租税特別措置法施行令 附　則 （平成一八年三月三一日政令第一三五号）

この政令は、平成十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第四十五条の二第一項第三号イの改正規定、第四十六条の六第三項の改正規定及び第四十六条の七第一項の改正規定（「三年」を「五年」に改める部分を除く。） 平成十八年五月一日 第五条の十四第二項を削る改正規定、同条第三項を同条第二項とする改正規定、同条第四項を同条第三項とする改正規定、第二十八条の九第二項を削る改正規定、同条第三項を同条第二項とする改正規定、同条第四項を同条第三項とする改正規定、同条第五項を同条第四項とする改正規定、同条第六項の改正規定（「第四項」を「第三項」に改める部分及び同項を同条第五項とする部分に限る。）、第三十九条の五十二第二項を削る改正規定、同条第三項を同条第二項とする改正規定、同条第四項を同条第三項とする改正規定、同条第五項を同条第四項とする改正規定及び同条第六項の改正規定 平成十八年六月一日 附則第四十八条、第五十三条及び第五十六条の規定 平成十八年七月一日 第六条の八第四項第一号の改正規定、第二十五条の十の二第十三項の改正規定（「株式交換等により取得をした同号の特定親会社の株式」を「株式交換により取得をした同号の株式交換完全親法人の株式（上場株式等に該当するものに限る。）若しくは同号に規定する株式移転により取得をした同号の株式移転完全親法人の株式」に改める部分及び「当該特定親会社の株式の取得の基因となつた同号の特定子会社株式」を「当該株式交換完全親法人の株式若しくは当該株式移転完全親法人の株式の取得の基因となつた同号の特定口座内保管上場株式等」に改める部分に限る。）、同条第十四項第八号の改正規定（同号を同項第九号とする部分を除く。）、第二十五条の十の五第三項第四号の改正規定（「株式交換等により同号に規定する特定親会社から新株の割当てを受けることにより取得する当該特定親会社の株式で、当該」を「株式交換により取得する同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は同号に規定する株式移転により取得する同号に規定する株式移転完全親法人の株式で、これらの」に改める部分に限る。）、第二十五条の十三の改正規定、第二十五条の十三の二第一項の改正規定、同条第二項の改正規定（同項第二号に係る部分及び同項第三号に係る部分を除く。）、同条第三項の改正規定（「第三十七条の十四の二第一項」を「第三十七条の十四第一項」に改める部分に限る。）、同条第四項の改正規定（同項第一号中「第十三項」を「第十四項」に改める部分を除く。）、同条第五項第四号の改正規定（同号を同項第五号とする部分を除く。）、同条第六項の改正規定（「同条第三項各号」を「同条第三項」に改める部分を除く。）、同条第七項の改正規定、同条第八項の改正規定（同項の表以外の部分中「第三十七条の十四の二第一項」を「第三十七条の十四第一項」に改める部分及び「同項の上場株式等」を「法第三十七条の十四第一項の上場株式等」に改める部分に限る。）、同条第九項の改正規定（「第三十七条の十四の二第一項各号」を「第三十七条の十四第一項各号」に改める部分に限る。）、同条第十項の改正規定、同条第十一項の改正規定、同条第十四項の改正規定（同項を同条第十五項とする部分を除く。）、同条第十三項の改正規定（同項を同条第十四項とする部分を除く。）、同条第十二項の改正規定（同項を同条第十三項とする部分を除く。）、第二十九条の二第六項第一号の改正規定、第三十六条第五項の改正規定、第三十八条の四第五項の改正規定（同項を同条第四項とする部分を除く。）、同条第六項第二号の改正規定（「第百十九条の三第四項」を「第百十九条の三第五項」に改める部分に限る。）、第三十九条の改正規定、第三十九条の三第六項の改正規定、第三十九条の七第五十三項の次に一項を加える改正規定、同条第三十四項の改正規定（同項を同条第三十五項とする部分を除く。）、同条第三十三項の改正規定（同項を同条第三十四項とする部分を除く。）、同条第二十七項の改正規定（「第六十五条の八第十四項」を「第六十五条の八第十五項」に改める部分に限る。）、同条第二十四項の改正規定（同項を同条第二十五項とする部分を除く。）、第三十九条の九に一項を加える改正規定、第三十九条の九の二に一項を加える改正規定、第三十九条の二十九を削る改正規定、第三十九条の二十八の二を第三十九条の二十九とする改正規定、第三十九条の三十を削り、第三十九条の三十の二を第三十九条の三十とする改正規定、第三十九条の三十一第六項の改正規定（「第三十九条の百二十五の二第三項」を「第三十九条の百二十五第三項」に改める部分に限る。）、第三十九条の三十五の三第十一項の表第六十二条の三第九項の項の改正規定（「第六十五条の十五」を「第六十六条」に改める部分を除く。）、同条第十四項の表第六十三条第四項の項の改正規定（「、第六十五条の七から第六十五条の十五まで若しくは第六十六条」を「若しくは第六十五条の七から第六十六条まで」に改める部分を除く。）、第三十九条の九十第六項の改正規定、第三十九条の九十七第三項の改正規定、同条第四項第二号の改正規定（「第百十九条の三第四項」を「第百十九条の三第五項」に改める部分に限る。）、第三十九条の九十九の改正規定、第三十九条の百一第五項の改正規定、第三十九条の百六第四十四項の改正規定（同項を同条第四十六項とする部分を除く。）、同条第四十二項の次に一項を加える改正規定、同条第二十四項の改正規定（同項を同条第二十五項とする部分を除く。）、同条第二十三項の改正規定（同項を同条第二十四項とする部分を除く。）、同条第十七項の改正規定（「第六十八条の七十九第十五項」を「第六十八条の七十九第十六項」に改める部分に限る。）、同条第十四項の改正規定（同項を同条第十五項とする部分を除く。）、第三十九条の百八の改正規定、第三十九条の百九の改正規定、第三十九条の百二十四の二の改正規定、第三十九条の百二十四の三及び第三十九条の百二十五を削る改正規定並びに第三十九条の百二十五の二を第三十九条の百二十五とする改正規定並びに附則第十三条第二項、第十四条第六項、第十五条第四項並びに第二十一条第二項及び第三項の規定 平成十八年十月一日 第十七条第八項及び第九項を削る改正規定、第十九条第二十六項及び第二十七項を削る改正規定、第二十五条の八第八項の表の改正規定、同条第九項の表の改正規定、第二十五条の九第十一項の表の改正規定、第二十五条の十の十の改正規定（同条第二項に係る部分を除く。）、第二十五条の十一の二第十二項の表の改正規定並びに第二十五条の十二の二第二十項の表の改正規定 平成十九年一月一日 目次の改正規定（「第二十五条の七の三」を「第二十五条の七の四」に改める部分及び「第三十九条の百九の二」を「第三十九条の百九の三」に改める部分に限る。）、第二十二条第八項の改正規定、第二十四条の四第一項及び第二十四条の五第七項の改正規定、第二章第八節中第二十五条の七の三の次に一条を加える改正規定、第三十九条の十の改正規定、第三十九条の三十五の三第十一項の表第六十二条の三第九項の項の改正規定（「第六十五条の十五」を「第六十六条」に改める部分に限る。）、同条第十四項の表第六十三条第四項の項の改正規定（「、第六十五条の七から第六十五条の十五まで若しくは第六十六条」を「若しくは第六十五条の七から第六十六条まで」に改める部分に限る。）並びに第三章第二十二節中第三十九条の百九の二の次に一条を加える改正規定並びに附則第五十二条の規定 国有財産の効率的な活用を推進するための国有財産法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第三十五号）の施行の日 第二条の九第二項の改正規定、第二条の二十二（見出しを含む。）の改正規定、第四条の三の改正規定、第四条の四第四項を削る改正規定、第四条の五第四項の改正規定、第四条の六の改正規定、第四条の七の改正規定、第四条の八第二項の改正規定、第十九条の三の改正規定（同条第二項に係る部分を除く。）、第二十一条の改正規定（同条第四項第一号イ及びロに係る部分を除く。）、第二十五条の八の改正規定（同条第六項中「第三十七条の十第三項第五号」を「第三十七条の十第三項第四号」に改める部分、同条第八項の表に係る部分及び同条第九項の表に係る部分を除く。）、第二十五条の八の二の改正規定、第二十五条の八の三（見出しを含む。）の改正規定、第二十五条の九の改正規定（同条第十一項の表に係る部分を除く。）、第二十五条の十の改正規定、第二十五条の十の二の改正規定（同条第十三項中「株式交換等により取得をした同号の特定親会社の株式」を「株式交換により取得をした同号の株式交換完全親法人の株式（上場株式等に該当するものに限る。）若しくは同号に規定する株式移転により取得をした同号の株式移転完全親法人の株式」に改める部分及び「当該特定親会社の株式の取得の基因となつた同号の特定子会社株式」を「当該株式交換完全親法人の株式若しくは当該株式移転完全親法人の株式の取得の基因となつた同号の特定口座内保管上場株式等」に改める部分並びに同条第十四項第八号に係る部分（同号を同項第九号とする部分を除く。）を除く。）、第二十五条の十の五の改正規定（同条第三項第四号中「株式交換等により同号に規定する特定親会社から新株の割当てを受けることにより取得する当該特定親会社の株式で、当該」を「株式交換により取得する同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は同号に規定する株式移転により取得する同号に規定する株式移転完全親法人の株式で、これらの」に改める部分を除く。）、第二十五条の十の六（見出しを含む。）の改正規定、第二十五条の十の十一の改正規定、第二十五条の十一の二第十二項の改正規定（同項の表に係る部分を除く。）、第二十五条の十二の改正規定、第二十五条の十二の二の改正規定（同条第二十項中「第二十五条の九第十一項」を「第二十五条の九第十二項」に改める部分、同条第十二項中「ことがある場合」の下に「又は前項に規定する特定無償割当て株式を有することとなつたことがある場合」を、「当該特定分割等株式」の下に「及び特定無償割当て株式」を加える部分及び同条第十一項を同条第十二項とし、同項の次に一項を加える部分（同条第十一項を同条第十二項とする部分を除く。）に限る。）、第二十五条の十三の二第二項第二号の改正規定、同項第三号の改正規定、同条第三項の改正規定（「第三十七条の十四の二第一項」を「第三十七条の十四第一項」に改める部分を除く。）、同条第四項第一号の改正規定（「第十三項」を「第十四項」に改める部分に限る。）、同条第五項の改正規定（同項第四号に係る部分（同号を同項第五号とする部分を除く。）を除く。）、同条第六項の改正規定（「同条第三項各号」を「同条第三項」に改める部分に限る。）、同条第八項の改正規定（同項の表以外の部分中「第三十七条の十四の二第一項」を「第三十七条の十四第一項」に改める部分及び「同項の上場株式等」を「法第三十七条の十四第一項の上場株式等」に改める部分を除く。）、同条第九項の改正規定（「第三十七条の十四の二第一項各号」を「第三十七条の十四第一項各号」に改める部分を除く。）、同条第十四項を同条第十五項とする改正規定、同条第十三項を同条第十四項とする改正規定、同条第十二項を同条第十三項とする改正規定、同条第十一項の次に一項を加える改正規定、第二十五条の十九第二項第一号イ（１）の改正規定、第二十五条の二十第三項の改正規定、同条第四項の改正規定、第二十五条の二十一の改正規定（同条第七項第一号ヘ中「第七十二条の二各号」を「第七十二条の三各号」に改め、同項第二号イからハまでを改める部分及び同条第八項を同条第九項とし、同条第七項の次に一項を加える部分を除く。）、第二十五条の二十三の改正規定、第二十五条の二十五第二項第一号イの改正規定、第二十五条の二十六第二項の改正規定、同条第三項第三号の改正規定、第二十五条の二十七第一項の改正規定、同条第三項第二号イの改正規定、第二十五条の二十八の改正規定、第二十七条の四第十五項第三号の改正規定、同条第十七項第四号及び第五号の改正規定、同条第二十一項第三号の改正規定、同条第二十三項第四号及び第五号の改正規定、第二十七条の六第十項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同条第六項の改正規定（「資本の金額又は出資金額」を「資本金の額又は出資金の額」に改める部分に限る。）、第二十七条の七第九項の改正規定（「資本又は出資の金額」を「資本金の額又は出資金の額」に改める部分に限る。）、同条第十三項の改正規定、第二十七条の十第五項の改正規定、第二十七条の十二第五項第三号並びに第七項第四号及び第五号の改正規定、第二十八条の三第一項の改正規定、第三十二条の二の改正規定（同条第二項に係る部分を除く。）、第三十三条第四項第三号の改正規定、第三十四条の改正規定、第三十七条第二項第三号の改正規定、同条第六項の改正規定、第三十七条の四（見出しを含む。）の改正規定、第三十八条の四の改正規定（同条第二項第一号イ中「第四条」を「第四条第一項及び第二項」に改める部分、同項第二号イ中「法人税法施行令第百五十六条の三第一項」を「第三十九条の三十五の三第五項」に、「同令」を「法人税法施行令」に改める部分、同条第五項中「又は第六十一条の十二第一項」を「若しくは第六十一条の十二第一項又は第六十二条の九第一項」に改める部分、同条第六項第二号に係る部分、同条第十三項第五号に係る部分及び同条第二十一項中「第十四号」を「第十二号」に改める部分を除く。）、第三十八条の五の改正規定、第三十九条の五第十八項の改正規定、同条第二十一項第一号イ（１）の改正規定、同号イ（３）の改正規定、同項第四号イの改正規定、同条第二十四項第一号の改正規定、第三十九条の十四第二項第一号イ（１）の改正規定、第三十九条の十五第二項第二号の改正規定、同項第七号の改正規定、同条第三項の改正規定、同条第四項の改正規定、第三十九条の十六の改正規定（同条第六項第一号ヘ中「第七十二条の二各号」を「第七十二条の三各号」に改め、同項第二号イからハまでを改める部分及び同条第七項を同条第八項とし、同条第六項の次に一項を加える部分を除く。）、第三十九条の十八第一項の改正規定、第三十九条の十九の改正規定、第三十九条の二十の二第二項第一号イの改正規定、第三十九条の二十の三第二項の改正規定、同条第三項第三号の改正規定、同項第四号の改正規定（「利益の配当又は剰余金の分配」を「剰余金の配当等」に改める部分に限る。）、第三十九条の二十の四第一項の改正規定、同条第二項の改正規定、同条第三項の改正規定、第三十九条の二十の五第一項の改正規定、第三十九条の二十の六の改正規定、第三十九条の二十六第二項第四号の改正規定、第三十九条の三十二第三項の改正規定（「第三十九条の百二十五の三第二項」を「第三十九条の百二十六第二項」に改める部分に限る。）、第三十九条の三十二の二の改正規定（同条第八項に係る部分を除く。）、第三十九条の三十二の三の改正規定（同条第八項に係る部分を除く。）、第三十九条の三十五の二の改正規定、第三十九条の三十五の三第一項の改正規定、同条第三項の改正規定、同条第六項の改正規定、同条第七項の改正規定、同条第十二項の改正規定、同条第十六項の改正規定、同条第十七項の改正規定、第三十九条の三十五の四の改正規定、第三十九条の三十五の五第四項第一号の改正規定、第三十九条の三十五の七第二項第一号イ（１）の改正規定、第三十九条の三十五の八第二項第二号の改正規定、同項第七号の改正規定、同条第三項の改正規定、同条第四項の改正規定、同条第五項の改正規定、第三十九条の三十五の九の改正規定、第三十九条の三十五の十第二項第二号の改正規定、第三十九条の三十五の十一第一項の改正規定、第三十九条の三十五の十二の改正規定、第三十九条の三十五の十四第二項第一号イの改正規定、第三十九条の三十五の十五第二項の改正規定、同条第三項の改正規定、第三十九条の三十五の十六の改正規定、第三十九条の三十五の十七第一項の改正規定、第三十九条の三十五の十八の改正規定、第三十九条の三十九第十九項第三号の改正規定、同条第二十一項第四号及び第五号の改正規定、同条第二十七項の改正規定（「（資本又は出資の金額」を「（資本金の額又は出資金の額」に改める部分及び同項第一号に係る部分に限る。）、同条第三十項第三号の改正規定、同条第三十二項第四号及び第五号の改正規定、第三十九条の四十一第三項の改正規定（「資本の金額又は出資金額」を「資本金の額又は出資金の額」に改める部分に限る。）、同条第十項の改正規定、第三十九条の四十二第九項の改正規定（「資本又は出資の金額」を「資本金の額又は出資金の額」に改める部分に限る。）、同条第十六項の改正規定、第三十九条の四十四第八項の改正規定、第三十九条の四十五の二第四項第三号並びに第六項第四号及び第五号の改正規定、第三十九条の四十七第一項の改正規定、第三十九条の七十二の改正規定、第三十九条の七十八第三項第三号の改正規定、第三十九条の八十八の改正規定、第三十九条の九十三の見出しの改正規定、第三十九条の九十五の改正規定、第三十九条の九十七第一項第一号の改正規定（同号イ中「第四条」を「第四条第一項及び第二項」に改める部分を除く。）、同項第二号イの改正規定（「第百六十五条第一項第三号ロ」を「第二百二十六条第一項第三号ロ」に改める部分に限る。）、同条第二項第三号を削る改正規定、同条第四項第三号を削る改正規定、同条第五項第一号イ（１）及び（２）並びにロ（１）の改正規定、同条第九項の改正規定、同条第十二項の改正規定、第三十九条の九十八の改正規定、第三十九条の百十四第二項第一号イ（１）の改正規定、第三十九条の百十五第二項第二号の改正規定、同項第七号の改正規定、同条第三項の改正規定、同条第四項の改正規定、第三十九条の百十六の改正規定、第三十九条の百十八第一項の改正規定、第三十九条の百十九の改正規定、第三十九条の百二十の二第二項第一号イの改正規定、第三十九条の百二十の三第二項の改正規定、同条第三項第三号の改正規定、同項第四号の改正規定（「利益の配当又は剰余金の分配」を「剰余金の配当等」に改める部分に限る。）、第三十九条の百二十の四の改正規定、第三十九条の百二十の五第一項の改正規定、第三十九条の百二十の六の改正規定、第三十九条の百二十六を削る改正規定、第三十九条の百二十五の三を第三十九条の百二十六とする改正規定、第四十条の二の改正規定、第四十条の二の二の改正規定、第四十条の十の改正規定、第四十二条の十の改正規定（「第八十条の二第三項」を「第八十条第三項」に改める部分を除く。）、第五十三条の改正規定並びに第五十五条第一項の改正規定並びに附則第三条、第四条第一項から第三項まで、第九条、第十一条、第十二条、第十三条第一項及び第三項、第十四条第一項から第五項まで及び第七項から第九項まで、第十五条第一項から第三項まで及び第五項、第十七条から第二十条まで、第二十一条第一項、第四項及び第五項、第二十五条、第二十六条第二項、第三十三条、第三十四条第一項及び第二項、第三十五条、第三十八条、第三十九条第二項、第四十五条、第四十六条、第四十九条から第五十一条まで、第五十四条並びに第五十七条の規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日 第五条の十第四項第二号の改正規定、同号を同項第三号とする改正規定、同項第一号の次に一号を加える改正規定、第二十八条第四項第二号の改正規定、同号を同項第三号とする改正規定、同項第一号の次に一号を加える改正規定、第三十九条の四十六第四項第二号の改正規定、同号を同項第三号とする改正規定及び同項第一号の次に一号を加える改正規定並びに附則第七条第二項、第二十八条第二項及び第四十一条第二項の規定 石綿による健康等に係る被害の防止のための大気汚染防止法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第五号）附則第一条第二号に定める日 第七条の改正規定、第二十条の二第二項第五号の改正規定、第二十二条第七項の改正規定、第二十二条の八第十四項の改正規定、同条第十九項第三号ロの改正規定、同条第二十項第三号の改正規定（同号中「前項第三号」を「前項第二号」に、「第三十四条の二第二項第十二号ハ」を「第三十四条の二第二項第十二号ロ」に改める部分、同号イ中「第一号イ（１）」を「前号イ（１）」に改める部分、同号ロ中「第一号ロ（１）」を「前号ロ（１）」に改める部分及び同号を同項第二号とする部分を除く。）、同条第二十五項の次に一項を加える改正規定、同条第二十七項の改正規定、第二十五条第十二項の改正規定（「農業と」の下に「、第八号に掲げる区域内にある資産にあつては中心市街地の活性化に関する法律第十二条第一項に規定する認定基本計画に記載された施設において営むこととされている事業と」を加える部分及び同項に一号を加える部分に限る。）、第二十五条の四第三項第三号の改正規定、第二十五条の七の二第一項第一号の改正規定、第二十九条の四の改正規定、第三十八条の四第十三項第五号の改正規定、第三十九条の五第十五項の改正規定、同条第二十項第三号ロの改正規定、同条第二十一項第三号の改正規定（「前項第三号」を「前項第二号」に、「第六十五条の四第一項第十二号ハ」を「第六十五条の四第一項第十二号ロ」に改める部分、同号イ中「第一号イ（１）」を「前号イ（１）」に改める部分、同号ロ中「第一号ロ（１）」を「前号ロ（１）」に改める部分及び同号を同項第二号とする部分を除く。）、同条第二十六項の次に一項を加える改正規定、同条第二十八項の改正規定、第三十九条の七第五項の改正規定（「農業と」の下に「、第八号に掲げる区域内にある資産にあつては中心市街地の活性化に関する法律第十二条第一項に規定する認定基本計画に記載された施設において営むこととされている事業と」を加える部分及び同項に一号を加える部分に限る。）、同条第十項第三号の改正規定、第三十九条の九の二第一項第一号の改正規定及び第三十九条の六十三の改正規定並びに附則第七条第七項、第十条第一項、第二項、第五項、第七項及び第八項、第二十八条第八項、第三十条第三項、第四項及び第六項、第四十一条第五項並びに第四十三条第一項の規定 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第五十四号）の施行の日 第四十条の三第一項第三号の改正規定及び同条第二項の改正規定 総合法律支援法（平成十六年法律第七十四号）附則第一条第二号に定める日

改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成十八年分以後の所得税について適用し、平成十七年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の九第二項の規定は、附則第一条第七号に定める日（以下「会社法施行日」という。）以後に購入をする所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「改正法」という。）第十三条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第四条の二第一項に規定する有価証券について適用し、会社法施行日前に購入をした改正法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第四条の二第一項に規定する有価証券については、なお従前の例による。

新令第四条の三第五項の規定は、個人が支払を受けるべき新法第八条の五第一項第一号、第二号又は第五号に掲げる配当等で当該配当等の支払に係る基準日が会社法施行日以後であるものについて適用し、個人が支払を受けるべき旧法第八条の五第一項第一号、第二号又は第五号に掲げる配当等で当該配当等の支払に係る基準日が会社法施行日前であるものについては、なお従前の例による。

新令第四条の三第六項の規定は、個人が会社法施行日以後に支払を受けるべき同項に規定する配当等について適用し、個人が会社法施行日前に支払を受けるべき改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第四条の三第六項に規定する利益の配当又は剰余金の分配の額とみなされるものに係る配当等については、なお従前の例による。

新令第四条の三第七項の規定は、個人が支払を受けるべき新法第八条の五第一項第一号に掲げる配当等で当該配当等の支払に係る基準日が会社法施行日以後であるものについて適用する。

個人がこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）から会社法施行日の前日までの間に支払を受けるべき旧法第八条の五第一項第二号又は第九条の三第一項第一号に掲げる配当等に係る旧令第四条の三第二項又は第四条の六第一項の規定の適用については、これらの規定中「第五号まで」とあるのは「第四号まで」と、「同項第六号に規定する社員」とあるのは「同項第五号に規定する社員その他の出資者」とする。

新法第十条第三項又は第五項に規定する個人のこれらの規定の適用を受けようとする年又はその年の前年の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この条において同じ。）のうち特別償却実施額（当該各年分において旧法第十一条の三第一項に規定する開発研究用設備の償却費として必要経費に算入された金額から当該開発研究用設備につき所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第四十九条第一項の規定により計算した償却費の額を控除した金額をいう。）がある場合には、新法第十条第三項又は第五項の規定の適用については、当該各年分における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。

改正法附則第八十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十条の六の規定に基づく旧令第五条の八の規定は、なおその効力を有する。

個人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をした旧令第五条の十第一項第二号又は第四号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第五条の十第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が附則第一条第八号に定める日以後に取得等をする新法第十一条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用する。

個人が施行日から平成十八年五月三十一日までの間に旧令第五条の十四第二項に規定する有線テレビジョン放送施設の取得等をした場合における同項の規定の適用については、同項中「第十一条の六第一項」とあるのは、「第十一条の四第一項」とする。

新令第六条の三第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に取得等をする同号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が施行日前に取得等をした旧令第六条の三第一項第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

改正法附則第八十三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の三（第一項第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六条の十の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第八十三条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の四の規定に基づく旧令第六条の十一の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第八十三条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第七条の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第八十四条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第二十条の二（第一項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第十二条の規定は、なおその効力を有する。

個人が会社法施行日前に取得した旧令第十九条の三第九項に規定する端株については、なお従前の例による。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第十九条の三第九項及び第十一項の規定の適用については、同条第九項中「所得税法第五十七条の四第一項に規定する株式交換により同項に規定する株式交換完全親法人から交付を受けた当該株式交換完全親法人の株式、同条第二項に規定する株式移転により同項に規定する株式移転完全親法人から交付を受けた当該株式移転完全親法人の株式、同条第三項第二号」とあるのは「所得税法第五十七条の四第三項第二号」と、「取得決議により交付を受けた株式」とあるのは「取得決議により交付を受けた株式、法第三十七条の十四第一項に規定する株式交換等により同項に規定する特定親会社から割当て（同項に規定する新株の割当てをいう。）を受けた新株」と、同条第十一項中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。

改正法附則第八十八条第二項の規定の適用がある場合における新令第十九条の三第十六項の規定の適用については、同項中「当該特定新株予約権等を付与した日の属する年の翌年一月三十一日」とあるのは、「平成十九年一月三十一日」とする。

新令第二十条の二第二項第五号の規定は、個人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条第七項の規定は、個人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第三十三条第一項に規定する資産の譲渡で同項第三号に規定する清算金を取得する場合について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十三条第一項に規定する資産の譲渡で同項第三号に規定する清算金を取得する場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条第十二項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡については、なお従前の例による。

個人が施行日前に取得をした旧令第二十五条第十二項第二号から第五号まで及び第十号に掲げる区域内にある旧法第三十七条第一項の表の第七号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

新令第二十五条第十二項（第八号に係る部分に限る。）の規定は、個人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡について適用する。

新令第二十五条第二十二項の規定は、個人が施行日以後に取得をする新法第三十七条第二項に規定する土地等について適用し、個人が施行日前に取得をした旧法第三十七条第二項に規定する土地等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の四第三項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、個人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の七の二第一項の規定は、個人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第三十七条の九の二第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十七条の九の二第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の八第三項の規定は、個人が会社法施行日以後に同項第一号又は第二号に掲げる事由により交付を受ける同項第一号に規定する金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額又は同項第二号に規定する金銭の額について適用する。

新令第二十五条の八第六項第四号の規定は、法人が会社法施行日以後に行う同号に掲げる事由による取得について適用し、法人が会社法施行日前に行った旧令第二十五条の八第六項第四号に掲げる事由による取得については、なお従前の例による。

法人が会社法施行日以後に行う会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十七年法律第八十七号）第八十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる端株の同法第六十四条の規定による改正前の商法（明治三十二年法律第四十八号）第二百二十条ノ六第一項の規定による買取りによる取得は、新令第二十五条の八第六項第四号に掲げる買取りによる取得とみなす。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の八の二第四項、第八項第一号ハ及び第九項第一号の規定の適用については、これらの規定中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。

新令第二十五条の十第四項及び第五項第三号から第五号までの規定は、個人が会社法施行日以後にこれらの規定に掲げる事由により取得をする新法第三十七条の十一の二第一項の上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十第五項第一号又は第二号の規定は、個人が平成十八年十月一日以後にこれらの規定に掲げる事由により取得をする新法第三十七条の十一の二第一項の上場株式等について適用する。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十第三項及び第五項の規定の適用については、同条第三項中「第五項第一号から第四号までに掲げる」とあるのは「第五項に規定する株式交換等又は同項第三号若しくは第四号に掲げる」と、「第五項第一号から第四号までに規定する」とあるのは「第五項に規定する特定子会社株式又は同項第三号若しくは第四号に規定する」と、「当該上場株式等」とあるのは「当該特定子会社株式又は当該上場株式等」と、同条第五項中「次に掲げる事由」とあるのは「法第三十七条の十四第一項に規定する株式交換等（同項の規定により当該株式交換等により移転した同項に規定する特定子会社株式の譲渡がなかつたものとされる場合に限るものとし、同項に規定する交付金銭等を受ける場合を除く。）及び第三号から第五号までに掲げる事由」とする。

新令第二十五条の十の二第七項の規定は、会社法施行日以後に締結する新法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する上場株式等保管委託契約について適用し、会社法施行日前に締結した旧法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する上場株式等保管委託契約については、なお従前の例による。

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日前に取得した旧令第二十五条の十の二第七項第一号に規定する端株については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二（第十四項第六号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する株式無償割当てにより同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の二（第十四項第七号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の合併により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式又は出資について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第六号に規定する法人の合併により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する合併法人株式については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二（第十四項第八号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の分割により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第七号に規定する法人の分割により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二（第十四項第九号に係る部分に限る。）の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第八号に規定する株式交換等により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する特定親会社の株式については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二（第十四項第十号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する請求権の行使、取得事由の発生又は取得決議により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の二（第十四項第十一号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する特定口座内保管上場株式等について与えられた株式の割当てを受ける権利又は新株予約権の行使により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の二第十四項第九号に規定する特定口座内保管上場株式等について与えられた新株の引受権の行使により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する株式については、なお従前の例による。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十の二第一項、第十一項第二号イ、第十二項第一号、第十九項及び第二十二項第一号の規定の適用については、これらの規定中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。

新令第二十五条の十の五（第三項第二号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する株式無償割当てにより同号の出国口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式又は出資について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第二号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人株式については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の五（第三項第四号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する法人の分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式について適用し、会社法施行日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第三号に規定する法人の分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第四号に規定する株式交換等により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する特定親会社の株式については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の五（第三項第六号に係る部分に限る。）の規定は、会社法施行日以後に行われる同号に規定する取得事由の発生又は取得決議により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の七第四項の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日以後に同項に規定する特定口座取引継続届出書を提出する場合について適用する。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十の十一第四項第一号の規定の適用については、同号中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。

新令第二十五条の十二第六項の規定は、会社法施行日以後に行われる新法第三十七条の十三第一項に規定する特定株式に係る新令第二十五条の十二第六項に規定する株式無償割当てについて適用する。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十二第七項の規定の適用については、同項中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。

新令第二十五条の十二の二第十三項の規定は、会社法施行日以後に行われる新法第三十七条の十三第一項に規定する特定株式に係る新令第二十五条の十二の二第十三項に規定する株式無償割当てについて適用する。

個人が会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行う旧法第三十七条の十四第一項に規定する特定子会社株式の同項の移転に係る旧令第二十五条の十三の規定の適用については、同条第三項中「商法第三百五十二条第一項の株式交換」とあるのは、「株式交換」とする。

新令第二十五条の十三の二第五項第二号から第四号までの規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日以後にこれらの規定に掲げる事由により取得をする同項に規定する取得上場株式等について適用し、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日前に旧令第二十五条の十三の二第五項第二号及び第三号に掲げる事由により取得をした同項に規定する取得上場株式等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の二第五項第五号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十八年十月一日以後に同号に掲げる事由により取得をする同項に規定する取得上場株式等について適用する。

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十八年十月一日前に旧令第二十五条の十三の二第五項第四号に掲げる事由により取得をした同項に規定する取得上場株式等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の二第五項第六号の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が会社法施行日以後に同号に掲げる事由により取得をする同項に規定する取得上場株式等について適用する。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十三の二第八項及び第十二項の規定の適用については、同条第八項の表以外の部分中「所得税法第五十七条の四第一項若しくは第二項に規定する旧株又は同号」とあるのは「第五項第五号に規定する特定子会社株式又は同項第六号」と、「当該旧株」とあるのは「当該特定子会社株式」と、同条第十二項中「第三十七条の十四第一項第六号」とあるのは「第三十七条の十四の二第一項第六号」とする。

新令第二十五条の十六第二項の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十九条第一項に規定する資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十九条第一項に規定する資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新法第四十二条の四第三項又は第七項に規定する法人のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度又は当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度（以下この項において「適用事業年度等」という。）の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該適用事業年度等において旧法第四十四条の三第一項に規定する開発研究用設備（以下この項において「開発研究用設備」という。）の償却費として損金の額に算入された金額から次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）がある場合には、新法第四十二条の四第三項又は第七項の規定の適用については、当該適用事業年度等における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。 当該開発研究用設備につき旧法第四十四条の三第一項の規定の適用を受けた場合 同項に規定する普通償却限度額 当該開発研究用設備につき旧法第五十二条の二第一項又は第四項の規定の適用を受けた場合 これらの規定に規定する普通償却限度額として政令で定める金額

前項の場合において、新法第四十二条の四第三項又は第七項に規定する法人のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当し、かつ、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（新法第六十八条の九第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該連結事業年度において旧法第六十八条の二十の二第一項に規定する開発研究用設備の償却費として損金の額に算入された金額から附則第三十七条第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）があるときは、新法第四十二条の四第三項又は第七項の規定の適用については、当該連結事業年度における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。

新令第二十七条の四第二十項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第二十三項の規定の適用を受けた法人である場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第二十七条の四第二十項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第二十七条の四第二十三項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第二十七条の四第二十項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。

新令第二十七条の四第二十項の規定の適用を受ける法人（前項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第二十項に規定する分割等が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

会社法施行日前に整理開始の命令があった場合又は会社法の施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における旧令第二十七条の六第十項第二号、第二十七条の七第十三項第二号又は第二十七条の十第五項第二号に掲げる事実については、なお従前の例による。

新法第四十二条の十一第六項に規定する法人について、会社法施行日前に整理開始の命令があった場合における新令第二十七条の十一第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「更生手続開始の決定」とあるのは、「更生手続開始の決定、商法の規定による整理開始の命令」とする。

新法第四十二条の十一第六項に規定する法人について、会社法の施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における新令第二十七条の十一第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「更生手続開始の決定」とあるのは、「更生手続開始の決定、会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第六十四条の規定による改正前の商法の規定による整理開始の命令」とする。

改正法附則第百六条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十二条の十一の規定に基づく旧令第二十七条の十一の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をした旧令第二十八条第一項第二号又は第四号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十八条第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第八号に定める日以後に取得等をする新法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用する。

法人が施行日から平成十八年五月三十一日までの間に旧令第二十八条の九第二項に規定する有線テレビジョン放送施設の取得等をした場合における同項の規定の適用については、同項中「第四十四条の六第一項」とあるのは、「第四十四条の四第一項」とする。

新令第二十八条の十第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧令第二十八条の十二第一項第二号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十九条の二第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第百七条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の三（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の三の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第百七条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十六条の四の規定に基づく旧令第二十九条の三の二の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第百七条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第七項中「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百三十三条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項」と、「第三十九条の六十三第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百三十五号）附則第四十一条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第六項」とする。

新令第三十二条の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第五十五条第一項に規定する特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第五十五条第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。

改正法附則第百九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の六（第一項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十二条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の六（第一項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十二条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百九条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の二の規定に基づく旧令第三十二条の六の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第三十九条の七第五項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

法人が施行日前に取得をした旧令第三十九条の七第五項第二号から第五号まで及び第十号に掲げる区域内にある旧法第六十五条の七第一項の表の第七号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の七第五項（第八号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用する。

新令第三十九条の七第十項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の七第二十一項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第六十五条の七第二項に規定する土地等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第六十五条の七第二項に規定する土地等については、なお従前の例による。

新令第三十九条の九の二第一項の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十五条の十三第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の十三第一項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第百十四条に規定する政令で定める者は、新令第三十九条の十三第十三項第二号及び第三号に掲げる者とし、改正法附則第百十四条に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の十三第十五項各号に掲げるものとし、改正法附則第百十四条に規定する政令で定める負債は、新令第三十九条の十三第十六項に規定する負債（同条第十三項第一号に規定する場合における同号の資金に係る負債を除く。）とする。

新令第三十九条の二十三の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が施行日以後に行う同条第五項の認定の取消しについて適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が施行日前に行った同条第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に旧法第六十七条第一項の規定の適用を受ける同項に規定する特定子会社から旧令第三十九条の三十第四項に規定する子会社株式等を取得した同項に規定する特定親会社の当該子会社株式等の取得価額に係る同項の規定の適用については、同項中「第八号」とあるのは、「第二十二号」とする。

改正法附則第百二十一条第二項の場合における新法第六十七条の十四の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

前項に規定する場合における新令第三十九条の三十二の二の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第三十九条の三十二の三第七項の規定は、新法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第百二十六条に規定する政令で定める者は、新令第三十九条の三十五の六第十四項第二号及び第三号に掲げる者とし、改正法附則第百二十六条に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の三十五の六第十五項各号に掲げるものとし、改正法附則第百二十六条に規定する政令で定める負債は、新令第三十九条の三十五の六第十六項に規定する負債（同条第十四項第一号に規定する場合における同号の資金に係る負債を除く。）とする。

連結親法人若しくは当該連結親法人の新法第六十八条の九第三項若しくは第七項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）又は当該連結親法人若しくは当該連結親法人の同条第三項若しくは第七項に規定する前連結事業年度（以下この項において「前連結事業年度」という。）終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の前連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうち、特別償却実施額（当該連結事業年度又は当該前連結事業年度において旧法第六十八条の二十の二第一項に規定する開発研究用設備（以下この項において「開発研究用設備」という。）の償却費として損金の額に算入された金額から次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）がある場合には、新法第六十八条の九第三項又は第七項の規定の適用については、当該連結事業年度又は当該前連結事業年度における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。 当該開発研究用設備につき旧法第六十八条の二十の二第一項の規定の適用を受けた場合 同項に規定する普通償却限度額 当該開発研究用設備につき旧法第六十八条の四十第一項又は第四項の規定の適用を受けた場合 これらの規定に規定する普通償却限度額として政令で定める金額

新法第六十八条の九第三項又は第七項に規定する連結親法人の前項に規定する前連結事業年度がない場合において、当該連結親法人又は当該連結事業年度終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の当該連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（新法第四十二条の四第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）のうち特別償却実施額（当該事業年度において旧法第四十四条の三第一項に規定する開発研究用設備の償却費として損金の額に算入された金額から附則第二十四条第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した残額をいう。）があるときは、新法第六十八条の九第三項又は第七項の規定の適用については、当該連結親法人又はその連結子法人の当該事業年度における試験研究費の額は、当該試験研究費の額から当該特別償却実施額を控除した金額とする。

前項に規定する連結親法人又はその連結子法人の同項の連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度が他の連結事業年度（他の連結親法人（当該連結親法人以外の連結親法人をいう。）による連結完全支配関係にあった当該連結親法人又はその連結子法人の連結事業年度をいう。）に該当する場合には、当該他の連結事業年度を同項に規定する事業年度とみなして、同項の規定を適用する。

新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第三十二項の規定の適用を受けたものである場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第三十九条の三十九第二十七項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第三十九条の三十九第三十二項の規定による届出をした同項の分割等に係る分割法人等の連結親法人及び分割承継法人等の連結親法人は、新令第三十九条の三十九第二十七項の規定による届出をした同項の分割等に係る分割法人等の連結親法人及び分割承継法人等の連結親法人とみなす。

新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（前項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第二十七項に規定する分割等が施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

会社法施行日前に整理開始の命令があった場合又は会社法の施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における旧令第三十九条の四十一第十項第二号、第三十九条の四十二第十六項第二号又は第三十九条の四十四第八項第二号に掲げる事実については、なお従前の例による。

新法第六十八条の十五第六項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人について、会社法施行日前に整理開始の命令があった場合における新令第三十九条の四十五第十項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「更生手続開始の決定」とあるのは、「更生手続開始の決定、商法の規定による整理開始の命令」とする。

新法第六十八条の十五第六項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人について、会社法の施行の際現に係属している会社の整理に関する事件について会社法施行日以後に整理開始の命令があった場合における新令第三十九条の四十五第十項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「更生手続開始の決定」とあるのは、「更生手続開始の決定、会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第六十四条の規定による改正前の商法の規定による整理開始の命令」とする。

改正法附則第百三十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十五の規定に基づく旧令第三十九条の四十五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。次項において同じ。）をした旧令第三十九条の四十六第一項第二号又は第四号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十六第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第八号に定める日以後に取得等をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用する。

改正法附則第百三十三条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十二（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十一の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第百三十三条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十三の規定に基づく旧令第三十九条の六十二の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第百三十三条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第一項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第七項中「法第四十七条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百七条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条第一項」と、「第二十九条の四第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百三十五号）附則第二十八条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の四第六項」とする。

改正法附則第百三十五条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十五（旧法第五十五条の六第一項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の七十四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百三十五条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十五（旧法第五十五条の六第一項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の七十四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百三十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十九の規定に基づく旧令第三十九条の七十七の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「第三十二条の六第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百三十五号）附則第二十九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令（以下この項において「旧効力措置法施行令」という。）第三十二条の六第六項」と、「第三十二条の六第三項」とあるのは「旧効力措置法施行令第三十二条の六第三項」とする。

新令第三十九条の百六第三項（新令第三十九条の七第十項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第九号に定める日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百六第十一項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第六十八条の七十八第二項に規定する土地等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第六十八条の七十八第二項に規定する土地等については、なお従前の例による。

改正法附則第百四十条に規定する政令で定める者は、新令第三十九条の百十三第十三項第二号及び第三号に掲げる者とし、改正法附則第百四十条に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の百十三第十四項各号に掲げるものとし、改正法附則第百四十条に規定する政令で定める負債は、新令第三十九条の百十三第十五項に規定する負債（同条第十三項第一号に規定する場合における同号の資金に係る負債を除く。）とする。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に旧法第六十八条の百五第一項の規定の適用を受ける同項に規定する特定子会社から旧令第三十九条の百二十五第三項に規定する子会社株式等を取得した同項に規定する特定親会社の当該子会社株式等の取得価額に係る同項の規定の適用については、同項中「第八号」とあるのは、「第二十二号」とする。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第四十条の二の二第十一項第五号の規定の適用については、同号中「所得税法第五十七条の四第一項に規定する株式交換（同項の規定により」とあるのは「株式交換（法第三十七条の十四第一項の規定により当該株式交換により移転した」と、「旧株」とあるのは「特定子会社株式」と、「限る」とあるのは「限るものとし、同項に規定する交付金銭等を受ける場合を除く」とする。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第四十条の二の二第十一項第六号の規定の適用については、同号中「所得税法第五十七条の四第二項に規定する株式移転（同項の規定により」とあるのは「株式移転（法第三十七条の十四第一項の規定により当該株式移転により移転した」と、「旧株」とあるのは「特定子会社株式」と、「限る」とあるのは「限るものとし、同項に規定する交付金銭等を受ける場合を除く」とする。

旧令第四十二条第四項第二号に規定する宅地建物取引業者が施行日前に年金資金運用基金から同号に規定する資金の貸付けを受けて新築し、又は購入する同号の住宅用家屋について、施行日以後に新法第七十三条に規定する所有権の移転の登記を受けようとする個人については、同項（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第百五十六条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。 申告者の住所又は居所及び氏名又は名称 貯蔵場所（たばこ税法（昭和五十九年法律第七十二号）第二十七条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。第五項、第六項及び第八項において同じ。）の所在地及び名称

たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。

改正法附則第百五十六条第六項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下この項、第五項、第六項及び第八項において同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出しなければならない。

前項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百五十六条第六項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。

改正法附則第百五十六条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類（次項及び第八項において「手持品課税対象証明書」という。）で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第六項の税関長に提出しなければならない。 申請者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量 当該製造たばこにつき改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称） 当該製造たばこの輸出又は廃棄に係る販売場の所在地及び名称 その他参考となるべき事項

前項に規定する手持品課税対象証明書の交付を受けようとする改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた者は、次に掲げる事項を記載した申請書を当該税務署長に提出しなければならない。 申請者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造たばこにつき改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称 当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量 当該製造たばこを引き取った特定販売業者の住所又は居所及び氏名又は名称並びに当該製造たばこの引取りに係る保税地域の所在地又は名称 その他参考となるべき事項

第五項の申請書の提出を受けた税関長は、改正法附則第百五十六条第六項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。

改正法附則第百五十六条第七項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこにつき同条第一項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けた手持品課税対象証明書を添付し、これを同条第七項の税務署長に提出しなければならない。 申請者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造場の所在地及び名称 当該製造たばこを当該製造場に戻し又は移送した者の住所又は居所及び氏名又は名称 当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量 当該製造たばこにつき改正法附則第百五十六条第一項の規定の適用を受けた者の住所又は居所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称 その他参考となるべき事項

第六項及び第七項の規定は、前項の場合について準用する。 この場合において、第六項第四号中「当該製造たばこを引き取った特定販売業者」とあるのは「当該製造たばこ製造者」と、「引取りに係る保税地域」とあるのは「戻入れ又は移入に係る製造たばこの製造場」と、第七項中「税関長」とあるのは「税務署長」と、「第百五十六条第六項」とあるのは「第百五十六条第七項」と読み替えるものとする。

改正法附則第百五十六条第七項第一号に規定する政令で定めるものは、同項に規定する製造たばこ製造者がその製造場から移出した製造たばこのうち同条第一項の規定によりたばこ税を課された、又は課されるべきものでたばこ税法施行令第九条第一項各号に掲げる製造たばこに該当するものとする。

会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第十一条第三項の規定の適用については、同項各号中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに新令第二十五条の十三第四項の規定」とする。