この政令は、平成十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第三十二条第一項の改正規定 平成十八年十月一日 第六条第一項第八号の改正規定、第九条第一項の改正規定、第十条第三項第五号の改正規定、第二十四条第一号の改正規定（「有限会社」を「合同会社」に改める部分に限る。）、第四十八条の改正規定、第五十一条第一項の改正規定及び第五十九条第二号の改正規定並びに次条、附則第四条及び第五条の規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日
第三十二条第一項の改正規定 平成十八年十月一日
第六条第一項第八号の改正規定、第九条第一項の改正規定、第十条第三項第五号の改正規定、第二十四条第一号の改正規定（「有限会社」を「合同会社」に改める部分に限る。）、第四十八条の改正規定、第五十一条第一項の改正規定及び第五十九条第二号の改正規定並びに次条、附則第四条及び第五条の規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日
事業者が前条第二号に定める日（以下「会社法施行日」という。）前に取得した改正前の消費税法施行令（以下「旧令」という。）第九条第一項第一号に掲げる端数の部分については、なお従前の例による。
この政令の施行の日（以下「施行日」という。）から会社法施行日の前日までの間における改正後の消費税法施行令（以下「新令」という。）第二十四条の規定の適用については、同条第二項第三号及び第四項中「、合資会社又は合同会社」とあるのは、「又は合資会社」とする。
附則第二条の規定によりなお従前の例によることとされる旧令第九条第一項第一号に掲げる端数の部分の譲渡は、新令第四十八条第五項に規定する有価証券等の譲渡とみなす。
新令第五十九条第二号の規定は、会社法施行日以後にされる会社法の規定による特別清算に係る協定の認可の決定により債権の切捨てがあった場合について適用し、会社法施行日前にされた会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十七年法律第八十七号）第六十四条（商法の一部改正）の規定による改正前の商法（明治三十二年法律第四十八号。以下この条において「旧商法」という。）の規定による特別清算に係る協定の認可（会社法施行日前に解散した法人に係る旧商法の規定による特別清算に係る協定の認可を含む。）により債権の切捨てがあった場合については、なお従前の例による。
新令第七十四条第三項の規定は、同条第一項の承認を受けようとする法人が施行日以後に同条第三項に規定する申請書を提出する場合について適用し、当該法人が施行日前に旧令第七十四条第三項に規定する申請書を提出した場合については、なお従前の例による。