この政令は、平成十二年四月一日から施行する。 ただし、第二百十七条第一項第三号エの改正規定は、高年齢者等の雇用の安定等に関する法律の一部を改正する法律（平成十二年法律第六十号）の施行の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成十二年分以後の所得税について適用し、平成十一年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第六条第八号（減価償却資産の範囲）の規定は、個人がこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に取得する同号リに掲げる資産について適用する。 この場合において、当該資産が施行日前に製作を開始した新令第百二十六条第一項第二号（減価償却資産の取得価額）に掲げる資産であるときは、同号に定める金額から施行日前に支出した当該資産の製作のために要した同号イに掲げる金額を控除した金額をもって当該資産の同項の規定による取得価額とする。
新令第百九条第一項（有価証券の取得価額）の規定は、施行日以後に取得をする同項に規定する有価証券について適用し、施行日前に取得をした改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第百九条第一項（有価証券の取得価額）に規定する有価証券については、なお従前の例による。
新令第百十一条（増資により取得した株式の取得価額）の規定は、施行日以後に同条の取得をする場合について適用し、施行日前に旧令第百十一条（増資により取得した株式の取得価額）の取得をした場合については、なお従前の例による。
新令第百十五条第三項及び第四項（減資等があつた場合の株式等の取得価額）の規定は、施行日以後に同条第三項の収益の分配を受ける場合又は同条第四項の一部の解約をする場合について適用する。
新令第百四十四条第一項第一号及び第三号（貸金等に係る貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定は、施行日以後にされる民事再生法（平成十一年法律第二百二十五号）の規定による再生手続開始の申立てに係る再生事件について適用し、施行日前にされた同法附則第二条（和議法及び特別和議法の廃止）の規定による廃止前の和議法（大正十一年法律第七十二号）の規定による和議開始の申立てに係る和議事件については、なお従前の例による。