この政令は、平成十年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成十年分以後の所得税について適用し、平成九年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、平成十年一月一日以後に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日前に受ける当該通勤手当の差額として追給されるものを除く。）について適用し、同日前に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日以後に受けるべき当該通勤手当で同日前に受けるものの差額として追給されるものを含む。）については、なお従前の例による。
平成十年一月一日以後に受けるべき前項の通勤手当でこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に受けたものに係る所得税法第四編第二章第一節（給与所得に係る源泉徴収義務及び徴収税額）の規定の適用については、新令第二十条の二及び同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
新令第七十三条（特定退職金共済団体の要件）の規定は、施行日以後に同条第一項の承認（新令第七十四条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第八十一条第二号（譲渡所得の基因とされないたな卸資産に準ずる資産）の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に譲渡をする同号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が同日前に譲渡をした改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第八十一条第二号（譲渡所得の基因とされないたな卸資産に準ずる資産）に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
新令第八十四条（株式等を取得する権利の価額）の規定は、施行日以後にその行使をする同条に規定する権利について適用し、施行日前にその行使をした旧令第八十四条第一項（新株等を取得する権利の価額）に規定する権利については、なお従前の例による。
新令第百九条第一項（有価証券の取得価額）の規定は、施行日以後に取得する同項に規定する有価証券について適用し、施行日前に取得した旧令第百九条第一項（有価証券の取得価額）に規定する有価証券については、なお従前の例による。
新令第百二十条（減価償却資産の償却の方法）（第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、個人が平成十年十月一日以後に締結する同号に規定するリース取引に係る契約の目的とされている減価償却資産について適用する。
新令第百三十八条（少額の減価償却資産の取得価額の必要経費算入）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第百三十九条（一括償却資産の必要経費算入）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第百四十五条第一項（貸金に係る貸倒引当金勘定への繰入限度額）の居住者の平成十年分及び平成十一年分の所得税に係る同条第二項の規定の適用については、同項中「平成十年一月一日」とあるのは「昭和五十五年一月一日」と、「平成十年及び平成十一年」とあるのは「昭和五十五年及び昭和五十六年」と、「貸金の額の合計額」とあるのは「売掛金、貸付金その他これらに準ずる金銭債権の額の合計額」とする。
個人が法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号。以下「改正法」という。）附則第十七条第二項（割賦販売等に関する経過措置）の規定の適用がある場合における新令第百五十条第一項（返品調整引当金勘定への繰入限度額）の規定の適用については、同項第一号中「第六十五条第二項（延払条件付販売等）に規定する延払条件付販売等」とあるのは「第六十五条第二項（延払条件付販売等）に規定する延払条件付販売等及び法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号。以下この号において「平成十年改正法」という。）附則第十七条第二項（割賦販売等に関する経過措置）に規定する経過措置対象割賦販売等」と、「同条第一項本文の規定の適用を受けたもの」とあるのは「法第六十五条第一項本文の規定又は平成十年改正法附則第十七条第二項の規定の適用を受けたもの」と、「同条第二項に規定する延払条件付販売等」とあるのは「法第六十五条第二項に規定する延払条件付販売等及び平成十年改正法附則第十七条第二項に規定する経過措置対象割賦販売等」とする。
新令第百五十四条から第百五十六条まで（退職給与引当金勘定への繰入限度額等）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。 この場合において、個人の平成十一年分から平成十五年分までの各年分の事業所得の金額を計算する場合における新令第百五十四条第一項第二号及び第百五十五条第一項第二号の規定の適用については、新令第百五十四条第一項第二号中「百分の二十」とあるのは、平成十一年分については「百分の三十七」と、平成十二年分については「百分の三十三」と、平成十三年分については「百分の三十」と、平成十四年分については「百分の二十七」と、平成十五年分については「百分の二十三」とする。
所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十号。以下「昭和五十五年改正令」という。）附則第三条第二項又は第三項（退職給与引当金に関する経過措置）（これらの規定を同条第五項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けた個人で、平成十一年（以下この条において「改正年」という。）において改正時累積限度超過額（改正年の十二月三十一日におけるその前年から繰り越された所得税法第五十四条第二項（退職給与引当金）に規定する退職給与引当金勘定の金額（改正年における相続（包括遺贈を含む。）によって新令第百五十七条第二項（死亡の場合の退職給与引当金勘定の金額の処理）の規定によりその者が有するものとみなされた当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額）が改正年の十二月三十一日（その者が年の中途において死亡したときは、その死亡の時。以下この項において同じ。）において新令第百五十四条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額を超える場合における当該超える部分の金額に相当する金額をいう。第二号において同じ。）を有するものについては、その改正年から、その年十二月三十一日におけるその年の前年から繰り越された同法第五十四条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（その年において相続（包括遺贈を含む。）によって新令第百五十七条第二項の規定によりその者が有するものとみなされた当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を含む。第一号において「繰越退職給与引当金勘定の金額」という。）がその年十二月三十一日におけるこの項の規定を適用しないで、かつ、前項の規定を適用して計算した場合における新令第百五十五条第一項第二号に規定する累積限度額（第二号において「経過累積限度額」という。）以下となる最初の年の前年までの各年における同項第二号に規定する累積限度額は、前項の規定により読み替えられて適用される同号の規定にかかわらず、第一号又は第二号に掲げる金額のうちいずれか少ない金額とする。 その年十二月三十一日における繰越退職給与引当金勘定の金額 経過累積限度額に、改正時累積限度超過額に六から改正年の翌年一月一日からその年十二月三十一日までの期間の年数に相当する数（その数が六を超えるときは、六）を控除した数を乗じて六で除して計算した金額を加算した金額
その年十二月三十一日における繰越退職給与引当金勘定の金額
経過累積限度額に、改正時累積限度超過額に六から改正年の翌年一月一日からその年十二月三十一日までの期間の年数に相当する数（その数が六を超えるときは、六）を控除した数を乗じて六で除して計算した金額を加算した金額
次に掲げる個人の改正年以後の各年における新令第百五十六条第一項第三号（退職金共済契約等を締結している場合の繰入限度額の特例等）の規定の適用については、同号中「この号の規定を適用しないで計算した場合における前条第一項第二号に定める金額（以下この号において「調整前累積限度超過額」という。）」とあるのは「調整前累積限度超過額（所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百四号。以下この号において「平成十年改正令」という。）附則第十一条第三項第一号に掲げる個人の前号に規定する場合に該当することとなつた日の属する年（以下この号において「移行年」という。）にあつては所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十号）附則第三条第四項の規定により読み替えられた同令の規定による改正後の所得税法施行令第百五十六条第一項第三号に規定する調整前累積限度超過額をいい、平成十年改正令附則第十一条第三項第二号に掲げる個人の移行年にあつては平成十年改正令による改正前の所得税法施行令（以下この号において「旧令」という。）第百五十六条第一項第三号の規定を適用しないで計算した場合における旧令第百五十五条第一項第二号に定める金額をいい、平成十年改正令附則第十一条第三項第三号に掲げる個人の移行年にあつては当該移行年の十二月三十一日における前条第一項第二号に規定する退職給与引当金勘定の金額が当該移行年の期末退職給与の要支給額に前年の累積限度割合（当該移行年の前年について平成十年改正令附則第十一条第一項及び第二項の規定並びに第百五十四条第一項第二号の規定を適用して計算した前条第一項第二号に規定する累積限度額のその前年の期末退職給与の要支給額に対する割合をいう。）を乗じて得た金額を超える場合におけるその超える部分の金額に相当する金額をいう。以下この号において同じ。）」と、「同日におけるこの号の規定を適用しないで計算した前条第一項第二号」とあるのは「同日においてこの号の規定を適用しないで、かつ、平成十年改正令附則第十一条第一項及び第二項の規定並びに第百五十四条第一項第二号の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号」と、「同項第二号」とあるのは「平成十年改正令附則第十一条第一項及び第二項の規定並びに第百五十四条第一項第二号の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号」とする。 改正年の前年において所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十号。以下この号において「昭和五十五年改正令」という。）附則第三条第四項の規定により読み替えられた昭和五十五年改正令による改正後の所得税法施行令第百五十六条第一項第三号の規定の適用を受けた昭和五十五年改正令附則第三条第四項第二号に掲げる個人 改正年の前年において旧令第百五十六条第一項第三号の規定の適用を受けた個人（前号に掲げる個人を除く。） 新令第百五十六条第一項第三号に規定する個人のうち、同号に規定するその該当することとなった日の属する年が改正年から平成十六年までの年である個人
改正年の前年において所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十号。以下この号において「昭和五十五年改正令」という。）附則第三条第四項の規定により読み替えられた昭和五十五年改正令による改正後の所得税法施行令第百五十六条第一項第三号の規定の適用を受けた昭和五十五年改正令附則第三条第四項第二号に掲げる個人
改正年の前年において旧令第百五十六条第一項第三号の規定の適用を受けた個人（前号に掲げる個人を除く。）
新令第百五十六条第一項第三号に規定する個人のうち、同号に規定するその該当することとなった日の属する年が改正年から平成十六年までの年である個人
新令第百五十六条第一項第三号（同号ロに係る部分に限る。）の規定は、個人の平成十一年一月一日以後に同項第二号に規定する場合に該当することとなったときにおける同項第三号に規定する累積限度額の同号ロによる計算について適用し、個人の平成十年十二月三十一日前に旧令第百五十六条第一項第二号に規定する場合に該当することとなったときにおける同項第三号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額及び新令第百五十六条第一項第三号に規定する累積限度額の計算については、なお従前の例による。
改正法附則第十五条第二項（特別修繕引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第五十五条（特別修繕引当金）の規定の適用については、旧令第百六十条から第百六十三条まで（特別修繕引当金勘定への繰入限度額等）の規定並びに附則第十九条（所得税法施行令の一部を改正する政令の一部改正）の規定による改正前の所得税法施行令の一部を改正する政令（平成八年政令第八十四号）附則第四条（特別修繕引当金に関する経過措置）及び附則第二十条（所得税法施行令の一部を改正する政令の一部改正）の規定による改正前の所得税法施行令の一部を改正する政令（平成九年政令第百三号。次項において「平成九年改正令」という。）附則第三条（特別修繕引当金に関する経過措置）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、旧令第百六十条第三号及び第四号並びに第百六十一条第一項第一号ニ及び第三項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。 ただし、改正法附則第十五条第三項に規定する二年を経過した特別修繕引当金勘定の金額が生じた旧法第五十五条第一項に規定する固定資産については、同項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、ないものとする。
改正法附則第十五条第三項に規定する政令で定める日は、同項に規定する資産が次の各号に掲げる資産のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める日とする。 旧法第五十五条第一項に規定する特別の修繕（以下この項において「特別の修繕」という。）を行ったことがある資産 最近において行った特別の修繕が完了した日の翌日から当該資産が旧令第百六十一条第一項第一号イからニまでに掲げる資産のいずれに該当するかに応じそれぞれ同号イからニまでに定める月数（前項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成九年改正令附則第三条第一項後段に規定する船舶については、四十八月。次号において同じ。）を経過する日 特別の修繕を行ったことがない資産 当該資産の取得又は建造若しくは築造の日の翌日から当該資産が旧令第百六十一条第一項第三号イからニまでに掲げる資産のいずれに該当するかに応じそれぞれ同号イからニまでに定める月数を経過する日
旧法第五十五条第一項に規定する特別の修繕（以下この項において「特別の修繕」という。）を行ったことがある資産 最近において行った特別の修繕が完了した日の翌日から当該資産が旧令第百六十一条第一項第一号イからニまでに掲げる資産のいずれに該当するかに応じそれぞれ同号イからニまでに定める月数（前項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成九年改正令附則第三条第一項後段に規定する船舶については、四十八月。次号において同じ。）を経過する日
特別の修繕を行ったことがない資産 当該資産の取得又は建造若しくは築造の日の翌日から当該資産が旧令第百六十一条第一項第三号イからニまでに掲げる資産のいずれに該当するかに応じそれぞれ同号イからニまでに定める月数を経過する日
改正法附則第十五条第二項の資産に係る特別修繕引当金勘定の金額（同項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条第一項の規定により各年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額の計算上必要経費に算入されたものに限るものとし、既にこの項又は同条第二項の規定により取り崩すべきこととなったものを除く。以下この条において同じ。）を有する個人の平成十一年以後の各年の十二月三十一日において、前年から繰り越された当該資産に係る特別修繕引当金勘定の金額のうちに当該資産に係る前項に規定する日の属する年の十二月三十一日（同日が平成十一年十二月三十一日前である場合には、同日）の翌日から二年を経過したもの（以下この項において「特別修繕予定日経過引当金額」という。）がある場合には、当該特別修繕予定日経過引当金額については、当該二年を経過した日の属する年の十二月三十一日における当該資産に係る特別修繕引当金勘定の金額に十二（当該個人が死亡した場合にはその死亡の日の属する年の一月一日から当該死亡の日までの期間の月数）を乗じてこれを当該資産に係る前項に規定する月数で除して計算した金額（当該計算した金額が当該経過した日の属する年の十二月三十一日における当該資産に係る特別修繕引当金勘定の金額を超える場合には、当該特別修繕引当金勘定の金額）に相当する金額を取り崩さなければならない。
改正法附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条第六項（死亡の場合の特別修繕引当金勘定の金額の処理）に規定する特別修繕引当金勘定の金額を有する個人が死亡した場合におけるその相続人の当該死亡の日の属する年に係る前項の規定の適用については、同項に規定する前年から繰り越された特別修繕引当金勘定の金額は、第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第百六十三条第二項の規定により当該個人の相続人が有するものとみなされた特別修繕引当金勘定の金額を含むものとする。 この場合において、当該相続人が有するものとみなされた特別修繕引当金勘定の金額については、前項中「に十二」とあるのは、「に当該死亡の日から同日の属する年の十二月三十一日までの期間の月数」とする。
第三項（前項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の月数は、暦に従って計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。
改正法附則第十六条第一項（製品保証等引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の二（製品保証等引当金）の規定の適用については、旧令第百六十三条の二から第百六十三条の五まで（製品保証等引当金勘定への繰入限度額等）の規定は、なおその効力を有する。
前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第百六十三条の五の規定は、改正法附則第十六条第二項の製品保証等引当金勘定の金額を有する居住者が死亡した場合について準用する。
新令第百八十四条の二（リース取引に係る各種所得の金額の計算）の規定は、平成十年十月一日以後に締結される契約に係る同条第一項に規定するリース取引について適用する。
改正法附則第十七条第二項（経過措置対象割賦販売等に係る収入及び費用の帰属時期）の規定の適用を受ける個人が、同項に規定する経過措置対象割賦販売等（以下この条において「経過措置対象割賦販売等」という。）をした年以後の各年のうちいずれかの年において、経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額のうちその年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額及び必要経費に算入される金額についての明細書の添付がない改正法附則第十七条第四項に規定する確定申告書（以下この条において「確定申告書」という。）の提出をしたときは、その添付をしなかった年の前年以前の各年においてした経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額（当該各年分の事業所得の金額の計算上総収入金額及び必要経費に算入されるものを除く。）は、その添付をしなかった年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額及び必要経費に算入する。
経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額につき改正法附則第十七条第二項の規定の適用を受けている個人が死亡した場合において、その個人の事業を承継した相続人が、その死亡の日の属する年以後の各年（次項第二号に掲げる場合に該当することとなった年以後の各年を除く。）においてその個人の当該経過措置対象割賦販売等に係る当該各年の収入金額及び費用の額を改正法附則第十七条第二項に規定する計算の方法により計算し、かつ、その計算の明細書の添付をした確定申告書を提出したときは、当該収入金額及び費用の額は、当該各年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額及び必要経費に算入する。 この場合において、当該相続人の当該個人の死亡の日の属する年の当該経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額を計算するときにおける同項の規定の適用については、同項中「定める金額」とあるのは、「定める金額を十二で除し、これに当該死亡の日から同日の属する年の十二月三十一日までの期間の月数を乗じて計算した金額」とする。
経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額につき改正法附則第十七条第二項の規定の適用を受けている個人が死亡した場合において、その者の前項に規定する事業を承継した相続人が、その死亡の日の属する年以後のいずれかの年において次に掲げる場合に該当することとなったときは、当該個人の当該経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額（当該個人の各年分の事業所得の金額又は当該相続人のその該当することとなった年の前年以前の各年分の事業所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入されたものを除く。）は、その該当することとなった年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額及び必要経費に算入する。 前項の経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額のうち当該年分の総収入金額及び必要経費に算入する金額についての明細書の添付がない確定申告書の提出をしたとき。 その相続人がした経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額のうち当該年分の総収入金額及び必要経費に算入する金額についての明細書の添付がない確定申告書の提出をしたとき。
前項の経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額のうち当該年分の総収入金額及び必要経費に算入する金額についての明細書の添付がない確定申告書の提出をしたとき。
その相続人がした経過措置対象割賦販売等に係る収入金額及び費用の額のうち当該年分の総収入金額及び必要経費に算入する金額についての明細書の添付がない確定申告書の提出をしたとき。
個人の施行日から平成十六年三月三十一日までの間に締結する請負契約に係る工事（製造を含む。以下この条において同じ。）の新令第百九十二条第一項（工事の請負）の規定の適用については、同項中「五十億円」とあるのは、施行日から平成十三年三月三十一日までの間に締結する請負契約に係る工事については「百五十億円」と、同年四月一日から平成十六年三月三十一日までの間に締結する請負契約に係る工事については「百億円」とする。
新令第二百九十二条第二項（総合課税に係る所得税の課税標準）（同項の表の第百三十九条第一項及び第二項（一括償却資産の必要経費算入）の項に係る部分に限る。）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用する。