この政令は、昭和四十一年四月一日から施行する。
改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定（新令第三十七条、第三十八条及び第四十八条（有価証券の保管の委託又は登録等）の規定のうち国債の保管に関する部分を除く。）は、別段の定めがあるものを除き、昭和四十一年分以後の所得税について適用し、昭和四十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二十九条の二（非課税とされる合併交付金の範囲）、第五十九条の二（合併交付金のうち配当所得とされるもの）及び第百十四条第一項（合併により取得した株式の取得価額）の規定は、内国法人のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後の合併に係る交付金について適用し、同日前の合併に係る交付金については、なお従前の例による。
昭和四十一年分の所得税に係る新令第二百十四条第二項第二号（一人目の扶養控除額が八万円となる居住者の決定）の規定の適用については、同号中「居住者のうち」とあるのは、「居住者（その扶養親族のうちに年齢十三歳以上の者がある場合には、その者を自己の扶養親族とする居住者に限る。）のうち」とする。
昭和四十一年分以後の年分の所得税につき租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号。以下この条において「改正措置法」という。）附則第六条第一項（個人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二十三条の二第一項（新規重要物産の製造等による所得の免税）の規定の適用を受ける者については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えてこれらの規定を適用する。
第二百二十一条第四項（外国所得税の範囲）
三 居住者がその年以前の年において非居住者であつた期間内に生じた所得
三 租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第六条第一項（個人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第二十三条の二第一項（新規重要物産の製造等による所得の免税）に規定する新規重要物産の製造又は採掘の業務から生じた所得で、同項の規定により所得税を免除されるもの四 居住者がその年以前の年において非居住者であつた期間内に生じた所得
第二百二十二条第二項（控除限度額の計算）
規定を適用しないで
規定の適用をせず、かつ、その年分の所得のうちに前条第四項第三号に掲げる所得があるときは当該所得がないものとして
第二百二十二条第三項
（当該所得のうちに前条第四項第一号に掲げる所得がある場合には、その所得を除く
（当該所得のうちに前条第四項第一号又は第三号に掲げる所得がある場合には、これらの所得を除く
昭和四十一年分以後の年分の所得税につき改正措置法附則第六条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第二十三条の二第一項の規定の適用を受ける者については、改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第二百三十四条（新規重要物産の製造等による免税額の計算）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条中「租税特別措置法第二十三条の二」とあるのは、「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第六条第一項（個人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第二十三条の二」とする。
新令第三百二十二条第三号（源泉徴収を要しない報酬又は料金）の規定は、施行日以後に支払うべき同号に掲げる報酬又は料金について適用し、同日前に支払うべき当該報酬又は料金については、なお従前の例による。
新令第三百二十六条第四項（生命保険契約等に基づく年金に係る源泉徴収）の規定は、施行日以後に支払うべき所得税法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十一号。以下「改正法」という。）による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第二百九条（源泉徴収を要しない年金）に規定する年金について適用し、同日前に支払うべき当該年金については、なお従前の例による。
昭和四十年分の所得税につき改正法による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和四十一年分の新法第百四条第一項（予定納税額の納付）に規定する予定納税基準額（以下この条において「予定納税基準額」という。）は、旧法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、旧令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他旧法及び旧令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第五条第一項及び第二項（昭和四十一年分の予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額をもととして計算する。
昭和四十一年分の所得税につき新法第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和四十二年分の予定納税基準額は、新法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、新令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他新法及び新令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第六条第一項及び第二項（昭和四十二年分の予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額をもととして計算する。
改正法附則第十三条第一項（施行日前に支払われた退職所得に係る源泉徴収税額の還付）の規定による還付の請求は、これをすることができる居住者が施行日から昭和四十一年六月三十日までの間に同年中の支給に係る他の同項に規定する退職手当等（以下この条において「退職手当等」という。）につき新法第二百三条第四項（退職所得の受給に関する申告書）に規定する退職所得の受給に関する申告書を提出する場合には、当該申告書を提出する日の前日までの間に限り、することができる。
改正法附則第十三条第一項の規定による還付の請求をしようとする居住者は、次に掲げる事項を記載した請求書に、第三号及び第四号に規定する事項を証する書類を添附して、これを納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。 ただし、税務署長において、やむを得ない事情があると認める場合には、当該書類を添附することを要しない。 請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地 退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定をされた納税地） 旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日 退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項（退職所得に係る源泉徴収税額）に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項 当該退職手当等につき改正法附則第三条第一項（昭和四十一年分の所得税の所得控除及び税額の計算に係る特例）の規定により読み替えられた新法第二百一条（退職所得に係る源泉徴収税額）及び新法第二百二条（退職所得とみなされる退職一時金に係る源泉徴収）の規定を適用した場合における所得税の額 第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額 その他参考となるべき事項
請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地
退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定をされた納税地）
旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日
退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項（退職所得に係る源泉徴収税額）に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項
当該退職手当等につき改正法附則第三条第一項（昭和四十一年分の所得税の所得控除及び税額の計算に係る特例）の規定により読み替えられた新法第二百一条（退職所得に係る源泉徴収税額）及び新法第二百二条（退職所得とみなされる退職一時金に係る源泉徴収）の規定を適用した場合における所得税の額
第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額
その他参考となるべき事項
改正法附則第十三条第一項の規定による還付の請求をした居住者は、その請求をした後昭和四十一年中の支給に係る退職手当等について新法第二百三条第四項に規定する退職所得の受給に関する申告書又は確定申告書を提出する場合には、これらの申告書に記載すべき事項のほか、当該還付の請求をした旨及び前項第六号に掲げる金額をこれらの申告書に附記しなければならない。
改正法附則第十三条第一項の規定による請求に係る還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）の規定の適用については、同令第二条第一号（支払金の指定）に掲げる還付金とみなす。