この政令は、公布の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、昭和四十四年分以後の所得税について適用し、昭和四十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第六十六条第一項（特定退職金共済団体の要件）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に同項の承認（新令第六十七条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第六十九条から第七十一条まで及び第七十六条（退職金共済制度に基づく年金等に係る所得税の取扱い）の規定中新令第六十六条第一項に規定する特定退職金共済団体が行なう給付又は当該団体と契約した退職金共済契約に基づいて支出する掛金に係る部分は、施行日以後に支払うべき当該給付（当該給付に対応する掛金で同日前に支出されるべきもののうちに改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第六十九条第一項第二号ロに掲げる掛金が含まれているものを除く。）又は掛金について適用し、同日前に支払うべき当該給付及び同日以後に支払うべき当該給付でこれに対応する同日前に支出されるべき掛金のうちに同号ロに掲げる掛金が含まれているもの又は同日前に支出すべき掛金については、なお従前の例による。
新令第七十八条第二項又は第三項（分収造林契約の収益）の規定は、昭和四十五年分以後の所得税について適用し、昭和四十四年分以前の所得税については、なお従前の例による。
都市計画法（昭和四十三年法律第百号）の施行前における地役権の設定に係る新令第七十九条第一項（資産の譲渡とみなされる行為）の規定の適用については、同項中「都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第八条第一項第四号（地域地区）」とあるのは、「都市計画法施行法（昭和四十三年法律第百一号）による改正前の建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第五十九条の三第一項（特定街区）」とする。
個人が、昭和四十四年分以後の所得税について、その有する新令第一条第一項（定義）に規定するたな卸資産の評価の方法につき新令第九十九条第一項第一号チ（たな卸資産の評価の方法）に掲げる売価還元法（売価のないたな卸資産については、同号ニに掲げる総平均法）を選定しようとする場合には、新令第百一条第二項（たな卸資産の評価の方法の変更手続）中「その新たな評価の方法を採用しようとする年の三月十五日」とあるのは、「昭和四十四年六月三十日」として、同項の規定を適用する。
昭和四十三年分の所得税につき所得税法の一部を改正する法律（昭和四十四年法律第十四号。以下「改正法」という。）による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和四十四年分の改正法による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第百四条第一項（予定納税額の納付）に規定する予定納税基準額は、旧法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、旧令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他旧法及び旧令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第五条第一項及び第二項（昭和四十四年分の所得税に係る予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額をもととして計算する。
改正法附則第九条第一項（施行日前に支払われた退職所得に係る源泉徴収税額の還付）の規定による還付の請求は、これをすることができる居住者が施行日から昭和四十四年六月三十日までの間に同年中の支給に係る他の同項に規定する退職手当等（以下この条において「退職手当等」という。）につき新法第二百三条第四項（退職所得の受給に関する申告書）に規定する退職所得の受給に関する申告書を提出する場合には、当該申告書を提出する日の前日までの間に限り、することができる。
改正法附則第九条第一項の規定による還付の請求をしようとする居住者は、次に掲げる事項を記載した請求書に、第三号及び第四号に規定する事項を証する書類を添附して、これを納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。 ただし、税務署長において、やむを得ない事情があると認める場合には、当該書類を添附することを要しない。 請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地 退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定された納税地） 旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日 退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項（退職所得に係る源泉徴収税額）に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項 当該退職手当等につき改正法附則第三条第一項（昭和四十四年分の所得税の所得控除及び税額の計算に係る特例）の規定により読み替えられた新法第二百一条（退職所得に係る源泉徴収税額）及び新法第二百二条（退職所得とみなされる退職一時金に係る源泉徴収）の規定を適用した場合における所得税の額 第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額 その他参考となるべき事項
請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地
退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定された納税地）
旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日
退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項（退職所得に係る源泉徴収税額）に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項
当該退職手当等につき改正法附則第三条第一項（昭和四十四年分の所得税の所得控除及び税額の計算に係る特例）の規定により読み替えられた新法第二百一条（退職所得に係る源泉徴収税額）及び新法第二百二条（退職所得とみなされる退職一時金に係る源泉徴収）の規定を適用した場合における所得税の額
第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額
その他参考となるべき事項
改正法附則第九条第一項の規定による還付の請求をした居住者は、その請求をした後昭和四十四年中の支給に係る退職手当等について新法第二百三条第四項に規定する退職所得の受給に関する申告書又は確定申告書を提出する場合には、これらの申告書に記載すべき事項のほか、当該還付の請求をした旨及び前項第六号に掲げる金額をこれらの申告書に附記しなければならない。
改正法附則第九条第一項の規定による請求に係る還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）の規定の適用については、同令第二条第一号（支払金の指定）に掲げる還付金とみなす。