この政令は、平成三年四月一日から施行する。
改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）第七十三条第一項（特定退職金共済団体の要件）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に同項の承認（新令第七十四条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第六十四条、第六十五条、第七十二条、第七十六条及び第八十二条の二（退職金共済制度に基づく掛金等に係る所得税の取扱い）の規定中新令第七十三条第一項に規定する特定退職金共済団体が行う退職金共済に関する制度に基づいて支出する掛金及び当該団体が行う給付に係る部分は、施行日以後に支出すべき当該掛金及び施行日以後に支払うべき当該給付（当該給付に対応する施行日前に支出されるべき掛金のうちに改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第七十六条第一項第二号ニ（退職金共済制度等に基づく一時金で退職手当等とみなさないもの）に掲げる掛金が含まれているものを除く。）について適用し、施行日前に支出すべき掛金及び施行日前に支払うべき当該給付（施行日以後に支払うべき当該給付で、これに対応する施行日前に支出されるべき掛金のうちに同号ニに掲げる掛金が含まれているものを含む。）については、なお従前の例による。
個人が施行日前に旧令第八十三条（株式をもつてする利益の配当の価額）に規定する株式をもってする利益の配当を受けた場合又は施行日以後に商法等の一部を改正する法律（平成二年法律第六十四号）附則第十七条（利益の処分に関する経過措置）の規定によりなお従前の例によることとされる利益の処分により当該株式をもって利益の配当を受けた場合における旧令第八十三条の株式の価額については、なお従前の例による。
新令第八十九条第四号（国庫補助金等の範囲）の規定は、個人が施行日以後に交付を受ける助成金について適用する。
次項に定める場合を除き、新令第百十条から第百十三条まで（株式の取得価額）の規定は、施行日以後にこれらの規定に規定する事実がある場合における株式の取得価額について適用し、施行日前に旧令第百十条から第百十三条まで（株式の取得価額）の規定に規定する事実があった場合における株式の取得価額については、なお従前の例による。
商法等の一部を改正する法律（平成二年法律第六十四号）附則第十一条（株式分割等に関する経過措置）又は第十七条（利益の処分に関する経過措置）の規定によりなお従前の例によることとされる株式の発行又は利益の処分に係る旧令第百十二条各号（株式配当等により取得した株式の取得価額）に掲げる事由により取得した株式の取得価額については、なお従前の例による。
新令第百三十七条第一項（繰延資産の償却費の計算）の規定は、個人が施行日以後に支出する繰延資産の償却費の計算について適用し、個人が施行日前に支出した繰延資産の償却費の計算については、なお従前の例による。
新令第二百十七条第一項（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が施行日以後に支出する所得税法第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金について適用し、個人が施行日前に支出した当該特定寄付金については、なお従前の例による。