この政令は、昭和五十年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、昭和五十年分以後の所得税について適用し、昭和四十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第六十六条第一項第三号（特定退職金共済団体の要件）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に同項の承認（新令第六十七条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。
新令第七十四条第二項（退職所得控除額の計算の特例）の規定は、同項に規定する前の退職手当等が昭和五十年一月一日以後に支払を受けるべきものである場合について適用し、当該前の退職手当等が昭和四十九年中の支給に係るものである場合については、改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第七十四条第二項中「法第三十条第三項」とあるのは、「所得税法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十三号）による改正前の法第三十条第三項」として、同項の規定の例によるものとする。
施行日前に旧令第百五十四条第二項（退職給与引当金勘定への繰入限度額）の規定の適用を受けていた個人が、新令第百五十八条第二項（退職給与規程に関する書類の提出）の規定により同項に規定する書類を提出すべきこととなる日の前日までに、施行日の前日において定められている新令第百五十三条第二号又は第三号（退職給与規程の範囲）に掲げる規程の写し並びに当該規程に係る新令第百五十四条第二項に規定する意見を記載した書面及び周知を行つた事実の詳細を記載した書面又は大蔵省令で定めるこれらの書面に準ずる書面を納税地の所轄税務署長に提出した場合には、その提出の日以後最初に到来する新令第百五十八条第一項に規定する確定申告期限に係る年分以後の各年分における所得税法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十三号。以下「改正法」という。）による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第五十四条第一項（退職給与引当金）の規定により必要経費に算入することができる金額の限度額の計算については、当該規程の写しは、新令第百五十八条第二項の規定により提出されたものとみなす。
旧令第百六十七条の二（農畜産物の価格安定等のための負担金の必要経費算入）に規定する特別の法律により設立された法人及び民法第三十四条の規定により設立された法人の業務に係る資金のうち大蔵省令で定めるものについては、昭和五十年一月一日において新令第百六十七条の二（特定の損失等に充てるための負担金の必要経費算入）の規定による指定があつたものとみなす。
昭和四十九年分の所得税につき改正法による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第九十七条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額）の規定の適用があつた場合における同項に規定する主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和五十年分の新法第百四条第一項（予定納税額の納付）に規定する予定納税基準額（以下この条において「予定納税基準額」という。）は、旧法第九十八条（合算対象世帯員がある場合の税額の計算）、旧令第二百三十一条（合算所得税額の計算上控除しきれない配当控除の額がある場合の所得税の額の計算）その他旧法及び旧令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、改正法附則第三条第一項及び第二項（昭和五十年分の所得税に係る予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額を基として計算する。
昭和四十九年分の所得税につき旧法第九十七条第一項の規定の適用があつた場合において、同項に規定する主たる所得者の同年分の総所得金額に相当する金額及び同項に規定する合算対象世帯員の同年分の資産所得の金額に相当する金額をそれぞれこれらの者の昭和五十年分の総所得金額及び資産所得の金額とみなして、新法第九十九条第一項（合算対象世帯員がある場合の税額計算の特例の適用除外）中「二百万円」とあるのを「百万円」として同項の規定を適用した場合に同項の規定により新法第九十七条及び第九十八条の規定の適用がないこととなるときは、当該主たる所得者及び合算対象世帯員の昭和五十年分の予定納税基準額は、これらの者の昭和四十九年分の所得税については旧法第九十七条及び第九十八条（同条第四項第一号及び第二号を除く。）の規定の適用がなかつたものとして改正法附則第三条第一項及び第二項の規定により計算する。
新令第三百十二条（年末調整による過納額の還付の方法）及び第三百十三条第一項第一号（給与等の支払者が還付できなかつた場合の処理）の規定は、施行日以後に新法第百九十一条（過納額の還付）に規定する還付をする場合について適用する。
新令第三百二十二条（支払金額から控除する金額）（新法第二百四条第一項第四号（報酬、料金等に係る源泉徴収義務）に掲げる外交員又は集金人の業務に関する報酬又は料金、同項第六号に掲げる報酬又は料金及び同項第八号に掲げる広告宣伝のための賞金に係る部分に限る。）の規定は、昭和五十年六月一日以後に支払うべきこれらの報酬若しくは料金又は賞金について適用し、同日前に支払うべきこれらの報酬若しくは料金又は賞金については、なお従前の例による。
新令第三百二十六条第四項（生命保険契約等に基づく年金に係る源泉徴収）及び第三百三十二条第三号（源泉徴収を免除されない非居住者の国内源泉所得）の規定は、昭和五十年六月一日以後に支払うべき新法第二百九条（源泉徴収を要しない年金）に規定する年金及び新令第三百三十二条第三号に規定する年金について適用し、同日前に支払うべきこれらの年金については、なお従前の例による。
改正法附則第七条第一項（施行日前に支払われた退職所得に係る源泉徴収税額の還付）の規定による還付の請求は、これをすることができる居住者が施行日から昭和五十年六月三十日までの間に同年中の支給に係る他の同項に規定する退職手当等（以下この条において「退職手当等」という。）につき新法第二百三条第四項（退職所得の受給に関する申告書）に規定する退職所得の受給に関する申告書を提出する場合には、当該申告書を提出する日の前日までの間に限り、することができる。
改正法附則第七条第一項の規定による還付の請求をしようとする居住者は、次に掲げる事項を記載した請求書に、第三号及び第四号に規定する事項を証する書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。 ただし、税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該書類を添付することを要しない。 請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地 退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定された納税地） 旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日 退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項 当該退職手当等につき新法第二百一条及び第二百二条の規定を適用した場合における所得税の額 第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額 その他参考となるべき事項
請求者の氏名及び住所（国内に住所がない場合には、居所）並びに住所地（国内に住所がない場合には、居所地）と納税地とが異なる場合には、その納税地
退職手当等の支払者の氏名又は名称及びその退職手当等に係る所得税の旧法第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（旧法第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定された納税地）
旧法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定により徴収された所得税の額及びその徴収の年月日
退職手当等の額及びその退職手当等に係る旧法第二百一条第二項に規定する退職所得控除額の計算の基礎となつた勤続年数その他当該退職所得控除額の計算の基礎となるべき事項
当該退職手当等につき新法第二百一条及び第二百二条の規定を適用した場合における所得税の額
第三号に掲げる所得税の額から前号に掲げる所得税の額を控除した残額のうち還付を受けようとする金額
その他参考となるべき事項
改正法附則第七条第一項の規定による還付の請求をした居住者は、その請求をした後昭和五十年中の支給に係る退職手当等について新法第二百三条第四項に規定する退職所得の受給に関する申告書又は確定申告書を提出する場合には、これらの申告書に記載すべき事項のほか、当該還付の請求をした旨及び前項第六号に掲げる金額をこれらの申告書に付記しなければならない。
改正法附則第七条第一項の規定による請求に係る還付金は、国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）の規定の適用については、同令第二条第一号（支払金の指定）に掲げる還付金とみなす。