租税特別措置法施行令 附　則 （平成二六年三月三一日政令第一四五号）

この政令は、平成二十六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 次に掲げる規定 平成二十六年十月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二十七条の四に一項を加える改正規定、同令第二十七条の五第十一項を同条第十項とし、同項の次に一項を加える改正規定（同条第十一項を同条第十項とする部分を除く。）、同令第二十七条の六に一項を加える改正規定、同令第二十七条の九に一項を加える改正規定、同令第二十七条の十の改正規定（同条第八項に係る部分に限る。）、同令第二十七条の十一に一項を加える改正規定、同令第二十七条の十二の三の改正規定、同令第三十八条に一項を加える改正規定、同令第三十八条の四第四十四項を同条第四十五項とし、同条第四十三項の次に一項を加える改正規定、同令第三十八条の五に一項を加える改正規定、同令第三十九条の十一第一項本文の改正規定（「第百四十五条第一項」を「第百四十四条の八」に改める部分を除く。）、同項ただし書の改正規定（「第百四十五条第一項」を「第百四十四条の八」に改め、「。以下この項において同じ」を削り、「同法第七十五条の二第一項」の下に「若しくは第百四十四条の八」を加える部分を除く。）、同条第二項の改正規定（「第百四十五条第一項」を「第百四十四条の八」に改める部分を除く。）、同令第三十九条の十二第十五項の改正規定、同令第三十九条の十二の二第一項の改正規定、同条第二項第三号の改正規定、同条第三項第四号を同項第六号とし、同項第三号の次に二号を加える改正規定、同条第四項の改正規定、同令第三十九条の三十八の二に一項を加える改正規定、同令第三十九条の三十九の改正規定、同令第三十九条の四十第七項の改正規定、同条第八項の改正規定、同条に一項を加える改正規定、同令第三十九条の四十一に二項を加える改正規定（第十二項に係る部分に限る。）、同令第三十九条の四十三第五項の改正規定、同条第六項の改正規定、同条に一項を加える改正規定、同令第三十九条の四十四の改正規定（同条第八項に係る部分に限る。）、同令第三十九条の四十五の改正規定、同令第三十九条の四十五の二第十四項の改正規定、同令第三十九条の四十五の三第七項の改正規定、同令第三十九条の四十五の四の改正規定、同令第三十九条の四十五の六第三項の改正規定（「第八十一条の十八」の下に「及び地方法人税法第十五条」を加える部分に限る。）、同令第三十九条の四十五の五第二十三項の改正規定（同項を同条第十八項とする部分を除く。）、同令第三十九条の九十六に二項を加える改正規定、同令第三十九条の九十七に一項を加える改正規定、同令第三十九条の九十八に一項を加える改正規定、同令第三十九条の百十一の改正規定、同令第三十九条の百十二第十四項の改正規定、同令第三十九条の百十二の二第一項の改正規定、同条第二項第三号の改正規定、同条第三項第四号を同項第六号とし、同項第三号の次に二号を加える改正規定、同条第四項の改正規定、同令第三十九条の百二十七に一項を加える改正規定及び同令第四十六条第二項の改正規定並びに附則第四十条（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第百十四号）附則第十六条の表第四項第一号の項から第五項の項までの改正規定（同表第五項の項に係る部分に限る。）及び同令附則第二十二条の表第十八項の項の改正規定に限る。）の規定 第三条中租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第三百八十三号）附則第八条に一項を加える改正規定及び同令附則第十五条に一項を加える改正規定 第四条中租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十四年政令第百五号）附則第十二条の改正規定及び同令附則第十九条の改正規定 第一条中租税特別措置法施行令第六条の六の改正規定、同令第六条の七第六項の改正規定、同令第二十五条の十三の改正規定（同条第十項に係る部分を除く。）、同令第二十五条の十三の二第三項の改正規定、同令第二十五条の十三の三第一項の改正規定、同令第二十五条の十三の四（見出しを含む。）の改正規定、同令第二十五条の十三の六の改正規定、同令第二十五条の十三の七の改正規定及び同令第二十五条の十六の改正規定並びに附則第十一条第一項及び第五項から第八項まで、第十三条並びに第十五条の規定 平成二十七年一月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二条の七第三項の改正規定、同令第二条の八第二号の改正規定、同令第二条の十三第一号の改正規定、同令第二条の二十一の次に一条を加える改正規定、同令第二条の二十四第三項の改正規定、同令第二条の二十五の改正規定、同令第二条の二十六の改正規定、同令第二条の三十一の改正規定、同令第二条の三十二第一項の改正規定、同令第二条の三十四の改正規定、同令第三十九条の十二の二第三項第四号の改正規定（同号を同項第六号とする部分を除く。）、同令第三十九条の百十二の二第三項第四号の改正規定（同号を同項第六号とする部分を除く。）及び同令第五十四条の二第九項の改正規定並びに附則第四条の規定 平成二十七年四月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二十六条の二十七第一項の改正規定及び附則第十七条の規定 平成二十七年十月一日 次に掲げる規定 平成二十八年一月一日 第一条中租税特別措置法施行令第一条の四第三項第一号の改正規定、同令第二十五条の九の二第十項の改正規定、同令第二十五条の十四の二の次に一条を加える改正規定、同令第二十六条の十五に一項を加える改正規定、同令第二十六条の十七第一項の改正規定、同令第二十六条の二十の改正規定及び同令第二十六条の二十七の二第一項の改正規定並びに附則第十四条の規定 第二条の規定 第一条中租税特別措置法施行令の目次の改正規定（「第三十三条の八」を「第三十三条の七」に改める部分及び「第四十条の十一の二」を「第四十条の十一」に、「第四十四条の二」を「第四十四条」に改める部分を除く。）、同令第二十五条の八第十六項の改正規定、同令第二十五条の十二の二第二十四項の改正規定、同令第二十六条の三十二第三項の改正規定、同令第二十七条の四第三項の改正規定、同令第二十七条の十二の四第八項第一号ロの改正規定、同令第三十八条第二項の改正規定、同条第五項の改正規定、同令第三十八条の四第一項の改正規定、同条第三項第一号の改正規定、同条第四十三項の改正規定、同令第三十八条の五第一項第一号の改正規定、同条第二十六項の改正規定、同令第三十九条の十一第一項本文の改正規定（「第百四十五条第一項」を「第百四十四条の八」に改める部分に限る。）、同項ただし書の改正規定（「第百四十五条第一項」を「第百四十四条の八」に改め、「。以下この項において同じ」を削り、「同法第七十五条の二第一項」の下に「若しくは第百四十四条の八」を加える部分に限る。）、同条第二項の改正規定（「第百四十五条第一項」を「第百四十四条の八」に改める部分に限る。）、同令第三十九条の十二第五項の改正規定、同令第三章第八節の二中第三十九条の十二の二の次に一条を加える改正規定、同令第三十九条の十三の改正規定、同令第三十九条の十三の二第一項の改正規定（「第六十条第一項、第六十条の二第一項及び第四項」を「第六十条第一項及び第二項、第六十条の二第一項及び第五項」に改める部分を除く。）、同条第十六項の改正規定、同条第十八項及び第十九項の改正規定、同条第二十項の改正規定、同条第二十一項の改正規定、同条第二十二項の改正規定、同令第三十九条の十五第一項第四号ハ及びニの改正規定、同令第三十九条の十八の改正規定、同令第三十九条の三十の改正規定、同令第三十九条の三十一第六項第一号の改正規定、同条第十項の改正規定、同令第三十九条の三十二第三項第一号の改正規定、同条第六項の改正規定、同令第三十九条の三十三の三の改正規定、同条の次に一条を加える改正規定、同令第三十九条の三十五の改正規定、同令第三十九条の三十五の二の改正規定、同令第三十九条の三十五の三の改正規定（同条第六項に係る部分を除く。）、同令第三十九条の三十五の四に三項を加える改正規定、同令第三十九条の百十二第十三項第一号の改正規定、同令第三十九条の百十三の二第十六項の改正規定、同令第三十九条の百十五第一項第四号ハ及びニの改正規定、同令第三十九条の百十八第九項から第十一項までの改正規定、同令第三十九条の百二十六の三の次に一条を加える改正規定、同令第三十九条の百二十九の改正規定並びに同令第三十九条の百三十の改正規定並びに附則第二十二条の規定 平成二十八年四月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二条の改正規定、同令第二条の五第二項の改正規定、同令第二条の二十七の改正規定、同令第四条の二第一項第二号の改正規定、同令第二十五条の八第三項第一号の改正規定、同令第二十五条の十の二第十五項第六号の改正規定（「株式無償割当て又は」を「株式無償割当て、」に、「により取得する」を「又は投資信託及び投資法人に関する法律第八十八条の十三に規定する新投資口予約権無償割当てにより取得する」に改める部分に限る。）、同項第十二号ロの改正規定、同令第二十五条の十の五第三項第二号の改正規定（「又は新株予約権無償割当て」を「、新株予約権無償割当て又は新投資口予約権無償割当て」に改める部分に限る。）、同令第二十五条の十一の二第五項の改正規定、同令第二十五条の十三第十項第二号の改正規定（「又は記録」を「若しくは記録をし、又は当該非課税口座に保管の委託」に改める部分を除く。）及び同項第九号の改正規定（「又は記録」を「若しくは記録をし、又は当該非課税口座に保管の委託」に改める部分を除く。）並びに附則第三条の規定 金融商品取引法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第四十五号）附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第五条の三第十二項第八号の改正規定、同令第六条の四第二項第二号の改正規定、同令第二十七条の四第八項第八号の改正規定及び同令第二十八条の十第二項第二号の改正規定 薬事法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第八十四号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第七条の二の改正規定（同条第五項に係る部分を除く。）、同令第二十条の二第二項第五号の改正規定、同令第二十二条の八第十九項第二号の改正規定、同令第二十九条の五の改正規定（同条第四項に係る部分を除く。）、同令第三十八条の四第十二項第五号の改正規定、同令第三十九条の五第二十項第二号の改正規定及び同令第三十九条の六十四の改正規定（同条第四項に係る部分を除く。） 中心市街地の活性化に関する法律の一部を改正する法律（平成二十六年法律第三十号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十条の二第二項第六号の改正規定、同条第十四項第四号の改正規定、同令第二十二条の八第十四項の改正規定、同令第二十五条の四第二項の改正規定、同令第三十八条の四第十二項第六号の改正規定、同条第二十三項第四号の改正規定及び同令第三十九条の五第十五項の改正規定並びに附則第八条第一項、第三項及び第十一項の規定 都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第三十九号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十条の二第九項の改正規定、同条第十項の改正規定、同条第十一項の改正規定、同条第二十六項の改正規定、同令第二十二条の三第七項の改正規定、同令第二十二条の六の改正規定、同令第二十二条の八第二十七項の改正規定、同令第二十七条の三の二の改正規定、同令第三十八条の四第十五項の改正規定、同条第十六項を削り、同条第十七項を同条第十六項とし、同条第十八項を同条第十七項とする改正規定、同条第十九項の改正規定、同項を同条第十八項とし、同項の次に一項を加える改正規定、同条第四十四項の改正規定（同項を同条第四十五項とする部分を除く。）、同令第三十九条の二の改正規定、同令第三十九条の五第二十八項の改正規定、同令第三十九条の二十四第二項の改正規定、同令第三十九条の三十七第一項の改正規定、同令第三十九条の百第三項の改正規定及び同令第四十二条の三の改正規定 マンションの建替えの円滑化等に関する法律の一部を改正する法律（平成二十六年法律第八十号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十八条の次に二条を加える改正規定並びに同令第三十九条の五十及び第三十九条の五十一の改正規定 港湾法の一部を改正する法律（平成二十五年法律第三十一号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第四十条の三第四号の改正規定、同令第四十条の四第三項に一号を加える改正規定及び同令第四十条の四の三第六項第二号の改正規定並びに附則第三十五条第二項の規定 就学前の子どもに関する教育、保育等の総合的な提供の推進に関する法律の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十六号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第四十条の七第十三項を同条第十五項とし、同項の次に一項を加える改正規定（第三号に係る部分に限る。）、同令第四十条の七の四の改正規定、同令第四十条の八の二第二十項の改正規定、同令第四十条の八の三の次に五条を加える改正規定、同令第四十条の九第一項の改正規定、同条第三項の改正規定並びに同令第四十条の十第二項及び第四十条の十一第二項の改正規定並びに附則第三十五条第八項から第十項までの規定 地域における医療及び介護の総合的な確保を推進するための関係法律の整備等に関する法律（平成二十六年法律第八十三号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日

別段の定めがあるものを除き、第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、平成二十六年分以後の所得税について適用し、平成二十五年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の規定は、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号。以下「改正法」という。）第十条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第三条の二に規定する支払の確定した日が附則第一条第七号に定める日以後である新法第三条の二に規定する配当等について適用し、改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第三条の二に規定する支払の確定した日が同号に定める日前である同条に規定する配当等については、なお従前の例による。

新令第二条の七第三項、第二条の八（第二号に係る部分に限る。）、第二条の十三（第一号に係る部分に限る。）、第二条の二十一の二、第二条の二十四第三項並びに第二条の二十五第四項及び第六項（第一号に係る部分に限る。）（これらの規定を新令第二条の三十一において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）並びに第二条の三十二第一項の規定は、新令第二条の二十一の二第一項に規定する個人が平成二十七年四月一日以後に同項に規定する育児休業等をする者の財産形成非課税住宅貯蓄継続適用申告書若しくは育児休業等をする者の財産形成非課税年金貯蓄継続適用申告書又は同条第三項に規定する育児休業等期間変更申告書を提出する場合について適用する。

旧法第八条第一項に規定する金融機関がこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に支払を受けるべき第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第三条の三第一項に規定する利子等については、なお従前の例による。

改正法附則第五十三条第三項の規定により旧法第十二条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区を新法第十二条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区とみなして同項の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第六条の三第一項第三号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正後の沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号。以下「新沖縄振興特別措置法」という。）第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

新令第六条の三第二項の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第十二条第一項に規定する工業用機械等について適用し、個人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第十二条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

旧令第六条の三第十五項に規定する奄美群島内の市町村の長が策定した同条第十二項に規定する産業投資促進計画で施行日前にその計画期間が開始したもの（以下この項において「旧産業投資促進計画」という。）については、施行日から平成二十六年六月三十日（その日までに、当該市町村が作成した奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第十一条第一項に規定する産業振興促進計画につき同条第八項の認定を受けた場合には、その認定を受けた日の前日）までの間は、当該計画期間を新令第六条の三第十二項に規定する計画期間と、当該旧産業投資促進計画を当該市町村が作成した同条第十三項第三号に定める認定産業振興促進計画と、当該旧産業投資促進計画に係る旧令第六条の三第十六項の規定により同項の関係大臣が指定した地区を新令第六条の三第十八項に規定する地区と、当該指定した地区に係る旧産業投資促進計画に記載された事業を同条第十九項に規定する認定産業振興促進計画に記載された事業と、それぞれみなして、同条第十二項（新法第十二条第三項の表の第三号に係る部分に限る。）、第十三項（第三号に係る部分に限る。）、第十八項及び第十九項の規定を適用する。

改正法附則第五十三条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十二条（第三項の表の第二号（同号の上欄に規定する政令で定める区域に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第六条の三第十一項、第十二項及び第十五項から第十八項までの規定は、なおその効力を有する。

個人が施行日前に支出した旧令第十八条の四第三項第三号及び第五号から第八号までに掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。

新令第二十条の二第二項（第六号に係る部分に限る。）の規定は、個人が附則第一条第十号に定める日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十条の二第十四項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡及び新法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡及び旧法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十条の二第十四項（第四号に係る部分に限る。）の規定は、個人が附則第一条第十号に定める日以後に行う新法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡及び新法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十一条の二第一項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当する譲渡及び旧法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十二条の九第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）附則第三条の規定によりなお従前の例により同条に規定する旧農地保有合理化法人（以下この項において「旧農地保有合理化法人」という。）が新たに行う同条に規定する旧農地保有合理化事業（同法附則第二条第一項に規定する旧基盤強化法第四条第二項第一号に掲げる事業に限る。）のために、個人が旧農地保有合理化法人に対して行う新法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡については、旧令第二十二条の九第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同号中「農業経営基盤強化促進法第八条第一項に規定する農地保有合理化法人又は同法第十一条の十二に規定する農地利用集積円滑化団体（当該農地保有合理化法人又は農地利用集積円滑化団体が一般社団法人又は一般財団法人である場合には、」とあるのは「農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）附則第三条に規定する旧農地保有合理化法人（」と、「同法第四条第二項第一号又は第三項第一号ロに掲げる農地売買等事業」とあるのは「同条に規定する旧農地保有合理化事業（同法附則第二条第一項に規定する旧基盤強化法第四条第二項第一号に掲げる事業に限る。）」とする。

新令第二十五条第十一項及び第十五項の規定は、個人が施行日以後に新法第三十七条第一項の表の第六号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をし、かつ、当該個人が施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をする場合における当該譲渡について適用し、個人が施行日前に旧法第三十七条第一項の表の第六号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合及び個人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をし、かつ、当該個人が施行日前にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をした場合におけるこれらの譲渡については、なお従前の例による。

改正法附則第五十九条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条から第三十七条の四まで（旧法第三十七条第一項の表の第八号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十五条第一項から第五項まで、第十二項、第十五項及び第十九項から第二十一項まで、第二十五条の二並びに第二十五条の三の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第五十九条第十二項の規定の適用がある場合における新令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

個人の譲渡をした改正法附則第五十九条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法（以下この項及び次項において「旧効力措置法」という。）第三十七条第一項の表の第八号の上欄に掲げる資産が、新法第三十七条第一項の表の各号の上欄又は東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号。以下「震災特例法」という。）第十二条第一項の表の各号の上欄に掲げる資産にも該当する場合における旧効力措置法第三十七条第一項、新法第三十七条第一項又は震災特例法第十二条第一項の規定により譲渡がなかったものとされる部分の金額の計算については、その譲渡をした資産の全部又は一部は、当該個人の選択により、旧効力措置法第三十七条第一項の表の第八号、新法第三十七条第一項の表の各号又は震災特例法第十二条第一項の表の各号のうち、その該当する号のいずれかの号の上欄に掲げる資産にのみ該当するものとして、旧効力措置法第三十七条第一項、新法第三十七条第一項又は震災特例法第十二条第一項の規定を適用する。

個人の取得をした旧効力措置法第三十七条第一項の表の第八号の下欄に掲げる資産が、新法第三十七条第一項の表の各号の下欄又は震災特例法第十二条第一項の表の各号の下欄に掲げる資産にも該当する場合における旧効力措置法第三十七条第一項、新法第三十七条第一項又は震災特例法第十二条第一項の規定により譲渡がなかったものとされる部分の金額の計算については、その取得をした資産の全部又は一部は、当該個人の選択により、旧効力措置法第三十七条第一項の表の第八号、新法第三十七条第一項の表の各号又は震災特例法第十二条第一項の表の各号のうち、その該当する号のいずれかの号の下欄に掲げる資産にのみ該当するものとして、旧効力措置法第三十七条第一項、新法第三十七条第一項又は震災特例法第十二条第一項の規定を適用する。

新令第二十五条の四第二項の規定は、個人が附則第一条第十号に定める日以後に行う新法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十七条の五第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十五項（第二十四号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号に規定する株式付与信託契約に基づき取得する同号に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の四第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同項の規定により届出書を提出する場合について適用する。

新令第二十五条の十三第二十三項（同条第二十項の申請書に係る部分に限る。）の規定は、平成二十七年一月一日以後に提出する同条第二十項の申請書について適用する。

改正法附則第六十一条第四項の承認を受けようとする同項に規定する金融商品取引業者等の営業所の長は、その名称及び所在地、同項に規定する提供事項を提供しようとする税務署長その他の財務省令で定める事項を記載した申請書を、施行日から平成二十六年十二月三十一日までの間に、同項に規定する所轄税務署長に提出しなければならない。

前項の所轄税務署長は、同項の申請書の提出があった場合において、その申請につき承認をし、又は承認をしないこととしたときは、その申請をした者に対し、その旨を書面により通知するものとする。

施行日から平成二十六年十二月三十一日までの間に旧令第二十五条の十三第二十項の申請書又は第二項の申請書の提出があった場合において、その申請書の提出の日から二月を経過する日までにその申請につき承認をし、又は承認をしないこととした旨の通知がなかったときは、同日においてその承認があったものとみなす。

平成二十七年一月一日前に旧法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座を廃止した居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者で、当該非課税口座に係る新法第三十七条の十四第五項第五号に規定する非課税口座廃止通知書（以下この条において「非課税口座廃止通知書」という。）の交付を受けようとするものは、その旨その他財務省令で定める事項を記載した申請書（以下この条において「非課税口座廃止通知書交付申請書」という。）を、同日から平成二十九年九月三十日までの間に、一回に限り、当該非課税口座が開設されていた同項第一号に規定する金融商品取引業者等の営業所の長（以下この条において「金融商品取引業者等の営業所の長」という。）に提出することができる。

新法第三十七条の十四第十九項の規定は、非課税口座廃止通知書交付申請書の提出を受けた金融商品取引業者等の営業所の長について準用する。 この場合において、同項中「非課税口座廃止届出書の提出を受けた金融商品取引業者等」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第十一条第五項に規定する非課税口座廃止通知書交付申請書（以下この項において「非課税口座廃止通知書交付申請書」という。）の提出を受けた金融商品取引業者等」と、「当該非課税口座廃止届出書」とあるのは「当該非課税口座廃止通知書交付申請書」と、「、非課税口座廃止届出書」とあるのは「、非課税口座廃止通知書交付申請書」と、「営業所の長は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるときに限り」とあるのは「営業所の長は」と読み替えるものとする。

新法第三十七条の十四第二十三項に規定する所轄税務署長の承認を受けた金融商品取引業者等の営業所の長は、前項において準用する同条第十九項の規定にかかわらず、同項に規定する方法により、同項に規定する廃止届出事項を同条第二十三項に規定する財務省令で定める税務署長に提供することができる。 同項後段の規定は、この場合について準用する。

第五項の規定により金融商品取引業者等の営業所の長が非課税口座廃止通知書交付申請書の提出を受けた場合における新令第二十五条の十三の六の規定の適用については、同条第四項中「第十九項」とあるのは「第十九項（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第十一条第六項において準用する場合を含む。）」と、同条第五項中「その他」とあるのは「、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第十一条第五項に規定する非課税口座廃止通知書交付申請書その他」とする。

新令第二十五条の十三の二第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する非課税口座異動届出書の同項に規定する提出をする場合について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十三の二第一項に規定する非課税口座異動届出書を提出した場合については、なお従前の例による。

平成二十七年一月一日前に提出した旧令第二十五条の十三の四第一項に規定する非課税口座廃止届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の四第二項の規定は、平成二十七年一月一日以後に同条第一項に規定する出国をする場合について適用し、同日前に旧令第二十五条の十三の四第三項に規定する出国をした場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十四の三の規定は、個人が平成二十八年一月一日以後に行う新法第三十七条の十五第一項に規定する貸付信託の受益権等の譲渡について適用する。

新令第二十五条の十六第二項の規定は、個人が平成二十七年一月一日以後に開始する相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）による新法第三十九条第一項に規定する財産の取得をする場合における同項に規定する資産の譲渡について適用し、個人が同日前に開始した相続又は遺贈による旧法第三十九条第一項に規定する財産の取得をした場合における同項に規定する資産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十七第三項（第四号に係る部分に限る。）の規定は、新法第四十条第一項後段に規定する公益法人等が施行日以後に行う同号に規定する株式交換又は株式移転による譲渡について適用する。

新令第二十五条の十七第五項の規定は、施行日以後にされる新法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、施行日前にされた旧法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十七第六項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後にされる新法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用する。

新令第二十五条の十七第十五項から第十七項まで及び第三十項の規定は、同条第十五項に規定する公益法人等が施行日以後に解散をする場合について適用し、旧令第二十五条の十七第十五項に規定する公益法人等が施行日前に解散をした場合については、なお従前の例による。

新令第二十六条の二十七第一項の規定により読み替えて適用される所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第三百十九条の十二第二項の規定は、平成二十七年十月一日以後に支払を受けるべき改正法第一条の規定による改正後の所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二百三条の六に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払を受けるべき改正法第一条の規定による改正前の所得税法第二百三条の六に規定する公的年金等については、なお従前の例による。

新令第二十七条の三第四項（同条第一項の申請書に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に提出する同条第一項の申請書について適用する。

改正法附則第八十条第二項の規定により旧法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区を新法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区とみなして同条の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第二十七条の九第一項第二号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第二十八条第五項の規定による同条第一項に規定する情報通信産業振興計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

改正法附則第八十条第三項の規定により旧法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区を新法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区とみなして同条の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第二十七条の九第一項第四号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

新令第二十七条の九第二項及び第三項の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の九第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の九第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

改正法附則第八十四条第四項の規定により旧法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区を新法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区とみなして同項の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第二十八条の九第一項第三号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

新令第二十八条の九第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

旧令第二十八条の九第十六項に規定する奄美群島内の市町村の長が策定した同条第十三項に規定する産業投資促進計画で施行日前にその計画期間が開始したもの（以下この項において「旧産業投資促進計画」という。）については、施行日から平成二十六年六月三十日（その日までに、当該市町村が作成した奄美群島振興開発特別措置法第十一条第一項に規定する産業振興促進計画につき同条第八項の認定を受けた場合には、その認定を受けた日の前日）までの間は、当該計画期間を新令第二十八条の九第十二項に規定する計画期間と、当該旧産業投資促進計画を当該市町村が作成した同条第十四項第三号に定める認定産業振興促進計画と、当該旧産業投資促進計画に係る旧令第二十八条の九第十七項の規定により同項の関係大臣が指定した地区を新令第二十八条の九第十九項に規定する地区と、当該指定した地区に係る旧産業投資促進計画に記載された事業を同条第二十項に規定する認定産業振興促進計画に記載された事業と、それぞれみなして、同条第十二項（新法第四十五条第二項の表の第三号に係る部分に限る。）、第十四項（第三号に係る部分に限る。）、第十九項及び第二十項の規定を適用する。

改正法附則第八十四条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十五条（第二項の表の第二号（同号の上欄に規定する政令で定める区域に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十八条の九第十一項から第十三項まで及び第十六項から第二十項までの規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同項中「法第六十八条の二十七第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の二十七第二項」と、「第三十九条の五十六第七項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第三十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の五十六第七項」とする。

改正法附則第八十六条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十条（第一項の表の第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十六条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項第三号中「沖縄振興特別措置法施行令」とあるのは、「沖縄振興特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百三十六号）による改正前の沖縄振興特別措置法施行令」とする。

改正法附則第八十六条第五項の規定の適用がある場合における新令第三十九条の十三の二第一項、第三十九条の三十一第四項及び第三十九条の三十二第一項の規定の適用については、これらの規定中「第百十二条第十四項」とあるのは、「第百十二条第十四項並びに所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十六条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十条第一項」とする。

改正法附則第八十六条第五項の規定の適用がある場合における法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第七十三条第二項及び第七十七条の二第二項の規定の適用については、これらの規定中「規定を適用しないで」とあるのは、「規定及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十六条第五項（沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十条第一項（沖縄の認定法人の所得の特別控除）の規定を適用しないで」とする。

外国法人の平成二十八年四月一日前に開始した事業年度において旧法第六十二条第一項の規定の適用がある場合における改正法附則第三十三条第二項の規定の適用については、同項の表第一項第一号の項中「加算した金額」とあるのは、「加算した金額とし、租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十二条第一項（使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例）の規定により加算された金額がある場合には、当該金額を控除した金額」とする。

新令第三十九条の六第二項の規定は、法人が施行日以後に行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）附則第三条の規定によりなお従前の例により同条に規定する旧農地保有合理化法人（以下この項において「旧農地保有合理化法人」という。）が新たに行う同条に規定する旧農地保有合理化事業（同法附則第二条第一項に規定する旧基盤強化法第四条第二項第一号に掲げる事業に限る。）のために、法人が旧農地保有合理化法人に対して行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡については、旧令第三十九条の六第二項の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同項中「農業経営基盤強化促進法第八条第一項に規定する農地保有合理化法人又は同法第十一条の十二に規定する農地利用集積円滑化団体（当該農地保有合理化法人又は農地利用集積円滑化団体が一般社団法人又は一般財団法人である場合には、」とあるのは「農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）附則第三条に規定する旧農地保有合理化法人（」と、「同法第四条第二項第一号又は第三項第一号ロに掲げる農地売買等事業」とあるのは「同条に規定する旧農地保有合理化事業（同法附則第二条第一項に規定する旧基盤強化法第四条第二項第一号に掲げる事業に限る。）」とする。

新令第三十九条の七第五項及び第九項の規定は、法人が施行日以後に新法第六十五条の七第一項の表の第六号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が施行日前に旧法第六十五条の七第一項の表の第六号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をするこれらの号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

改正法附則第九十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十五条の七から第六十五条の九まで（旧法第六十五条の七第一項の表の第八号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の七第一項、第七項、第十項、第十四項から第二十一項まで、第二十三項、第二十四項、第二十八項、第二十九項及び第三十一項から第四十七項までの規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第九十条第八項の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下この項において「平成二十八年新令」という。）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる平成二十八年新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第九十条第八項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

法人の譲渡をした改正法附則第九十条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第六十五条の七第一項の表の第八号の上欄に掲げる資産が、新法第六十五条の七第一項の表の各号の上欄又は震災特例法第十九条第一項の表の各号の上欄に掲げる資産にも該当する場合における旧効力措置法第六十五条の七第一項若しくは第九項、新法第六十五条の七第一項若しくは第九項又は震災特例法第十九条第一項若しくは第八項の規定により損金の額に算入される金額の計算については、その譲渡をした資産の全部又は一部は、当該法人の選択により、旧効力措置法第六十五条の七第一項の表の第八号、新法第六十五条の七第一項の表の各号又は震災特例法第十九条第一項の表の各号のうち、その該当する号のいずれかの号の上欄に掲げる資産にのみ該当するものとして、旧効力措置法第六十五条の七第一項若しくは第九項、新法第六十五条の七第一項若しくは第九項又は震災特例法第十九条第一項若しくは第八項の規定を適用する。

法人の取得をした旧効力措置法第六十五条の七第一項の表の第八号の下欄に掲げる資産が、新法第六十五条の七第一項の表の各号の下欄又は震災特例法第十九条第一項の表の各号の下欄に掲げる資産にも該当する場合における旧効力措置法第六十五条の七第一項若しくは第九項、新法第六十五条の七第一項若しくは第九項又は震災特例法第十九条第一項若しくは第八項の規定により損金の額に算入される金額の計算については、その取得をした資産の全部又は一部は、当該法人の選択により、旧効力措置法第六十五条の七第一項の表の第八号、新法第六十五条の七第一項の表の各号又は震災特例法第十九条第一項の表の各号のうち、その該当する号のいずれかの号の下欄に掲げる資産にのみ該当するものとして、旧効力措置法第六十五条の七第一項若しくは第九項、新法第六十五条の七第一項若しくは第九項又は震災特例法第十九条第一項若しくは第八項の規定を適用する。

前二項の規定は、旧効力措置法第六十五条の八第一項の特別勘定の金額若しくは同条第二項に規定する期中特別勘定の金額の計算、新法第六十五条の八第一項の特別勘定の金額若しくは同条第二項に規定する期中特別勘定の金額の計算又は震災特例法第二十条第一項の特別勘定の金額若しくは同条第二項に規定する期中特別勘定の金額の計算及び旧効力措置法第六十五条の八第七項において準用する旧効力措置法第六十五条の七第一項若しくは旧効力措置法第六十五条の八第八項において準用する旧効力措置法第六十五条の七第九項、新法第六十五条の八第七項において準用する新法第六十五条の七第一項若しくは新法第六十五条の八第八項において準用する新法第六十五条の七第九項又は震災特例法第二十条第七項において準用する震災特例法第十九条第一項若しくは震災特例法第二十条第八項において準用する震災特例法第十九条第八項の規定により損金の額に算入される金額の計算について準用する。

新令第三十九条の十二第九項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

法人が施行日前に支出した旧令第三十九条の二十二第二項第三号、第五号から第七号まで及び第十号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。

施行日から平成二十六年九月三十日までの間における新令第三十九条の四十一第九項及び第十項の規定の適用については、同条第九項中「金額及び法第六十八条の十一第二十項の規定により読み替えて適用される地方法人税法第十五条第一項各号列記以外の部分に規定する政令で定める金額」とあるのは「金額」と、同条第十項中「金額及び法第六十八条の十一第二十一項の規定により読み替えて適用される地方法人税法第十五条第一項各号列記以外の部分に規定する政令で定める金額は、法人税法」とあるのは「金額は、同法」とする。

改正法附則第百九条第二項の規定により旧法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区を新法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区とみなして新法第六十八条の十三の規定を適用する場合における同条第一項に規定する政令で定める期間は、新令第三十九条の四十三第一項（新令第二十七条の九第一項第二号に係る部分に限る。）の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第二十八条第五項の規定による同条第一項に規定する情報通信産業振興計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

改正法附則第百九条第三項の規定により旧法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区を新法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区とみなして新法第六十八条の十三の規定を適用する場合における同条第一項に規定する政令で定める期間は、新令第三十九条の四十三第一項（新令第二十七条の九第一項第四号に係る部分に限る。）の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

新令第三十九条の四十三第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十三第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十三第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

施行日から平成二十六年九月三十日までの間における新令第三十九条の四十四第五項及び第六項の規定の適用については、同条第五項中「金額及び法第六十八条の十四第十三項の規定により読み替えて適用される地方法人税法第十五条第一項各号列記以外の部分に規定する政令で定める金額」とあるのは「金額」と、同条第六項中「金額及び法第六十八条の十四第十四項の規定により読み替えて適用される地方法人税法第十五条第一項各号列記以外の部分に規定する政令で定める金額は、法人税法」とあるのは「金額は、同法」とする。

連結親法人及び当該連結親法人による連結完全支配関係にある各連結子法人が改正法附則第百十二条第二項の規定により読み替えて適用される新法第六十八条の十五の五第一項の規定の適用を受ける場合には、当該連結親法人及びその各連結子法人に係る新令第三十九条の四十六第十八項の規定の適用については、当該連結親法人又はその連結子法人のうち次の各号に掲げる連結法人に該当するもの（以下この条において「特例連結法人等」という。）に係る同項第一号に掲げる金額には当該各号に定める金額を含むものとし、同項第二号に掲げる金額には各特例連結法人等の当該各号に定める金額の合計額を含むものとする。 改正法附則第百十二条第二項の規定により読み替えて適用される新法第六十八条の十五の五第一項に規定する経過雇用者給与等支給増加額の計算の基礎となった連結親法人又はその連結子法人 当該連結親法人又はその連結子法人の改正法附則第百十二条第二項に規定する対象経過年度である同項に規定する経過年度を新法第六十八条の十五の五第二項第三号に規定する適用年度とみなした場合の同号に規定する雇用者給与等支給額から同項第四号に規定する基準雇用者給与等支給額を控除した金額 改正法附則第百十二条第四項に規定する特例連結法人 同項各号に掲げる事業年度である当該特例連結法人の同項に規定する特例対象事業年度の期間を改正法附則第八十二条第二項に規定する経過年度として当該特例連結法人の改正法附則第百十二条第二項に規定する特例連結事業年度の期間に相当する事業年度について改正法附則第八十二条第二項の規定により読み替えて適用する新法第四十二条の十二の四の規定を適用した場合の同条第一項に規定する経過雇用者給与等支給増加額

施行日から平成二十六年九月三十日までの間における新令第三十九条の四十七第十項の規定の適用については、同項中「金額及び法第六十八条の十五の六第十六項の規定により読み替えて適用される地方法人税法第十五条第一項各号列記以外の部分に規定する政令で定める金額」とあるのは、「金額」とする。

改正法附則第百十五条第四項の規定により旧法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区を新法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区とみなして新法第六十八条の二十七第一項の規定を適用する場合における同項に規定する期間は、新令第二十八条の九第一項第三号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの期間とする。

新令第三十九条の五十六第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

旧令第二十八条の九第十六項に規定する奄美群島内の市町村の長が策定した同条第十三項に規定する産業投資促進計画で施行日前にその計画期間が開始したもの（以下この項において「旧産業投資促進計画」という。）については、施行日から平成二十六年六月三十日（その日までに、当該市町村が作成した奄美群島振興開発特別措置法第十一条第一項に規定する産業振興促進計画につき同条第八項の認定を受けた場合には、その認定を受けた日の前日）までの間は、当該計画期間を新令第三十九条の五十六第二項に規定する計画期間と、当該旧産業投資促進計画を当該市町村が作成した同条第四項第三号に定める認定産業振興促進計画と、それぞれみなして、同条第二項（新法第六十八条の二十七第二項の表の第三号に係る部分に限る。）及び第四項（第三号に係る部分に限る。）の規定を適用する。

改正法附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の二十七（第二項の表の第二号（旧法第四十五条第二項の表の第二号の上欄に規定する政令で定める区域に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の五十六第二項から第四項まで及び第六項から第八項までの規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項中「法第四十五条第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十四条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第四十五条第二項」と、同条第三項中「第二十八条の九第十二項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下この条において「旧効力措置法施行令」という。）第二十八条の九第十二項」と、同条第四項中「第二十八条の九第十三項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十三項」と、同条第六項第二号中「第二十八条の九第十八項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十八項」と、同条第八項中「法第四十五条第二項」とあるのは「旧効力措置法第四十五条第二項」と、「第二十八条の九第十九項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十八条の九第十九項」とする。

改正法附則第百十七条第四項の規定の適用を受ける同項に規定する旧認定法人の施行日以後に終了する連結事業年度における新令第三十九条の九十の規定の適用については、同条第十項第一号中「百分の四十」とあるのは、「百分の三十五」とする。

改正法附則第百十七条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の六十三（第一項の表の第三号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の九十第一項から第三項まで及び第五項から第十一項までの規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項第三号中「沖縄振興特別措置法施行令」とあるのは「沖縄振興特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百三十六号）による改正前の沖縄振興特別措置法施行令」と、同条第五項中「の規定を」とあるのは「並びに東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第二十六条の三第一項の規定を」と、同条第八項中「軽減対象連結所得金額の百分の四十に相当する金額（同条第一項」とあるのは「軽減対象連結所得金額（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第三十二条第三項の規定により読み替えて適用される同令第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の九十第六項の規定の適用がある場合には、同項第一号に定める金額。以下この項において同じ。）の百分の四十に相当する金額（法第六十八条の六十三第一項」とする。

改正法附則第百十七条第五項の規定の適用がある場合における新令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百十七条第五項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第百五十五条の十三第二項及び第百五十五条の十三の二第二項の規定の適用については、これらの規定中「規定を適用しないで」とあるのは、「規定及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十七条第五項（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の六十三第一項（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除）の規定を適用しないで」とする。

改正法附則第百二十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（旧法第六十八条の七十八第一項の表の第八号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の百六第一項、第四項、第八項から第十五項まで、第十七項、第十八項、第二十二項、第二十三項及び第二十五項から第四十一項までの規定は、なおその効力を有する。 この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百二十二条第八項の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下この項において「平成二十八年新令」という。）の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる平成二十八年新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

改正法附則第百二十二条第八項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の譲渡をした改正法附則第百二十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第六十八条の七十八第一項の表の第八号の上欄に掲げる資産が、新法第六十八条の七十八第一項の表の各号の上欄又は震災特例法第二十七条第一項の表の各号の上欄に掲げる資産にも該当する場合における旧効力措置法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項、新法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項又は震災特例法第二十七条第一項若しくは第八項の規定により損金の額に算入される金額の計算については、その譲渡をした資産の全部又は一部は、当該連結親法人又はその連結子法人の選択により、旧効力措置法第六十八条の七十八第一項の表の第八号、新法第六十八条の七十八第一項の表の各号又は震災特例法第二十七条第一項の表の各号のうち、その該当する号のいずれかの号の上欄に掲げる資産にのみ該当するものとして、旧効力措置法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項、新法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項又は震災特例法第二十七条第一項若しくは第八項の規定を適用する。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の取得をした旧効力措置法第六十八条の七十八第一項の表の第八号の下欄に掲げる資産が、新法第六十八条の七十八第一項の表の各号の下欄又は震災特例法第二十七条第一項の表の各号の下欄に掲げる資産にも該当する場合における旧効力措置法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項、新法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項又は震災特例法第二十七条第一項若しくは第八項の規定により損金の額に算入される金額の計算については、その取得をした資産の全部又は一部は、当該連結親法人又はその連結子法人の選択により、旧効力措置法第六十八条の七十八第一項の表の第八号、新法第六十八条の七十八第一項の表の各号又は震災特例法第二十七条第一項の表の各号のうち、その該当する号のいずれかの号の下欄に掲げる資産にのみ該当するものとして、旧効力措置法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項、新法第六十八条の七十八第一項若しくは第九項又は震災特例法第二十七条第一項若しくは第八項の規定を適用する。

前二項の規定は、旧効力措置法第六十八条の七十九第一項の特別勘定の金額若しくは同条第三項に規定する期中特別勘定の金額の計算、新法第六十八条の七十九第一項の特別勘定の金額若しくは同条第三項に規定する期中特別勘定の金額の計算又は震災特例法第二十八条第一項の特別勘定の金額若しくは同条第三項に規定する期中特別勘定の金額の計算及び旧効力措置法第六十八条の七十九第八項において準用する旧効力措置法第六十八条の七十八第一項若しくは旧効力措置法第六十八条の七十九第九項において準用する旧効力措置法第六十八条の七十八第九項、新法第六十八条の七十九第八項において準用する新法第六十八条の七十八第一項若しくは新法第六十八条の七十九第九項において準用する新法第六十八条の七十八第九項又は震災特例法第二十八条第八項において準用する震災特例法第二十七条第一項若しくは震災特例法第二十八条第九項において準用する震災特例法第二十七条第八項の規定により損金の額に算入される金額の計算について準用する。

新令第三十九条の百十二第八項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第四十条の三第一号の三の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得する財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。

新令第四十条の三第四号及び第四十条の四第三項第十二号の規定は、附則第一条第十三号に定める日以後に相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。

改正法附則第百二十八条第四項の規定の適用がある場合における同項第一号から第九号までに掲げる受贈者（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第六十六条第四項の規定の適用を受けた者を除く。）に対する新法第七十条の四第十項第三号の規定の適用については、同号中「場合（当該貸付特例適用農地等につき耕作の放棄があつた場合を含む。）」とあるのは、「場合」とする。

改正法附則第百二十八条第八項の規定の適用がある場合における同項第一号から第六号までに掲げる農業相続人（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第六十六条第八項の規定の適用を受けた者を除く。）に対する新法第七十条の六第十二項第三号の規定の適用については、同号中「場合（当該貸付特例適用農地等につき耕作の放棄があつた場合を含む。）」とあるのは、「場合」とする。

施行日から平成二十六年十二月三十一日までの間における新令第四十条の七の規定の適用については、同条第十六項第一号中「第九項」とあるのは「第八項」と、同項第二号中「第四十条の八の二第十三項」とあるのは「第四十条の八の二第十四項」とする。

農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律附則第三条の規定によりなお従前の例により同条に規定する旧農地保有合理化法人が新たに同条に規定する旧農地保有合理化事業を行う場合又は同法附則第四条第一項の規定により同項各号に掲げる同法附則第三条に規定する旧農地保有合理化事業の実施についてなお従前の例によることとされる場合には、旧令第四十条の六第九項（第四号に係る部分に限る。）、第四十六項（第一号に係る部分に限る。）及び第五十五項並びに第四十条の七第八項、第五十項（第一号に係る部分に限る。）及び第五十四項の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、これらの規定中「農業経営基盤強化促進法」とあるのは、「農業の構造改革を推進するための農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する等の法律（平成二十五年法律第百二号）第一条の規定による改正前の農業経営基盤強化促進法」とする。

改正法附則第百二十八条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条の四の二第一項（第一号に係る部分に限る。）及び第七十条の六の二第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第四十条の六の二第一項及び第四十条の七の二第一項の規定は、なおその効力を有する。

附則第一条第十四号に定める日から平成二十六年十二月三十一日までの間における新令第四十条の八の二の規定の適用については、同条第二十項中「第十三項」とあるのは、「第十四項」とする。

附則第一条第十四号に定める日から平成二十六年十二月三十一日までの間における新令第四十条の八の五の規定の適用については、同条第一項中「第七十条の二の三及び第七十条の二の四」とあるのは、「第七十条の二の三」とする。

新令第四十条の十第二項及び第四十条の十一第二項の規定は、附則第一条第十四号に定める日以後に相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。

改正法附則第百二十八条第二十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十条の十二第三項の規定に基づく旧令第四十条の十一の二の規定は、なおその効力を有する。

施行日から平成二十八年三月三十一日までの間における新令第五十条の二の二第六項の規定の適用については、同項中「法第九十条の三の二第一号」とあるのは、「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第四十三条第三項第一号」とする。