この政令は、平成三年十月一日から施行する。
消費税法の一部を改正する法律（平成三年法律第七十三号。以下「改正法」という。）附則第三条に規定する政令で定める資産の譲渡等は、改正法による改正前の消費税法（以下「旧法」という。）別表第一第七号に掲げる資産の譲渡等（社会福祉事業法（昭和二十六年法律第四十五号）第二条第二項第四号（定義）に規定する精神薄弱者福祉ホーム及び精神薄弱者通勤寮を経営する事業に該当する事業として平成三年一月一日前に行われたものを除く。）とする。
改正法附則第七条第一項に規定する社会福祉事業等の資産の譲渡等及び同条第三項に規定する授産作業の資産の譲渡等（以下「社会福祉事業等に係る資産の譲渡等」という。）を行う事業者が改正法による改正後の消費税法（以下「新法」という。）第九条第四項に規定する届出書をこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する新法第十九条に規定する課税期間（この政令による改正後の消費税法施行令（以下「新令」という。）第二十条各号に掲げるものを除く。）の初日から平成四年三月三十一日までの間にその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該届出書を提出した日の属する新法第十九条に規定する課税期間（以下「課税期間」という。）について同項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該課税期間の初日の前日に当該届出書を当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
社会福祉事業等に係る資産の譲渡等を行う事業者で旧法第九条第四項の規定による届出書を提出している者（新法第九条第六項の規定の適用を受ける事業者に限る。）が、施行日以後に開始する課税期間について新法第九条第四項の規定の適用を受けることをやめようとするときは、同条第六項の規定にかかわらず、施行日から平成四年三月三十一日までの間は、同条第五項の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出することができる。 この場合において、当該届出書の提出があった日の属する課税期間の翌課税期間（当該届出書の提出のあった日の属する課税期間が施行日以後に開始する課税期間であるときは、当該課税期間）の初日以後は、同条第四項の規定による届出は、その効力を失う。
社会福祉事業等に係る資産の譲渡等を行う事業者で旧法第九条第四項の規定による届出書を提出している者（前項の事業者を除く。）が、施行日以後に開始する課税期間について新法第九条第四項の規定の適用を受けることをやめようとする場合において、施行日以後に開始する課税期間の初日から平成四年三月三十一日までの間に同条第五項の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、同条第七項の規定にかかわらず、当該届出書を提出した日の属する課税期間の初日以後は、同条第四項の規定による届出は、その効力を失う。
前二項の規定の適用を受けようとする事業者は、当該届出書に大蔵省令で定める事項を記載しなければならない。
施行日前に消費税法第十条第一項に規定する相続、同法第十一条第一項若しくは第三項に規定する合併（以下この条において「合併」という。）又は同法第十二条第一項に規定する分割（以下この条において「分割」という。）があった場合において、施行日の属する年又は事業年度（施行日前に開始したものに限る。）中に開始する課税期間で施行日以後に開始するものがあるときは、当該課税期間に係る改正法附則第三条に規定する基準期間における課税売上高及び当該課税期間に係る改正法附則第四条第二項に規定する基準期間に対応する期間における課税売上高については、改正法附則第三条及び同項の規定は、適用しない。
施行日以後に開始する課税期間に係る新法第十一条第四項に規定する合併法人の基準期間における課税売上高及び新法第十二条第二項に規定する基準期間における課税売上高並びに新令第二十二条第四項第一号及び第二十三条第三項に規定する事業年度における課税売上高については、改正法附則第三条の規定の例による。
施行日以後に合併又は分割があった場合における新令第二十二条第六項第一号又は新令第二十三条第七項第一号（新法第十二条第一項に係る部分に限る。）若しくは新令第二十三条第八項第一号（新法第十二条第一項に係る部分に限る。）に規定する基準期間に対応する期間における課税売上高については、改正法附則第四条第一項の規定の例による。
合併又は分割があった場合において、施行日以後に開始する課税期間に係る新令第二十二条第六項第二号又は新令第二十三条第七項第一号（新法第十二条第一項に係る部分を除く。）、新令第二十三条第七項第二号、同条第八項第一号（新法第十二条第一項に係る部分を除く。）若しくは新令第二十三条第八項第二号若しくは第九項に規定する基準期間に対応する期間における課税売上高については、改正法附則第四条第二項の規定の例による。
社会福祉事業等に係る資産の譲渡等を行う事業者（新法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、施行日の属する課税期間の末日までに新法第三十条第三項第二号の承認を受けることができなかったことにつきやむを得ない事情がある場合において、施行日の属する課税期間に係る新法第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限までに当該承認を受けたときは、当該課税期間中に当該承認を受けたものとみなして、新法第三十条第三項の規定を適用する。
事業者（新法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が新法第三十七条第一項に規定する届出書を施行日以後に開始する課税期間（新令第五十六条各号に掲げるものを除く。）の初日から平成四年三月三十一日までの間にその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該届出書を提出した日の属する課税期間について同項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該課税期間の初日の前日に当該届出書を当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
旧法第三十七条第一項の規定による届出書を提出している事業者（新法第三十七条第三項の規定の適用を受ける事業者に限る。）が、施行日以後に開始する課税期間について新法第三十七条第一項の規定の適用を受けることをやめようとするときは、同条第三項の規定にかかわらず、施行日から平成四年三月三十一日までの間は、同条第二項の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出することができる。 この場合において、当該届出書の提出があった日の属する課税期間の翌課税期間（当該届出書の提出があった日の属する課税期間が施行日以後に開始する課税期間であるときは、当該課税期間）の初日以後は、同条第一項の規定による届出は、その効力を失う。
旧法第三十七条第一項の規定による届出書を提出している事業者（前項の事業者を除く。）が、施行日以後に開始する課税期間について新法第三十七条第一項の規定の適用を受けることをやめようとする場合において、施行日以後に開始する課税期間の初日から平成四年三月三十一日までの間に同条第二項の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、同条第四項の規定にかかわらず、当該届出書を提出した日の属する課税期間の初日以後は、同条第一項の規定による届出は、その効力を失う。
前二項の規定の適用を受けようとする事業者は、当該届出書に大蔵省令で定める事項を記載しなければならない。
第二項又は第三項の規定の適用を受ける事業者が、これらの規定によりこれらの規定に規定する届出がその効力を失う日から新法第三十七条第二項の規定による届出書を提出した日までの期間（次項において「指定期間」という。）中に行った課税仕入れ（新令第四十九条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、その帳簿に新法第三十条第八項第一号ロからニまでに掲げる事項を記載しているときは、当該課税仕入れについては、当該帳簿に同号イからニまでに掲げる事項が記載されているものとして、同条の規定を適用する。
指定期間中に第二項又は第三項の規定の適用を受ける事業者に対し他の事業者が行った課税資産の譲渡等（新法第七条第一項、新法第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるもの及び新令第四十九条第三項各号に掲げる事業に係るものを除く。）につき交付された請求書、納品書その他これらに類する書類については、新法第三十条第九項第一号イからニまでに掲げる事項が記載されているときは、これを同条第七項の請求書等に該当するものとみなす。
改正法附則第七条の規定は、新法第六十条第三項の規定の適用を受ける新法別表第三に掲げる法人が施行日前に行った改正法附則第十六条第一項各号に掲げる資産の譲渡等又は仕入れについて準用する。 この場合において、改正法附則第七条中「第十八条第一項の個人事業者」とあるのは「第六十条第三項の規定の適用を受ける新法別表第三に掲げる法人」と、「の額を収入した日」とあるのは「を収納すべき課税期間の末日」と、「額を支出した日」とあるのは「支出をすべき課税期間の末日」と、「第三十六条まで」とあるのは「第三十六条まで並びに第六十条第四項及び第五項」と読み替えるものとする。
改正法附則第十六条第二項の規定は、新法第六十条第三項の規定の適用を受ける新法別表第三に掲げる法人が施行日前に外国貨物（新法別表第二第六号及び第七号に掲げる外国貨物に該当するものに限る。）を保税地域から引き取った場合について準用する。