租税特別措置法施行令 附　則 （平成三一年三月二九日政令第一〇二号）

この政令は、平成三十一年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第一条中租税特別措置法施行令第二十条の二の改正規定（同条第十一項第二号ロに係る部分を除く。）、同令第二十二条第二十項第二号の改正規定、同令第二十五条の四第二項の改正規定、同条第三項の改正規定、同令第三十八条の四の改正規定（同条第二十項第二号ロに係る部分を除く。）、同令第三十八条の五の改正規定、同令第三十九条第十七項第二号の改正規定、同令第三十九条の九十七の改正規定、同令第四十四条の二第一項の改正規定及び同令第五十五条第一項の改正規定並びに附則第四条第一項、第二十三条第一項、第四十二条（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成三十年政令第百四十五号）附則第二十七条の改正規定に限る。）、第四十四条及び第四十六条の規定 令和元年六月一日 第一条中租税特別措置法施行令第四十条の四の三第三項第二号の改正規定、同条第十三項の改正規定、同条第二十三項の改正規定、同条第二十項の改正規定、同条第十八項の次に五項を加える改正規定（第二十二項及び第二十三項に係る部分に限る。）、同令第四十条の四の四第二十六項の改正規定及び同条第二十九項の改正規定並びに附則第三十八条第三項及び第四項の規定 令和元年七月一日 第一条中租税特別措置法施行令第五条の六の二第一項の改正規定、同令第二十七条の十二の三第一項の改正規定及び同令第四十六条の二第二項の改正規定並びに附則第四十五条（国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）附則第十七項の改正規定に限る。）の規定 令和元年十月一日 第一条中租税特別措置法施行令第四条の六の二の改正規定、同令第四条の九の改正規定、同令第四条の十の改正規定、同令第四条の十一の改正規定、同令第五条の改正規定、同令第二十五条の十の十第六項の改正規定、同令第二十五条の十三の七第二項の改正規定及び同令第二十六条の二十七第一項の改正規定並びに附則第四十一条（復興特別所得税に関する政令（平成二十四年政令第十六号）第十三条第一項の表租税特別措置法施行令の項の改正規定（「第三十九条の十八第十五項」を「第三十九条の十八第十九項」に、「第三十九条の二十の七第六項」を「第三十九条の二十の七第九項」に、「第三十九条の百十八第十五項」を「第三十九条の百十八第十九項」に、「第三十九条の百二十の七第六項」を「第三十九条の百二十の七第九項」に改める部分に限る。）を除く。）の規定 令和二年一月一日 次に掲げる規定 令和二年四月一日 第一条中租税特別措置法施行令の目次の改正規定（「関連者等に係る利子等の」を「支払利子等に係る」に、「関連者等に係る純支払利子等の」を「対象純支払利子等に係る」に改める部分に限る。）、同令第三十九条の十二の改正規定、同令第三十九条の十二の二第一項の改正規定、同令第三十九条の十二の三の改正規定、同令第三章第八節の三の節名の改正規定、同節第二款の款名の改正規定、同令第三十九条の十三の二（見出しを含む。）の改正規定、同令第三十九条の十三の三（見出しを含む。）の改正規定、同令第三十九条の三十三の四の改正規定、同令第三十九条の三十六に一号を加える改正規定、同令第三十九条の百十二の改正規定、同令第三十九条の百十二の二第一項の改正規定、同章第二十六節の節名の改正規定、同節第二款の款名の改正規定、同令第三十九条の百十三の二（見出しを含む。）の改正規定、同令第三十九条の百十三の三（見出しを含む。）の改正規定、同令第三十九条の百二十六の四の改正規定、同令第三十九条の百三十一に一号を加える改正規定、同令第四十条の二第五項の改正規定（「特例対象宅地等（以下この項」の下に「、次項」を加える部分に限る。）及び同項の次に一項を加える改正規定並びに附則第二十五条、第三十四条及び第三十五条の規定 第二条中租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十七年政令第百四十八号）附則第三条第二項の改正規定（「者（以下この項」を「者（以下この条」に改める部分、「同条第七号」を「旧令第二条第七号」に改める部分及び「個人番号（以下この項」を「個人番号（以下この条」に改める部分に限る。）及び同条に一項を加える改正規定 第一条中租税特別措置法施行令第二十六条の四第二十四項の改正規定（「、十三年内」を「十三年内とし、同条第十三項又は第十六項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十一年内とする。」に改める部分及び「同条第二十六項」を「同条第三十一項」に、「第四十一条第二十六項」を「第四十一条第三十一項」に改める部分を除く。）及び附則第十四条第一項の規定 令和二年十月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二十五条の十八の三の改正規定、同令第二十五条の十八の四第一項第一号の改正規定及び同令第二十六条の二十八の七の改正規定 令和三年一月一日 第一条中租税特別措置法施行令第二十五条の十三第五項の改正規定（「二十歳」を「十八歳」に改める部分に限る。）、同令第二十五条の十三の八第二項の改正規定及び同条第七項の改正規定 令和四年四月一日 第一条中租税特別措置法施行令の目次の改正規定（「退職所得」を「退職所得等」に改める部分に限る。）、同令第六条の二の次に一条を加える改正規定、同令第二章第七節の二の節名の改正規定、同令第十九条の三（見出しを含む。）の改正規定（同条第十二項に係る部分（「同項第五号」を「同項第三号」に、「第八十四条第二項第五号」を「第八十四条第二項第三号」に改める部分に限る。）を除く。）、同令第二十五条の十の二第六項の改正規定、同令第二十八条の五から第二十八条の七までの改正規定及び同令第三十九条の五十二から第三十九条の五十四までの改正規定 中小企業の事業活動の継続に資するための中小企業等経営強化法等の一部を改正する法律（令和元年法律第二十一号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十条の二第十一項第二号ロの改正規定及び同令第三十八条の四第二十項第二号ロの改正規定 建築基準法の一部を改正する法律（平成三十年法律第六十七号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十二条の四第二項第四号の改正規定、同令第二十二条の七に三項を加える改正規定（第六項に係る部分に限る。）、同令第三十九条の三第五項第四号の改正規定、同令第三十九条の四第五項を同条第六項とし、同条第四項の次に一項を加える改正規定及び同令第三十九条の百一第四項第四号の改正規定 農地中間管理事業の推進に関する法律等の一部を改正する法律（令和元年法律第十二号）の施行の日 第一条中租税特別措置法施行令第二十二条の八の改正規定（同条第二十八項第一号に係る部分を除く。）、同令第二十二条の九第一項の改正規定、同令第三十九条の五の改正規定、同令第三十九条の六第二項の改正規定、同令第四十条の六の改正規定、同令第四十条の六の二第十一項の改正規定、同令第四十条の七の改正規定（同条第十六項に係る部分を除く。）並びに同令第四十条の七の二第六項及び第四十条の七の四第九項の改正規定並びに附則第四条第三項、第二十三条第三項及び第三十八条第五項から第八項までの規定 農地中間管理事業の推進に関する法律等の一部を改正する法律（令和元年法律第十二号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日

この政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に提出した確定申告書（所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号。以下「改正法」という。）第十一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第二条第一項第十号に規定する確定申告書をいう。以下同じ。）についての第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第四条の二第九項の規定により読み替えられた改正法第一条の規定による改正前の所得税法（昭和四十年法律第三十三号。以下この条及び附則第五条において「旧所得税法」という。）第百二十条第三項第四号（旧所得税法第百二十二条第三項、第百二十三条第三項、第百二十五条第四項及び第百二十七条第四項（これらの規定を旧所得税法第百六十六条において準用する場合を含む。）並びに第百六十六条において準用する場合を含む。附則第五条において同じ。）の規定の適用については、なお従前の例による。

第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第六条の四第二項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作をする改正法第十一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第十二条の二第一項に規定する医療用機器について適用し、個人が施行日前に取得又は製作をした旧法第十二条の二第一項に規定する医療用機器については、なお従前の例による。

改正法附則第三十二条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条（第二項第一号に掲げる建築物（同号ロに掲げる地域内において整備されるものに限る。）及び同項第二号に掲げる構築物に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第七条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第四項第一号中「第九条」とあるのは「第三十条」と、「第十条第一項第三号」とあるのは「第三十一条第一項第三号」とする。

新令第二十二条第二十項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が令和元年六月一日以後に新法第三十三条第三項第二号に規定する資産の損失に対する補償金を取得する場合について適用し、個人が同日前に旧法第三十三条第三項第二号に規定する資産の損失に対する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

施行日から附則第一条第十一号に定める日の前日までの間における新令第二十二条の七第二項の規定の適用については、同項中「第四項及び第六項」とあるのは、「第四項」とする。

新令第二十二条の九第一項の規定は、個人が附則第一条第十二号に定める日以後に行う新法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧法第三十四条の三第一項に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

施行日前に提出した確定申告書についての旧令第二十五条の九第十四項の規定により読み替えられた旧所得税法第百二十条第三項第四号の規定の適用については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十四項（第二十六号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号に規定する発行法人等に対する役務の提供の対価として当該発行法人等から取得する同号に規定する上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の十第七項（新令第二十五条の十三の八第二十八項において準用する場合を含む。）の規定は、令和元年分（平成三十一年一月一日から令和元年十二月三十一日までの期間に係る年分をいう。以下同じ。）以後の所得税について適用し、平成三十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十一の二第二十項の規定により読み替えられた所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第二百二十一条の三第二項及び第二百二十一条の六第一項の規定は、令和元年分以後の所得税について適用し、平成三十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

施行日前に提出した確定申告書についての旧令第二十五条の十一の二第二十項の規定により読み替えられた所得税法施行令の一部を改正する政令（平成三十一年政令第九十五号）による改正前の所得税法施行令（次条第二項において「旧所得税法施行令」という。）第二百六十二条第五項の規定の適用については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十二の二第二十四項の規定により読み替えられた所得税法施行令第二百二十一条の三第二項及び第二百二十一条の六第一項の規定は、令和元年分以後の所得税について適用し、平成三十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

施行日前に提出した確定申告書についての旧令第二十五条の十二の二第二十四項の規定により読み替えられた旧所得税法施行令第二百六十二条第五項の規定の適用については、なお従前の例による。

施行日から附則第一条第九号に定める日の前日までの間における新令第二十五条の十三第六項の規定の適用については、同項第三号中「特定新株予約権」とあるのは、「特定新株予約権等」とする。

新令第二十五条の十三第八項（第二号に係る部分に限る。）及び第十項（同条第十一項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に行うこれらの規定に規定する電磁的方法による提供について適用し、施行日前に行った旧令第二十五条の十三第八項（第二号に係る部分に限る。）及び第十項（同条第十一項において準用する場合を含む。）に規定する電磁的方法による提供については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の二第二項及び第三項の規定は、施行日以後に同条第二項の規定により提出する同条第三項の非課税口座異動届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の二第一項に規定する非課税口座異動届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第三項の規定は、施行日以後に行う同項に規定する電磁的方法による提供について適用し、施行日前に行った旧令第二十五条の十三の八第三項に規定する電磁的方法による提供については、なお従前の例による。

施行日から令和四年十二月三十一日までの間における新令第二十五条の十三の八第十二項の規定の適用については、同項第五号中「十八歳」とあるのは、「二十歳」とする。

令和五年一月一日において、新令第二十五条の十三の八第十二項第五号に規定する出国移管依頼書の同号に規定する提出をした者が十九歳又は二十歳である場合には、その者を同日において十八歳である者とみなして、同号の規定を適用する。

施行日から附則第一条第九号に定める日の前日までの間における新令第二十五条の十三の八第二十項の規定の適用については、同項の表第二十五条の十三第六項の項中「特定新株予約権」とあるのは、「特定新株予約権等」とする。

新令第二十五条の十三の八第二十項において準用する新令第二十五条の十三の六第五項の規定は、施行日以後に受理する新令第二十五条の十三の八第八項に規定する書面について適用し、施行日前に受理した旧令第二十五条の十三の八第八項に規定する書面については、なお従前の例による。

新令第二十五条の二十第二項、第五項及び第六項並びに第二十五条の二十二の二第二項の規定は、新法第四十条の四第一項各号に掲げる居住者の令和元年分以後の各年分の課税対象金額等（同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該居住者に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第四十条の四第一項各号に掲げる居住者の平成三十年分以前の各年分の同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条の二十六第十六項から第十八項までの規定は、新法第四十条の七第一項に規定する特殊関係株主等である居住者の令和元年分以後の各年分の同項に規定する課税対象金額（当該居住者に係る同項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第四十条の七第一項に規定する特殊関係株主等である居住者の平成三十年分以前の各年分の同項に規定する課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。

新令第二十六条の三第三項（新令第二十六条の四第二十四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、新令第二十六条の三第三項に規定する居住日（以下この項において「居住日」という。）の属する年分（令和元年（平成三十一年一月一日から令和元年十二月三十一日までの期間をいう。）から令和三年までの各年分に限る。）又はその翌年以後八年内（同条第三項に規定する八年内をいう。以下この項において同じ。）のいずれかの年分の所得税につき新法第四十一条第一項の規定の適用を受けた個人に対し令和二年十月一日以後に交付する新令第二十六条の三第三項に規定する証明書について適用し、同日前に交付した旧令第二十六条の三第三項（旧令第二十六条の四第二十四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する証明書及び居住日の属する年分（平成三十年以前の各年分に限る。）又はその翌年以後八年内のいずれかの年分の所得税につき新法第四十一条第一項の規定の適用を受けた個人に対し令和二年十月一日以後に交付する新令第二十六条の三第三項に規定する証明書については、なお従前の例による。

施行日から令和二年九月三十日までの間における新令第二十六条の三第三項及び第二十六条の四第二十四項の規定の適用については、新令第二十六条の三第三項中「から」とあるのは「からその適用に係る同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅若しくは増改築等をした家屋又は同条第十項に規定する認定住宅及び同条第一項に規定する土地等に関する事項並びに当該居住の用に供した年月日についての」と、「次の各号に掲げる」とあるのは「当該申請に係る」と、「当該各号に掲げる事項についての」とあるのは「当該」と、新令第二十六条の四第二十四項中「前条」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成三十一年政令第百二号）附則第十四条第二項の規定により読み替えて適用される前条」とする。

新令第二十六条の二十六第十一項の規定により読み替えられた所得税法施行令第二百二十一条の三第二項及び第二百二十一条の六第一項の規定は、令和元年分以後の所得税について適用し、平成三十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

別段の定めがあるものを除き、新令第三章の規定は、法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人（同項第十号の四に規定する連結親法人をいう。以下同じ。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同項第十号の七に規定する連結完全支配関係をいう。以下同じ。）にある連結子法人（同項第十号の五に規定する連結子法人をいう。以下同じ。）の連結親法人事業年度（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度（租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。以下同じ。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

法人が新令第二十七条の四第九項の規定の適用を受ける場合には、旧令第二十七条の四第九項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第二十七条の四第九項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第二十七条の四第九項の分割等に係る同項の分割法人等及び分割承継法人等がした同項に規定する届出は新令第二十七条の四第九項に規定する届出と、それぞれみなす。

法人が新令第二十七条の四第二十四項の規定の適用を受ける場合には、旧令第二十七条の四第二十四項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第二十七条の四第二十四項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第二十七条の四第二十四項の分割等に係る同項の分割法人等及び分割承継法人等がした同項に規定する届出は新令第二十七条の四第二十四項に規定する届出と、それぞれみなす。

新令第二十七条の四第九項又は第二十四項の規定の適用を受ける法人の同条第九項又は第二十四項の分割等（前二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第九項又は第二十四項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

法人の施行日前に開始した事業年度における新令第二十七条の六第一項の規定の適用については、同項第一号中「出資（その有する自己の株式又は出資を除く。次号において同じ。）」とあるのは「出資」と、「、資本」とあるのは「又は資本」と、「又は第二十七条の四第十二項第一号イ若しくはロに掲げる法人をいい」とあるのは「をいい」とする。

施行日から中小企業の事業活動の継続に資するための中小企業等経営強化法等の一部を改正する法律（令和元年法律第二十一号）の施行の日の前日までの間における新令第二十七条の六第一項の規定の適用については、同項第一号中「第二十三条第一項」とあるのは、「第十七条第一項」とする。

新令第二十七条の十三第五項（第二号ハに係る部分に限る。）の規定は、施行日後に新法第二条第二項第一号の三に規定する公益法人等に該当することとなる同項第二号の二に規定する普通法人及び同項第一号の四に規定する協同組合等について適用し、施行日以前に旧法第六十八条の三の四第一項に規定する公益法人等に該当することとなった同項に規定する特定普通法人等については、なお従前の例による。

新令第二十八条の四第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十四条第一項に規定する研究施設について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十四条第一項に規定する研究施設については、なお従前の例による。

新令第二十八条の十第二項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第四十五条の二第一項に規定する医療用機器について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第四十五条の二第一項に規定する医療用機器については、なお従前の例による。

改正法附則第五十二条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二（第三項第一号に掲げる建築物（同号ロに掲げる地域内において整備されるものに限る。）及び同項第二号に掲げる構築物に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第二十九条の五の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第三項第一号中「第九条」とあるのは「第三十条」と、「第十条第一項第三号」とあるのは「第三十一条第一項第三号」と、同条第五項中「連結事業年度に」とあるのは「連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下この条において「令和二年改正法」という。）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）に」と、「法第六十八条の三十五第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号）附則第六十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項」と、「法人税法」とあるのは「令和二年改正法第三条の規定による改正前の法人税法」と、「第三十九条の六十四第三項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成三十一年政令第百二号）附則第三十一条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十四第三項」とする。

改正法附則第五十三条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の二の規定に基づく旧令第三十二条の三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「連結事業年度に」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下この条において「令和二年改正法」という。）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（以下この条において「連結事業年度」という。）に」と、同条第二項中「、法人税法」とあるのは「、令和二年改正法第三条の規定による改正前の法人税法」と、同条第四項第一号中「以後」とあるのは「から平成三十一年三月三十一日までの間」とする。

新令第三十四条第八項から第十項までの規定は、施行日以後に同条第八項又は第九項の認定を受ける法人及び施行日以後に同条第十項の認定を受ける同項の外国法人について適用し、施行日前に旧令第三十四条第八項又は第九項の認定を受けた法人及び施行日前に同条第十項の認定を受けた同項の外国法人については、なお従前の例による。

新令第三十九条第十七項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が令和元年六月一日以後に租税特別措置法第六十四条第二項第二号に規定する資産の損失に対する補償金を取得する場合について適用し、法人が同日前に同号に規定する資産の損失に対する補償金を取得した場合については、なお従前の例による。

施行日から附則第一条第十一号に定める日の前日までの間における新令第三十九条の四第三項の規定の適用については、同項中「次項及び第五項」とあるのは、「次項」とする。

新令第三十九条の六第二項の規定は、法人が附則第一条第十二号に定める日以後に行う新法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第六十五条の五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十二の四第一項の規定は、施行日以後に開始する租税特別措置法第六十六条の四の四第四項第七号に規定する最終親会計年度に係る同条第一項に規定する国別報告事項について適用し、施行日前に開始した同号に規定する最終親会計年度に係る同項に規定する国別報告事項については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十三の三第一項の規定は、法人の令和二年四月一日以後に開始する同条第二項に規定する対象事業年度に係る新法第六十六条の五の三第一項に規定する超過利子額について適用し、法人の同日前に開始した旧令第三十九条の十三の三第二項に規定する対象事業年度に係る旧法第六十六条の五の三第一項に規定する超過利子額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十四の三第一項から第四項まで、第二十五項、第二十六項、第二十八項及び第二十九項、第三十九条の十五第二項及び第五項から第七項まで、第三十九条の十七第二項並びに第三十九条の十七の二第二項の規定は、新法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る課税対象金額等（同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の二十の三第十六項から第十八項までの規定は、新法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額（当該内国法人に係る同項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の三十五の四第三項の規定は、施行日後に行われる同項に規定する合併について適用し、施行日以前に行われた旧令第三十九条の三十五の四第四項に規定する合併については、なお従前の例による。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が新令第三十九条の三十九第八項の規定の適用を受ける場合には、旧令第三十九条の三十九第八項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第八項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第八項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第八項に規定する届出と、それぞれみなす。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が新令第三十九条の三十九第二十三項の規定の適用を受ける場合には、旧令第三十九条の三十九第二十三項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第三十九条の三十九第二十三項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第三十九条の三十九第二十三項の分割等に係る同項の分割法人等の連結親法人（当該分割法人等が連結親法人である場合には、当該分割法人等）及び分割承継法人等の連結親法人（当該分割承継法人等が連結親法人である場合には、当該分割承継法人等）がした同項に規定する届出は新令第三十九条の三十九第二十三項に規定する届出と、それぞれみなす。

新令第三十九条の三十九第八項又は第二十三項の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同条第八項又は第二十三項の分割等（前二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する連結親法人事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第八項又は第二十三項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度における新令第三十九条の四十一第一項の規定の適用については、同項第一号イ中「出資（その有する自己の株式又は出資を除く。ロにおいて同じ。）」とあるのは「出資」と、「、資本」とあるのは「又は資本」と、「又は第三十九条の三十九第十一項第一号イ（１）若しくは（２）に掲げる法人をいい」とあるのは「をいい」とする。

施行日から中小企業の事業活動の継続に資するための中小企業等経営強化法等の一部を改正する法律（令和元年法律第二十一号）の施行の日の前日までの間における新令第三十九条の四十一第一項の規定の適用については、同項第一号イ中「第二十三条第一項」とあるのは、「第十七条第一項」とする。

新令第三十九条の五十一の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十九第一項に規定する研究施設について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十九第一項に規定する研究施設については、なお従前の例による。

改正法附則第六十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十五（第三項第一号に掲げる建築物（同号ロに掲げる地域内において整備されるものに限る。）及び同項第二号に掲げる構築物に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十九条の六十四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「第二十九条の五第一項第一号」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成三十一年政令第百二号）附則第二十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（第四項において「旧効力措置法施行令」という。）第二十九条の五第一項第一号」と、同条第四項中「法第四十七条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号）附則第五十二条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条の二第一項」と、「第二十九条の五第四項」とあるのは「旧効力措置法施行令第二十九条の五第四項」とする。

改正法附則第七十条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十三の二の規定に基づく旧令第三十九条の七十二の二の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第四項第一号中「以後」とあるのは、「から平成三十一年三月三十一日までの間」とする。

新令第三十九条の八十三第二十項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の八十八第七項から第九項までの規定は、施行日以後に同条第七項又は第八項の認定を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人及び施行日以後に同条第九項の認定を受ける同項の外国法人について適用し、施行日前に旧令第三十九条の八十八第七項又は第八項の認定を受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人及び施行日前に同条第九項の認定を受けた同項の外国法人については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十二第五項から第七項までの規定は、連結法人の令和二年四月一日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十三の三第一項の規定は、連結法人の令和二年四月一日以後に開始する同条第二項に規定する対象連結事業年度に係る新法第六十八条の八十九の三第一項に規定する連結超過利子額について適用し、連結法人の同日前に開始した旧令第三十九条の百十三の三第二項に規定する対象連結事業年度に係る旧法第六十八条の八十九の三第一項に規定する連結超過利子額については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十四の二第一項から第四項まで、第二十五項、第二十六項、第二十八項及び第二十九項、第三十九条の百十五第二項、第五項及び第六項並びに第三十九条の百十七第二項の規定は、新法第六十八条の九十第一項各号に掲げる連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度に係る個別課税対象金額等（同項に規定する個別課税対象金額、同条第六項に規定する個別部分課税対象金額及び同条第八項に規定する個別金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該連結法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第六十八条の九十第一項各号に掲げる連結法人の施行日前に終了した連結事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額、同条第六項に規定する個別部分課税対象金額及び同条第八項に規定する個別金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百二十の三第十二項から第十四項までの規定は、新法第六十八条の九十三の二第一項に規定する特殊関係株主等である連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額（当該連結法人に係る同項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧法第六十八条の九十三の二第一項に規定する特殊関係株主等である連結法人の施行日前に終了した連結事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。

施行日から令和元年六月三十日までの間における新令第四十条の四の三第十六項の規定の適用については、同項中「第四号」とあるのは、「第二号」とする。

施行日前に租税特別措置法第七十条の二の二第二項第二号に規定する受贈者が取得をした旧法第七十条の二の二第一項の規定の適用に係る同項に規定する信託受益権又は同項に規定する金銭等は、新令第四十条の四の三第二十項又は第二十四項第三号の贈与者（新法第七十条の二の二第十項に規定する贈与者をいう。）の死亡前三年以内に取得をしたものに含まれないものとする。

新令第四十条の四の三第二十五項及び第二十八項の規定は、令和元年七月一日以後に開始する相続に係るこれらの規定の遺留分侵害額の請求があった場合について適用し、同日前に開始した相続に係る旧令第四十条の四の三第二十項第一号又は第二十三項の遺留分による減殺の請求があった場合については、なお従前の例による。

新令第四十条の四の四第二十六項及び第二十九項の規定は、令和元年七月一日以後に開始する相続に係るこれらの規定の遺留分侵害額の請求があった場合について適用し、同日前に開始した相続に係る旧令第四十条の四の四第二十六項第一号又は第二十九項の遺留分による減殺の請求があった場合については、なお従前の例による。

附則第一条第十二号に定める日前に旧令第四十条の六第十一項第四号に規定する農地利用集積円滑化事業のために譲渡をした旧法第七十条の四第一項に規定する農地等に係る贈与税については、なお従前の例による。

新令第四十条の六第五十二項及び第六十一項の規定は、附則第一条第十二号に定める日以後に新法第七十条の四第二十二項に規定する営農困難時貸付けを行う場合について適用し、同日前に旧法第七十条の四第二十二項に規定する営農困難時貸付けを行った場合については、なお従前の例による。

附則第一条第十二号に定める日前に旧令第四十条の七第十項に規定する農地利用集積円滑化事業のために譲渡をした旧法第七十条の六第一項に規定する特例農地等に係る相続税については、なお従前の例による。

新令第四十条の七第五十六項及び第六十項の規定は、附則第一条第十二号に定める日以後に新法第七十条の六第二十八項に規定する営農困難時貸付けを行う場合について適用し、同日前に旧法第七十条の六第二十八項に規定する営農困難時貸付けを行った場合については、なお従前の例による。

新令第四十条の八第十九項ただし書（新令第四十条の八の五第十一項後段において準用する場合を含む。）及び第二十二項ただし書（新令第四十条の八の五第十三項後段において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後にこれらの規定に規定する財務省令で定める事由が生ずる場合について適用する。

新令第四十条の八の二第二十五項ただし書（新令第四十条の八の四第十四項後段及び第四十条の八の六第十一項後段（新令第四十条の八の八第三項において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）及び第二十七項ただし書（新令第四十条の八の四第十六項後段及び第四十条の八の六第十三項後段（新令第四十条の八の八第三項において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後にこれらの規定に規定する財務省令で定める事由が生ずる場合について適用する。

新令第四十三条の二第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に新法第八十三条第一項に規定する国土交通大臣の認定を受ける場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧法第八十三条第一項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

新令第四十三条の三第一項の規定は、施行日以後に新法第八十三条の三第一項に規定する特例事業者又は適格特例投資家限定事業者が取得する同項に規定する不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧法第八十三条の三第一項に規定する特例事業者又は適格特例投資家限定事業者が取得した同項に規定する不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

新令第五十二条の三第三項の規定は、平成三十年五月二十日以後に発生した租税特別措置法第九十一条の四第二項に規定する災害に係る同項に規定する消費貸借契約書について適用する。

新令第五十二条の三第三項の規定の適用により印紙税を課さないこととされる租税特別措置法第九十一条の四第二項に規定する消費貸借契約書で平成三十年五月二十日から施行日の前日までの間に作成したものにつき印紙税が納付されている場合には、当該納付された印紙税については、当該納付された印紙税を印紙税法（昭和四十二年法律第二十三号）第十四条第一項の過誤納金とみなして、同条の規定を適用する。