この政令は、公布の日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第三十二条第一号の改正規定、第三十三条第四項第三号の改正規定、第三十七条第二項第一号の改正規定及び第四十二条第一項第一号イの改正規定並びに附則第四条及び第十五条の規定 平成二十年十月一日 第六条第九号ロの改正規定、第百三十三条の二第一項の改正規定、第百九十二条から第百九十四条までの改正規定、第三百三十五条第二項の改正規定及び第三百五十条の次に五条を加える改正規定並びに附則第三条及び第十二条の規定 平成二十一年一月一日 目次の改正規定、第一条第二項第四号の改正規定、第十一条の三第一項第一号の改正規定、第五十一条から第五十一条の五までの改正規定、第七十三条から第七十六条までの改正規定、第百六十七条の二（見出しを含む。）の改正規定、第二百十五条から第二百十七条の二までの改正規定、第二百六十二条第一項第七号の改正規定、第二百八十一条の二第一項第三号イの改正規定、第三百四条第二号の改正規定並びに第三百三十六条第五項及び第三百三十九条第七項の改正規定並びに附則第五条、第七条、第十条、第十三条及び第十六条から第十九条までの規定 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成十八年法律第四十八号）の施行の日（平成二十年十二月一日）
第三十二条第一号の改正規定、第三十三条第四項第三号の改正規定、第三十七条第二項第一号の改正規定及び第四十二条第一項第一号イの改正規定並びに附則第四条及び第十五条の規定 平成二十年十月一日
第六条第九号ロの改正規定、第百三十三条の二第一項の改正規定、第百九十二条から第百九十四条までの改正規定、第三百三十五条第二項の改正規定及び第三百五十条の次に五条を加える改正規定並びに附則第三条及び第十二条の規定 平成二十一年一月一日
目次の改正規定、第一条第二項第四号の改正規定、第十一条の三第一項第一号の改正規定、第五十一条から第五十一条の五までの改正規定、第七十三条から第七十六条までの改正規定、第百六十七条の二（見出しを含む。）の改正規定、第二百十五条から第二百十七条の二までの改正規定、第二百六十二条第一項第七号の改正規定、第二百八十一条の二第一項第三号イの改正規定、第三百四条第二号の改正規定並びに第三百三十六条第五項及び第三百三十九条第七項の改正規定並びに附則第五条、第七条、第十条、第十三条及び第十六条から第十九条までの規定 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成十八年法律第四十八号）の施行の日（平成二十年十二月一日）
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成二十年分以後の所得税について適用し、平成十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第六条第九号ロ（減価償却資産の範囲）の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第三十三条第四項第三号（利子所得等について非課税とされる預貯金等の範囲）及び第三十七条第二項第一号（有価証券の記録等）の規定は、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号。以下「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する個人が平成二十年十月一日以後に支払を受けるべき同項に規定する有価証券の利子について適用し、改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する個人が同日前に支払を受けるべき同項に規定する有価証券の利子については、なお従前の例による。
改正法附則第二条（非課税外国法人に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十一条（公共法人等及び公益信託等に係る非課税）の規定の適用については、改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第五十一条から第五十一条の三まで（公社債等の利子等のうち公共法人等が引き続き有していた期間の金額等）の規定は、なおその効力を有する。
新令第六十一条第一項第十号（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に生ずる同号に掲げる事由による取得について適用する。
新令第七十三条第一項（特定退職金共済団体の要件）の規定は、附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に同項の承認（新令第七十四条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第七十四条第一項の規定は、同項の法人が附則第一条第三号に定める日以後に同項の申請書を提出する場合について適用し、旧令第七十四条第一項（特定退職金共済団体の承認）の法人が同日前に同項の申請書を提出した場合については、なお従前の例による。
施行日前に行われた旧令第八十三条第三項（株式その他の資産の一部のみを分割法人の株主等に交付する場合等の取扱い）に規定する分割型分割に係る同項に規定する金銭については、なお従前の例による。
新令第八十三条の二（合併等により交付する株式に一に満たない端数がある場合の所得計算）の規定は、施行日以後に行われる合併、分割型分割（同条第四項第三号に規定する分割型分割をいう。）又は株式交換について適用する。
新令第百六十七条の二（特定の損失等に充てるための負担金の必要経費算入）の規定は、個人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する新令第百六十七条の二に規定する負担金について適用し、個人が同日前に支出した旧令第百六十七条の二（特定の損失等に充てるための負担金の必要経費算入）に規定する負担金については、なお従前の例による。
新令第百六十七条の七第五項第四号及び第五号（株式交換等による取得株式等の取得価額の計算等）の規定は、個人が施行日以後に行われる新法第五十七条の四第三項第三号（株式交換等に係る譲渡所得等の特例）に定める取得決議により交付を受ける新令第百六十七条の七第五項第四号又は第五号に掲げる有価証券について適用し、個人が施行日前に行われた旧法第五十七条の四第三項第三号（株式交換等に係る譲渡所得等の特例）に定める取得決議により交付を受けた旧令第百六十七条の七第五項第四号又は第五号（株式交換等による取得株式等の取得価額の計算等）に掲げる有価証券については、なお従前の例による。
新令第百九十二条（工事の請負）の規定は、個人が平成二十一年一月一日以後に着手する同条第一項に規定する工事（改正法附則第四条第二項（工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期に関する経過措置）に規定する経過措置工事（以下この項において「経過措置工事」という。）を除く。）について適用し、個人が同日前に着手した旧令第百九十二条第一項（工事の請負）に規定する工事（経過措置工事を含む。）については、なお従前の例による。
改正法附則第四条第二項に規定する政令で定める工事は、新法第六十六条第一項（工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期）に規定する工事であって、平成二十一年十二月三十一日（年の中途において死亡した場合には、その死亡の時）において、その着手の日から六月を経過していないもの（その請負の対価の額が確定していないものを含む。）又はその新令第百九十二条第三項に規定する進行割合が百分の二十に満たないものとする。
新令第百九十三条（工事進行基準の方法による未収入金）及び第百九十四条第一項（死亡の場合の工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期）の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二百十七条第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する新法第七十八条第一項（寄附金控除）に規定する特定寄附金について適用する。
個人が、旧民法法人（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条（民法の一部改正）の規定による改正前の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人をいう。）に対して、当該旧民法法人の移行登記日（整備法第百六条第一項（移行の登記）（整備法第百二十一条第一項（認定に関する規定の準用）において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をする日をいう。）の前日までに寄附をした場合のその寄附に係る支出金については、旧令第二百十七条第一項第二号及び第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）並びに同条第二項及び第三項の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項第二号中「民法第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人（」とあるのは「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この号において「整備法」という。）第三十八条（民法の一部改正）の規定による改正前の民法第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人であつて整備法第四十条第一項（社団法人及び財団法人の存続）の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（移行の登記）（整備法第百二十一条第一項（認定に関する規定の準用）において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項（認可の取消し）の規定により整備法第四十五条（通常の一般社団法人又は一般財団法人への移行）の認可を取り消されたものを除く。」と、同号ホ中「第五十三条第一項」とあるのは「第百六十七条第一項」と、同項第三号中「民法第八十四条の二（都道府県の執行機関による主務官庁の事務の処理）その他の法令の規定により当該」とあるのは「当該」とする。
新令第二百九十条（非居住者の置く代理人等）の規定は、平成二十年四月一日以後の新法第百六十四条第一項各号及び第二項各号（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得について適用し、同日前の旧法第百六十四条第一項各号及び第二項各号（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得については、なお従前の例による。
平成二十年四月一日から施行日前までの間に生じた新法第百六十四条第一項第三号に掲げる国内源泉所得を有する非居住者が、旧令第二百九十条（非居住者の置く代理人等）の規定を適用したならば旧法第百六十四条第一項第三号に掲げる非居住者に該当することとなる場合（新令第二百九十条の規定により新法第百六十四条第一項第三号に掲げる非居住者に該当しないこととなる場合に限る。）には、当該非居住者の選択により、前項の規定にかかわらず、同年四月一日から施行日前までの間は、当該非居住者は新法第百六十四条第一項第三号に掲げる非居住者に該当するものとして、当該国内源泉所得について新法第百六十五条（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により同条に規定する総合課税に係る所得税の課税標準及び所得税の額を計算することができる。 この場合において、当該非居住者が当該国内源泉所得について同条の規定を適用するときは、当該国内源泉所得のすべてについて、同条の規定を適用しなければならない。
改正法附則第八条第二項（公共法人等の範囲に関する経過措置）に規定する政令で定める法人は、その行う退職金共済事業につき附則第一条第三号（施行期日）に定める日前に旧令第七十三条第一項（特定退職金共済団体の要件）に規定する承認を受けた法人とする。