この政令は、平成二年四月一日から施行する。
改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第五条第一項第三号ニ（収益事業の範囲）の規定は、中小企業事業団のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、中小企業事業団の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第七十七条第一項第二号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十七条の二第三項（公益の増進に著しく寄与する特定公益信託の範囲）の規定は、法人が施行日以後に法人税法第三十七条第五項（特定公益信託）に規定する特定公益信託の信託財産とするために支出する金銭の額について適用し、法人が施行日前に当該特定公益信託の信託財産とするために支出した金銭の額については、なお従前の例による。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四号）附則第十一条（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）又は租税特別措置法の一部を改正する法律（平成二年法律第十三号）附則第十五条（経済社会エネルギー基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定の適用を受けるこれらの規定に規定する法人に係る新令第百四十条の規定の適用については、同条中「第三項（エネルギー環境変化対応設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、同法」とあるのは、「第三項（エネルギー環境変化対応設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四号）附則第十一条第一項（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第三項（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成二年法律第十三号）附則第十五条第一項（経済社会エネルギー基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第二項若しくは第三項（経済社会エネルギー基盤強化設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法」とする。