この政令は、平成三年四月一日から施行する。 ただし、第百四十条の改正規定及び第百四十二条第一項の改正規定並びに附則第九条の規定は、平成四年一月一日から施行する。
改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第五条第一項第一号イ及び第五号リ（収益事業の範囲）の規定は、法人税法第二条第六号（定義）に規定する公益法人等のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、当該公益法人等の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
次項に定める場合を除き、新令第四十条から第四十三条まで（株式の取得価額）の規定は、施行日以後にこれらの規定に規定する事実がある場合における株式の取得価額について適用し、施行日前に改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第四十条から第四十三条まで（株式の取得価額）の規定に規定する事実があった場合における株式の取得価額については、なお従前の例による。
商法等の一部を改正する法律（平成二年法律第六十四号）附則第十一条（株式分割等に関する経過措置）又は第十七条（利益の処分に関する経過措置）の規定によりなお従前の例によることとされる株式の発行又は利益の処分に係る旧令第四十二条各号（株式配当等により取得した株式の取得価額）に掲げる事由により取得した株式の取得価額については、なお従前の例による。
新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第六十四条第一項（繰延資産の償却限度額）の規定は、法人が施行日以後に支出する繰延資産の償却費の計算について適用し、法人が施行日前に支出した繰延資産の償却費の計算については、なお従前の例による。
新令第七十七条第一項（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十九条第一項第五号（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける助成金について適用する。
次項に定める場合を除き、新令第百三十九条の八（一株未満の株式の処理の場合等の所得計算の特例）の規定は、法人が施行日以後に同条第一項各号に掲げる規定により同項の株主等に交付すべきものとして収入する金額及び同条第二項の株主等に交付した金額について適用し、法人が施行日前に旧令第百三十九条の八第一項各号（一株未満の株式の処理の場合等の所得計算の特例）に掲げる規定により同項の株主等に交付すべきものとして収入する金額及び同条第二項の株主等に交付した金額については、なお従前の例による。
商法等の一部を改正する法律附則第十一条（株式分割等に関する経過措置）又は第十七条（利益の処分に関する経過措置）の規定によりなお従前の例によることとされる旧令第百三十九条の八第一項各号に掲げる規定により同項の株主等に交付すべきものとして収入する金額及び同条第二項の株主等に交付した金額については、なお従前の例による。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）及び第百四十二条第一項（外国税額の控除限度額の計算）の規定は、法人の平成四年一月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百四十二条の三第四項（控除対象外国法人税の額とされないもの）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。