租税特別措置法施行令 附　則 （平成二八年三月三一日政令第一五九号）

この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 附則第四十三条（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第二十三条第五項の改正規定及び同令附則第三十三条第二項の改正規定を除く。）の規定 公布の日 次に掲げる規定 平成二十九年一月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二十五条第十八項第一号及び第二十項第一号の改正規定、同令第二十五条の四第八項第一号及び第二十五条の六第五項第一号の改正規定、同令第二十五条の十八の四第三項第一号の改正規定、同令第二十六条の二十七の二を同令第二十六条の二十七の三とし、同令第二十六条の二十七の次に一条を加える改正規定、同令第四十条の四の三第二十六項の改正規定、同令第四十条の六第二十四項第一号イの改正規定、同項第二号イの改正規定、同条第二十九項第一号、第三十二項第一号及び第三十六項第一号の改正規定、同条第三十九項第一号の改正規定、同条第四十六項第一号の改正規定、同条第六十四項第一号及び第六十六項第一号の改正規定、同令第四十条の七第二十五項第一号イの改正規定、同項第二号イの改正規定、同条第三十項第一号、第三十四項第一号及び第三十九項第一号の改正規定、同条第四十三項第一号の改正規定、同条第五十二項第一号の改正規定、同条第六十四項第一号及び第六十六項第一号の改正規定、同令第四十条の七の四第十七項第一号の改正規定、同令第四十条の八第三十五項第一号の改正規定、同令第四十条の八の二第四十二項第一号の改正規定、同令第四十条の八の四第十一項第一号の改正規定、同令第四十六条の十二の改正規定、同令第四十六条の二十七第一項第一号及び第二項第一号、第四十七条の九第一号、第四十八条の三第一号並びに第四十八条の五第一項第一号の改正規定並びに同令第五十条の二第十一項第一号の改正規定並びに附則第八条第三項、第三十七条（第一項、第五項及び第九項を除く。）、第三十八条及び第三十九条の規定 第三条中租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成七年政令第百五十八号）附則第二十八条第七項第一号の改正規定及び同条第十四項第一号の改正規定並びに附則第四十条の規定 第一条中租税特別措置法施行令第三条の三第一項の改正規定、同令第五条の三第七項の改正規定（「、第十条の五の四第五項及び第六項」を削る部分に限る。）、同令第五条の六の四を削る改正規定、同令第五条の七第一項の改正規定、同条第四項の改正規定、同条第五項の改正規定（「、第十条の五の三第六項及び第十条の五の四第十項」を「及び第十条の五の三第六項」に改める部分に限る。）、同令第二十七条の十二の五を削る改正規定、同令第二十七条の十三第一項の改正規定、同条第五項の改正規定（「、第四十二条の十二の四第六項及び第四十二条の十二の五第十五項」を「及び第四十二条の十二の四第六項」に改める部分に限る。）、同令第三十九条の十二の改正規定、同令第三十九条の十二の二第一項の改正規定、同令第三十九条の十二の三の改正規定、同令第三十九条の三十三の四の改正規定、同令第三十九条の四十七の改正規定、同令第三十九条の四十八第一項の改正規定、同条第五項の改正規定（「、第六十八条の十五の五第六項及び第六十八条の十五の六第十六項」を「及び第六十八条の十五の五第六項」に改める部分に限る。）、同条第六項の改正規定（「、第六十八条の十五の五第六項若しくは第六十八条の十五の六第十六項」を「若しくは第六十八条の十五の五第六項」に改める部分及び同項第十一号を削り、同項第十二号を同項第十一号とする部分に限る。）、同条第七項の改正規定（「第十二号ロ」を「第十一号ロ」に改める部分に限る。）、同令第三十九条の百十二の改正規定、同令第三十九条の百十二の二第一項の改正規定及び同令第三十九条の百二十六の四の改正規定並びに附則第六条の規定 平成二十九年四月一日 第一条中租税特別措置法施行令第四条の二第十一項の改正規定、同令第二十五条の九第十五項の改正規定、同令第二十五条の十一の二第二十項の表の改正規定、同令第二十五条の十二の二第二十四項の表の改正規定、同令第二十五条の十八の三の改正規定、同令第二十五条の十八の四第一項第一号の改正規定、同令第二十六条の二十六第十一項の表の改正規定、同令第二十六条の二十八の三第九項の改正規定及び同令第二十六条の二十八の七の改正規定 平成三十年一月一日 第六条中租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十四年政令第百五号）附則第十二条第二項の表の改正規定及び同令附則第十九条第二項の表の改正規定（同表第二十三条第一項の項中「、同法」を「うち、同法」に、「、法人税法」を「うち、法人税法」に改める部分を除く。）並びに附則第四十一条の規定 令和元年十月一日 第一条中租税特別措置法施行令の目次の改正規定（「国際戦略総合特別区域における指定特定事業法人」を「国家戦略特別区域における指定法人」に改める部分及び「国際戦略総合特別区域における連結法人である指定特定事業法人」を「国家戦略特別区域における連結法人である指定法人」に改める部分に限る。）、同令第三十六条第七項の改正規定（「、第六十一条第一項及び第五項」を削る部分に限る。）、同令第三章第三節の四の節名の改正規定、同令第三十七条の改正規定、同令第三十九条の十三の二第一項の改正規定（「第六十一条第一項及び第五項」を「第六十一条第一項」に改める部分に限る。）、同令第三十九条の三十一第四項及び第三十九条の三十二第一項の改正規定、同令第三十九条の九十第七項の改正規定（「第六十八条の六十三の二第一項及び第五項」を「第六十八条の六十三の二第一項」に改める部分に限る。）、同章第十四節の二の節名の改正規定、同令第三十九条の九十の二の改正規定、同令第三十九条の百十三の二第一項の改正規定（「第六十八条の六十三の二第一項及び第五項」を「第六十八条の六十三の二第一項」に改める部分に限る。）並びに同令第三十九条の百二十五第二項及び第三十九条の百二十六第一項の改正規定 国家戦略特別区域法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第五十五号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第八条の改正規定、同令第二十九条の六の改正規定及び同令第三十九条の六十五の改正規定並びに附則第七条第三項、第十七条第三項及び第三十条第三項の規定 流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律の一部を改正する法律（平成二十八年法律第三十六号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十二条の改正規定、同令第二十二条の三の改正規定、同令第二十二条の六の改正規定、同令第二十五条第十七項の改正規定、同令第三十八条の四第十項第三号ロの改正規定、同令第三十九条の改正規定、同令第三十九条の二の改正規定、同令第三十九条の七の改正規定、同令第三十九条の百の改正規定及び同令第三十九条の百六第二十一項の改正規定並びに附則第八条第一項及び第二項並びに第二十二条の規定 都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第七十二号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十五条の十七第三項第三号の改正規定 風俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第四十五号）の施行の日（平成二十八年六月二十三日） 第一条中租税特別措置法施行令第二十六条の二十八の二第一項第三号ロの改正規定 社会福祉法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第二十一号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十七条の十二の二を同令第二十七条の十二とし、同条の次に一条を加える改正規定（同令第二十七条の十二の二を同令第二十七条の十二とする部分を除く。）、同令第三十九条の四十五の三を同令第三十九条の四十五の二とし、同条の次に一条を加える改正規定（同令第三十九条の四十五の三を同令第三十九条の四十五の二とする部分を除く。）及び同令第三十九条の四十八第六項第八号の次に一号を加える改正規定並びに附則第十五条及び第二十八条の規定 地域再生法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第三十号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十八条の八（見出しを含む。）の改正規定及び同令第三十九条の五十五（見出しを含む。）の改正規定 国立研究開発法人情報通信研究機構法及び特定通信・放送開発事業実施円滑化法の一部を改正する等の法律（平成二十八年法律第三十二号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第三十九条の二十四の二の改正規定及び同令第三十九条の百二十二の二の改正規定 医療法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第七十四号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日

別段の定めがあるものを除き、第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二章の規定は、平成二十八年分以後の所得税について適用し、平成二十七年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二条の規定は、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号。以下「改正法」という。）第十条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第三条の二に規定する支払の確定した日がこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後である同条に規定する配当等について適用し、改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第三条の二に規定する支払の確定した日が施行日前である同条に規定する配当等については、なお従前の例による。

新令第二条の六第一項及び第四項、第二条の十四第一項及び第三項並びに第二条の二十四第一項の規定は、施行日以後に提出する新法第四条の二第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄申込書又は新令第二条の十四第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄限度額変更申告書について適用し、施行日前に提出した旧法第四条の二第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄申込書又は第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第二条の十四第一項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄限度額変更申告書については、なお従前の例による。

新令第二条の十七の二の規定は、施行日以後に受理する新法第四条の二第四項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄申告書について適用し、施行日前に受理した旧法第四条の二第四項に規定する財産形成非課税住宅貯蓄申告書については、なお従前の例による。

新令第二条の三十一において準用する新令第二条の六第一項及び第四項、第二条の十四第一項及び第三項並びに第二条の二十四第一項の規定は、施行日以後に提出する新法第四条の三第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄申込書又は新令第二条の三十一において準用する新令第二条の十四第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄限度額変更申告書について適用し、施行日前に提出した旧法第四条の三第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄申込書又は旧令第二条の三十一において準用する旧令第二条の十四第一項に規定する財産形成非課税年金貯蓄限度額変更申告書については、なお従前の例による。

新令第二条の三十一において準用する新令第二条の十七の二の規定は、施行日以後に受理する新法第四条の三第四項に規定する財産形成非課税年金貯蓄申告書について適用し、施行日前に受理した旧法第四条の三第四項に規定する財産形成非課税年金貯蓄申告書については、なお従前の例による。

新令第二条の三十二第三項の規定は、施行日以後に同項の規定により提出する届出書について適用し、施行日前に旧令第二条の三十二第三項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

新令第三条の三第一項の規定は、新法第八条第一項に規定する金融機関（株式会社日本貿易保険に係る部分に限る。）が平成二十九年四月一日以後に支払を受けるべき新令第三条の三第一項に規定する利子等について適用する。

改正法附則第六十三条第二項の規定により読み替えて適用する新法第十三条第一項に規定する政令で定めるものは、新令第六条の五第一項に規定する機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備とする。

改正法附則第六十三条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条の規定に基づく旧令第七条の規定は、なおその効力を有する。

改正法附則第六十三条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十五条の規定に基づく旧令第八条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項第一号中「国土交通大臣が財務大臣と協議して指定する」とあるのは、「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第八条第一項第一号に規定する財務省令で定める」とする。

施行日から附則第一条第六号に定める日の前日までの間における新令第十条の規定の適用については、同条第七号中「又は第七項の規定」とあり、及び「又は第十五条の規定」とあるのは、「の規定」とする。

新令第二十二条第十一項の規定は、個人が附則第一条第七号に定める日以後に新法第三十三条第一項第三号の二に規定する補償金を取得する場合について適用し、個人が同日前に旧法第三十三条第一項第三号の二に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

新令第二十二条第二十一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、個人が附則第一条第七号に定める日以後に新法第三十三条第三項第二号に規定する補償金を取得する場合について適用し、個人が同日前に旧法第三十三条第三項第二号に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条第十八項及び第二十項、第二十五条の四第八項並びに第二十五条の六第五項の規定は、平成二十九年一月一日以後に新令第二十五条第十八項の規定により提出する届出書又は同条第二十項、新令第二十五条の四第八項若しくは新令第二十五条の六第五項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第二十五条第十八項の規定により提出した届出書又は同条第二十項、旧令第二十五条の四第八項若しくは旧令第二十五条の六第五項の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の四第二項の規定は、施行日以後に同項の規定により提出する届出書について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十の四第二項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の二第二項の規定は、施行日以後に提出する同項に規定する非課税口座移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の二第二項に規定する非課税口座移管依頼書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第十七項において準用する新令第二十五条の十三の二第二項の規定は、施行日以後に提出する同項に規定する未成年者口座移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の八第十七項において準用する旧令第二十五条の十三の二第二項に規定する未成年者口座移管依頼書については、なお従前の例による。

居住者が旧法第四十一条第十三項に規定する増改築等（旧令第二十六条第二十六項の規定により読み替えられた同条第二十五項第六号に掲げる工事に係るものに限る。）をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。）を平成二十八年一月一日前に旧法第四十一条第一項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。

居住者が旧法第四十一条の三の二第二項又は第六項に規定する増改築等（旧令第二十六条の四第七項の規定により読み替えられた同条第六項に規定する工事に係るものに限る。）をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。）を平成二十八年一月一日前に旧法第四十一条の三の二第一項又は第五項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。

居住者が旧令第二十六条の四第十九項の改修工事（同項の規定により読み替えられた同条第十八項に規定する改修工事に係るものに限る。）をした家屋（当該改修工事をした部分に限る。）を平成二十八年一月一日前に旧法第四十一条第一項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。

別段の定めがあるものを除き、新令第三章の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

法人の令和元年十月一日前に開始した事業年度における新令第二十七条の十二の二の規定の適用については、同条第一項中「百分の一・四」とあるのは、「百分の二・五八」とする。

法人の施行日前に開始した事業年度における新令第二十七条の十二の二の規定の適用については、同条第一項中「法人税法第百四十一条第二号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第二十五条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第三条の規定による改正前の法人税法第百四十一条第四号」と、同項第三号中「地方税法」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四号）附則第四条第三項又は第十一条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第二条の規定による改正前の地方税法（以下この号において「平成二十六年旧地方税法」という。）」と、「の規定の」とあるのは「（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定の」と、「同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第一号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第一号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）、同法第五十三条第十二項第二号又は第三百二十一条の八第十二項第二号に規定する外国法人の恒久的施設帰属所得に係る控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第二号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第二号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第二号又は第三百二十一条の八第十二項第二号に規定する外国法人の恒久的施設帰属所得に係る控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）及び同法第五十三条第十二項第三号又は第三百二十一条の八第十二項第三号に規定する外国法人の恒久的施設非帰属所得に係る控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第二号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第二号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第三号又は第三百二十一条の八第十二項第三号に規定する外国法人の恒久的施設非帰属所得に係る控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、同法第五十三条第十二項各号又は第三百二十一条の八第十二項各号」とあるのは「これらの規定に規定する控除対象還付法人税額（平成二十六年旧地方税法第五十三条第十三項又は第三百二十一条の八第十三項（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定により平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項に規定する控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項」と、同条第二項中「同項各号」とあるのは「同項第一号、第二号及び第四号」とする。

施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新令第二十七条の十三の規定の適用については、同条第五項中「第四十二条の十二第十項、第四十二条の十二の二第三項」とあるのは、「第四十二条の十二第十項」とする。

改正法附則第九十二条第五項の規定により読み替えて適用する新法第四十六条第一項に規定する政令で定めるものは、新令第二十九条第一項に規定する機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備とする。

改正法附則第九十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第三項中「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十五条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項」と、「第三十九条の六十三第二項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）附則第三十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第二項」とする。

改正法附則第九十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条の規定に基づく旧令第二十九条の六の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項第一号中「国土交通大臣が財務大臣と協議して指定する」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号。第四項において「改正令」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第二十九条の六第一項第一号に規定する財務省令で定める」と、同条第四項中「法第六十八条の三十六第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十五条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十六第一項」と、「第三十九条の六十五第三項」とあるのは「改正令附則第三十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第三項」とする。

施行日から附則第一条第六号に定める日の前日までの間における新令第三十条及び第三十二条の規定の適用については、新令第三十条第一項第七号及び第三項第八号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあり、同項第十六号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第六十八条の三十六の規定」とあり、並びに新令第三十二条第一項第七号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあるのは、「の規定」とする。

改正法附則第九十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の規定に基づく旧令第三十二条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二項中「連結事業年度」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度」と、「第六十八条の四十八第五項第三号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の四十八第五項第三号」とする。

新令第三十四条第十項の規定は、施行日以後に同項の認定を受ける外国法人について適用し、施行日前に旧令第三十四条第十項の認定を受けた外国法人については、なお従前の例による。

新令第三十九条第七項の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後に新法第六十四条第一項第三号の二に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が同日前に旧法第六十四条第一項第三号の二に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条第十八項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後に新法第六十四条第二項第二号に規定する補償金を取得する場合について適用し、法人が同日前に旧法第六十四条第二項第二号に規定する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の七第五項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第七号に定める日以後に取得（建設及び製作を含む。以下この項において同じ。）をする新法第六十五条の七第一項の表の第六号の下欄に掲げる資産について適用し、法人が同日前に取得をした旧法第六十五条の七第一項の表の第六号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

施行日から平成二十九年三月三十一日までの間に開始する新法第六十六条の四の四第四項第七号に規定する最終親会計年度における新令第三十九条の十二の四第一項の規定の適用については、同項中「次に掲げる場合のいずれか」とあるのは、「第三号に掲げる場合」とする。

新令第三十九条の十八第一項の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額について適用し、旧令第三十九条の十八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十八の二第一項及び第二項の規定は、施行日以後に新法第六十七条の五の二第一項に規定する事実が生ずる場合について適用し、施行日前に旧法第六十七条の五の二第一項に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の四十五の二第十項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の令和元年十月一日前に開始した連結事業年度における新令第三十九条の四十五の三の規定の適用については、同条第一項中「百分の一・四」とあるのは、「百分の二・五八」とする。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度における新令第三十九条の四十五の三の規定の適用については、同条第一項第三号中「地方税法」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四号）附則第四条第三項又は第十一条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第二条の規定による改正前の地方税法（以下この号において「平成二十六年旧地方税法」という。）」と、「の規定の」とあるのは「（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定の」と、「同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額（同法第五十三条第十三項（第一号に係る部分に限る。）又は第三百二十一条の八第十三項（第一号に係る部分に限る。）の規定により同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号に規定する内国法人の控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、同法第五十三条第十二項第一号又は第三百二十一条の八第十二項第一号」とあるのは「これらの規定に規定する控除対象還付法人税額（平成二十六年旧地方税法第五十三条第十三項又は第三百二十一条の八第十三項（平成二十六年旧地方税法第七百三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定により平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項に規定する控除対象還付法人税額とみなされる金額を含む。）のうち、平成二十六年旧地方税法第五十三条第十二項又は第三百二十一条の八第十二項」と、同条第二項中「同項各号」とあるのは「同項第一号、第二号及び第四号」とする。

施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の四十八の規定の適用については、同条第五項及び第六項中「第六十八条の十五の二第十項、第六十八条の十五の三第四項」とあるのは、「第六十八条の十五の二第十項」とする。

改正法附則第百十五条第五項の規定により読み替えて適用する新法第六十八条の三十一第一項に規定する政令で定めるものは、新令第三十九条の六十第一項に規定する機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備とする。

改正法附則第百十五条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第三項中「法第四十七条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第九十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条第一項」と、「第二十九条の四第二項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）附則第十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第二十九条の四第二項」とする。

改正法附則第百十五条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十六の規定に基づく旧令第三十九条の六十五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「第二十九条の六第一項各号」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）附則第十七条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（次項及び第四項において「旧効力令」という。）第二十九条の六第一項各号」と、同条第二項中「第二十九条の六第二項各号」とあるのは「旧効力令第二十九条の六第二項各号」と、「第二十九条の六第二項第一号」とあるのは「旧効力令第二十九条の六第二項第一号」と、同条第四項中「法第四十八条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第九十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第四十八条第一項」と、「第二十九条の六第三項」とあるのは「旧効力令第二十九条の六第三項」とする。

施行日から附則第一条第六号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の六十九及び第三十九条の七十一の規定の適用については、新令第三十九条の六十九第一項第七号及び第三項第八号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第六十八条の三十六の規定」とあり、同項第十六号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあり、並びに新令第三十九条の七十一第一項第七号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第六十八条の三十六の規定」とあるのは、「の規定」とする。

改正法附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十八の規定に基づく旧令第三十九条の七十六の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「第五十六条第五項第三号」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第九十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五十六条第五項第三号」とする。

新令第三十九条の八十八第九項の規定は、施行日以後に同項の認定を受ける外国法人について適用し、施行日前に旧令第三十九条の八十八第九項の認定を受けた外国法人については、なお従前の例による。

新令第三十九条の八十九第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十八第一項の規定は、同項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額について適用し、旧令第三十九条の百十八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する調整適用対象金額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百二十四の二第一項及び第二項の規定は、施行日以後に新法第六十八条の百二の三第一項に規定する事実が生ずる場合について適用し、施行日前に旧法第六十八条の百二の三第一項に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。

新令第四十条の六第六項の規定は、施行日以後に贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。）により取得をする新法第七十条の四第一項に規定する農地等に係る贈与税について適用する。

新令第四十条の六第二十四項、第二十九項、第三十二項、第三十六項、第三十九項（第一号に係る部分に限る。）及び第四十六項の規定は、平成二十九年一月一日以後に同条第二十四項若しくは第四十六項の規定により提出する届出書又は同条第二十九項、第三十二項、第三十六項若しくは第三十九項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第四十条の六第二十四項若しくは第四十六項の規定により提出した届出書又は同条第二十九項、第三十二項、第三十六項若しくは第三十九項の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。

新令第四十条の六第六十四項の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出する同項の届出書について適用し、同日前に提出した旧令第四十条の六第六十四項の届出書については、なお従前の例による。

新令第四十条の六第六十六項の規定は、平成二十九年一月一日以後に同項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に旧令第四十条の六第六十六項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

改正法附則第百二十七条第六項の規定の適用がある場合における同項第一号から第八号までに掲げる受贈者（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第六十六条第四項の規定の適用を受けた者を除く。）に対する新法第七十条の四第一項ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同項第一号中「、当該農地等」とあるのは「、若しくは当該農地等」と、「若しくは当該農地等につき耕作の放棄（農地について農地法第三十六条第一項の規定による勧告（当該農地が農地中間管理事業の推進に関する法律（平成二十五年法律第百一号）第二条第三項に規定する農地中間管理事業の事業実施地域外に所在する場合には、農業委員会その他の政令で定める者が、政令で定めるところにより、当該農地の所在地の所轄税務署長に対し、当該農地が利用意向調査に係るものであつて農地法第三十六条第一項各号に該当する旨の通知をするときにおける当該通知。第十項第二号において同じ。）があつたことをいう。以下この条において同じ。）をし、又は」とあるのは「又は」と、「、設定若しくは耕作の放棄」とあるのは「若しくは設定」とする。

新令第四十条の七第二十五項、第三十項、第三十四項、第三十九項、第四十三項（第一号に係る部分に限る。）及び第五十二項の規定は、平成二十九年一月一日以後に同条第二十五項若しくは第五十二項の規定により提出する届出書又は同条第三十項、第三十四項、第三十九項若しくは第四十三項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第四十条の七第二十五項若しくは第五十二項の規定により提出した届出書又は同条第三十項、第三十四項、第三十九項若しくは第四十三項の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。

新令第四十条の七第六十四項の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出する同項の届出書について適用し、同日前に提出した旧令第四十条の七第六十四項の届出書については、なお従前の例による。

新令第四十条の七第六十六項の規定は、平成二十九年一月一日以後に同項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に旧令第四十条の七第六十六項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

改正法附則第百二十七条第十項の規定の適用がある場合における同項第一号から第五号までに掲げる農業相続人（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第六十六条第八項の規定の適用を受けた者を除く。）に対する新法第七十条の六第一項ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同項第一号中「、当該特例農地等」とあるのは「、若しくは当該特例農地等」と、「若しくは当該特例農地等につき耕作の放棄（農地について農地法第三十六条第一項の規定による勧告（当該農地が農地中間管理事業の推進に関する法律第二条第三項に規定する農地中間管理事業の事業実施地域外に所在する場合には、農業委員会その他の政令で定める者が、政令で定めるところにより、当該農地の所在地の所轄税務署長に対し、当該農地が利用意向調査に係るものであつて農地法第三十六条第一項各号に該当する旨の通知をするときにおける当該通知。第十二項第二号において同じ。）があつたことをいう。同号及び第十二項第三号において同じ。）をし、又は」とあるのは「又は」と、「、設定若しくは耕作の放棄」とあるのは「若しくは設定」とする。

新令第四十条の七の四第十七項、第四十条の八第三十五項及び第四十条の八の二第四十二項（新令第四十条の八の三第十八項において準用する場合を含む。）の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出するこれらの規定の届出書について適用し、同日前に提出した旧令第四十条の七の四第十七項、第四十条の八第三十五項又は第四十条の八の二第四十二項（旧令第四十条の八の三第十八項において準用する場合を含む。）の届出書については、なお従前の例による。

新令第四十条の八の四第十一項（新令第四十条の八の六第二項及び第四十条の八の七第十五項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、平成二十九年一月一日以後に新令第四十条の八の四第十一項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に旧令第四十条の八の四第十一項（旧令第四十条の八の六第二項及び第四十条の八の七第十五項において準用する場合を含む。）の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

新令第四十六条の十二第二項の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出する同条第一項の届出書について適用し、同日前に提出した旧令第四十六条の十二第一項の届出書については、なお従前の例による。

新令第四十六条の十二第三項の規定は、平成二十九年一月一日以後に同項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に旧令第四十六条の十二第三項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

新令第四十六条の二十七第一項及び第二項、第四十七条の九、第四十八条の三並びに第四十八条の五第一項の規定は、平成二十九年一月一日以後にこれらの規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第四十六条の二十七第一項若しくは第二項、第四十七条の九、第四十八条の三又は第四十八条の五第一項の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。

新令第五十条の二第十一項の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出する租税特別措置法第九十条の六の二第三項の書類について適用し、同日前に提出した同項の書類については、なお従前の例による。

第三条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第二十八条第七項（第一号に係る部分に限る。）及び第十四項の規定は、平成二十九年一月一日以後に同条第七項の規定により提出する申請書又は同条第十四項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第二十八条第七項の規定により提出した申請書又は同条第十四項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。

第六条の規定による改正後の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（以下この条において「新平成二十四年改正令」という。）附則第十二条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法（平成二十六年法律第十一号）第十六条第一項の規定は、法人の令和元年十月一日以後に開始する同項第一号に規定する前課税事業年度の同号に規定する地方法人税額について適用し、法人の同日前に開始した第六条の規定による改正前の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（以下この条において「旧平成二十四年改正令」という。）附則第十二条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度の同号に規定する地方法人税額については、なお従前の例による。

新平成二十四年改正令附則第十二条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第二十九条第二項の規定は、法人の令和元年十月一日以後に開始する同項の各課税事業年度の同項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額について適用し、法人の同日前に開始した旧平成二十四年改正令附則第十二条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第二十九条第二項の各課税事業年度の同項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額については、なお従前の例による。

新平成二十四年改正令附則第十九条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第十六条第一項の規定は、連結法人の令和元年十月一日以後に開始する同項第一号に規定する前課税事業年度の同号に規定する地方法人税額について適用し、連結法人の同日前に開始した旧平成二十四年改正令附則第十九条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度の同号に規定する地方法人税額については、なお従前の例による。

新平成二十四年改正令附則第十九条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第二十三条第一項の規定は、連結法人の令和元年十月一日以後に開始する同項本文に規定する課税事業年度の同項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額について適用し、連結法人の同日前に開始した旧平成二十四年改正令附則第十九条第二項の規定により読み替えて適用する地方法人税法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度の同項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額については、なお従前の例による。