この政令は、平成七年四月一日から施行する。 ただし、第六十条の二第一項の改正規定、第百四十条の改正規定（「百分の七」を「百分の五」に改める部分を除く。）及び第百四十二条第一項の改正規定は、中小企業の創造的事業活動の促進に関する臨時措置法（平成七年法律第四十七号）の施行の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得及び施行日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得及び施行日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第十九条第一項（証券投資信託の収益の分配のうち配当等の額から成る部分の金額）及び第二十二条（株式等に係る負債の利子の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第七十七条（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十七条の二（特定公益信託の要件等）の規定は、法人が施行日以後に法人税法第三十七条第五項（特定公益信託）に規定する特定公益信託の信託財産とするために支出する金銭の額について適用し、法人が施行日前に当該特定公益信託の信託財産とするために支出した金銭の額については、なお従前の例による。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における租税特別措置法の一部を改正する法律（平成七年法律第五十五号）による改正後の租税特別措置法第四十二条の四第二項の規定により読み替えて適用する同条第一項の規定又は同条第四項第一号の規定の適用を受ける法人に係る新令第百四十条の規定の適用については、同条中「百分の五」とあるのは、「百分の五（平成七年四月一日前に事業の用に供したものについては、百分の七）」とする。