租税特別措置法施行令 附　則 （平成一六年三月三一日政令第一〇五号）

この政令は、平成十六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第三条の三第二項の改正規定、第七条の二第六項第二号の改正規定、第二十二条の七第一項の改正規定、第二十二条の八第一項の改正規定、同条第二項の改正規定、同条第十二項の改正規定（「都市基盤整備公団」を「独立行政法人都市再生機構」に改める部分に限る。）、同条第二十八項の改正規定（「都市基盤整備公団」を「独立行政法人都市再生機構」に改める部分に限る。）、第二十五条第十二項第三号の改正規定（「都市基盤整備公団、地域振興整備公団」を「独立行政法人都市再生機構」に改める部分に限る。）、第二十五条の十五第三項の改正規定、第二十六条第七項第四号の改正規定、同条第十項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同条第十二項の改正規定、同条第十五項第三号及び第十七項第二号の改正規定、第二十六条の七第十二項第二号及び第三号の改正規定、第二十六条の十五第二項の改正規定、第二十七条の三の改正規定、第二十九条の五第五項第二号の改正規定、第三十三条の六第二項第二号の改正規定、第三十九条の四第二項の改正規定、第三十九条の五第二項の改正規定、同条第三項の改正規定、同条第十三項の改正規定（「都市基盤整備公団」を「独立行政法人都市再生機構」に改める部分に限る。）、同条第二十九項の改正規定（「都市基盤整備公団」を「独立行政法人都市再生機構」に改める部分に限る。）、第三十九条の七第五項第三号の改正規定（「都市基盤整備公団、地域振興整備公団」を「独立行政法人都市再生機構」に改める部分に限る。）並びに第三十九条の六十四第五項第二号の改正規定並びに附則第十五条の規定 平成十六年七月一日 第五条の九の改正規定、第二十八条の改正規定（同条第八項中「百三十トン」を「百四十トン」に、「以下この項において同じ。）とし、同号の下欄に規定する政令で定めるものは、最大離陸重量が百四十トン以上の航空機とする」を「）とする」に改める部分を除く。）及び第三十九条の四十六の改正規定（同条第八項中「百三十トン」を「百四十トン」に、「以下この項において同じ。）とし、同号の下欄に規定する政令で定めるものは、最大離陸重量が百四十トン以上の航空機とする」を「）とする」に改める部分を除く。） 平成十六年十一月一日 第六条の五第一項の改正規定（「、離島振興対策実施地域」の下に「若しくはこれに類する地区」を加える部分、「平成十六年三月三十一日」を「平成十八年三月三十一日」に改める部分及び「法第十二条第一項の表の第四号の第一欄に掲げる離島振興対策実施地域として指定された地区において同号」を「次に掲げる地区において法第十二条第一項の表の第三号」に、「離島振興法（昭和二十八年法律第七十二号）第二条第二項の規定による公示の日（その日が平成五年四月一日前である場合には、同日）から十二年間」を「次に掲げる地区の区分に応じそれぞれ次に定める期間」に改め、同項第四号に次のように加える部分を除く。）、同条第二項の改正規定、同条第三項及び第四項を削る改正規定、同条第五項から第七項までの改正規定、同条第八項の改正規定（「又は第六項に規定する奄美群島のうち同項の規定により指定された地区」を削る部分を除く。）、同条第九項の改正規定（「又は第六項に規定する奄美群島のうち同項の規定により指定された地区」を削る部分及び「離島振興対策実施地域として指定された地区のうち同項の規定により指定された」を削る部分を除く。）、同条第十項を同条第八項とする改正規定、同条第十一項から第十五項までの改正規定、第二十六条の二十八を第二十六条の二十九とする改正規定、第二十六条の二十七を第二十六条の二十八とする改正規定、第二十六条の二十六の次に一条を加える改正規定、第二十八条の十四第一項の改正規定（「、離島振興対策実施地域」の下に「若しくはこれに類する地区」を加える部分、「平成十六年三月三十一日」を「平成十八年三月三十一日」に改める部分及び「法第四十五条第一項の表の第四号の第一欄に掲げる離島振興対策実施地域として指定された地区において同号」を「次に掲げる地区において法第四十五条第一項の表の第三号」に、「離島振興法第二条第二項の規定による公示の日（その日が平成五年四月一日前である場合には、同日）から十二年間」を「次に掲げる地区の区分に応じそれぞれ次に定める期間」に改め、同項第四号に次のように加える部分を除く。）、同条第二項の改正規定、同条第三項及び第四項を削る改正規定、同条第五項から第七項までの改正規定、同条第八項の改正規定（「又は第六項に規定する奄美群島のうち同項の規定により指定された地区」を削る部分を除く。）、同条第九項の改正規定（「又は第六項に規定する奄美群島のうち同項の規定により指定された地区」を削る部分及び「離島振興対策実施地域として指定された地区のうち同項の規定により指定された」を削る部分を除く。）、同条第十項を同条第八項とする改正規定、同条第十一項から第十五項までの改正規定、第三十九条の五十六の改正規定並びに第五十一条の次に一条を加える改正規定並びに附則第六条第三項、第十条、第十七条、第二十二条第五項及び第三十四条第四項の規定 平成十七年一月一日 第三条の三第一項の改正規定、第二十五条の二十二第一項及び第二項の改正規定、第二十六条の十一の改正規定、第三十九条の十七の改正規定、第三十九条の三十五の三第二項の改正規定、同条第十一項の改正規定（同項の表の第六十二条の三第九項の項中「第六十五条の七から第六十五条の十四まで」を「第六十五条の七から第六十五条の十五まで」に改める部分を除く。）、第三十九条の三十五の三第十三項の改正規定、同条第十四項の改正規定（同項の表の第六十三条第四項の項中「第六十五条の七から第六十五条の十四まで」を「第六十五条の七から第六十五条の十五まで」に改める部分を除く。）、第三十九条の三十五の三第十九項の改正規定、第三十九条の三十五の四第二項の改正規定、同条第十六項の改正規定、第三十九条の三十五の五の改正規定（同条第七項から第九項までに係る部分を除く。）、第三十九条の三十五の六の改正規定（同条第十六項に係る部分を除く。）、第三十九条の三十五の八の改正規定（同条第二項第三号に係る部分を除く。）、第三十九条の三十五の九から第三十九条の三十五の十三までの改正規定並びに第三十九条の百十七の改正規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日 第七条の二第十項の改正規定及び第二十九条の五第九項の改正規定並びに附則第六条第九項、第二十二条第十一項及び第三十四条第八項の規定 特定都市河川浸水被害対策法（平成十五年法律第七十七号）の施行の日 第十九条第九項第一号の改正規定（「地域振興整備公団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める部分に限る。）、第二十条の二第二項第一号の改正規定（「地域振興整備公団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める部分に限る。）、第二十二条の八第十二項の改正規定（「地域振興整備公団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める部分に限る。）、同条第二十八項の改正規定（「地域振興整備公団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める部分に限る。）、第二十五条第十二項第三号の改正規定（「規定する地方公共団体」の下に「、独立行政法人中小企業基盤整備機構」を加える部分に限る。）、第二十六条第十一項第三号の改正規定、第三十九条の五第十三項の改正規定（「地域振興整備公団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める部分に限る。）、同条第二十九項の改正規定（「地域振興整備公団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める部分に限る。）及び第三十九条の七第五項第三号の改正規定（「規定する地方公共団体」の下に「、独立行政法人中小企業基盤整備機構」を加える部分に限る。）並びに附則第十三条の規定 中小企業金融公庫法及び独立行政法人中小企業基盤整備機構法の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十五号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日 第二十二条の八第十九項第一号ニの改正規定、同項第二号ハの改正規定、同条第二十項第一号イ及び第二号イの改正規定、同条第二十三項第二号の改正規定、第二十八条の十第五項第一号イの改正規定、同号ハの改正規定、同項第二号ロの改正規定、第三十九条の五第二十項第一号ニの改正規定、同項第二号ハの改正規定、同条第二十一項第一号イ及び第二号イの改正規定、同条第二十四項第二号の改正規定、第三十九条の五十三第五項第一号の改正規定並びに同項第三号の改正規定並びに附則第二十二条第三項の規定 中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号）の施行の日

改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成十六年分以後の所得税について適用し、平成十五年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の十九及び第二条の二十第一項（これらの規定を新令第二条の三十一において準用する場合を含む。）の規定は、個人について、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に新令第二条の十九に規定する前の勤務先が当該個人の勤務先に該当しないこととなる場合について適用し、施行日前に改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第二条の十九に規定する前の勤務先が当該個人の勤務先に該当しないこととなった場合については、なお従前の例による。

新令第五条の三第十二項第四号の規定は、個人が施行日以後に支出する同号に規定する負担金について適用し、個人が施行日前に支出した旧令第五条の三第十二項第四号に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第五条の三第十四項第二号の規定は、個人が施行日以後に交付を受ける同号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究について適用し、個人が施行日前に交付を受けた旧令第五条の三第十四項第二号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。

新令第五条の五第二項及び第十項の規定は、個人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号。以下「改正法」という。）第七条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第十条の三第一項第一号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした改正法第七条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第十条の三第一項第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

改正法附則第二十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十一条の五の規定に基づく旧令第五条の十三の規定は、なおその効力を有する。

新令第六条の三第五項の規定は、個人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第十一条の九第一項第二号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧法第十一条の九第一項第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

改正法附則第二十五条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十二条（第一項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項第一号中「三十三年間」とあるのは、「平成二十一年十二月三十一日までの期間」とする。

個人が施行日前に取得等をした旧令第六条の五第六項に規定する奄美群島のうち同項の規定により指定された地区においてソフトウエア業の用に供する同条第九項第一号に定める減価償却資産については、なお従前の例による。

個人が施行日から平成十六年十二月三十一日までの間に取得等をする新法第十二条第一項の表の第四号の第三欄に掲げる減価償却資産に係る新令第六条の五の規定の適用については、同条第一項第四号及び第十項中「第三号」とあるのは、「第四号」とする。

新令第六条の八第三項の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作をする新法第十三条第三項に規定する障害者対応設備等について適用し、個人が施行日前に取得又は製作をした旧法第十三条第三項に規定する障害者対応設備等については、なお従前の例による。

改正法附則第二十五条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の三（第一項第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六条の十の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第二十五条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第七条の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第二十五条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条の二の規定に基づく旧令第七条の二の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第二十五条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十五条の規定に基づく旧令第八条の規定は、なおその効力を有する。

個人が施行日前に支出した旧令第十八条の三第三項第五号に掲げる業務に係る基金に充てるための旧法第二十八条第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第十八条の三第三項第十号の規定は、個人が施行日以後に支出する新法第二十八条第一項に規定する負担金について適用し、個人が施行日前に支出した旧令第十八条の三第三項第十一号に掲げる業務に係る基金に充てるための旧法第二十八条第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。

個人が施行日前に行った旧令第二十条の二第一項第三号に掲げる土地等の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十条の二第二項第五号の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条第十九項第二号及び第二十項第二号の規定は、施行日以後に行われる新法第三十三条第三項第二号の取壊し又は除去について適用し、施行日前に行われた旧法第三十三条第三項第二号の取壊し又は除去については、なお従前の例による。

新令第二十四条の二第一項の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十六条の二第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十六条の二第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十第一項の規定は、個人が平成十六年一月一日以後に行う新法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十第三項の規定は、施行日以後に行われる同項に規定する法人の資本若しくは出資の減少による払戻し又は解散による残余財産の分配（以下この項において「払戻し等」という。）について適用し、施行日前に行われた払戻し等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の五の規定は、施行日以後に同条第一項に規定する出国をする場合について適用する。

新令第二十五条の十二の三第三項の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十七条の十三の三第一項に規定する特定中小会社の特定株式の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十七条の十三の三第一項に規定する特定中小会社の特定株式の譲渡については、なお従前の例による。

中小企業金融公庫法及び独立行政法人中小企業基盤整備機構法の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十五号）附則第三条第一項の規定による解散前の地域振興整備公団との間で附則第一条第六号に定める日前に締結された旧令第二十六条第十一項第三号に規定する契約は、独立行政法人都市再生機構との間で締結されたものとみなして、新法第四十一条第一項第二号の規定を適用する。

個人が、平成十六年一月一日から同年六月三十日までの間に新法第四十一条の五の二第七項第一号に規定する家屋又は土地若しくは土地の上に存する権利で同号に規定する譲渡資産に該当するものの譲渡をした場合における新令第二十六条の七の二第九項の規定の適用については、同項第二号及び第三号中「独立行政法人都市再生機構」とあるのは、「都市基盤整備公団」とする。

独立行政法人都市再生機構法（平成十五年法律第百号）附則第四条第一項の規定による解散前の都市基盤整備公団が平成十六年七月一日前に同法附則第十八条の規定による廃止前の都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）第五十五条第二項の規定により発行した債券に係る旧法第四十一条の十二第七項に規定する割引債については、なお従前の例による。

新令第二十六条の十六の規定は、施行日以後に発行される新法第四十一条の十二第九項に規定する短期公社債について適用し、施行日前に発行された旧法第四十一条の十二第九項に規定する短期公社債については、なお従前の例による。

新令第二十六条の二十七第一項の規定により読み替えて適用される所得税法施行令第三百十九条の九の規定は、平成十七年一月一日以後に支払を受けるべき所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二百三条の六に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払を受けるべき当該公的年金等については、なお従前の例による。

新法第四十二条の二第一項の規定は、同項に規定する外国金融機関等が施行日以後に開始する同項に規定する債券現先取引につき支払を受ける同項に規定する利子について適用し、旧法第四十二条の二第一項に規定する外国金融機関等が施行日前に開始した同項に規定する債券現先取引につき支払を受ける同項に規定する利子については、なお従前の例による。

新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第二十七条の四第九項第四号の規定は、法人が施行日以後に支出する同号に規定する負担金について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第九項第四号に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第二十七条の四第十一項第二号の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける同号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究について適用し、法人が施行日前に交付を受けた旧令第二十七条の四第十一項第二号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。

新令第二十七条の六第二項及び第八項の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の六第一項第一号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の六第一項第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条第九項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第四号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第四号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

改正法附則第四十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十四条の五の規定に基づく旧令第二十八条の八の規定は、なおその効力を有する。

新令第二十八条の十第五項第二号ロの規定は、附則第一条第七号に定める日以後に同項第二号ロの資金の貸付けを受けて、同号ロに規定する中小小売商業高度化事業を行う法人が取得等をする新法第四十四条の七第一項の表の第五号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、同日前に旧令第二十八条の十第五項第二号ロの資金の貸付けを受けて、同号ロに規定する中小小売商業高度化事業を行った法人が取得等をした旧法第四十四条の七第一項の表の第五号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条の十二第五項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条の九第一項第二号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条の九第一項第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

改正法附則第四十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十五条（第一項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十八条の十四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項第一号中「三十三年間」とあるのは、「平成二十一年十二月三十一日までの期間」とする。

法人が施行日前に取得等をした旧令第二十八条の十四第六項に規定する奄美群島のうち同項の規定により指定された地区においてソフトウエア業の用に供する同条第九項第一号に定める減価償却資産については、なお従前の例による。

法人が施行日から平成十六年十二月三十一日までの間に取得等をする新法第四十五条第一項の表の第四号の第三欄に掲げる減価償却資産に係る新令第二十八条の十三の規定の適用については、同条第一項第四号及び第十項中「第三号」とあるのは、「第四号」とする。

新令第二十九条の二第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第四十六条の二第二項に規定する障害者対応設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第四十六条の二第二項に規定する障害者対応設備等については、なお従前の例による。

改正法附則第四十条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の三の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第四十条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第十二項中「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十九条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法（第十四項において「旧効力措置法」という。）第六十八条の三十四第一項」と、「第三十九条の六十三第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）附則第三十四条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令（第十四項において「旧効力措置法施行令」という。）第三十九条の六十三第六項」と、同条第十四項中「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「旧効力措置法第六十八条の三十四第一項」と、「第三十九条の六十三第八項」とあるのは「旧効力措置法施行令第三十九条の六十三第八項」とする。

改正法附則第四十条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第十二項中「法第六十八条の三十五第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十九条第十四項の規定により読み替えて適用される租税特別措置法第六十八条の三十五第一項」と、「第三十九条の六十四第七項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）附則第三十四条第八項の規定により読み替えて適用される租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第七項」とする。

改正法附則第四十条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条の規定に基づく旧令第二十九条の六の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第四項中「法第六十八条の三十六第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十九条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十六第一項」と、「第三十九条の六十五第三項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）附則第三十四条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第三項」とする。

新令第三十九条第十六項第二号及び第十七項第二号の規定は、施行日以後に行われる新法第六十四条第二項第二号の取壊し又は除去について適用し、施行日前に行われた旧法第六十四条第二項第二号の取壊し又は除去については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十三第十七項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十五第二項第三号の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の十五第二項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十六条の六第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第五号に掲げる業務に係る基金に充てるための旧法第六十六条の十一第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十二第二項第十二号の規定は、法人が施行日以後に支出する新法第六十六条の十一第一項に規定する負担金について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第十三号に掲げる業務に係る基金に充てるための旧法第六十六条の十一第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。

改正法附則第四十四条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十六条の十二の規定に基づく旧令第三十九条の二十三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第四十四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十六条の十三の規定に基づく旧令第三十九条の二十四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第三十九条の三十二の三第七項の規定は、新法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の五の規定は、特定信託（法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下この条及び次条において同じ。）の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間（同法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この条及び次条において同じ。）分の法人税について適用し、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の六第十六項の規定は、特定信託の受託者である法人の施行日以後に終了する計算期間分の法人税について適用し、特定信託の受託者である法人の施行日前に終了した計算期間分の法人税については、なお従前の例による。

特定信託の受託者である法人の施行日から附則第一条第四号に定める日までの間に終了する計算期間の新令第三十九条の三十五の六第十六項の規定の適用については、同項中「受託者である法人」とあるのは、「受託者である内国法人」とする。

新令第三十九条の三十五の八第二項第三号の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の三十五の八第二項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の三の七第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十九第十項（新令第二十七条の四第九項第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同号に規定する負担金について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第九項第四号に規定する負担金については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十九第十五項（新令第二十七条の四第十一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に交付を受ける同号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に交付を受けた旧令第二十七条の四第十一項第二号に規定する助成金に係る同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十一第一項及び第六項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第六十八条の十一第一項に規定する特定機械装置等及び同条第三項に規定する減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第六十八条の十一第一項に規定する特定機械装置等及び同条第三項に規定する減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十六第九項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項の表の第四号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第四号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

改正法附則第四十九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二十二の規定に基づく旧令第三十九条の五十一の規定は、なおその効力を有する。

新令第三十九条の五十五の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第六十八条の二十六第一項に規定する再商品化設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第六十八条の二十五第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧法第四十五条第一項の表の第一号に規定する実施計画（平成十六年十二月三十一日までに定められたものに限る。）の定められた日から平成二十一年十二月三十一日までの間に取得等をする同項に規定する工業用機械等に係る新令第三十九条の五十六の規定の適用については、同条中「、千万円」とあるのは、「千万円とし、所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号。以下この条において「平成十六年改正法」という。）附則第四十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成十六年改正法第七条の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条第一項の表の第一号の第一欄に掲げる地区において事業の用に供する設備について平成十六年改正法附則第四十九条第八項の規定により読み替えて適用される法第六十八条の二十七第一項の規定の適用を受ける場合にあつては二千八百万円とする。」とする。

新令第三十九条の六十第三項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第六十八条の三十一第二項に規定する障害者対応設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第六十八条の三十一第二項に規定する障害者対応設備等については、なお従前の例による。

改正法附則第四十九条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十二（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十一の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第四十九条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第七項中「法第四十七条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法（第九項において「旧効力措置法」という。）第四十七条第一項」と、「第二十九条の四第十一項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）附則第二十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令（第九項において「旧効力措置法施行令」という。）第二十九条の四第十一項」と、同条第九項中「法第四十七条第一項」とあるのは「旧効力措置法第四十七条第一項」と、「第二十九条の四第十三項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十九条の四第十三項」とする。

改正法附則第四十九条第十四項の規定により読み替えて適用される新法第六十八条の三十五の規定に基づく新令第三十九条の六十四の規定の適用については、同条第八項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第十一項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）附則第二十二条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の五第十一項」とする。

改正法附則第四十九条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十六の規定に基づく旧令第三十九条の六十五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第四項中「法第四十八条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法第四十八条第一項」と、「第二十九条の六第三項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百五号）附則第二十二条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の六第三項」とする。

新令第三十九条の百十三第十五項の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十五第二項第三号の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第六十八条の九十第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第三十九条の百十五第二項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第六十八条の九十第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

新令第四十条の三第一項第一号の二から第三号までの規定は、相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得した財産の施行日以後の贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この条において同じ。）について適用し、相続又は遺贈により取得した財産の施行日前の贈与については、なお従前の例による。

相続又は遺贈により取得した財産を民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条の規定により設立された法人で施行日の前日において旧令第四十条の三第一項第二号ヘに掲げるものに該当するものに対し施行日から二年以内の期間で財務省令で定める期間内に贈与をする場合には、同号の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第五十七条第二項及び第三項の規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令（昭和四十七年政令第五十七号）第五条の規定の適用については、同条第一号及び第二号中「数量」とあるのは、「税率の異なるごとに区分した数量」とする。

改正法附則第五十七条第二項及び第三項の規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令第九条の規定の適用については、同条第二号及び第三号中「航空機燃料の数量」とあるのは、「航空機燃料の税率の異なるごとに、その数量」とする。

前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第十条第十四項の規定は、平成十五年一月一日以後に租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第二項に規定する旧法の規定による農地等の贈与者が死亡する場合における当該死亡による相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）に係る相続税について適用し、同日前に当該旧法の規定による農地等の贈与者が死亡した場合における当該死亡による相続又は遺贈に係る相続税については、なお従前の例による。

居住者が、租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十八条第三項に規定する特例適用住宅借入金等の金額（以下この条において「特例適用住宅借入金等の金額」という。）及び同項に規定する他の住宅借入金等（以下この条において「他の住宅借入金等」という。）の金額を有する場合における前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第十条第四項の規定の適用については、その適用を受けようとする同法附則第十八条第二項に規定する特例適用年（以下この条において「特例適用年」という。）が平成十六年である同項の住宅借入金等特別税額控除額について適用し、特例適用住宅借入金等の金額及び他の住宅借入金等の金額を有する場合における特例適用年が平成十五年以前の各年に係る同項の住宅借入金等特別税額控除額については、なお従前の例による。

前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第十四条の三の規定は、施行日以後に同条第一項に規定する特例上場株式等の保管の委託をする場合について適用し、施行日前に前条の規定による改正前の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第十四条の三第一項に規定する特例上場株式等の保管の委託をした場合については、なお従前の例による。