この政令は、平成十一年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第五十一条の二第一項各号列記以外の部分の改正規定及び附則第四条の規定 平成十三年一月一日 第三百三十五条第二項及び第三百三十六条第二項の改正規定、第三百三十九条の次に二条を加える改正規定並びに附則第七条の規定 都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）附則第一条ただし書に規定する日
第五十一条の二第一項各号列記以外の部分の改正規定及び附則第四条の規定 平成十三年一月一日
第三百三十五条第二項及び第三百三十六条第二項の改正規定、第三百三十九条の次に二条を加える改正規定並びに附則第七条の規定 都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）附則第一条ただし書に規定する日
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第四十三条第三項（非課税貯蓄に関する異動申告書）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に同項に規定する特定有価証券に関する事務の全部が同項に規定する移管先の営業所等に移管される場合について適用する。
新令第五十一条の二第一項（公社債等に係る有価証券の保管の委託又は登録）の規定は、所得税法第十一条第一項若しくは第二項又は同条第三項（公共法人等及び公益信託に係る非課税）に規定する内国法人若しくは外国法人又は公益信託が支払を受けるこれらの規定に規定する公社債等の利子でその計算期間の初日が平成十三年一月一日以後であるものについて適用し、その計算期間の初日が平成十三年一月一日前であるものについては、なお従前の例による。
新令第七十三条（特定退職金共済団体の要件）の規定は、施行日以後に同条第一項の承認（新令第七十四条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第二百十七条第一項第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が施行日以後に支出する所得税法第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金について適用し、個人が施行日前に支出した当該特定寄付金については、なお従前の例による。
新令第三百三十九条の二（無記名割引債の償還金の告知書等の提出等）及び第三百三十九条の三（割引債の範囲等）の規定は、都市基盤整備公団法附則第一条ただし書に規定する日（次項において「基準日」という。）以後に支払を受ける新令第三百三十九条の二第一項に規定する償還金について適用する。
新令第三百三十九条の二第一項に規定する無記名割引債を有する者が、当該無記名割引債を基準日前から引き続き同条第二項に規定する金融機関の営業所等に保管の委託をしている場合において、基準日以後最初に当該保管の委託をしている無記名割引債の償還金の支払を受ける日までに、同条第一項に規定する告知書に同項に規定する財務省令で定める事項を記載し、これを当該金融機関の営業所等の長に提出をしたときは、当該保管の委託に係る契約は当該提出をした日に締結されたものと、当該告知書は当該締結の際に提出された同条第二項の告知書とそれぞれみなして、同条の規定を適用する。