租税特別措置法施行令 附　則 （平成二〇年四月三〇日政令第一六一号）

この政令は、公布の日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第三十九条の百二十一の見出しの改正規定 平成二十年七月一日 第二条の四第一項第二号の改正規定、第二条の九第二項の改正規定、第二条の三十六の改正規定、第三条の二第十九項第一号の改正規定、第三条の三第一項の改正規定、第二十二条の八第二十一項第三号イ（１）の改正規定及び第三十九条の五第二十二項第三号イ（１）の改正規定並びに附則第三条及び第四条の規定 平成二十年十月一日 第四条の改正規定（同条第四項に係る部分を除く。）、第四条の二の改正規定、第四条の三の改正規定、第四条の五の改正規定（同条第四項に係る部分を除く。）、第四条の六の改正規定、第五条の三の改正規定、第五条の四第九項の改正規定（同項を同条第十三項とする部分を除く。）、第五条の五第八項の改正規定、第五条の六（見出しを含む。）の改正規定（同条第八項に係る部分を除く。）、第五条の七第三項の改正規定、第五条の八第三項の改正規定、第五条の九の改正規定、第六条の二を削る改正規定、第六条の三を第六条の二とする改正規定、第六条の四を削る改正規定、第六条の五を第六条の三とする改正規定、第六条の六を第六条の四とし、第六条の七を第六条の五とする改正規定、第六条の八を第六条の六とし、同条の次に一条を加える改正規定、第六条の九の改正規定、第十七条第七項の改正規定、第十九条第二十五項の改正規定、第十九条の三第十三項の改正規定、第二十五条の八の改正規定、第二十五条の九の改正規定、第二十五条の十第一項の改正規定（同項第二号を削る部分、同項第三号を同項第二号とする部分及び同項第四号を同項第三号とし、同項に一号を加える部分を除く。）、同条第二項の改正規定、同条第三項の改正規定（「上場株式等、同条第一項」を「上場株式等（法第三十七条の十一の三第二項に規定する上場株式等をいう。以下この条から第二十五条の十の十一までにおいて同じ。）、法第三十七条の十一の二第一項」に改める部分に限る。）、第二十五条の十の二第二十二項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定（「第十一項第二号ロ」を「第十二項第二号ロ」に改める部分に限る。）、同項を同条第二十三項とする改正規定、同条第十八項から第二十一項までの改正規定、同条第十七項の改正規定（「の長」と、「同項」を「の長」と、「送付がない場合」とあるのは「送付がない場合その他財務省令で定める場合」と、「同項」に改める部分及び「と読み替える」を「と、「、当該移管が」とあるのは「、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が取得した相続上場株式等のうち移管が」と読み替える」に改める部分を除く。）、同条第十六項の改正規定、同条第十五項を同条第十六項とする改正規定、同条第十四項第十六号の改正規定、同項を同条第十五項とする改正規定、同条第十三項の改正規定、同条第十二項を同条第十三項とする改正規定、同条第十一項を同条第十二項とする改正規定、同条第十項の改正規定、同条第九項の改正規定、同条第八項を同条第九項とする改正規定、同条第七項を同条第八項とし、同条第六項を同条第七項とする改正規定、同条第五項を同条第六項とし、同条第四項の次に一項を加える改正規定、第二十五条の十の五第三項の改正規定（同項第八号を同項第九号とし、同項第七号の次に一号を加える部分を除く。）、第二十五条の十の九の改正規定、第二十五条の十の十第九項の改正規定（同項を同条第十項とする部分を除く。）、第二十五条の十の十一第一項の改正規定（「第三十七条の十一の四第三項」を「第三十七条の十一の四第二項」に改める部分に限る。）、同条第三項及び第四項の改正規定、同条第五項の改正規定、同条第八項の改正規定（同項第二号に係る部分を除く。）、同条第十二項の改正規定、同条第十三項の改正規定、第二十五条の十の十二の改正規定、第二十五条の十一第五項の改正規定（「寄付金控除」を「寄附金控除」に改める部分及び「、「税率）及び同項」とあるのは「税率）及び租税特別措置法第三十七条の十二第一項」と」を削る部分を除く。）、第二十五条の十一の二（見出しを含む。）の改正規定、第二十五条の十二第二項の改正規定、同条第九項の改正規定、第二十五条の十二の二の改正規定（同条第十一項から第十三項までに係る部分を除く。）、第二十五条の十四の改正規定（同条第十六項第一号に係る部分及び同項第七号を次のように改める部分を除く。）、第二十五条の十四の二の改正規定（同条第六項第一号に係る部分及び同項第九号を削る部分を除く。）、第二十六条の二十四及び第二十六条の二十五の改正規定、第二十六条の二十六の改正規定並びに第二十六条の二十八第一項の改正規定並びに附則第五条から第九条まで、第十七条第一項及び第三項、第十八条、第二十六条、第二十七条第一項及び第三項、第二十八条並びに第六十二条の規定 平成二十一年一月一日 第四条の六の次に一条を加える改正規定、第二十五条の十の二第一項の改正規定、同条第八項の改正規定（同項を同条第九項とする部分を除く。）、同条第七項の改正規定（同項を同条第八項とする部分を除く。）、同条第五項の改正規定（同項を同条第六項とする部分を除く。）、第二十五条の十の七の改正規定、第二十五条の十の十第九項を同条第十項とし、同条第八項の次に一項を加える改正規定、第二十五条の十の十一第一項の改正規定（「第三十七条の十一の四第三項」を「第三十七条の十一の四第二項」に改める部分を除く。）、同条第二項第一号の改正規定、同条第八項の改正規定（同項第二号に係る部分に限る。）、同条第九項の改正規定及び第二十五条の十の十二の次に一条を加える改正規定並びに附則第二十条第一項、第二十二条、第二十三条第二項、第二十四条、第二十五条及び第六十六条の規定 平成二十二年一月一日 第二条の二第八項の改正規定、第三条第二十九項第二号及び第三十三項第二号の改正規定、第四条第四項の改正規定、第四条の五第四項の改正規定、第十八条の四第四項の改正規定、第十九条第九項第二号の改正規定、第二十条の二第二項の改正規定、第二十二条の七第二項の改正規定、第二十二条の八の改正規定（同条第十七項に係る部分及び同条第二十一項第三号イ（１）に係る部分を除く。）、第二十二条の九第一項第一号の改正規定、第二十五条の七の二第六項の改正規定、第二十五条の十一第五項の改正規定（「寄付金控除」を「寄附金控除」に改める部分に限る。）、第二十五条の十七（見出しを含む。）の改正規定、第二十六条第十七項の改正規定、第二十六条の三第十四項の改正規定（「民法第三十四条の規定により設立された法人」を「一般社団法人又は一般財団法人」に改める部分に限る。）、第二十六条の十三第一項第一号の改正規定（「規定する法人」を「規定する内国法人」に改める部分に限る。）、第二十六条の二十八の二の改正規定、第三十七条の四の改正規定、第三十八条の四第十二項の改正規定、第三十八条の五第六項第二号の改正規定、第三十九条の四第三項の改正規定、第三十九条の五の改正規定（同条第十八項に係る部分及び同条第二十二項第三号イ（１）に係る部分を除く。）、第三十九条の六第二項及び第三十九条の七第十六項第三号の改正規定、第三十九条の九の二第四項の改正規定、第三十九条の十三第二十九項の表の改正規定、第三十九条の二十二第三項の改正規定、第三十九条の二十三の二（見出しを含む。）の改正規定、第三十九条の三十七（見出しを含む。）の改正規定、第三十九条の百六第七項第三号の改正規定、第三十九条の百九第三項の改正規定、第四十条の二第七項の改正規定、第四十条の三の改正規定、第四十条の四の二を削る改正規定、第四十二条の四第一項の改正規定、第四十四条の二第三号の改正規定並びに第五十五条第一項の改正規定並びに附則第十三条、第十五条、第十六条第一項及び第四項から第七項まで、第三十条、第三十四条、第四十条、第四十三条、第四十五条、第五十五条、第五十七条、第五十八条、第六十一条、第六十四条並びに第六十五条の規定 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成十八年法律第四十八号）の施行の日（平成二十年十二月一日） 第六条の改正規定、第二十八条の五の改正規定及び第三十九条の四十九の改正規定並びに附則第十二条第二項、第三十九条第二項及び第五十四条第二項の規定 企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十七号）の施行の日 第四十六条の十一を第四十六条の十七とし、第四十六条の十の次に六条を加える改正規定、第四十七条の四第一項の改正規定及び第四十七条の五第四項の改正規定並びに附則第六十条第一項から第三項までの規定 揮発油等の品質の確保等に関する法律の一部を改正する法律（平成二十年法律第四十八号）の施行の日

改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成二十年分以後の所得税について適用し、平成十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の九第二項の規定は、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号。以下「改正法」という。）第八条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第四条の二第一項に規定する勤労者が平成二十年十月一日以後に支払を受けるべき同項第三号に規定する有価証券の利子について適用し、改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第四条の二第一項に規定する勤労者が同日前に支払を受けるべき同項第三号に規定する有価証券の利子については、なお従前の例による。

新令第三条の三第一項の規定は、同項に規定する金融機関が平成二十年十月一日以後に支払を受けるべき新法第八条第一項に規定する利子又は収益の分配について適用する。

新令第四条第九項の規定は、平成二十一年一月一日以後に支払を受けるべき新法第八条の三第二項第二号に掲げる国外投資信託等の配当等について適用し、同日前に支払を受けるべき旧法第八条の三第二項第二号に掲げる国外投資信託等の配当等については、なお従前の例による。

平成二十一年一月一日から同年十二月三十一日までの間における新令第四条の二第五項の規定の適用については、同項の表の第百二十条第三項第三号の項中「、第九条の二第二項」とあるのは「若しくは第九条の二第二項」と、「特例）若しくは第九条の三の二第一項（上場株式等の配当等に係る源泉徴収義務等の特例）」とあるのは「特例）」と、同表の第百六十六条の項中「若しくは第五章」とあるのは「又は第五章」と、「源泉徴収）又は租税特別措置法第九条の三の二第一項（上場株式等の配当等に係る源泉徴収義務等の特例）」とあるのは「源泉徴収）」とする。

改正法附則第三十二条第一項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。 新令第四条の二第四項の規定の適用については、同項の表の第百四条第一項の項中「特例）」とあるのは、「特例）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第三十二条第一項（上場株式等に係る配当所得の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）」とする。 新令第四条の二第六項の規定の適用については、同項の表の第十一条第二項の項中「特例）」とあるのは、「特例）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第三十二条第一項（上場株式等に係る配当所得の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）」とする。 新令第四条の二第八項の規定の適用については、同項中「第八条の四第一項」とあるのは、「第八条の四第一項（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第三十二条第一項の規定により適用される場合を含む。）」とする。

新法第八条の五第一項及び新令第四条の三第二項の規定は、平成二十一年一月一日以後に支払を受けるべき新法第八条の五第一項に規定する配当等について適用し、同日前に支払を受けるべき旧法第八条の五第一項に規定する配当等については、なお従前の例による。

新令第四条の五第九項の規定は、平成二十一年一月一日以後に支払を受けるべき新法第九条の二第一項に規定する国外株式の配当等について適用し、同日前に支払を受けるべき旧法第九条の二第一項に規定する国外株式の配当等については、なお従前の例による。

新令第五条の四第四項の規定は、個人が平成二十年四月一日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第十条の二第一項第一号ハに掲げる減価償却資産について適用し、個人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第十条の二第一項第一号ハに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第五条の八第一項の規定は、平成二十年分以後の所得税について適用し、平成十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。 この場合において、平成二十年分の所得税に係る同項の規定の適用については、次項の規定の適用を受ける場合を除き、同条第一項中「七十万円」とあるのは、「三百万円」とする。

個人が、平成二十年四月一日から同年十二月三十一日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）内に、新法第十条の六第一項に規定する情報基盤強化設備等を取得し、又は製作して、これを同項に規定する事業の用に供した場合において、当該経過期間内における当該情報基盤強化設備等の取得価額の合計額（以下この項において「適用対象投資額」という。）が七十万円以上であるとき（平成二十年における適用対象投資額が三百万円以上である場合を除く。）は、当該経過期間を同条第一項に規定する指定期間とみなして、同条及び新令第五条の八第一項の規定を適用する。

新令第五条の十第一項及び第二項の規定は、個人が平成二十年四月一日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第十一条第一項に規定する特定設備等について適用し、個人が同日前に取得等をした旧法第十一条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

新令第六条第二項の規定は、個人が附則第一条第六号に定める日以後に取得等をする新法第十一条の五第一項に規定する集積産業用資産について適用し、個人が同日前に取得等をした旧法第十一条の五第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。

新令第十八条の四第四項の規定は、同項に規定する公益法人等が附則第一条第五号に定める日以後に受ける同項の指定について適用し、改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第十八条の四第四項に規定する公益法人等が同日前に受けた同項の指定については、なお従前の例による。

新令第十八条の五の規定は、個人が平成二十年四月一日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第二十八条の二第一項に規定する少額減価償却資産について適用し、個人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第二十八条の二第一項に規定する少額減価償却資産については、なお従前の例による。

一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。次条第七項において「特例民法法人」という。）は、新令第十九条第九項第二号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同項の規定を適用する。

新令第二十条の二第二項第二号から第六号までの規定は、個人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。

個人が平成二十年四月一日前に旧令第二十二条第一項に規定する法令の規定に基づく収用によりした旧法第三十三条第一項に規定する資産の譲渡については、なお従前の例による。

平成二十年四月一日以後に独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第七号イ若しくはロ若しくは第九号の事業（同号の事業にあっては、土地改良施設に係るものに限る。）又は独立行政法人森林総合研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号若しくは第六号の事業が施行された場合における新令第二十二条第一項の規定の適用については、同項中「又は日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う土地等の使用等に関する特別措置法（昭和二十七年法律第百四十号）」とあるのは、「、日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う土地等の使用等に関する特別措置法（昭和二十七年法律第百四十号）又は独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）」とする。

新令第二十二条の七第二項の規定は、個人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第三十四条第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十四条第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条の八第十三項から第十七項まで、第二十一項及び第二十三項第二号の規定は、個人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第三十四条の二第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十四条の二第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条の九第一項第一号の規定は、個人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

特例民法法人は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第百十四号）による改正後の租税特別措置法施行令第二十条の二第二項第二号から第六号まで、第二十二条の七第二項、第二十二条の八第十項から第十五項まで、第十九項、第二十二項第二号及び第二十九項並びに第二十二条の九第一項第一号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、これらの規定を適用する。

新令第二十五条の八第一項の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

平成二十年分の所得税に係る旧令第二十五条の八第一項の規定の適用については、同項第一号中「法第三十七条の十三の三第一項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十三の三第一項」とする。

改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第二十五条の八第一項の規定の適用については、同項第一号中「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該一般株式等の譲渡に係る譲渡所得の金額又は雑所得の金額のうちに、公開等特定株式に係る譲渡所得の金額（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百六十一号。以下「平成二十年改正令」という。）附則第十八条第四項第四号に規定する公開等特定株式に係る譲渡所得の金額をいう。以下同じ。）又は公開等特定株式に係る雑所得の金額（同項第七号に規定する公開等特定株式に係る雑所得の金額をいう。以下同じ。）があるときは、当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る譲渡所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除するものとする」と、同項第二号中「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額又は雑所得の金額のうちに、公開等特定株式に係る事業所得の金額（平成二十年改正令附則第十八条第四項第一号に規定する公開等特定株式に係る事業所得の金額をいう。以下同じ。）又は公開等特定株式に係る雑所得の金額があるときは、当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る事業所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除するものとする」と、同項第三号中「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額又は譲渡所得の金額のうちに、公開等特定株式に係る事業所得の金額又は公開等特定株式に係る譲渡所得の金額があるときは、当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る事業所得の金額及び公開等特定株式に係る譲渡所得の金額から控除するものとする」とする。

改正法附則第四十三条第二項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、その年中の上場株式等（同項に規定する上場株式等をいう。以下この条において同じ。）の譲渡（同項の規定の適用がある同項に規定する譲渡をいう。第三項及び第四項において同じ。）に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額の合計額とする。

前項の場合において、前条第三項の規定は、新法第三十七条の十第一項に規定する株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときについて準用する。 この場合において、前条第三項中「又は公開等特定株式に係る雑所得の金額（」とあるのは「若しくは公開等特定株式に係る雑所得の金額（」と、「）があるときは」とあるのは「）又は上場株式等に係る譲渡所得の金額（同項第五号に規定する上場株式等に係る譲渡所得の金額をいう。以下同じ。）若しくは上場株式等に係る雑所得の金額（同項第八号に規定する上場株式等に係る雑所得の金額をいう。以下同じ。）があるときは」と、「譲渡所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額」とあるのは「譲渡所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、上場株式等に係る譲渡所得の金額及び上場株式等に係る雑所得の金額」と、「又は公開等特定株式に係る雑所得の金額が」とあるのは「若しくは公開等特定株式に係る雑所得の金額又は上場株式等に係る事業所得の金額（同項第二号に規定する上場株式等に係る事業所得の金額をいう。以下同じ。）若しくは上場株式等に係る雑所得の金額が」と、「事業所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額」とあるのは「事業所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、上場株式等に係る事業所得の金額及び上場株式等に係る雑所得の金額」と、「又は公開等特定株式に係る譲渡所得の金額」とあるのは「若しくは公開等特定株式に係る譲渡所得の金額又は上場株式等に係る事業所得の金額若しくは上場株式等に係る譲渡所得の金額」と、「及び公開等特定株式に係る譲渡所得の金額」とあるのは「及び公開等特定株式に係る譲渡所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、上場株式等に係る事業所得の金額及び上場株式等に係る譲渡所得の金額」と読み替えるものとする。

その年中にした新法第三十七条の十第一項に規定する株式等の譲渡（同条第三項又は第四項の規定によりその額及び価額の合計額が同条第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなされる金銭及び金銭以外の資産の交付の基因となった同条第三項又は第四項各号に規定する事由に基づく株式等についての当該金銭の額及び当該金銭以外の資産の価額に対応する権利の移転又は消滅を含む。以下この項及び次項において「株式等の譲渡」という。）のうちに上場株式等の譲渡がある場合において、次の各号に掲げる損失の金額があるときは、当該損失の金額は、新令第二十五条の八第一項に規定する株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額並びに第一項に規定する上場株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額の計算上、当該各号に定めるところにより控除する。 次に掲げる事業所得の金額の計算上生じた損失の金額 それぞれ次に定めるところによる。 公開等特定株式に係る事業所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず上場株式等に係る事業所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、一般株式等に係る事業所得の金額から控除する。 上場株式等に係る事業所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る事業所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、一般株式等に係る事業所得の金額から控除する。 一般株式等に係る事業所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る事業所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、上場株式等に係る事業所得の金額から控除する。 次に掲げる譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額 それぞれ次に定めるところによる。 公開等特定株式に係る譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず上場株式等に係る譲渡所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、一般株式等に係る譲渡所得の金額から控除する。 上場株式等に係る譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る譲渡所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、一般株式等に係る譲渡所得の金額から控除する。 一般株式等に係る譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る譲渡所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、上場株式等に係る譲渡所得の金額から控除する。 次に掲げる雑所得の金額の計算上生じた損失の金額 それぞれ次に定めるところによる。 公開等特定株式に係る雑所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず上場株式等に係る雑所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、一般株式等に係る雑所得の金額から控除する。 上場株式等に係る雑所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、一般株式等に係る雑所得の金額から控除する。 一般株式等に係る雑所得の金額の計算上生じた損失の金額 当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、上場株式等に係る雑所得の金額から控除する。

前項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。 公開等特定株式に係る事業所得の金額 改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三第一項の規定の適用がある株式等の譲渡（以下この項において「公開等特定株式の譲渡」という。）による事業所得の金額をいう。 上場株式等に係る事業所得の金額 上場株式等の譲渡（公開等特定株式の譲渡に該当するものを除く。以下この項において同じ。）による事業所得の金額をいう。 一般株式等に係る事業所得の金額 株式等の譲渡（公開等特定株式の譲渡に該当するもの及び上場株式等の譲渡に該当するものを除く。以下この項において「一般株式等の譲渡」という。）による事業所得の金額をいう。 公開等特定株式に係る譲渡所得の金額 公開等特定株式の譲渡による譲渡所得の金額をいう。 上場株式等に係る譲渡所得の金額 上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額をいう。 一般株式等に係る譲渡所得の金額 一般株式等の譲渡による譲渡所得の金額をいう。 公開等特定株式に係る雑所得の金額 公開等特定株式の譲渡による雑所得の金額をいう。 上場株式等に係る雑所得の金額 上場株式等の譲渡による雑所得の金額をいう。 一般株式等に係る雑所得の金額 一般株式等の譲渡による雑所得の金額をいう。

改正法附則第四十三条第二項の規定の適用がある場合における新令第二十五条の八第十三項の規定の適用については、同項の表の第百十一条第四項の項中「特例）」とあるのは「特例）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十三条第二項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）」と、「同項」とあるのは「租税特別措置法第三十七条の十第一項」とする。

改正法附則第四十三条第二項の規定の適用がある場合における所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）の規定の適用については、新令第二十五条の八第十四項の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる所得税法施行令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。

改正法附則第四十三条第二項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。 新令第二十五条の八第十五項の規定の適用については、同項中「第三十七条の十第一項」とあるのは、「第三十七条の十第一項（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十三条第二項の規定により適用される場合を含む。）」とする。 新令第二十五条の十の十二の規定の適用については、同条第一号中「特例）」とあるのは「特例）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号。以下「平成二十年改正法」という。）附則第四十三条第二項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。）」と、「同法」とあるのは「租税特別措置法」と、同条第二号中「特例）」とあるのは「特例）（平成二十年改正法附則第四十三条第二項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。）」とする。

新法第三十七条の十三第一項の規定の適用がある場合における改正法附則第四十三条第二項の規定の適用については、同項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（新租税特別措置法第三十七条の十三第一項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、「同条第一項前段」とあるのは「新租税特別措置法第三十七条の十第一項前段」とする。

新令第二十五条の十第三項及び第五項第五号の規定（これらの規定に規定する取得条項付新株予約権及び新株予約権に係る部分に限る。）は、個人がこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後にこれらの規定に規定する取得事由の発生又は行使により取得をする新法第三十七条の十一の二第一項に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の二第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十二年一月一日以後に行う新法第三十七条の十一の三第一項に規定する特定口座内保管上場株式等の同号に規定する譲渡について適用する。

新令第二十五条の十の二第十二項（同条第十八項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、施行日以後に行う同条第十二項に規定する移管について適用し、施行日前に行った旧令第二十五条の十の二第十一項（同条第十七項において準用する場合を含む。）に規定する移管については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十五項（第三号及び第四号に係る部分に限る。）及び第十八項の規定は、同条第十五項第三号に規定する贈与、相続又は遺贈により施行日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用し、旧令第二十五条の十の二第十四項第三号に規定する贈与、相続又は遺贈により施行日前に同号の特定口座に受け入れた同号に規定する上場株式等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十五項（第十二号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後の同号に規定する新株予約権、株式の割当てを受ける権利又は取得条項付新株予約権の行使又は取得事由の発生により同号の特定口座に受け入れる同号に規定する上場株式等について適用し、施行日前の旧令第二十五条の十の二第十四項第十二号に規定する新株予約権又は新株の割当てを受ける権利の行使により同号の特定口座に受け入れた同号に規定する上場株式等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の五第三項（第八号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後の同号に規定する取得条項付新株予約権の取得事由の発生により同号の出国口座に受け入れる同号の上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の七第一項、第二項及び第五項の規定は、平成二十二年一月一日以後に同条第一項に規定する特定口座廃止届出書を提出する場合について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の七第一項に規定する特定口座廃止届出書を提出した場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の七第三項の規定は、平成二十二年一月一日以後に同項に規定する二年を経過する日が到来することとなる場合について適用し、平成二十二年一月一日前に旧令第二十五条の十の七第三項に規定する二年を経過する日が到来することとなった場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の十第八項の規定は、施行日以後に支払を受けるべき同項に規定する上場株式等の譲渡の対価について適用し、施行日前に支払を受けるべき旧令第二十五条の十の十第八項に規定する上場株式等の譲渡の対価については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の十第九項の規定は、平成二十二年一月一日以後に支払を受けるべき同項に規定する上場株式等の配当等について適用する。

新令第二十五条の十の十一第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、新法第三十七条の十一の四第三項の金融商品取引業者等が平成二十二年一月一日以後に同項の規定による還付をする場合について適用し、旧法第三十七条の十一の四第四項の金融商品取引業者等が同日前に同項の規定による還付をした場合については、なお従前の例による。

平成二十二年一月一日において新法第三十七条の十一の三第一項第一号に規定する金融商品取引業者等の営業所（同号に規定する営業所をいう。以下この条において同じ。）に特定口座（同号に規定する特定口座をいう。）を開設している居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、同日から同年十二月三十一日までの間に、当該金融商品取引業者等の営業所に対し新令第二十五条の十の十一第一項に規定する特定口座源泉徴収選択届出書を提出した場合には、その提出の際、その者は当該金融商品取引業者等の営業所の長に対し新法第三十七条の十一の六第二項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書の提出をしたものとみなして、同条の規定を適用する。

改正法附則第四十三条第二項の規定の適用がある場合における新令第二十五条の十一の二第八項の規定の適用については、同項第二号中「控除する」とあるのは、「控除する。この場合において、当該株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十三条第二項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額があるときは、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額は、まず当該株式等に係る譲渡所得等の金額から当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額を控除した残額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額から控除する」とする。

新法第八条の四第一項（改正法附則第三十二条第一項の規定により適用される場合を含む。）若しくは第三十七条の十第一項（改正法附則第四十三条第二項の規定により適用される場合を含む。）の規定の適用があり、かつ、新法第三十七条の十二の二第一項若しくは第六項の規定の適用がある場合又は同条第十一項の規定の適用がある場合における所得税法施行令の規定の適用については、新令第四条の二第六項及び第七項、第二十五条の八第十四項並びに第二十五条の十一の二第二十項の規定並びに附則第十八条第六項の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる所得税法施行令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。

新令第二十五条の十二第二項の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

平成二十年分の所得税に係る旧令第二十五条の十二第二項の規定の適用については、同項中「法第三十七条の十三の三第一項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十三の三第一項」とする。

改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第二十五条の十二第二項の規定の適用については、同項第一号中「適用前の一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「適用前の一般株式等に係る譲渡所得等の金額（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の旧租税特別措置法（以下この項において「旧効力措置法」という。）第三十七条の十三の三第一項の規定の適用がある場合には、当該適用前の金額。以下この項において同じ。）」と、「年分の同項」とあるのは「年分の法第三十七条の十三第一項」と、「適用前の上場株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「適用前の上場株式等に係る譲渡所得等の金額（旧効力措置法第三十七条の十三の三第一項の規定の適用がある場合には、当該適用前の金額。以下この項において同じ。）」と、「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該適用前の一般株式等に係る譲渡所得等の金額又は適用前の上場株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百六十一号）附則第十八条第四項第一号に規定する公開等特定株式の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額若しくは雑所得の金額に対応する部分の金額があるときは、当該控除対象特定株式の取得に要した金額の合計額は、まず当該公開等特定株式の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額に対応する部分の金額から控除するものとする」とする。

前項の規定は、改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第二十五条の十二の二第二項の規定の適用について準用する。 この場合において、前項中「第二十五条の十二第二項」とあるのは「第二十五条の十二の二第二項」と、「第三十七条の十三第一項」とあるのは「第三十七条の十三の二第一項」と、「控除対象特定株式」とあるのは「控除対象設立特定株式」と読み替えるものとする。

新令第二十五条の十二の二第六項の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

改正法附則第四十三条第二項の規定の適用がある場合における新令第二十五条の十二の二第六項の規定の適用については、同項第一号中「控除する」とあるのは、「控除するものとし、前年以前三年内の一の年において生じた特定株式に係る譲渡損失の金額の控除をする場合において、その年分の法第三十七条の十三の二第四項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十三条第二項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額があるときは、当該特定株式に係る譲渡損失の金額は、まず当該株式等に係る譲渡所得等の金額から当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額を控除した残額から控除し、なお控除しきれない損失の金額があるときは、当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額から控除する」とする。

新令第二十五条の十二の二第九項の規定は、平成二十一年一月一日以後に行う譲渡により生ずる新法第三十七条の十三の二第五項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額について適用し、同日前に行った譲渡により生じた旧法第三十七条の十三の二第五項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額については、なお従前の例による。

新法第三十七条の十第一項（改正法附則第四十三条第二項の規定により適用される場合を含む。）の規定の適用があり、かつ、新法第三十七条の十三の二第四項の規定の適用がある場合又は同条第七項において準用する新法第三十七条の十二の二第十一項の規定の適用がある場合における所得税法施行令の規定の適用については、新令第二十五条の八第十四項及び第二十五条の十二の二第二十二項の規定並びに附則第十八条第六項の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる所得税法施行令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。

改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三の規定に基づく旧令第二十五条の十二の三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第三項中「平成二十一年四月一日」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）の公布の日」と、「同年三月三十一日」とあるのは「当該公布の日前」とし、平成二十一年一月一日以後は、同条第二項中「当該株式等」とあるのは「一般株式等」と、「金額として政令」とあるのは「金額又は上場株式等に係る譲渡所得等の金額として政令」と、「規定する株式等」とあるのは「規定する一般株式等」と、「金額の」とあるのは「金額又は法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額の」と、「第二十五条の八第一項後段又は第二十五条の九第五項若しくは第六項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百六十一号）附則第十七条第三項（同令附則第二十九条第二項において準用する場合を含む。）」と、同条第三項中「前条第十四項に」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（令和五年政令第百四十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下この項において「令和五年新令」という。）第二十五条の十二の三第十五項に」と、「前条第十四項第一号」とあるのは「令和五年新令第二十五条の十二の三第十五項第一号」と、同条第四項中「第三十七条の十三の二第七項」とあるのは「第三十七条の十三の三第十項」と、「第三十七条の十二の二第五項」とあるのは「第三十七条の十二の二第九項」とする。

附則第十七条第三項の規定は、改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第二十五条の九第一項の規定の適用について準用する。 この場合において、附則第十七条第三項中「第二十五条の八第一項」とあるのは「第二十五条の九第一項」と、「一般株式等」とあるのは「上場株式等」と読み替えるものとする。

改正法附則第五十条第三項に規定する特例民法法人（次項において「特例民法法人」という。）である同条第三項に規定する公益法人等（次項において「公益法人等」という。）は、同条第三項に規定する認定を受けた日から一月以内に、同項に規定する書類に、当該認定を受けたことを証する書類を添付して、これを当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

特例民法法人である公益法人等は、改正法附則第五十条第三項に規定する認可を受けた日から一月以内に、同項に規定する書類に、当該認可を受けたことを証する書類及び定款の写しを添付して、これを当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

新令第二十五条の二十一第九項第二号イの規定は、新法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第二十五条の三十第二項の規定は、新法第四十条の十第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧法第四十条の十第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第二十五条の三十三第一項第六号の規定は、新法第四十条の十第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額について適用し、旧法第四十条の十第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第二十六条第十九項の規定は、居住者が新法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。以下この条において同じ。）を平成二十年四月一日以後に同項の定めるところによりその者の居住の用に供する場合について適用し、居住者が旧法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋を同日前に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。

個人が旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人をいう。）に対して、当該旧民法法人の移行登記日（整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日をいう。）の前日までに寄附をした場合のその寄附に係る支出金については、改正法附則第五十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十一条の十八の二の規定に基づく旧令第二十六条の二十八の二の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項中「民法第三十四条の規定により設立された法人が地域再生法」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）が地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法」と、「所得税法施行令」とあるのは「所得税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十五号。以下この項において「改正令」という。）附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の所得税法施行令」と、「、同号サ中」とあるのは「、改正令附則第十三条第二項中「とする」とあるのは、「と、同号サ中」と、「地域再生法（」とあるのは「地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条（経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条（地域再生法の一部改正）の規定による改正前の地域再生法（」と、「とする」とあるのは「とする」とする」とする。

新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第二十七条の四第十四項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第二十項の規定の適用を受けた法人である場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第二十七条の四第十四項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第二十七条の四第二十項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第二十七条の四第十四項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。

新令第二十七条の四第二十二項の規定の適用を受ける法人（新法第四十二条の四第九項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受けるものに限る。）が旧令第二十七条の四第十二項の規定の適用を受けた法人である場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第二十七条の四第二十二項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第二十七条の四第十二項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第二十七条の四第二十二項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。

新令第二十七条の四第十四項又は第二十二項の規定の適用を受ける法人（前二項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第十四項又は第二十二項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合におけるこれらの規定の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

新令第二十七条の五第四項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の五第一項第一号ハに掲げる減価償却資産について適用し、法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の五第一項第一号ハに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第二十七条の十一第一項の規定は、法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。 この場合において、法人の同日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度（次項において「経過措置対象事業年度」という。）に係る同条第一項の規定の適用については、次項の規定の適用を受ける場合を除き、同条第一項第二号中「七十万円」とあるのは、「三百万円」とする。

新令第二十七条の十一第一項第二号に掲げる法人（同項に規定する相互会社及びこれに準ずるものとして財務省令で定めるものを除く。）が、平成二十年四月一日から経過措置対象事業年度終了の日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）内に、新法第四十二条の十一第一項に規定する情報基盤強化設備等を取得し、又は製作して、これを同項に規定する事業の用に供した場合において、当該経過期間内における同項に規定する適用対象投資額（以下この項において「適用対象投資額」という。）が七十万円以上であるとき（経過措置対象事業年度における適用対象投資額が三百万円以上である場合を除く。）は、当該経過期間を同条第一項に規定する指定期間とみなして、同条及び新令第二十七条の十一第一項の規定を適用する。

新令第二十八条第一項及び第二項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第四十三条第一項に規定する特定設備等について適用し、法人が同日前に取得等をした旧法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

新令第二十八条の五第二項の規定は、法人が附則第一条第六号に定める日以後に取得等をする新法第四十四条の二第一項に規定する集積産業用資産について適用し、法人が同日前に取得等をした旧法第四十四条の二第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。

新令第二十九条の二の二第六項の規定の適用を受ける法人の同項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

新令第三十九条の四第三項の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の五第十四項から第十八項まで、第二十二項及び第二十四項第二号の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の六第二項の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の七第十六項第三号の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の七第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第百十四号）による改正後の租税特別措置法施行令（以下「平成二十五年新令」という。）第三十八条の四第十二項第二号から第六号まで、第三十八条の五第六項第二号、第三十九条の四第三項、第三十九条の五第十一項から第十六項まで、第二十項、第二十三項第二号及び第三十項、第三十九条の六第二項並びに第三十九条の七第六項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、これらの規定を適用する。

新令第三十九条の十六第八項第二号イの規定は、新法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十の八第二項の規定は、新法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十の十一第一項第六号の規定は、新法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額について適用し、旧法第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十二第三項の規定は、同項に規定する公益法人等が附則第一条第五号に定める日以後に受ける同項の指定について適用し、旧令第三十九条の二十二第三項に規定する公益法人等が同日前に受けた同項の指定については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十三の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に行う新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が同日以後に行う同条第五項の認定の取消しについて適用し、法人が同日前に行った旧法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請又は国税庁長官が同日前に行った同条第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。

平成二十年四月一日から施行日前までの間に新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請を行った法人（新令第三十九条の二十三第一項各号に掲げる要件（同条第十三項の規定を適用する場合における当該要件を含む。）を満たさないものに限る。）が、旧令第三十九条の二十三第一項各号に掲げる要件を満たすときは、当該法人は新令第三十九条の二十三第一項各号に掲げる要件を満たすものとみなして、新法第六十六条の十一の二第三項の規定を適用する。

施行日から附則第一条第五号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の二十三第一項の規定の適用については、同項第一号イ中「別表第一」とあるのは、「別表第一第一号の表」とする。

法人が平成二十一年四月一日から平成二十三年六月三十日までの間に新法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請を行う場合（同項に規定する認定特定非営利活動法人及び既に二回以上旧法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人が当該申請を行う場合を除く。）における新令第三十九条の二十三の規定の適用については、同条第三項中「五年」とあるのは、「二年」とすることができる。

前項の規定の適用を受けようとする法人は、その旨をその提出する新令第三十九条の二十三第四項の申請書に記載しなければならない。

法人が旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人をいう。）に対して、当該旧民法法人の移行登記日（整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日をいう。）の前日までに支出する寄附金については、改正法附則第六十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十六条の十二の規定に基づく旧令第三十九条の二十三の二の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項中「民法第三十四条の規定により設立された法人が地域再生法」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）が地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法」と、「法人税法施行令」とあるのは「法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百五十六号。以下この項において「改正令」という。）附則第十二条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の法人税法施行令」と、「、同号サ中」とあるのは「、改正令附則第十二条第二項中「とする」とあるのは、「と、同号サ中」と、「地域再生法（」とあるのは「地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条（経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条（地域再生法の一部改正）の規定による改正前の地域再生法（」と、「とする」とあるのは「とする」とする」とする。

新令第三十九条の三十二の二第七項の規定は、新法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十二の三第七項の規定は、新法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の二第七項の規定は、新法第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の三第六項の規定は、新法第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人の平成二十年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の五第三項の規定は、施行日後に同項に規定する特定普通法人が行う合併について適用する。

有限責任中間法人が附則第一条第五号に定める日に法人税法第二条第六号に規定する公益法人等に該当することとなる場合には、当該有限責任中間法人は、新法第六十八条の三の五第一項に規定する特定普通法人とみなす。

新令第三十九条の三十九第二十一項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受けたものである場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第三十九条の三十九第二十一項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第三十九条の三十九第二十七項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第三十九条の三十九第二十一項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。

新令第三十九条の三十九第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（新法第六十八条の九第九項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受けるものに限る。）が旧令第三十九条の三十九第十三項の規定の適用を受けたものである場合には、同項に規定する合理的な方法について受けた認定は、新令第三十九条の三十九第二十七項に規定する合理的な方法について受けた認定とみなし、旧令第三十九条の三十九第十三項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等は、新令第三十九条の三十九第二十七項の規定による届出をした同項の分割法人等及び分割承継法人等とみなす。

新令第三十九条の三十九第二十一項又は第二十七項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（前二項の規定の適用を受けるものを除く。）の同条第二十一項又は第二十七項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合におけるこれらの規定の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

新令第三十九条の四十第二項（新令第二十七条の五第四項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十年四月一日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十第一項第一号ハに掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十第一項第一号ハに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十五第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の平成二十年四月一日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。 この場合において、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に開始し、かつ、同日以後に終了する連結事業年度（次項において「経過措置対象連結事業年度」という。）に係る同条第一項の規定の適用については、次項の規定の適用を受ける場合を除き、同条第一項第二号中「七十万円」とあるのは、「三百万円」とする。

新令第三十九条の四十五第一項第二号に掲げる連結法人（同項に規定する相互会社を除く。）が、平成二十年四月一日から経過措置対象連結事業年度終了の日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）内に、新法第六十八条の十五第一項に規定する情報基盤強化設備等を取得し、又は製作して、これを同項に規定する事業の用に供した場合において、当該経過期間内における同項に規定する適用対象投資額（以下この項において「適用対象投資額」という。）が七十万円以上であるとき（経過措置対象連結事業年度における適用対象投資額が三百万円以上である場合を除く。）は、当該経過期間を同条第一項に規定する指定期間とみなして、同条及び新令第三十九条の四十五第一項の規定を適用する。

新令第三十九条の四十六第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十年四月一日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする新法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得等をした旧法第六十八条の十六第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十九第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第六号に定める日以後に取得等をする新法第六十八条の二十第一項に規定する集積産業用資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得等をした旧法第六十八条の二十第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の六十一第六項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同項に規定する分割等が平成二十年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における同項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

新令第三十九条の百六第七項第三号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う新法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）は、平成二十五年新令第三十八条の五第六項第二号及び第三十九条の百六第二項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、平成二十五年新令第三十九条の九十八第六項及び第三十九条の百六第二項第三号の規定を適用する。

新令第三十九条の百二十の八第二項の規定は、新法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額について適用し、旧法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百二十の十一第一項第六号の規定は、新法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額について適用し、旧法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。

相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。第五項において同じ。）により財産を取得した者が当該財産を旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条及び次条において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人をいう。第五項において同じ。）に対し贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除き、当該旧民法法人が整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日の前日までにするものに限る。第五項において同じ。）をした場合については、旧令第四十条の三第一項第二号及び第三号並びに同条第二項の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項第二号中「民法第三十四条の規定により設立された法人（」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この号において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。」と、同項第三号中「民法第八十四条の二その他の法令の規定により当該」とあるのは「当該」とする。

整備法第百二十三条第一項に規定する移行法人（整備法第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する整備法第百六条第一項の登記をした日の前日において前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第四十条の三第一項第二号又は第三号に掲げるものに該当するものに限る。）が同日以前に前項又は旧法第七十条第一項の規定の適用を受ける贈与により財産を取得した場合における同条第二項の規定の適用については、当該移行法人（当該移行法人が合併により当該財産を整備法第百二十六条第一項に規定する合併後存続する法人又は同項に規定する合併により設立する法人に移転する場合にあっては、当該財産の移転を受けた当該合併後存続する法人又は当該合併により設立する法人）が当該贈与があった日から二年を経過した日においてなお当該財産をその作成した整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画（整備法第百二十五条第一項の変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）に定めたところに従って公益を目的とする事業の用に供しているときは、旧法第七十条第二項に規定する場合に該当しないものとする。

前項の規定は、第一項又は旧法第七十条第一項の規定の適用を受ける贈与により財産を取得した法人で前項の登記をしたもの（整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画の作成を要しないものに限る。）が、当該登記をした日前に取得した当該財産を旧法第七十条第一項の公益を目的とする事業の用に供している場合について準用する。 この場合において、前項中「その作成した整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画（整備法第百二十五条第一項の変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）に定めたところに従って」とあるのは、「旧法第七十条第一項の」と読み替えるものとする。

第二項に規定する移行法人が同項の規定の適用を受ける贈与があった日から二年を経過する日までに整備法第百二十四条の確認を受けた場合における同項の規定の適用については、同項中「当該贈与があった日から二年を経過した日」とあるのは、「整備法第百二十四条の確認を受けた日」とする。

相続又は遺贈により財産を取得した者が当該財産に属する金銭を旧民法法人に対し贈与をした場合については、改正法附則第八十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条第十一項及び第十二項の規定に基づく旧令第四十条の四の二の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「法第七十条第十一項に」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第八十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（第二号において「旧法」という。）第七十条第十一項に」と、同項第二号中「法第七十条第十一項」とあるのは「旧法第七十条第十一項」と、同条第二項中「民法第三十四条の規定により設立された法人」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）」と、「地域再生法」とあるのは「地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法」と、「第四十条の三第一項第三号イからヰまでに」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百六十一号。以下この項において「改正令」という。）附則第五十七条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の第四十条の三第一項第三号イからヰまでに」と、「、同号ノ中」とあるのは「、改正令附則第五十七条第一項中「とする」とあるのは、「と、同号ノ中」と、「とする」とあるのは「とする」とする」とする。

第二項から第四項までの規定は、旧法第七十条第十一項に規定する特定地域雇用等促進法人が前項の規定の適用を受ける贈与により財産を取得した場合について準用する。 この場合において、第二項中「旧令第四十条の三第一項第二号又は第三号に掲げるものに該当するもの」とあるのは「旧法第七十条第十一項に規定する特定地域雇用等促進法人」と、「前項又は旧法第七十条第一項」とあるのは「第五項又は旧法第七十条第十一項において準用する同条第一項」と、「その作成した整備法第百十九条第一項に規定する公益目的支出計画（整備法第百二十五条第一項の変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）に定めたところに従って公益を目的とする」とあるのは「旧法第七十条第十一項に規定する」と、「旧法第七十条第二項」とあるのは「同項において準用する同条第二項」と、第三項中「第一項又は旧法第七十条第一項」とあるのは「第五項又は旧法第七十条第十一項において準用する同条第一項」と、「旧法第七十条第一項の公益を目的とする」とあるのは「旧法第七十条第十一項に規定する」と、「従って」とあるのは「従って公益を目的とする」と、「「旧法第七十条第一項の」とあるのは「「旧法第七十条第十一項に規定する」と読み替えるものとする。

整備法第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人で農業経営基盤強化促進法（昭和五十五年法律第六十五号）第七条第一項の承認を受けているものが同法第四条第一項第一号に規定する農用地の買入れをする場合については、旧令第四十二条の四第一項の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同項中「民法第三十四条の規定により設立された法人」とあるのは、「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法第三十四条の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）」とする。

施行日から起算して三月を経過する日までに新法第八十七条の八第一項の規定の適用を受ける者についての新令第四十六条の八の二第三項の規定の適用については、同項中「特例適用混和の開始の日の前日までに」とあるのは、「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百六十一号）の施行の日から起算して三月を経過する日までに」とする。

改正法附則第九十一条の証明を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、その申請に係る揮発油が新法第八十八条の七第一項各号のいずれかに掲げる物品を混和して製造したものであることを証する書類を添付して、これを経済産業大臣に提出しなければならない。 申請者の住所及び氏名又は名称 当該揮発油の製造場の所在地及び名称 当該揮発油の規格、数量及び製造の年月日 その他財務省令で定める事項

経済産業大臣は、改正法附則第九十一条の証明をするときは、前項の申請者に、財務省令で定める事項を記載した証明書を交付しなければならない。 この場合において、経済産業大臣は、当該証明書に記載された事項を同項の申請に係る揮発油の製造場の所在地の所轄税務署長に通知するものとする。

改正法附則第九十一条の証明を受けた者は、揮発油税法施行令（昭和三十二年政令第五十七号）第十七条第一項の帳簿に当該証明書に記載された事項を付記しなければならない。

新令第四十六条の十、第四十七条の七及び第四十七条の八の規定は、平成二十年四月一日から適用する。

新令第四十七条の四第二項第二号の規定は、施行日の翌日から適用する。

附則第五十七条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第四十条の三第一項第三号の規定により都道府県が処理することとされている事務については、旧令第五十五条第一項の規定は、なおその効力を有する。