この政令は、昭和四十九年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、昭和四十九年分以後の所得税について適用し、昭和四十八年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第三十三条（利子所得等について非課税とされる有価証券の範囲）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に購入する所得税法第十条第一項（少額預金の利子所得等の非課税）に規定する有価証券について適用し、同日前に購入した当該有価証券については、なお従前の例による。
新令第四十条第一項（非課税貯蓄申告書）の規定は、施行日以後に提出する同項に規定する非課税貯蓄申告書（所得税法及び災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の一部を改正する法律（昭和四十九年法律第十五号。以下「改正法」という。）附則第四条第三項（少額預金の利子所得等の非課税に関する経過措置）の規定により提出するものを除く。）について適用し、同日前に提出した当該非課税貯蓄申告書については、なお従前の例による。
改正法附則第四条第三項の規定により提出する同項の申告書及び申込書には、改正法による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第十条第三項各号又は新令第三十九条の二各号（非課税貯蓄限度額変更申告書の記載事項）若しくは第三十四条第一項各号（非課税貯蓄申込書の記載事項）に掲げる事項のほか、改正法附則第四条第三項の規定により提出するものである旨を記載しなければならない。
新令第七十四条第二項（退職所得控除額の計算の特例）の規定は、同項に規定する前の退職手当等が昭和四十九年一月一日以後に支払を受けるべきものである場合について適用し、当該前の退職手当等が昭和四十八年中の支給に係るものである場合については、改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第七十四条第二項中「法第三十条第三項」とあるのは、「所得税法及び災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の一部を改正する法律（昭和四十九年法律第十五号）による改正前の法第三十条第三項」として、同項の規定の例によるものとする。
個人が施行日において、旧少額減価償却資産（昭和四十九年一月一日前にその業務の用に供した減価償却資産のうち旧令第百三十八条（少額の減価償却資産の取得価額の必要経費算入）に規定する取得価額が五万円未満のもので、同日において償却後の取得価額があるものをいう。）を有する場合には、当該旧少額減価償却資産の当該償却後の取得価額に相当する金額は、所得税法第四十九条第一項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）の規定にかかわらず、昭和四十九年分の不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は雑所得の金額の計算上、必要経費に算入する。
前項の規定は、個人が施行日において、旧少額繰延資産（昭和四十九年一月一日前に支出した旧令第百三十九条（繰延資産となる費用のうち少額のものの必要経費算入）に規定する費用のうちその支出額が五万円未満のもので、同日において償却後の金額があるものをいう。）を有する場合について準用する。 この場合において、同項中「所得税法第四十九条第一項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）」とあるのは、「所得税法第五十条第一項（繰延資産の償却費の計算及びその償却の方法）」と読み替えるものとする。
新令第百九十五条第一号（小規模事業者の要件）の規定により新たに所得税法第六十七条の二（小規模事業者の収入及び費用の帰属時期）に規定する小規模事業者に該当することとなつた居住者が、昭和四十九年分の所得税につき同条の規定の適用を受けようとする場合には、新令第百九十七条第一項（収入及び費用の帰属時期の特例を受けるための手続等）中「その年三月十五日」とあるのは、「昭和四十九年五月三十一日」として、同項の規定を適用する。
新令第百九十七条第一項の規定（同項に規定する業務を開始した場合に係る部分に限る。）は、施行日以後に当該業務を開始する場合について適用し、同日前に当該業務を開始した場合については、なお従前の例による。
昭和四十八年分の所得税につき改正法による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和四十九年分の新法第百四条第一項（予定納税額の納付）に規定する予定納税基準額は、旧法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、旧令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他旧法及び旧令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第六条第一項及び第二項（昭和四十九年分の所得税に係る予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額を基として計算する。
新令第七十六条第一項第三号（退職手当等とみなす一時金）に掲げる制度に基づいて支給される同項に規定する一時金に係る新法第四編第三章（退職所得に係る源泉徴収）の規定は、昭和四十九年六月一日以後に支払うべき当該一時金について適用し、同日前に支払うべき当該一時金については、なお従前の例による。
新令第三百二十二条（支払金額から控除する金額）（新法第二百四条第一項第二号（報酬、料金等に係る源泉徴収義務）に掲げる司法書士、土地家屋調査士又は海事代理士の業務に関する報酬又は料金に係る部分に限る。）の規定は、昭和四十九年六月一日以後に支払うべき当該報酬又は料金について適用し、同日前に支払うべき当該報酬又は料金については、なお従前の例による。
改正法附則第十条第一項（施行日前に支払われた退職所得に係る源泉徴収税額の還付）の規定による還付の請求は、これをすることができる居住者が施行日から昭和四十九年六月三十日までの間に同年中の支給に係る他の同項に規定する退職手当等（以下この条において「退職手当等」という。）につき新法第二百三条第四項（退職所得の受給に関する申告書）に規定する退職所得の受給に関する申告書を提出する場合には、当該申告書を提出する日の前日までの間に限り、することができる。
改正法附則第十条第一項の規定による還付の請求をしようとする居住者は、次に掲げる事項を記載した請求書に、第三号及び第四号に規定する事項を証する書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。 ただし、税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該書類を添付することを要しない。 請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地 退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定された納税地） 旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日 退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項 当該退職手当等につき新法第二百一条及び第二百二条の規定を適用した場合における所得税の額 第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額 その他参考となるべき事項
請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地
退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定された納税地）
旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日
退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項
当該退職手当等につき新法第二百一条及び第二百二条の規定を適用した場合における所得税の額
第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額
その他参考となるべき事項
改正法附則第十条第一項の規定による還付の請求をした居住者は、その請求をした後昭和四十九年中の支給に係る退職手当等について新法第二百三条第四項に規定する退職所得の受給に関する申告書又は確定申告書を提出する場合には、これらの申告書に記載すべき事項のほか、当該還付の請求をした旨及び前項第六号に掲げる金額をこれらの申告書に付記しなければならない。
改正法附則第十条第一項の規定による請求に係る還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）の規定の適用については、同令第二条第一号（支払金の指定）に掲げる還付金とみなす。