この政令は、平成十六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第二条第一項第二号の改正規定、第十四条の改正規定、第十四条の三第四号の改正規定（「知的障害者福祉法」の下に「（昭和三十五年法律第三十七号）」を加える部分に限る。）、第二十四条の改正規定、第五十三条第四項の改正規定、第七十一条第二項の改正規定、第七十五条第三項の改正規定及び第七十六条の改正規定（同条第三項の改正規定並びに同条第八項及び第十項の改正規定中「、第六項又は第八項」を「又は第六項」に改める部分を除く。） 平成十五年四月一日 第五条第八号ヲの改正規定及び第十四条の三第四号の改正規定（「知的障害者福祉法」の下に「（昭和三十五年法律第三十七号）」を加える部分を除く。） 平成十五年十月一日 第四十一条（見出しを含む。）の改正規定及び附則第二条の規定 平成十六年一月一日
第二条第一項第二号の改正規定、第十四条の改正規定、第十四条の三第四号の改正規定（「知的障害者福祉法」の下に「（昭和三十五年法律第三十七号）」を加える部分に限る。）、第二十四条の改正規定、第五十三条第四項の改正規定、第七十一条第二項の改正規定、第七十五条第三項の改正規定及び第七十六条の改正規定（同条第三項の改正規定並びに同条第八項及び第十項の改正規定中「、第六項又は第八項」を「又は第六項」に改める部分を除く。） 平成十五年四月一日
第五条第八号ヲの改正規定及び第十四条の三第四号の改正規定（「知的障害者福祉法」の下に「（昭和三十五年法律第三十七号）」を加える部分を除く。） 平成十五年十月一日
第四十一条（見出しを含む。）の改正規定及び附則第二条の規定 平成十六年一月一日
事業者が、この政令の施行の日（次項及び次条において「施行日」という。）以後最初に開始する年又は事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号。次条において「改正法」という。）第六条の規定による改正後の消費税法（次項及び次条において「新法」という。）第十九条第一項第三号又は第四号の規定による届出書を提出している事業者にあっては、これらの規定に定める期間。以下この項において「適用事業年度等」という。）につき同条第一項第三号の二又は第四号の二の規定の適用を受けるため、これらの規定による届出書を当該適用事業年度等の初日の前日以前にその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該前日に当該届出書を当該税務署長に提出したものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
新法第十九条第一項第三号又は第四号の規定による届出書を提出している事業者が、施行日以後に開始する課税期間（同条に規定する課税期間をいう。次条において同じ。）について同項第三号の二又は第四号の二の規定の適用を初めて受けようとする場合には、同条第五項の規定にかかわらず、同条第一項第三号の二又は第四号の二の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出することができる。
事業者（施行日以後最初に開始する課税期間において新法第九条第一項本文の規定の適用を受けない事業者（同条第四項の規定による届出書の提出により消費税を納める義務が免除されないものを除く。）で当該課税期間の直前の課税期間において改正法第六条の規定による改正前の消費税法第九条第一項本文の規定の適用を受けた事業者に限る。）が、新法第三十七条第一項に規定する届出書を施行日以後最初に開始する課税期間（消費税法施行令第五十六条各号に掲げるものを除く。）中にその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該届出書を提出した日の属する課税期間について同項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該課税期間の初日の前日に当該届出書を当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。