この政令は、公布の日から施行する。 ただし、第六十六条第一項第六号の改正規定は、昭和四十五年十二月一日から施行する。
改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、昭和四十五年五月一日以後に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日前に受ける当該通勤手当の差額として追給されるものを除く。）について適用し、同日前に受けるべき同条に規定する通勤手当及び同日以後に受けるべき当該通勤手当で同日前に受けるものの差額として追給されるものについては、なお従前の例による。
昭和四十五年五月一日以後に受けるべき前項の通勤手当でこの政令の施行の日前に受けたものに係る所得税法第四編第二章第一節（給与所得に係る源泉徴収義務及び徴収税額）の規定の適用については、新令第二十条の二及び同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
新令第六十六条第一項（特定退職金共済団体の要件）の規定は、昭和四十五年十二月一日以後に同項の承認（新令第六十七条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第六十九条から第七十一条まで及び第七十六条（退職金共済制度に基づく年金等に係る所得税の取扱い）の規定中新令第六十六条第一項に規定する特定退職金共済団体が行なう給付又は当該団体が行なう退職金共済に関する制度に基づいて支出する掛金に係る部分は、昭和四十五年十二月一日以後に支払うべき当該給付（当該給付に対応する掛金で同日前に支出されるべきもののうちに改正前の所得税法施行令第六十六条第一項第六号に定める限度をこえて支出された掛金が含まれているものを除く。）又は掛金について適用し、同日前に支払うべき当該給付及び同日以後に支払うべき当該給付でこれに対応する同日前に支出されるべき掛金のうちに同号に定める限度をこえて支出された掛金が含まれているもの又は同日前に支出すべき掛金については、なお従前の例による。