租税特別措置法施行令 附　則 （令和二年三月三一日政令第一二一号）

この政令は、令和二年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第十七条第二項の改正規定及び第三十九条の二十六第二項の改正規定並びに附則第九条及び第三十九条の規定 令和二年六月二十一日 略 第二十六条の六の二の次に一条を加える改正規定、第二十六条の二十八の三第六項第二号イ及びロの改正規定、第三十九条の十一第一項の改正規定並びに第三十九条の百十一第一項の改正規定並びに附則第二十六条の規定 令和三年一月一日 第二十五条の十の二第十四項第二十七号の改正規定（同号イ中「を提出して」を「（イ及び第二十五条の十の九第五項において「特定口座への非課税口座内上場株式等移管依頼書」という。）の提出（当該特定口座への非課税口座内上場株式等移管依頼書の提出に代えて行う電磁的方法による当該特定口座への非課税口座内上場株式等移管依頼書に記載すべき事項の提供で、その者の住所等確認書類の提示又はその者の特定署名用電子証明書等の送信と併せて行われるものを含む。）をして」に改める部分を除く。）、第二十五条の十三の改正規定（同条第八項第二号中「第十項及び第二十五条の十三の八」を「以下この条、次条第二項及び第四項並びに第二十五条の十三の八」に改める部分及び「第十項及び第十七項第一号」を「以下この条、次条第二項及び第四項」に改める部分並びに同条第十二項第九号に係る部分を除く。）、第二十五条の十三の二第一項の改正規定、同条第二項の改正規定（「又は累積投資勘定」を「、累積投資勘定、特定累積投資勘定又は特定非課税管理勘定」に改める部分に限る。）、同条第三項の改正規定、同条第五項の改正規定（「非課税口座移管依頼書」の下に「（電磁的方法により提供された当該非課税口座移管依頼書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。）」を加える部分を除く。）、同条第六項の改正規定、同条第七項の改正規定、第二十五条の十三の三の改正規定、第二十五条の十三の六の改正規定（同条第五項中「（電磁的方法により提供された当該届出書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。）」を削る部分及び「第二十五条の十三の二第一項後段」を「第二十五条の十三の二第一項前段」に改める部分並びに同条に一項を加える部分を除く。）、第二十五条の十三の七の改正規定、第二十五条の十三の八第二項の改正規定、同条第十七項の改正規定、同条第二十項の改正規定（同項の表第二十五条の十三の六第五項の項中「（電磁的方法により提供された当該届出書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。）」を削る部分、「第二十五条の十三の二第一項後段」を「第二十五条の十三の二第一項前段」に改める部分、「同項第四号又は」を「同項第四号に規定する未成年者帰国届出書、」に改める部分及び「の届出書」を「に規定する未成年者出国届出書」に改める部分並びに同項の次に次のように加える部分を除く。）、同条第二十一項の改正規定、同条第二十八項を同条第三十二項とする改正規定、同条第二十七項を同条第三十一項とする改正規定、同条第二十六項を同条第三十項とし、同条第二十五項の次に四項を加える改正規定、第二十五条の十四第十項第六号の改正規定及び第二十五条の十四の二第五項第六号の改正規定並びに附則第十八条の規定 令和三年四月一日 第四十六条の八の四の改正規定 令和三年十月一日 第二十五条の十一の二第二十項の表第二百六十二条第一項及び第四項の項の改正規定、第二十五条の十二の二第二十四項の表第二百六十二条第一項及び第四項の項の改正規定、第二十六条の二十六第十一項の表第二百六十二条第一項の項の改正規定及び同表第二百六十二条第四項の項を削る改正規定 令和五年一月一日 第五条の三第十項第十二号の改正規定及び第二十七条の四第十八項第十二号の改正規定並びに附則第五条第二項及び第三十条の規定 医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律等の一部を改正する法律（令和元年法律第六十三号）の施行の日 第五条の六の四を第五条の六の三の二とし、同条の次に一条を加える改正規定、第二十七条の十二の五を第二十七条の十二の四の二とし、同条の次に一条を加える改正規定、第三十九条の四十七を第三十九条の四十六の二とし、同条の次に一条を加える改正規定及び第三十九条の四十八第三項第十三号を同項第十二号の二とし、同号の次に一号を加える改正規定 特定高度情報通信技術活用システムの開発供給及び導入の促進に関する法律（令和二年法律第三十七号）の施行の日 第十九条の三第二十一項の改正規定、第二十五条の十の二第十四項第十二号ニの改正規定、同項第二十六号の改正規定、第二十五条の十三第十二項第九号の改正規定及び第四十二条の六第一項の改正規定並びに附則第十二条第二項の規定 会社法の一部を改正する法律（令和元年法律第七十号）の施行の日 第二十条第四項の表第百二十条第一項の項の改正規定、同条第五項の表第九十七条第一項第一号の項の改正規定、同条第六項の改正規定、同条第七項の改正規定、第二十二条の四第三項の改正規定、第二十三条の二の見出しの改正規定、同条の次に一条を加える改正規定及び第二十四条の改正規定 令和二年七月一日又は土地基本法等の一部を改正する法律（令和二年法律第十二号）附則第一項第一号に掲げる規定の施行の日のいずれか遅い日 第二十五条の十七第七項の改正規定（「及び次項」を削る部分に限る。）及び同条第八項の改正規定並びに附則第二十二条第三項の規定 文化観光拠点施設を中核とした地域における文化観光の推進に関する法律（令和二年法律第十八号）の施行の日 第四十条の七第六十七項第一号の改正規定 都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（令和二年法律第四十三号）の施行の日

改正後の租税特別措置法施行令（以下「新令」という。）第二条の二十五の二（租税特別措置法施行令第二条の三十一において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に生ずる新令第二条の二十五の二に規定する災害等の事由について適用し、施行日前に生じた改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第二条の二十五の二（租税特別措置法施行令第二条の三十一において準用する場合を含む。）に規定する災害等の事由については、なお従前の例による。

新令第三条第十六項（新令第三条の二第十九項及び第二十六条の二十第二十二項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に租税特別措置法第五条の二第一項、第五条の三第一項若しくは第四十一条の十三の三第一項に規定する非課税適用申告書又は同法第五条の二第十二項第一号若しくは第三号（同法第五条の三第九項及び第四十一条の十三の三第十二項において準用する場合を含む。）に定める申告書を提出する場合について適用する。

新令第三条の二の二第十二項（同条第三十項及び第三十三項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に租税特別措置法第六条第四項（同条第九項及び第十一項において準用する場合を含む。）に規定する非課税適用申告書を提出する場合について適用する。

施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間における新令第五条の三第八項の規定の適用については、同項中「第二項、第十条の五の四の二第三項」とあるのは、「第二項」とする。

新令第五条の三第十項（第十二号に係る部分に限る。）の規定は、個人の附則第一条第七号に定める日の属する年分以後の所得税について適用し、個人の同日の属する年分前の所得税については、なお従前の例による。

この政令（附則第一条第八号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法施行令第五条の六の四第二項（同条第四項において準用する場合を含む。）の規定は、個人の令和二年分以後の年分（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下「改正法」という。）附則第五十六条第二項に規定する特例対象年分を除く。）の所得税について適用し、個人の令和元年分（平成三十一年一月一日から令和元年十二月三十一日までの期間に係る年分をいう。附則第二十五条第二項において同じ。）以前の年分（改正法附則第五十六条第二項に規定する特例対象年分を含む。）の所得税については、なお従前の例による。

施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間における新令第五条の七第二項の規定の適用については、同項中「、第十条の五の四第七項及び第十条の五の四の二第七項」とあるのは、「及び第十条の五の四第七項」とする。

改正法附則第六十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第十三条の三の規定に基づく旧令第六条の七の規定は、なおその効力を有する。

新令第十七条第二項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が令和二年六月二十一日以後に同号に掲げる地方卸売市場において行う改正法第十五条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新法」という。）第二十五条第一項第一号に定める肉用牛の売却について適用する。

新令第二十二条第四項（第一号及び第三号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に新法第三十三条第一項に規定する代替資産の同項に規定する取得をする場合について適用し、個人が施行日前に旧法第三十三条第一項に規定する代替資産の同項に規定する取得をした場合については、なお従前の例による。

新令第二十五条第七項、第十四項及び第十五項の規定は、個人が施行日以後に新法第三十七条第一項の表の第一号又は第七号の上欄に掲げる資産の譲渡をし、かつ、当該個人が施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得（建設及び製作を含む。以下この項において同じ。）をする場合における当該譲渡について適用し、個人が施行日前に旧法第三十七条第一項の表の第一号又は第八号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合及び個人が施行日以後にこれらの資産の譲渡をし、かつ、当該個人が施行日前にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をした場合におけるこれらの譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の九の二第八項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する特定管理口座開設届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の九の二第八項に規定する特定管理口座開設届出書については、なお従前の例による。

旧令第二十五条の九の二第九項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が施行日前に行った同項に規定する電磁的方法による提供については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十四項（第二十号の二に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号に規定する請求権の行使、取得事由の発生又は取得決議により同号の特定口座に受け入れる同号に掲げる上場株式等について適用する。

新令第二十五条の十の二第十四項（第二十六号に係る部分に限る。）の規定は、附則第一条第九号に定める日以後に同項第二十六号に規定する発行法人等に対する役務の提供の対価として当該発行法人等から取得する同号に掲げる上場株式等について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第十四項第二十六号に規定する発行法人等に対する役務の提供の対価として当該発行法人等から取得した同号に掲げる上場株式等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十四項（第二十七号（同号の特定累積投資勘定及び特定非課税管理勘定に係る部分を除く。）に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号イに規定する提出をする同号イに規定する特定口座への非課税口座内上場株式等移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の二第十四項第二十七号イに規定する書類については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十四項（第二十八号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号イに規定する提出をする同号イに規定する特定口座への未成年者口座内上場株式等移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の二第十四項第二十八号イに規定する書類については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十四項（第二十九号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に掲げる上場株式等について適用する。

施行日から令和三年三月三十一日までの間における新令第二十五条の十の二第十四項第二十九号の規定の適用については、同号中「非課税口座開設届出書」とあるのは「非課税口座簡易開設届出書」と、「同条第十一項」とあるのは「同条第十五項」と、「同条第十二項」とあるのは「同条第十六項」とする。

新令第二十五条の十の二第十五項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する相続上場株式等移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の二第十五項に規定する相続上場株式等移管依頼書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の二第十六項において準用する同条第十項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する相続上場株式等移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の二第十六項において準用する同条第十項に規定する相続上場株式等移管依頼書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の四第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項の届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の四第一項の届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の四第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項の届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の四第二項の届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の五第二項第一号の規定は、施行日以後に同号に規定する提出をする同号に規定する特定口座継続適用届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の五第二項第一号に規定する特定口座継続適用届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の七第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する特定口座廃止届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の七第一項に規定する特定口座廃止届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の八の規定は、施行日以後に同条に規定する提出をする同条に規定する特定口座開設者死亡届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の八に規定する特定口座開設者死亡届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十の十三第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の十三第四項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の二第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する非課税口座異動届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の二第二項に規定する非課税口座異動届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の二第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する非課税口座移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の二第四項に規定する非課税口座移管依頼書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の五の規定は、施行日以後に同条に規定する提出をする同条に規定する非課税口座開設者死亡届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の五に規定する非課税口座開設者死亡届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第八項の規定は、施行日以後に生ずる新法第三十七条の十四の二第五項第二号ヘ（１）に規定する災害等事由について適用し、施行日前に生じた旧法第三十七条の十四の二第五項第二号ヘ（１）に規定する災害等事由については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第十二項第二号の規定は、施行日以後に同号に規定する提出をする同号に規定する出国移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の八第十二項第二号に規定する出国移管依頼書については、なお従前の例による。

施行日から令和三年三月三十一日までの間における新令第二十五条の十三の八第十二項第二号の規定の適用については、同号中「第三十一項」とあるのは、「第二十七項」とする。

新令第二十五条の十三の八第十二項第四号の規定は、施行日以後に同号に規定する提出をする同号に規定する未成年者帰国届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の八第十二項第四号の届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第二十項において準用する新令第二十五条の十三の二第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する未成年者口座移管依頼書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の八第二十項において準用する旧令第二十五条の十三の二第四項に規定する未成年者口座移管依頼書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第二十項において準用する新令第二十五条の十三の五の規定は、施行日以後に同条に規定する提出をする同条に規定する未成年者口座開設者死亡届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の八第二十項において準用する旧令第二十五条の十三の五に規定する未成年者口座開設者死亡届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十三の八第三十項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する未成年者出国届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の八第二十六項の届出書については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十七第三項（第六号（同号に規定する特定買換資産に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）及び第二十項の規定は、施行日以後にされる租税特別措置法第四十条第五項第二号に規定する財産の譲渡について適用し、施行日前にされた当該財産の譲渡については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十七第七項及び第九項の規定は、施行日以後にされる租税特別措置法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、施行日前にされた当該財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。

新令第二十五条の十七第八項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、附則第一条第十一号に定める日以後にされる租税特別措置法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用する。

新令第二十五条の十七第十四項の規定は、施行日以後に同条第三項第六号に規定する特定管理方法による管理を開始した租税特別措置法第四十条第三項に規定する財産等について適用し、施行日前に旧令第二十五条の十七第三項第六号に規定する特定管理方法による管理を開始した当該財産等については、なお従前の例による。

新令第二十五条の二十二の三第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度（同法第二条第二項第十八号に規定する事業年度をいう。次条において同じ。）に係る同法第四十条の四第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用する。

新令第二十五条の二十七第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第四十条の七第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用する。

新令第二十六条の二十八の二第一項（第二号ロ（１）に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる法人の平成三十一年四月一日以後に開始する同条第六項第四号に規定する事業年度に係る同条第一項第二号ロ（１）に掲げる書類（同号ロ（１）に規定する寄附行為を除く。）の閲覧について適用し、旧令第二十六条の二十八の二第一項第二号に掲げる法人の同日前に開始した同条第五項第四号に規定する事業年度に係る同条第一項第二号ロ（１）に掲げる書類（同号ロ（１）に規定する寄附行為を除く。）の閲覧については、なお従前の例による。

新令第二十六条の二十八の二（第一項第二号ロ（１）に係る部分を除く。）の規定は、令和二年分以後の所得税について適用し、令和元年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第二十六条の二十八の三第六項の規定は、令和三年分以後の所得税について適用し、令和二年分以前の所得税については、なお従前の例による。

改正法附則第七十四条第三項の規定の適用がある場合における新令第二十六条の二十八の三の規定の適用については、同条第六項第二号イ及びロ中「八百万円」とあるのは、「千万円」とする。

新令第二十六条の三十第十三項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する特例適用申告書又は同条第九項に規定する変更申告書を提出する場合について適用する。

新令第二十七条第五項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第四十二条第五項に規定する非課税適用申告書又は同条第八項各号に定める申告書を提出する場合について適用する。

新令第二十七条の二第二十五項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第四十二条の二第八項に規定する非課税適用申告書又は同条第十一項各号に定める申告書を提出する場合について適用する。

新令第二十七条の四第十八項（第十二号に係る部分に限る。）の規定は、法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の附則第一条第七号に定める日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

この政令（附則第一条第八号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法施行令第二十七条の十二の五第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度（改正法附則第八十二条第二項に規定する特例対象事業年度を除く。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度（改正法附則第八十二条第二項に規定する特例対象事業年度を含む。）分の法人税については、なお従前の例による。

施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間における新令第二十七条の十三第二項の規定の適用については、同項中「、第四十二条の十二の五第七項又は第四十二条の十二の五の二第六項」とあるのは、「又は第四十二条の十二の五第七項」とする。

改正法附則第八十六条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第三項中「連結事業年度に」とあるのは「連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「令和二年旧措置法」という。）第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）に」と、「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）附則第百条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項」と、「連結確定申告書等に第三十九条の六十三第二項」とあるのは「令和二年旧措置法第二条第二項第二十七号の二に規定する連結確定申告書等に租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（令和二年政令第百二十一号）附則第四十三条の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第二項」とする。

新令第三十九条の七第二項、第八項及び第九項の規定は、法人が施行日以後に新法第六十五条の七第一項の表の第一号又は第七号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）をする場合の当該資産及び当該資産に係る新法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が施行日前に旧法第六十五条の七第一項の表の第一号又は第八号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をするこれらの号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十三の二第一項及び第五項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の十七の三第十項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用する。

新令第三十九条の二十の四第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額について適用する。

改正法附則第九十一条第二項に規定する特定設備廃棄等欠損金額について法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第八十条第一項又は第百四十四条の十三第一項若しくは第二項の規定により還付を受ける金額の計算の基礎とした金額（以下この条において「還付対象特定設備廃棄等欠損金額」という。）がある法人が同法第八十条第四項又は第百四十四条の十三第九項若しくは第十項の規定に該当することとなった場合において、同法第八十条第四項において準用する同条第一項の規定又は同法第百四十四条の十三第九項において準用する同条第一項の規定若しくは同条第十項において準用する同条第一項若しくは第二項の規定を適用するときは、当該還付対象特定設備廃棄等欠損金額が生じたこれらの規定に規定する欠損事業年度の租税特別措置法第六十六条の十二第一項本文に規定する欠損金額のうち当該還付対象特定設備廃棄等欠損金額に相当する金額は、ないものとする。

新令第三十九条の二十六第二項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が令和二年六月二十一日以後に同号に掲げる地方卸売市場において行う新法第六十七条の三第一項第一号に定める肉用牛の売却について適用する。

新令第三十九条の二十八第一項の規定は、新法第六十七条の五第一項に規定する中小企業者等が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する少額減価償却資産について適用し、旧法第六十七条の五第一項に規定する中小企業者等が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした同項に規定する少額減価償却資産については、なお従前の例による。

この政令（附則第一条第八号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の四十七第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の規定は、租税特別措置法第二条第二項第十号の六に規定する連結法人の施行日以後に終了する同項第十九号に規定する連結事業年度（改正法附則第九十六条第二項に規定する特例対象連結事業年度を除く。）分の法人税について適用し、租税特別措置法第二条第二項第十号の六に規定する連結法人の施行日前に終了した同項第十九号に規定する連結事業年度（改正法附則第九十六条第二項に規定する特例対象連結事業年度を含む。）分の法人税については、なお従前の例による。

施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間におけるこの政令（同号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の四十八第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項中「、第六十八条の十五の六第七項又は第六十八条の十五の六の二第七項」とあるのは「又は第六十八条の十五の六第七項」と、同条第三項中「、第六十八条の十五の六第七項又は第六十八条の十五の六の二第七項」とあるのは「又は第六十八条の十五の六第七項」と、同項第十三号イ及びロ中「第三十九条の四十六の二第二十七項」とあるのは「前条第二十七項」とする。

改正法附則第百条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四の規定に基づく旧令第三十九条の六十三の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「第二十九条の四第一項各号」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（令和二年政令第百二十一号）附則第三十三条の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令（第三項において「旧効力令」という。）第二十九条の四第一項各号」と、同条第三項中「法第四十七条第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）附則第八十六条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条第一項」と、「第二十九条の四第二項」とあるのは「旧効力令第二十九条の四第二項」とする。

改正法附則第百一条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十四の規定に基づく旧令第三十九条の七十三の規定は、なおその効力を有する。

新令第三十九条の百十三の二第一項及び第五項の規定は、連結法人（租税特別措置法第二条第二項第十号の六に規定する連結法人をいう。以下この条において同じ。）の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度（租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新令第三十九条の百十七の二第十項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第六十八条の九十第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する個別部分課税対象金額について適用する。

新令第三十九条の百二十の四第八項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する個別部分課税対象金額について適用する。

連結親法人（租税特別措置法第二条第二項第十号の四に規定する連結親法人をいう。次項において同じ。）が改正法附則第百五条第二項に規定する特定設備廃棄等欠損金額がある場合において法人税法第八十一条の三十一の規定の適用を受けたときの法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第百五十五条の二十一第二項の規定の適用については、同項第四号中「連結欠損金額に、」とあるのは「連結欠損金額（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下この号において「令和二年改正法」という。）附則第百五条第二項（中小連結法人の欠損金等以外の欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置）に規定する特定設備廃棄等欠損金額（以下この号において「特定設備廃棄等欠損金額」という。）がある場合において、当該特定設備廃棄等欠損金額につき法第八十一条の三十一の規定の適用を受けたときは、同条の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつた特定設備廃棄等欠損金額を控除した金額）に」と、「計算した金額」とあるのは「計算した金額と当該連結法人の特定設備廃棄等欠損金個別帰属額（当該基礎となつた特定設備廃棄等欠損金額に、令和二年改正法附則第百五条第二項に規定する達するまでの金額のうちに当該欠損連結事業年度において生じた当該連結法人に係る租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（令和二年政令第百二十一号）による改正前の租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第三十九条の百二十二第一項（中小連結法人の欠損金等以外の欠損金の繰戻しによる還付の不適用）に規定する財務省令で定めるところにより証明がされた金額（当該金額が当該連結法人の連結欠損金個別帰属発生額から当該連結法人に係る同条第二項に規定する計算した金額を控除した金額を超える場合には、その超える部分の金額を控除した金額）の占める割合を乗じて計算した金額をいう。）との合計額」とする。

改正法附則第百五条第二項に規定する特定設備廃棄等欠損金額について法人税法第八十一条の三十一第一項の規定により還付を受ける金額の計算の基礎とした金額（以下この項において「還付対象特定設備廃棄等欠損金額」という。）がある連結親法人が同条第四項の規定に該当することとなった場合において、同項において準用する同条第一項の規定を適用するときは、当該還付対象特定設備廃棄等欠損金額が生じた同項に規定する欠損連結事業年度の連結欠損金額のうち当該還付対象特定設備廃棄等欠損金額に相当する金額は、ないものとする。

施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間における前条の規定による改正後の租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令附則第二十四条第一項及び第三十七条第一項の規定の適用については、同令附則第二十四条第一項中「第四十二条の十二の五の二第六項」とあるのは「第四十二条の十二の五第七項」と、同令附則第三十七条第一項中「第六十八条の十五の六の二第七項」とあるのは「第六十八条の十五の六第七項」とする。