この政令は、平成十六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第三百四条の改正規定、第三百五条の改正規定、第三百六条の見出しの改正規定、同条の改正規定、第三百三十条の改正規定、第三百三十一条の改正規定、第三百三十三条の見出しの改正規定、同条の改正規定及び第三百三十九条の三の改正規定 平成十六年七月一日 第一条の改正規定、第十一条の改正規定、第十一条の二の改正規定、第三百十九条の四の改正規定、第三百十九条の七の改正規定及び第三百十九条の九の改正規定並びに附則第六条及び第八条（災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の施行に関する政令（昭和二十二年政令第二百六十八号）第九条第二項第一号イの改正規定中「、同法第八十条第二項に規定する老年者控除の額」を削る部分に限る。）の規定 平成十七年一月一日 目次の改正規定、第三十二条第一号の改正規定、第五十五条第四号の改正規定、第三編第三章第二節中第三百六条の次に一条を加える改正規定、第三百三十五条第二項の改正規定、第三百三十六条第五項の改正規定（「若しくは第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」を「、第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）若しくは第百八十条の二第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」に改める部分に限る。）、第三百三十九条第七項の改正規定（「若しくは第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」を「、第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）若しくは第百八十条の二第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」に改める部分に限る。）及び第三百五十一条を第三百五十五条とし、第三百四十七条から第三百五十条までを四条ずつ繰り下げ、第三百四十六条の次に四条を加える改正規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日 第七十二条第二項第三号の改正規定 中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号）の施行の日
第三百四条の改正規定、第三百五条の改正規定、第三百六条の見出しの改正規定、同条の改正規定、第三百三十条の改正規定、第三百三十一条の改正規定、第三百三十三条の見出しの改正規定、同条の改正規定及び第三百三十九条の三の改正規定 平成十六年七月一日
第一条の改正規定、第十一条の改正規定、第十一条の二の改正規定、第三百十九条の四の改正規定、第三百十九条の七の改正規定及び第三百十九条の九の改正規定並びに附則第六条及び第八条（災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の施行に関する政令（昭和二十二年政令第二百六十八号）第九条第二項第一号イの改正規定中「、同法第八十条第二項に規定する老年者控除の額」を削る部分に限る。）の規定 平成十七年一月一日
目次の改正規定、第三十二条第一号の改正規定、第五十五条第四号の改正規定、第三編第三章第二節中第三百六条の次に一条を加える改正規定、第三百三十五条第二項の改正規定、第三百三十六条第五項の改正規定（「若しくは第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」を「、第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）若しくは第百八十条の二第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」に改める部分に限る。）、第三百三十九条第七項の改正規定（「若しくは第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」を「、第百七十六条第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）若しくは第百八十条の二第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）」に改める部分に限る。）及び第三百五十一条を第三百五十五条とし、第三百四十七条から第三百五十条までを四条ずつ繰り下げ、第三百四十六条の次に四条を加える改正規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日
第七十二条第二項第三号の改正規定 中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号）の施行の日
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成十六年分以後の所得税について適用し、平成十五年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に受けるべき同条に規定する通勤手当（施行日前に受けるべき当該通勤手当の差額として追給されるものを除く。）について適用し、施行日前に受けるべき改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第二十条の二（非課税とされる通勤手当）に規定する通勤手当（施行日以後に受けるべき当該通勤手当で施行日前に受けるべきものの差額として追給されるものを含む。）については、なお従前の例による。
所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号。以下「改正法」という。）附則第二十五条第七項、第九項、第十一項又は第十三項（個人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける個人に係る新令第百三十三条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却費の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第二十五条第七項、第九項、第十一項若しくは第十三項（個人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第十三条の三（第一項第三号に係る部分に限る。）、第十四条第一項、第十四条の二若しくは第十五条（農業経営改善計画等を実施する個人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
新令第二百十七条第一項第一号の二から第三号まで（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が施行日以後に支出する改正法第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金について適用し、個人が施行日前に支出した改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金については、なお従前の例による。
個人が、民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人で施行日の前日において旧令第二百十七条第一項第二号ル（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）に掲げるものに該当するものに対して支出する寄付金のうち施行日から二年以内の期間で財務省令で定める期間内に支出するものについては、新令第二百十七条第一項第三号に掲げる法人に対して支出する寄付金とみなす。
新令第三百十九条の七（公的年金等の受給者の扶養親族等申告書の提出ができない公的年金等）の規定は、平成十七年一月一日以後に支払を受けるべき新法第二百三条の五第一項（公的年金等の受給者の扶養親族等申告書）に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払を受けるべき旧法第二百三条の五第一項（公的年金等の受給者の扶養親族等申告書）に規定する公的年金等については、なお従前の例による。
改正法附則第八条第一項（特例年金給付に係る源泉徴収に関する経過措置）の規定の適用がある場合における旧法第二百三条の三第二号（徴収税額）に規定する政令で定める公的年金等は同項に規定する特例年金給付とし、同号に規定する政令で定める金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額と同条第一号イからヘまでに掲げる金額の合計額から当該特例年金給付の金額につき旧令第三百十九条の三（公的年金等の月割額）の規定に準じて計算した金額に百分の二十五を乗じて得た金額を控除した金額とのいずれか少ない金額に当該特例年金給付の金額に係る月数を乗じて計算した金額とする。 当該特例年金給付の受給者が厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第四十二条（受給権者）の規定により支給される老齢厚生年金又は厚生年金保険制度及び農林漁業団体職員共済組合制度の統合を図るための農林漁業団体職員共済組合法等を廃止する等の法律（平成十三年法律第百一号。次号において「統合法」という。）第一条（農林漁業団体職員共済組合法等の廃止）の規定による廃止前の農林漁業団体職員共済組合法（以下この号において「廃止前農林共済法」という。）第十九条第一号（組合の給付）に掲げる退職共済年金（廃止前農林共済法附則第七条（退職共済年金の特例）の規定により支給されるものその他の財務省令で定める退職共済年金を除く。イにおいて同じ。）の支払を受けるものである場合 イに掲げる金額とロに掲げる金額とを合計した金額 当該老齢厚生年金又は退職共済年金の金額につき旧令第三百十九条の三の規定に準じて計算した金額に百分の七十五を乗じて得た金額 四万七千五百円 当該特例年金給付の受給者が厚生年金保険法附則第八条（老齢厚生年金の特例）の規定により支給される老齢厚生年金若しくは国民年金法等の一部を改正する法律（昭和六十年法律第三十四号）附則第六十三条第一項（施行日において六十歳以上である者に係る厚生年金保険の年金たる保険給付の特例）の規定により支給される老齢年金又は前号に規定する財務省令で定める退職共済年金若しくは統合法附則第二条第一項第五号（定義）に規定する旧制度農林共済法第十九条第一号（組合の給付）に掲げる退職給付である年金の支払を受けるものである場合 当該老齢厚生年金若しくは老齢年金又は退職共済年金若しくは退職給付である年金の金額につき旧令第三百十九条の三の規定に準じて計算した金額に百分の七十五を乗じて得た金額
当該特例年金給付の受給者が厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第四十二条（受給権者）の規定により支給される老齢厚生年金又は厚生年金保険制度及び農林漁業団体職員共済組合制度の統合を図るための農林漁業団体職員共済組合法等を廃止する等の法律（平成十三年法律第百一号。次号において「統合法」という。）第一条（農林漁業団体職員共済組合法等の廃止）の規定による廃止前の農林漁業団体職員共済組合法（以下この号において「廃止前農林共済法」という。）第十九条第一号（組合の給付）に掲げる退職共済年金（廃止前農林共済法附則第七条（退職共済年金の特例）の規定により支給されるものその他の財務省令で定める退職共済年金を除く。イにおいて同じ。）の支払を受けるものである場合 イに掲げる金額とロに掲げる金額とを合計した金額 当該老齢厚生年金又は退職共済年金の金額につき旧令第三百十九条の三の規定に準じて計算した金額に百分の七十五を乗じて得た金額 四万七千五百円
当該老齢厚生年金又は退職共済年金の金額につき旧令第三百十九条の三の規定に準じて計算した金額に百分の七十五を乗じて得た金額
四万七千五百円
当該特例年金給付の受給者が厚生年金保険法附則第八条（老齢厚生年金の特例）の規定により支給される老齢厚生年金若しくは国民年金法等の一部を改正する法律（昭和六十年法律第三十四号）附則第六十三条第一項（施行日において六十歳以上である者に係る厚生年金保険の年金たる保険給付の特例）の規定により支給される老齢年金又は前号に規定する財務省令で定める退職共済年金若しくは統合法附則第二条第一項第五号（定義）に規定する旧制度農林共済法第十九条第一号（組合の給付）に掲げる退職給付である年金の支払を受けるものである場合 当該老齢厚生年金若しくは老齢年金又は退職共済年金若しくは退職給付である年金の金額につき旧令第三百十九条の三の規定に準じて計算した金額に百分の七十五を乗じて得た金額