この政令は、平成十年十二月一日から施行する。
第二十五条の規定による改正後の所得税法施行令（以下この条において「新所得税法施行令」という。）第三十二条の規定は、施行日以後に購入をする所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第十条第一項に規定する有価証券について適用する。
新所得税法施行令第三十三条第三項第三号の規定は、施行日以後に発行する同号に掲げる債券について適用し、施行日前に発行した第二十五条の規定による改正前の所得税法施行令（以下この条において「旧所得税法施行令」という。）第三十三条第三項第三号に掲げる債券については、なお従前の例による。
新所得税法施行令第三十三条第三項第七号の規定は、施行日以後に発行する同号に掲げる受益証券について適用し、施行日前に発行した旧所得税法施行令第三十三条第三項第七号に掲げる受益証券については、なお従前の例による。
新所得税法施行令第四十二条第一項第一号イの規定は、施行日以後に提出をする同号に掲げる非課税貯蓄申告書について適用し、施行日前に提出をした旧所得税法施行令第四十二条第一項第一号に掲げる非課税貯蓄申告書については、なお従前の例による。 この場合において、同号に規定する既に提出をした非課税貯蓄申告書の提出の際に経由した金融機関の営業所等に係る金融機関が金融システム改革法第十二条の規定による廃止前の外国為替銀行法（昭和二十九年法律第六十七号）第二条第一項に規定する外国為替銀行である場合における新所得税法施行令第四十二条第一項第一号の規定の適用については、同号イ中「限る。）」とあるのは、「限る。）及び金融システム改革のための関係法律の整備等に関する法律第十二条（外国為替銀行法の廃止）の規定による廃止前の外国為替銀行法（昭和二十九年法律第六十七号）第二条第一項（定義）に規定する外国為替銀行」とする。
新所得税法施行令第五十一条の二第一項の規定は、所得税法第十一条第一項若しくは第二項又は第三項に規定する内国法人若しくは外国法人又は公益信託が、施行日以後に支払を受けるべきこれらの規定に規定する公社債等の利子又は収益の分配について適用し、当該内国法人若しくは外国法人又は公益信託が施行日前に支払を受けるべき当該公社債等の利子又は収益の分配については、なお従前の例による。 この場合において、施行日から起算して一年を経過する日までの間における新所得税法施行令第五十一条の二及び第五十一条の三の規定の適用については、新所得税法施行令第五十一条の二第一項第一号中「又は」とあるのは「若しくは」と、「掲げる者」とあるのは「掲げる者又は証券投資信託委託業者（証券投資信託及び証券投資法人に関する法律第二条第十項（定義）に規定する証券投資信託委託業者をいう。次号及び次項において同じ。）」と、同項第二号中「証券投資信託委託業者（証券投資信託及び証券投資法人に関する法律第二条第十項（定義）に規定する証券投資信託委託業者をいう。次項において同じ。）」とあるのは「証券投資信託委託業者」とする。
前項に規定する内国法人若しくは外国法人又は公益信託が、施行日以後に、証券投資信託委託業者の営業所（新所得税法施行令第五十一条の二第一項第二号に規定する証券投資信託委託業者の営業所をいう。第十項において同じ。）において同条に定めるところにより保管の委託をしていた同条第一項に規定する公社債等に係る有価証券を当該保管の委託（以下この項において「直前の保管の委託」という。）の終了後直ちに同号に掲げる方法により当該証券投資信託委託業者の営業所を通じて保管の委託をした場合における当該保管の委託（以下この項において「特定の保管の委託」という。）をした日以後に支払を受けるべき当該公社債等の利子又は収益の分配（当該特定の保管の委託をした日から当該利子又は収益の分配の計算期間の終了の日までの期間を通じて当該公社債等に係る有価証券につき当該特定の保管の委託がされ、かつ、当該計算期間のうちに当該特定の保管の委託をした日が含まれるものに限る。）に係る新所得税法施行令第五十一条の規定の適用については、当該公社債等に係る有価証券は、当該直前の保管の委託がされた日から当該計算期間の終了の日までの期間を通じて同号に規定する金融機関の営業所等に同号に掲げる方法により保管の委託がされていたものとみなす。
新所得税法施行令第五十一条の三の規定は、所得税法第十一条第一項若しくは第二項又は第三項に規定する内国法人若しくは外国法人又は公益信託が、施行日以後に支払を受けるべきこれらの規定に規定する公社債等の利子又は収益の分配について適用し、当該内国法人若しくは外国法人又は公益信託が施行日前に支払を受けるべき当該公社債等の利子又は収益の分配については、なお従前の例による。
新所得税法施行令第三百条第二項の規定は、施行日以後に支払をする同項に規定する収益の分配について適用し、施行日前に支払をした旧所得税法施行令第三百条第二項に規定する収益の分配については、なお従前の例による。
新所得税法施行令第三百三十九条第三項の規定は、施行日以後に支払を受ける同条第一項に規定する無記名公社債等の同項に規定する利子等について適用し、施行日前に支払を受けた当該利子等については、なお従前の例による。
新所得税法施行令第三百三十九条第一項に規定する無記名公社債等（以下この項において「無記名公社債等」という。）の同条第一項に規定する利子等（以下この項において「利子等」という。）につき支払を受ける者が、施行日以後に、証券投資信託委託業者の営業所において保管の委託をしていた当該無記名公社債等を当該保管の委託（以下この項において「直前の保管の委託」という。）の終了後直ちに当該証券投資信託委託業者の営業所と締結した同条第三項に規定する保管委託取次契約に基づく取次ぎにより保管の委託（以下この項において「特定の保管の委託」という。）をする場合において、当該直前の保管の委託に係る契約をする際、同条第一項に規定する告知書に同条第三項に規定する事項を記載し、これを当該証券投資信託委託業者の営業所の長に提出しているときは、当該特定の保管の委託をした日以後に支払を受ける当該無記名公社債等の利子等（当該特定の保管の委託をした日から引き続き保管の委託をしている期間内に支払を受ける利子等で、当該証券投資信託委託業者の営業所の長が支払の取扱いをするものに限る。）に係る同条の規定の適用については、当該提出がされた告知書は、当該利子等の支払を受ける者が同項に規定する保管委託取次契約の締結の際に提出した同項の告知書とみなす。