地及び名称

たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。

改正法附則第百三十一条第六項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下この条において同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出し、改正法附則第百三十一条第六項の承認を受けて廃棄しなければならない。

前項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百三十一条第六項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。

改正法附則第百三十一条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第六項の税関長に提出しなければならない。 申請者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量 当該製造たばこにつき改正法附則第百三十一条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称） 当該製造たばこの輸出又は廃棄に係る販売場の所在地及び名称 その他参考となるべき事項

前項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百三十一条第六項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。

改正法附則第百三十一条第七項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で当該製造たばこにつき同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたものを添付し、これを同条第七項の税務署長に提出しなければならない。 申請者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造場の所在地及び名称 当該製造たばこを当該製造場に戻し又は移送した者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量 当該製造たばこにつき改正法附則第百三十一条第一項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称 その他参考となるべき事項

第六項の規定は、前項の場合について準用する。

改正法附則第百三十一条第七項第一号に規定する政令で定めるものは、同項に規定する製造たばこ製造者がその製造場から移出した製造たばこのうち同条第一項の規定によりたばこ税を課された、又は課されるべきものでたばこ税法施行令第九条第一項各号に掲げる製造たばこに該当するものとする。

前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第二十一条の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。