この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第一条中消費税法施行令第十八条の改正規定（同条第一項の改正規定、同条第二項の改正規定（「前項に規定する通常生活の用に供する物品」を「免税対象物品」に改める部分に限る。）、同条第六項の改正規定（「物品」を「免税対象物品」に改める部分に限る。）、同条第五項の改正規定（同項を同条第六項とする部分を除く。）及び同条第四項の改正規定（同項を同条第五項とする部分を除く。）を除く。）、同令第十八条の二の改正規定（同条第二項の改正規定を除く。）及び同令第十八条の三第一項の改正規定（「物品に」を「免税対象物品に」に改める部分を除く。） 平成二十八年五月一日 第二条の規定及び附則第十八条の規定 平成二十九年一月一日 次条から附則第十六条までの規定 令和元年十月一日
第一条中消費税法施行令第十八条の改正規定（同条第一項の改正規定、同条第二項の改正規定（「前項に規定する通常生活の用に供する物品」を「免税対象物品」に改める部分に限る。）、同条第六項の改正規定（「物品」を「免税対象物品」に改める部分に限る。）、同条第五項の改正規定（同項を同条第六項とする部分を除く。）及び同条第四項の改正規定（同項を同条第五項とする部分を除く。）を除く。）、同令第十八条の二の改正規定（同条第二項の改正規定を除く。）及び同令第十八条の三第一項の改正規定（「物品に」を「免税対象物品に」に改める部分を除く。） 平成二十八年五月一日
第二条の規定及び附則第十八条の規定 平成二十九年一月一日
次条から附則第十六条までの規定 令和元年十月一日
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号。以下「改正法」という。）附則第三十四条第一項第一号に規定する政令で定める資産は、次に掲げる資産とする。 食品（改正法附則第三十四条第一項第一号に規定する食品をいう。以下この条において同じ。）と食品以外の資産が一の資産を形成し、又は構成しているもの（あらかじめ一の資産を形成し、又は構成しているものであって、当該一の資産に係る価格のみが提示されているものに限る。以下この号において「一体資産」という。）のうち、一体資産の譲渡の対価の額（消費税法第二十八条第一項に規定する対価の額をいう。）が一万円以下であり、かつ、当該一体資産の価額のうちに当該一体資産に含まれる食品に係る部分の価額の占める割合として合理的な方法により計算した割合が三分の二以上のもの 食品と食品以外の資産が一の資産を形成し、又は構成している消費税法第二条第一項第十号に規定する外国貨物（当該外国貨物が関税定率法（明治四十三年法律第五十四号）別表の適用上の所属の一の区分に属する物品に該当するものに限る。以下この号において「一体貨物」という。）のうち、保税地域（同項第二号に規定する保税地域をいう。附則第五条第一項及び第十四条第四項において同じ。）から引き取られる一体貨物に係る消費税の課税標準である金額が一万円以下であり、かつ、当該一体貨物の価額のうちに当該一体貨物に含まれる食品に係る部分の価額の占める割合として合理的な方法により計算した割合が三分の二以上のもの
食品（改正法附則第三十四条第一項第一号に規定する食品をいう。以下この条において同じ。）と食品以外の資産が一の資産を形成し、又は構成しているもの（あらかじめ一の資産を形成し、又は構成しているものであって、当該一の資産に係る価格のみが提示されているものに限る。以下この号において「一体資産」という。）のうち、一体資産の譲渡の対価の額（消費税法第二十八条第一項に規定する対価の額をいう。）が一万円以下であり、かつ、当該一体資産の価額のうちに当該一体資産に含まれる食品に係る部分の価額の占める割合として合理的な方法により計算した割合が三分の二以上のもの
食品と食品以外の資産が一の資産を形成し、又は構成している消費税法第二条第一項第十号に規定する外国貨物（当該外国貨物が関税定率法（明治四十三年法律第五十四号）別表の適用上の所属の一の区分に属する物品に該当するものに限る。以下この号において「一体貨物」という。）のうち、保税地域（同項第二号に規定する保税地域をいう。附則第五条第一項及び第十四条第四項において同じ。）から引き取られる一体貨物に係る消費税の課税標準である金額が一万円以下であり、かつ、当該一体貨物の価額のうちに当該一体貨物に含まれる食品に係る部分の価額の占める割合として合理的な方法により計算した割合が三分の二以上のもの
改正法附則第三十四条第一項第一号イに規定する政令で定める事業は、食品衛生法施行令（昭和二十八年政令第二百二十九号）第三十四条の二第二号に規定する飲食店営業その他の飲食料品（同項第一号に規定する飲食料品をいう。次項において同じ。）をその場で飲食させる事業とする。
改正法附則第三十四条第一項第一号ロに規定する政令で定める施設は、次の各号に掲げる施設とし、同項第一号ロに規定する政令で定める飲食料品の提供は、次の各号に掲げる施設の区分に応じ当該各号に定める飲食料品の提供（財務大臣の定める基準に該当する飲食料品の提供に限り、消費税法施行令第十四条の二第一項から第三項までの規定により財務大臣が指定する資産の譲渡等を除く。）とする。 老人福祉法（昭和三十八年法律第百三十三号）第二十九条第一項の規定による届出が行われている同項に規定する有料老人ホーム（次号に掲げる施設に該当するものを除く。） 当該有料老人ホームを設置し、又は運営する者が、当該有料老人ホームの入居者（財務省令で定める年齢その他の要件に該当する者に限る。）に対して行う飲食料品の提供 高齢者の居住の安定確保に関する法律（平成十三年法律第二十六号）第六条第一項に規定する登録を受けた同法第五条第一項に規定するサービス付き高齢者向け住宅 当該サービス付き高齢者向け住宅を設置し、又は運営する者が、当該サービス付き高齢者向け住宅の入居者に対して行う飲食料品の提供 学校給食法（昭和二十九年法律第百六十号）第三条第二項に規定する義務教育諸学校の施設 当該義務教育諸学校の設置者が、その児童又は生徒の全てに対して学校給食（同条第一項に規定する学校給食をいう。第六号において同じ。）として行う飲食料品の提供 夜間課程を置く高等学校における学校給食に関する法律（昭和三十一年法律第百五十七号）第二条に規定する夜間課程を置く高等学校の施設 当該高等学校の設置者が、当該夜間課程において行う教育を受ける生徒の全てに対して同条に規定する夜間学校給食として行う飲食料品の提供 特別支援学校の幼稚部及び高等部における学校給食に関する法律（昭和三十二年法律第百十八号）第二条に規定する特別支援学校の幼稚部又は高等部の施設 当該特別支援学校の設置者が、その幼児又は生徒の全てに対して同条に規定する学校給食として行う飲食料品の提供 学校教育法（昭和二十二年法律第二十六号）第一条に規定する幼稚園の施設 当該幼稚園の設置者が、その施設で教育を受ける幼児の全てに対して学校給食に準じて行う飲食料品の提供 学校教育法第一条に規定する特別支援学校に同法第七十八条の規定により設置される寄宿舎 当該寄宿舎の設置者が、当該寄宿舎に寄宿する幼児、児童又は生徒に対して行う飲食料品の提供
老人福祉法（昭和三十八年法律第百三十三号）第二十九条第一項の規定による届出が行われている同項に規定する有料老人ホーム（次号に掲げる施設に該当するものを除く。） 当該有料老人ホームを設置し、又は運営する者が、当該有料老人ホームの入居者（財務省令で定める年齢その他の要件に該当する者に限る。）に対して行う飲食料品の提供
高齢者の居住の安定確保に関する法律（平成十三年法律第二十六号）第六条第一項に規定する登録を受けた同法第五条第一項に規定するサービス付き高齢者向け住宅 当該サービス付き高齢者向け住宅を設置し、又は運営する者が、当該サービス付き高齢者向け住宅の入居者に対して行う飲食料品の提供
学校給食法（昭和二十九年法律第百六十号）第三条第二項に規定する義務教育諸学校の施設 当該義務教育諸学校の設置者が、その児童又は生徒の全てに対して学校給食（同条第一項に規定する学校給食をいう。第六号において同じ。）として行う飲食料品の提供
夜間課程を置く高等学校における学校給食に関する法律（昭和三十一年法律第百五十七号）第二条に規定する夜間課程を置く高等学校の施設 当該高等学校の設置者が、当該夜間課程において行う教育を受ける生徒の全てに対して同条に規定する夜間学校給食として行う飲食料品の提供
特別支援学校の幼稚部及び高等部における学校給食に関する法律（昭和三十二年法律第百十八号）第二条に規定する特別支援学校の幼稚部又は高等部の施設 当該特別支援学校の設置者が、その幼児又は生徒の全てに対して同条に規定する学校給食として行う飲食料品の提供
学校教育法（昭和二十二年法律第二十六号）第一条に規定する幼稚園の施設 当該幼稚園の設置者が、その施設で教育を受ける幼児の全てに対して学校給食に準じて行う飲食料品の提供
学校教育法第一条に規定する特別支援学校に同法第七十八条の規定により設置される寄宿舎 当該寄宿舎の設置者が、当該寄宿舎に寄宿する幼児、児童又は生徒に対して行う飲食料品の提供
事業者（消費税法第二条第一項第四号に規定する事業者をいう。以下同じ。）が、元年適用日（改正法附則第三十四条第一項に規定する元年適用日をいう。以下同じ。）以後に行う課税資産の譲渡等（消費税法第二条第一項第九号に規定する課税資産の譲渡等をいい、同項第八号の二に規定する特定資産の譲渡等に該当するものを除く。以下同じ。）のうち元年軽減対象資産の譲渡等（改正法附則第三十四条第一項に規定する元年軽減対象資産の譲渡等をいう。以下同じ。）に該当するものについては、消費税法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第三百十七号）附則第五条第一項本文、第二項又は第三項本文の規定は、適用しない。
元年適用日から令和五年九月三十日までの間に国内において事業者が行う高額特定資産（改正法第五条の規定による改正後の消費税法第十二条の四第一項に規定する高額特定資産をいう。以下この項において同じ。）の課税仕入れ（消費税法第二条第一項第十二号に規定する課税仕入れをいう。附則第十二条第二項及び第十四条第四項において同じ。）又は保税地域から引き取られる高額特定資産に該当する課税貨物（同法第二条第一項第十一号に規定する課税貨物をいう。附則第十四条第四項において同じ。）に係る附則第二十条の規定による改正後の消費税法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第三百十七号）の規定による改正後の消費税法施行令第二十五条の五第一項の規定の適用については、同項第一号中「百十分の百」とあるのは「百十分の百（当該課税仕入れが他の者から受けた所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第三十四条第一項に規定する元年軽減対象資産の譲渡等に係るものである場合には、百八分の百）」と、「同条第一項」とあるのは「法第三十条第一項」と、同項第二号中「百十分の百」とあるのは「百十分の百（当該課税仕入れが他の者から受けた所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第三十四条第一項に規定する元年軽減対象資産の譲渡等に係るものである場合には、百八分の百）」とする。
令和二年四月一日から令和五年九月三十日までの間における所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第六条の規定による改正後の消費税法第十二条の四第二項に規定する調整対象自己建設高額資産に係る消費税法施行令等の一部を改正する政令（令和二年政令第百十四号）第一条の規定による改正後の消費税法施行令第二十五条の五第三項の規定の適用については、同項中「百十分の百」とあるのは「百十分の百（当該課税仕入れが他の者から受けた所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第三十四条第一項に規定する元年軽減対象資産の譲渡等に係るものである場合には、百八分の百）」と、「し、同項」とあるのは「し、法第十二条の四第二項」とする。
事業者が元年適用日から令和五年九月三十日までの間に次に掲げる資産の区分のうち異なる二以上の区分の資産を同一の者に対して同時に譲渡した場合において、これらの資産の譲渡の対価の額が次に掲げる資産ごとに合理的に区分されていないときは、消費税法施行令第四十五条第三項の規定にかかわらず、第一号に掲げる資産の譲渡の対価の額については、これらの資産の譲渡の対価の額にこれらの資産の譲渡の時におけるこれらの資産の価額の合計額のうちに同号に掲げる資産の価額の占める割合を乗じて計算した金額とし、第二号に掲げる資産の譲渡の対価の額については、これらの資産の譲渡の対価の額にこれらの資産の譲渡の時におけるこれらの資産の価額の合計額のうちに同号に掲げる資産の価額の占める割合を乗じて計算した金額とする。 この場合において、第一号に掲げる資産の譲渡に係る消費税の課税標準は、当該資産の譲渡の対価の額（当該対価の額に消費税額等（その資産の譲渡につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額をいう。以下この項において同じ。）が含まれる場合には、当該対価の額に百十分の百を乗じて算出した金額）とし、第二号に掲げる資産の譲渡に係る消費税の課税標準は、当該資産の譲渡の対価の額（当該対価の額に消費税額等が含まれる場合には、当該対価の額に百八分の百を乗じて算出した金額）とする。 課税資産の譲渡等（元年軽減対象資産の譲渡等に該当するものを除く。）に係る資産 元年軽減対象資産の譲渡等に係る資産 課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（消費税法第二条第一項第八号に規定する資産の譲渡等をいう。附則第十一条において同じ。）に係る資産
課税資産の譲渡等（元年軽減対象資産の譲渡等に該当するものを除く。）に係る資産
元年軽減対象資産の譲渡等に係る資産
課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（消費税法第二条第一項第八号に規定する資産の譲渡等をいう。附則第十一条において同じ。）に係る資産
事業者が、社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための消費税法の一部を改正する等の法律（平成二十四年法律第六十八号。次項及び附則第十三条において「二十四年消費税法改正法」という。）附則第五条第三項並びに消費税法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第五十六号）附則第五条第一項及び第三項の規定の適用を受けた課税資産の譲渡等を行った場合における当該課税資産の譲渡等に係る前項の規定の適用については、同項中「百十分の百」とあるのは、「百五分の百」とする。
事業者が、二十四年消費税法改正法附則第十六条第一項において準用する二十四年消費税法改正法附則第五条第三項並びに消費税法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第三百十七号）附則第五条第一項本文及び第三項本文の規定の適用を受けた課税資産の譲渡等を行った場合における当該課税資産の譲渡等に係る第一項の規定の適用については、同項中「百十分の百」とあるのは、「百八分の百」とする。
改正法附則第三十四条第二項前段の規定により読み替えられた消費税法第三十二条第一項の事業者が、同項に規定する仕入れに係る対価の返還等を受けた場合において、当該仕入れに係る対価の返還等を受けた金額が他の者から受けた課税資産の譲渡等（元年軽減対象資産の譲渡等に該当するものを除く。）に係る部分と元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分とに合理的に区分されていないときは、当該仕入れに係る対価の返還等を受けた金額に、当該仕入れに係る対価の返還等に係る課税仕入れに係る支払対価の額（同法第三十条第一項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額をいう。以下この条及び附則第十四条第三項において同じ。）の合計額のうちに元年軽減対象資産の譲渡等に係る課税仕入れに係る支払対価の額の占める割合を乗じて計算した金額を、当該元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分の金額として、同法第三十二条第一項第一号の規定を適用する。
改正法附則第三十四条第二項前段の規定により読み替えられた消費税法第三十八条第一項に規定する事業者が、同項に規定する売上げに係る対価の返還等を行う場合において、当該売上げに係る対価の返還等の金額が課税資産の譲渡等（元年軽減対象資産の譲渡等に該当するものを除く。）に係る部分と元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分とに合理的に区分されていないときは、当該売上げに係る対価の返還等に係る税込価額（同項に規定する税込価額をいう。以下この項及び次条において同じ。）に、当該売上げに係る対価の返還等に係る課税資産の譲渡等の税込価額の合計額のうちに元年軽減対象資産の譲渡等の税込価額の占める割合を乗じて計算した金額を、当該元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分の金額として、同法第三十八条第一項の規定を適用する。
元年適用日から令和五年九月三十日までの間における消費税法施行令第五十八条第一項の規定の適用については、同項第三号中「の内容」とあるのは「に係る課税資産の譲渡等に係る資産又は役務の内容（当該売上げに係る対価の返還等に係る課税資産の譲渡等が元年軽減対象資産の譲渡等（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第三十四条第一項に規定する元年軽減対象資産の譲渡等をいう。以下この号において同じ。）である場合には、資産の内容及び元年軽減対象資産の譲渡等である旨）」と、同項第四号中「売上げ」とあるのは「税率の異なるごとに区分した売上げ」とする。
事業者（改正法附則第三十四条第二項前段の規定により読み替えられた消費税法第三十九条第一項に規定する事業者をいう。次項において同じ。）が、同条第一項に規定する課税資産の譲渡等の税込価額の全部又は一部の領収をすることができなくなった場合（以下この項において「貸倒れ等」という。）において、当該領収をすることができなくなった課税資産の譲渡等の税込価額が課税資産の譲渡等（元年軽減対象資産の譲渡等に該当するものを除く。）に係る部分と元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分とに合理的に区分されていないときは、当該領収をすることができなくなった課税資産の譲渡等の税込価額に、当該貸倒れ等の対象となった課税資産の譲渡等の税込価額の合計額のうちに元年軽減対象資産の譲渡等の税込価額の占める割合を乗じて計算した金額を、当該元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分の金額として、同条第一項の規定を適用する。
事業者が、改正法附則第三十四条第二項前段の規定により読み替えられた消費税法第三十九条第一項の規定の適用を受けた同項に規定する課税資産の譲渡等の税込価額の全部又は一部の領収をした場合において、当該領収をした税込価額が課税資産の譲渡等（元年軽減対象資産の譲渡等に該当するものを除く。）に係る部分と元年軽減対象資産の譲渡等に係る部分とに合理的に区分されていないときは、当該領収をした税込価額に、これらの課税資産の譲渡等の時におけるこれらの課税資産の譲渡等の税込価額の合計額のうちに当該元年軽減対象資産の譲渡等の税込価額の占める割合を乗じて計算した金額を、領収をした元年軽減対象資産の譲渡等に係る税込価額として、同条第三項の規定を適用する。
元年適用日から令和五年九月三十日までの間に受け入れる消費税法第六十条第四項に規定する特定収入に係る消費税法施行令第七十五条第四項の規定の適用については、同項第一号イ中「百十分の七・八」とあるのは「百十分の七・八（当該合計額のうち他の者から受けた元年軽減対象資産の譲渡等（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第三十四条第一項に規定する元年軽減対象資産の譲渡等をいう。以下この項において同じ。）に係る課税仕入れに係る支払対価の額又は飲食料品（同条第一項第一号に規定する飲食料品をいう。以下この項において同じ。）に該当する課税貨物の引取価額に係る支出のためにのみ使用することとされている課税仕入れ等に係る特定収入については、百八分の六・二四）」と、同項第二号イ及びロ並びに第三号イ中「百十分の七・八」とあるのは「百十分の七・八（当該合計額のうち他の者から受けた元年軽減対象資産の譲渡等に係る課税仕入れに係る支払対価の額又は飲食料品に該当する課税貨物の引取価額に係る支出のためにのみ使用することとされている課税仕入れ等に係る特定収入については、百八分の六・二四）」とする。
消費税法施行令第三十二条の二第一項の事業者が、元年適用日前に行った同項に規定するリース譲渡につき同項の規定の適用を受けた場合において、同条第二項の規定により元年適用日以後に資産の譲渡等を行ったものとみなされる同項に規定するリース譲渡延払収益額に係る部分があるときは、当該リース譲渡延払収益額に係る部分の課税資産の譲渡等に係る消費税については、改正法附則第三十四条第一項の規定は、適用しない。
消費税法施行令第三十六条第一項の個人事業者が、元年適用日前に行った同項に規定する延払条件付譲渡につき同項の規定の適用を受けた場合において、当該延払条件付譲渡に係る賦払金の額で元年適用日以後にその支払の期日が到来するものがあるときは、当該賦払金に係る部分の課税資産の譲渡等に係る消費税については、改正法附則第三十四条第一項の規定は、適用しない。
消費税法施行令第三十六条の二第一項の事業者が、元年適用日前に行った同項に規定するリース譲渡につき同項の規定の適用を受けた場合において、同条第二項の規定により元年適用日以後に資産の譲渡等を行ったものとみなされる同項に規定するリース譲渡収益額に係る部分があるときは、当該リース譲渡収益額に係る部分の課税資産の譲渡等に係る消費税については、改正法附則第三十四条第一項の規定は、適用しない。
飲食料品の譲渡（改正法附則第三十四条第一項第一号又は改正法第五条の規定による改正後の消費税法（以下この項において「新法」という。）別表第一第一号に掲げる飲食料品の譲渡をいう。以下この項において同じ。）を行う新法第三十七条第一項の規定の適用を受ける事業者の元年適用日の属する課税期間（消費税法第十九条第一項に規定する課税期間をいい、同条第二項又は第四項の規定により一の課税期間とみなされる期間を含む。以下この項及び次条において同じ。）から令和五年九月三十日の属する課税期間までの各課税期間における次に掲げる事業については、消費税法施行令第五十七条第五項第二号に規定する第二種事業として、新法第三十七条第一項の規定を適用する。 農業（飲食料品の譲渡を行う部分に限る。） 林業（飲食料品の譲渡を行う部分に限る。） 漁業（飲食料品の譲渡を行う部分に限る。）
農業（飲食料品の譲渡を行う部分に限る。）
林業（飲食料品の譲渡を行う部分に限る。）
漁業（飲食料品の譲渡を行う部分に限る。）
元年適用日から令和五年九月三十日までの間における前項の規定の適用については、同項中「又は改正法第五条の規定による改正後の消費税法（以下この項において「新法」という。）別表第一第一号に掲げる」とあるのは「に掲げる」と、「行う新法」とあるのは「行う改正法第五条の規定による改正後の消費税法（以下この項において「新法」という。）」とする。
消費税法第六十条第三項の規定の適用を受ける同項に規定する法人が、元年適用日前に行った課税資産の譲渡等につき、当該課税資産の譲渡等の対価を収納すべき課税期間の末日が元年適用日以後であるときは、当該課税資産の譲渡等に係る消費税については、改正法附則第三十四条第一項の規定は、適用しない。
消費税法第六十条第三項の規定の適用を受ける同項に規定する法人が、元年適用日前に行った課税仕入れにつき、当該課税仕入れの費用の支払をすべき課税期間の末日が元年適用日以後であるときは、当該課税仕入れに係る同法第三十条、第三十二条及び第三十六条の規定の適用については、改正法附則第三十四条第二項前段の規定は、適用しない。
改正法附則第三十八条第一項に規定する政令で定める課税資産の譲渡等は、二十四年消費税法改正法附則第五条第一項から第三項まで、第四項本文及び第五項本文、第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第十四条第一項（これらの規定を二十四年消費税法改正法附則第十六条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）並びに第十六条の二第一項並びに消費税法施行令の一部を改正する政令（平成二十五年政令第五十六号）附則第五条第一項から第三項まで及び第四項本文、第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項並びに第十三条第一項並びに消費税法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第三百十七号）附則第五条第一項本文、第二項、第三項本文、第四項本文及び第五項、第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項並びに第十三条第一項の規定の適用を受ける課税資産の譲渡等とする。
改正法附則第三十八条第一項（同条第四項の規定の適用を受ける場合を含む。）の規定（以下この項において「十営業日経過措置」という。）の適用を受けようとする事業者が、一又は複数の事業（以下この項において「対象事業」という。）に係る課税資産の譲渡等（同条第一項に規定する課税資産の譲渡等をいう。以下この項及び次項において同じ。）の税込価額（同条第一項に規定する税込価額をいう。以下この項及び次項において同じ。）と当該対象事業以外の事業に係る課税資産の譲渡等の税込価額を区分しているときは、当該対象事業に係る課税資産の譲渡等の税込価額についてのみ十営業日経過措置を適用することができる。 この場合において、同条第一項中「行った課税資産の譲渡等（」とあるのは「行った適用対象事業（消費税法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百四十八号）附則第十四条第一項の規定の適用を受ける同項に規定する対象事業をいう。以下この項において同じ。）に係る課税資産の譲渡等（」と、「を当該適用対象期間における」とあるのは「を当該適用対象期間における当該適用対象事業に係る」と、同項第一号中「課税資産の譲渡等」とあるのは「当該適用対象事業に係る課税資産の譲渡等」とする。
卸売業（改正法附則第三十八条第二項に規定する卸売業をいう。次項において同じ。）又は小売業（同条第二項に規定する小売業をいう。次項において同じ。）に係る一又は複数の事業（以下この項において「対象事業」という。）と当該対象事業以外の事業を営む事業者が、当該対象事業に係る課税資産の譲渡等の税込価額についてのみ同条第二項（同条第四項の規定の適用を受ける場合を含む。）の規定（以下この項において「仕入割合による区分経過措置」という。）の適用を受けようとするときは、当該対象事業に係る課税資産の譲渡等の税込価額と当該対象事業以外の事業に係る課税資産の譲渡等の税込価額を区分して仕入割合による区分経過措置を適用するものとする。 この場合において、同条第二項中「行った卸売業及び小売業」とあるのは「行った適用対象事業（消費税法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百四十八号）附則第十四条第二項の規定の適用を受ける同項に規定する対象事業をいう。以下この項において同じ。）」と、「おける卸売業及び小売業」とあるのは「おける当該適用対象事業」と、同項第一号中「卸売業及び小売業」とあるのは「当該適用対象事業」とする。
卸売業又は小売業に係る一又は複数の事業（以下この項において「対象事業」という。）と当該対象事業以外の事業を営む事業者が、当該対象事業に係る課税仕入れに係る支払対価の額及び課税貨物に係る税込引取価額（改正法附則第三十八条第二項に規定する課税貨物に係る税込引取価額をいう。以下この項において同じ。）についてのみ改正法附則第三十九条第一項の規定（以下この項において「売上割合による区分経過措置」という。）の適用を受けようとするときは、当該対象事業に係る課税仕入れに係る支払対価の額及び課税貨物に係る税込引取価額と当該対象事業以外の事業に係る課税仕入れに係る支払対価の額及び課税貨物に係る税込引取価額を区分して売上割合による区分経過措置を適用するものとする。 この場合において、同条第一項中「卸売業（前条第二項に規定する卸売業をいう。以下この項において同じ。）及び小売業（同条第二項に規定する小売業をいう。以下この項において同じ。）」とあるのは「適用対象事業（消費税法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百四十八号）附則第十四条第三項の規定の適用を受ける同項に規定する対象事業をいう。以下この項において同じ。）」と、「当該課税仕入れ」とあるのは「当該適用対象事業に係る課税仕入れ」と、「当該課税貨物」とあるのは「当該適用対象事業に係る課税貨物」と、「卸売業及び小売業」とあるのは「当該適用対象事業」とする。
改正法附則第三十九条第一項の事業者が国内において行った調整対象固定資産（消費税法第二条第一項第十六号に規定する調整対象固定資産をいう。以下この項において同じ。）の課税仕入れ及び保税地域から引き取った調整対象固定資産に該当する課税貨物については、改正法附則第三十九条第一項の規定は、適用しない。
前条第一項に規定する対象事業につき改正法附則第三十八条第一項（前条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定の適用を受ける事業者が、当該対象事業につき改正法附則第三十九条第一項（前条第三項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定の適用を受ける場合には、改正法附則第三十九条第一項の規定にかかわらず、改正法附則第三十八条第一項に規定する軽減売上割合（同条第四項の規定の適用がある場合には、百分の五十）を改正法附則第三十九条第一項に規定する小売等軽減売上割合とみなして、同項の規定を適用する。
改正法附則第三十八条第一項若しくは第二項又は第三十九条第一項の規定（以下この項において「経過措置規定」という。）の適用を受けて、消費税法第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載した同項に規定する中間申告書又は同法第四十五条第一項の規定による申告書若しくは同法第四十六条第一項の規定による申告書を提出する事業者は、これらの申告書に、経過措置規定の適用を受ける旨を付記するとともに、課税標準の計算に関する明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類を添付しなければならない。
改正法附則第四十条第一項の規定による届出書の記載事項は、財務省令で定める。
第二条の規定による改正後の消費税法施行令等の一部を改正する政令（平成二十七年政令第百四十五号）附則第七条第二項の規定は、平成二十九年一月一日以後に所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）附則第三十九条第八項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に同項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。