この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第一条中所得税法施行令第三百十六条第一項第一号の改正規定、同令第三百十九条の二第一項の改正規定、同令第三百二十四条第一号の改正規定、同令第三百二十五条の改正規定、同令第三百三十一条第一項の改正規定並びに同令第三百五十五条第一項及び第二項の改正規定並びに附則第十二条、第十四条、第十五条及び第十七条の規定 平成二十九年一月一日 第一条中所得税法施行令第二百六十二条（見出しを含む。）の改正規定及び同令第三百十九条（見出しを含む。）の改正規定並びに附則第十一条及び第十三条の規定 平成三十年一月一日
第一条中所得税法施行令第三百十六条第一項第一号の改正規定、同令第三百十九条の二第一項の改正規定、同令第三百二十四条第一号の改正規定、同令第三百二十五条の改正規定、同令第三百三十一条第一項の改正規定並びに同令第三百五十五条第一項及び第二項の改正規定並びに附則第十二条、第十四条、第十五条及び第十七条の規定 平成二十九年一月一日
第一条中所得税法施行令第二百六十二条（見出しを含む。）の改正規定及び同令第三百十九条（見出しを含む。）の改正規定並びに附則第十一条及び第十三条の規定 平成三十年一月一日
第一条の規定による改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、新通勤手当（平成二十八年一月一日以後に受けるべき通勤手当及びこれに類する手当をいい、同日前に受けるべきこれらの手当の差額として追給されるものを除く。次項において同じ。）について適用し、同日前に受けるべき第一条の規定による改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第二十条の二（非課税とされる通勤手当）に規定する通勤手当（同日以後に受けるべき当該通勤手当で同日前に受けるべきものの差額として追給されるものを含む。）については、なお従前の例による。
新通勤手当でこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に受けたものに係る所得税法第四編第二章第一節（源泉徴収義務及び徴収税額）の規定の適用については、新令第二十条の二及び前項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
新令第四十七条第二項（非課税貯蓄相続申込書）の規定は、施行日以後に提出する同条第一項に規定する非課税貯蓄相続申込書について適用し、施行日前に提出した旧令第四十七条第一項（非課税貯蓄相続申込書）に規定する非課税貯蓄相続申込書については、なお従前の例による。
新令第七十三条第一項（特定退職金共済団体の要件）の規定は、施行日以後に同項の承認（新令第七十四条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第七十五条第三項（特定退職金共済団体の承認の取消し等）の規定は、施行日以後に同項の退職金共済事業を廃止する場合について適用する。
新令第八十四条第一項（譲渡制限付株式の価額等）及び第百九条第一項（第二号に係る部分に限る。）（有価証券の取得価額）の規定は、平成二十八年分以後の所得税について適用する。
個人が施行日前に交付を受けた旧令第八十九条第四号（国庫補助金等の範囲）に掲げる補助金については、なお従前の例による。
新令第百十四条第一項（資本の払戻し等があった場合の株式等の取得価額）の規定は、平成二十八年分以後の所得税について適用し、平成二十七年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二編第一章第四節第四款第一目（減価償却資産の償却の方法）の規定は、平成二十八年分以後の所得税について適用し、平成二十七年分以前の所得税については、なお従前の例による。
個人が、平成二十八年分の所得税について、新令第六条第一号及び第二号（減価償却資産の範囲）に掲げる減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった個人がよるべきこととされている新令第百二十五条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所を有する個人で事業所ごとに償却の方法を選定していないものが事業所ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、同年分の所得税に係る確定申告期限までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第百二十四条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
個人が平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの期間内に減価償却資産について支出した金額について新令第百二十七条第四項又は第五項（資本的支出の取得価額の特例）の規定により平成二十九年一月一日において新たに取得したものとされる減価償却資産に係る新令第百二十条の二第一項（第一号又は第三号に係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法）の規定の適用については、当該減価償却資産は、施行日前に取得された資産に該当するものとする。
新令第百七十条第五項（第十六号に係る部分に限る。）及び第六項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例）（これらの規定を新令第百七十条の二第二項及び第三項（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例）において準用する場合を含む。）の規定は、平成二十八年一月一日以後に新令第百七十条第五項に規定する譲渡又は限定相続等があった同項に規定する有価証券等について適用し、同日前に旧令第百七十条第四項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例）に規定する譲渡又は限定相続等があった同項に規定する有価証券等については、なお従前の例による。
新令第百七十条第八項（新令第百七十条の二第六項において準用する場合を含む。）の規定は、平成二十八年一月一日以後に新令第百七十条第八項に規定する譲渡又は限定相続等により移転をする同項に規定する有価証券等の判定について適用し、同日前に旧令第百七十条第七項に規定する譲渡又は限定相続等により移転をした同項に規定する有価証券等の判定については、なお従前の例による。
新令第二百二十六条の二第二項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例に係る外国税額控除の特例）の規定は、平成二十九年分以後の所得税について適用し、平成二十八年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二百六十二条第一項及び第二項（確定申告書に関する書類等の提出又は提示）の規定は、平成三十年分以後の所得税について適用し、平成二十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第三百十六条第一項（年末調整の不足額の徴収猶予を受けるための手続）の規定は、平成二十九年一月一日以後に同項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第三百十六条第一項（年末調整の不足額の徴収猶予を受けるための手続）の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。
新令第三百十九条（保険料控除申告書に関する書類等の提出又は提示）の規定は、平成三十年分以後の所得税について適用し、平成二十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第三百十九条の二第一項、第三百二十四条並びに第三百二十五条第一項及び第二項（源泉徴収の免除の要件に該当しなくなった場合の手続等）の規定は、平成二十九年一月一日以後に新令第三百十九条の二第一項若しくは第三百二十四条の規定により提出する申請書又は新令第三百二十五条第一項若しくは第二項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に旧令第三百十九条の二第一項若しくは第三百二十四条（報酬又は料金に係る源泉徴収の免除を受けるための手続等）の規定により提出した申請書又は旧令第三百二十五条第一項若しくは第二項（源泉徴収の免除の要件に該当しなくなった場合の手続等）の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。
新令第三百三十一条第一項（第一号に係る部分に限る。）（非居住者が源泉徴収の免除を受けるための手続等）の規定は、平成二十九年一月一日以後に同項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第三百三十一条第一項（非居住者が源泉徴収の免除を受けるための手続等）の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。
新令第三百三十九条第一項（無記名公社債の利子等に係る告知書等の提出等）及び同条第九項において準用する新令第三百三十八条第一項から第三項まで（貯蓄取扱機関等の営業所の長の確認等）の規定は、施行日以後に支払を受ける新令第三百三十九条第一項に規定する無記名公社債等の同項に規定する利子等について適用し、施行日前に支払を受けた旧令第三百三十九条第一項（無記名公社債の利子等に係る告知書等の提出等）に規定する無記名公社債等の同項に規定する利子等については、なお従前の例による。
新令第三百五十五条第一項及び第二項（支払調書等の提出の特例）の規定は、平成二十九年一月一日以後に同条第一項又は第二項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第三百五十五条第一項又は第二項（支払調書等の提出の特例）の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。