この政令は、平成十八年四月一日から施行する。 ただし、第十六条の四の見出しの改正規定は、会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日から施行する。
この政令による改正前の登録免許税法施行令第七条第一号に規定する製造免許の申請書を平成十八年一月一日前に当該製造免許の事務をつかさどる官署又は団体に提出した者がこの政令の施行の日から同年四月三十日までの間に当該申請書に係る製造免許を受ける場合におけるこの政令による改正後の登録免許税法施行令（以下「新令」という。）第十三条の規定の適用については、同条中「除く」とあるのは「除く。以下この条において同じ」と、「とする」とあるのは「又は酒類の製造免許を受けている者が当該製造免許に係る製造場において当該製造免許に係る酒類の種類（品目のある種類の酒類については、品目）以外の酒類を製造するために受ける当該酒類の製造免許とする」とする。
所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「改正法」という。）第五条の規定による改正後の登録免許税法（以下「新法」という。）別表第一第三十二号（二）、（二十二）、（二十三）、（二十六）、（二十八）、（三十三）若しくは（三十五）、第三十五号（九）から（十一）まで、第三十七号（四）から（六）まで、第三十九号、第四十号（三）若しくは（五）、第四十一号（三）若しくは（六）、第四十二号（四）、第四十三号（二）、第四十四号、第四十五号、第四十七号、第五十三号、第五十七号、第六十七号、第七十号（一）若しくは（二）、第七十四号、第七十五号、第七十七号（一）から（五）まで、第八十一号、第八十三号（一）、第八十八号、第八十九号（一）若しくは（二）、第九十号、第九十四号（五）、第九十六号（三）、第百号（一）から（三）まで、第百二号（三）、第百五号、第百七号、第百十四号（二）、第百十七号から第百十九号まで、第百二十二号、第百二十七号、第百四十三号（二）若しくは（三）、第百四十五号、第百四十六号（一）、第百四十八号、第百四十九号、第百五十号（二）又は第百五十五号（一）若しくは（三）に掲げる登録、免許、許可、認可及び認定（以下この条において「登録等」という。）の申請書を改正法の施行の日前に当該登録等の事務をつかさどる官署又は団体に提出した者が同日以後に当該申請書に係る登録等を受ける場合には、当該登録等は、新令第三十条に規定する免許等とみなして、新法第三章の規定を適用する。
改正法附則第六十一条第三項の規定により登録等の申請書の提出に際し納付した手数料の額が新法の規定により納付すべき登録免許税の額の一部として納付したものとみなされる場合（前項の規定により同項に規定する免許等とみなされる場合を含む。）における新法第二十四条第一項の規定の適用については、同項中「当該登録免許税の額」とあるのは、「当該登録免許税の額と所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第六十一条第三項（登録免許税法の一部改正に伴う経過措置）の規定により納付すべき登録免許税の額の一部として納付したものとみなされる手数料の額との差額」とする。
次に掲げる政令は、廃止する。 採血業の許可申請手数料の額を定める政令（昭和三十一年政令第二百十一号） 小型船造船業法関係手数料令（昭和四十一年政令第三百十六号）
採血業の許可申請手数料の額を定める政令（昭和三十一年政令第二百十一号）
小型船造船業法関係手数料令（昭和四十一年政令第三百十六号）