この政令は、平成十二年四月一日から施行する。 ただし、第七十七条第一項第三号エの改正規定は、高年齢者等の雇用の安定等に関する法律の一部を改正する法律（平成十二年法律第六十号）の施行の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税及び施行日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税及び施行日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第十三条第八号（減価償却資産の範囲）の規定は、法人が施行日以後に取得する同号リに掲げる資産について適用する。 この場合において、当該資産が施行日前に製作を開始した新令第五十四条第一項第二号（減価償却資産の取得価額）に掲げる資産であるときは、同号に定める金額から施行日前に支出した当該資産の製作のために要した同号イに掲げる金額を控除した金額をもって当該資産の同項の規定による取得価額とする。
新令第十九条第一項（証券投資信託の収益の分配のうち配当等の額から成る部分の金額）の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける新令第百十九条の三第五項（証券投資信託の元本払戻金の交付を受けた場合の受益権の一単位当たりの帳簿価額の算出の特例）に規定する金銭について適用し、法人が施行日前に交付を受けた改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第十九条第二項に規定する特別分配金については、なお従前の例による。
新令第九十六条第一項第一号及び第三号（貸倒引当金勘定への繰入限度額）、第百十七条第三号（整理開始の命令に準ずる事実等）並びに第百五十六条（欠損金の繰戻しによる還付をする場合の解散等に準ずる事実）の規定は、施行日以後にされる民事再生法（平成十一年法律第二百二十五号）の規定による再生手続開始の申立てに係る再生事件について適用し、施行日前にされた同法附則第二条（和議法及び特別和議法の廃止）の規定による廃止前の和議法（大正十一年法律第七十二号）の規定による和議開始の申立てに係る和議事件については、なお従前の例による。
新令第百十九条（有価証券の取得価額）の規定は、法人が改正事業年度（施行日以後最初に開始する事業年度をいう。以下同じ。）開始の日以後に取得する有価証券について適用し、法人が同日前に取得した有価証券については、なお従前の例による。
法人が改正事業年度の直前の事業年度において旧令第三十四条第一項第一号ロ（低価法）に掲げる低価法により当該直前の事業年度終了の時における評価をした有価証券の改正事業年度以後の各事業年度におけるその譲渡に係る法人税法の一部を改正する法律（平成十二年法律第十四号。以下「改正法」という。）による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第六十一条の二第一項第二号（有価証券の譲渡原価の額）に規定する原価の額の計算については、その有価証券は、当該直前の事業年度終了の時における評価額により取得したものとみなす。
法人の改正事業年度開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第二項第二号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる株式又は出資に該当するものを除く。以下この条において同じ。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における新令第百十九条の二の規定の適用については、その有価証券のうち、第一号に掲げる有価証券に該当するものは新法第六十一条の三第一項第一号（売買目的有価証券の時価法により評価した金額）に規定する売買目的有価証券とみなし、第二号に掲げる有価証券に該当するものは新令第百十九条の二第二項第一号に掲げる有価証券とみなし、第三号に掲げる有価証券に該当するものは同項に規定するその他有価証券とみなす。 附則第十一条各号（売買目的有価証券の範囲に関する経過措置）に掲げる有価証券 改正事業年度開始の日においてその償還期限まで保有する目的で保有している旨をその保有に関する帳簿書類に記載した有価証券 前二号に掲げる有価証券以外の有価証券
附則第十一条各号（売買目的有価証券の範囲に関する経過措置）に掲げる有価証券
改正事業年度開始の日においてその償還期限まで保有する目的で保有している旨をその保有に関する帳簿書類に記載した有価証券
前二号に掲げる有価証券以外の有価証券
新令第百十九条の三第五項（証券投資信託の元本払戻金の交付を受けた場合の受益権の一単位当たりの帳簿価額の算出の特例）の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける同項に規定する金銭について適用する。
改正事業年度開始の時において有価証券を有する法人については、その時にその有価証券を取得したものとみなして、新令第百十九条の五第二項（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の選定及びその手続）の規定を適用する。
法人の改正事業年度開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第二項第二号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる株式又は出資に該当するものを除く。以下この条において同じ。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における新令第百十九条の十二（売買目的有価証券の範囲）の規定の適用については、その有価証券のうち、第一号から第三号までに掲げる有価証券に該当するものは同条第一号に掲げる有価証券とみなし、第四号に掲げる有価証券に該当するものは同条第二号に掲げる有価証券とみなす。 改正法附則第七条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十七条の九第一項（金融機関等の特定取引に係る課税の特例）の表の各号の第三欄に掲げる資産に含まれる有価証券 保険業法（平成七年法律第百五号）第百十八条第一項（特別勘定）に規定する特別勘定に属する有価証券 改正事業年度開始の日において短期的な価格の変動を利用して利益を得る目的で保有している旨をその保有に関する帳簿書類に記載した有価証券（平成十二年三月三十一日以前六月以内にその有価証券（以下この号において「期首保有有価証券」という。）と銘柄を同じくする有価証券の取得及び譲渡を行っていない場合のその期首保有有価証券及び前二号に掲げる有価証券を除く。） 改正事業年度開始の日においてその信託財産に属する有価証券を前号に規定する目的で保有している旨をその信託財産の保有に関する帳簿書類に記載した新令第百十九条の十二第二号に規定する金銭の信託のその信託財産に属する有価証券（平成十二年三月三十一日以前六月以内にその信託財産に属する有価証券の取得及び譲渡を行っていない場合のその金銭の信託のその信託財産に属する有価証券を除く。）
改正法附則第七条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十七条の九第一項（金融機関等の特定取引に係る課税の特例）の表の各号の第三欄に掲げる資産に含まれる有価証券
保険業法（平成七年法律第百五号）第百十八条第一項（特別勘定）に規定する特別勘定に属する有価証券
改正事業年度開始の日において短期的な価格の変動を利用して利益を得る目的で保有している旨をその保有に関する帳簿書類に記載した有価証券（平成十二年三月三十一日以前六月以内にその有価証券（以下この号において「期首保有有価証券」という。）と銘柄を同じくする有価証券の取得及び譲渡を行っていない場合のその期首保有有価証券及び前二号に掲げる有価証券を除く。）
改正事業年度開始の日においてその信託財産に属する有価証券を前号に規定する目的で保有している旨をその信託財産の保有に関する帳簿書類に記載した新令第百十九条の十二第二号に規定する金銭の信託のその信託財産に属する有価証券（平成十二年三月三十一日以前六月以内にその信託財産に属する有価証券の取得及び譲渡を行っていない場合のその金銭の信託のその信託財産に属する有価証券を除く。）
新法第六十一条の四第二項（信用取引等による有価証券の取得）の規定は、法人が同項に規定する信用取引等に係る契約に基づき改正事業年度開始の日以後に有価証券を取得した場合について適用する。
新法第六十一条の五第二項（デリバティブ取引による資産の取得）の規定は、法人が同条第一項に規定するデリバティブ取引に係る契約に基づき改正事業年度開始の日以後に同条第二項に規定する資産を取得した場合について適用する。
法人の改正事業年度における新令第百二十一条の四第一項（繰延ヘッジ処理における特別な有効性判定方法等）及び第百二十一条の十第一項（時価ヘッジ処理における特別な有効性判定方法等）の規定の適用については、これらの規定中「事業年度後の」とあるのは、「事業年度以後の」とする。
法人が、改正事業年度開始の日前に新令第百二十二条（先物外国為替契約により発生時の外国通貨の円換算額を確定させた外貨建資産・負債の換算）に規定する外貨建資産・負債の取得又は発生の基因となる外貨建取引（新法第六十一条の八第一項（外貨建取引の換算）に規定する外貨建取引をいう。次条において同じ。）に伴って支払い、又は受け取る外国通貨の金額の円換算額（同項に規定する円換算額をいう。次条において同じ。）を確定させる新令第百二十二条に規定する先物外国為替契約を締結し、かつ、同日の前日までに当該先物外国為替契約の履行等による決済をしていない場合において、当該開始の日以後に当該外国通貨の支払又は受取を行うときは、当該先物外国為替契約及び当該外国通貨に係る同条の規定の適用については、当該先物外国為替契約は同日において締結したものとみなす。
法人が、改正事業年度開始の日前に新法第六十一条の八第二項（先物外国為替契約等により円換算額を確定させた外貨建取引の換算）に規定する資産又は負債の金額の円換算額を確定させる同項に規定する先物外国為替契約等を締結し、かつ、同日の前日までに当該先物外国為替契約等の履行等による決済をしていない場合において、当該開始の日以後に当該資産又は負債の取得又は発生の基因となる外貨建取引を行うときは、当該先物外国為替契約等及び当該資産又は負債に係る同項の規定の適用については、当該先物外国為替契約等は同日において締結したものとみなす。
法人が改正事業年度の直前の事業年度終了の時において有する旧令第百三十九条の八第一項（先物外国為替契約により円換算額が確定している場合の特例）に規定する期末換算短期外貨建債権、期末換算短期外貨建債務、長期外貨建債権及び長期外貨建債務のうちその時において同項に規定する先物外国為替契約により円換算額（旧令第百三十九条の二第五号（用語の意義）に掲げる円換算額をいう。）が確定しているものについては、旧令第百三十九条の八の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第一項中「第百三十九条の三第一項第一号ロ（」とあるのは「法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十二年政令第百四十五号）による改正前の法人税法施行令（以下「平成十二年旧令」という。）第百三十九条の三第一項第一号ロ（」と、「第百三十九条の三第一項第二号」とあるのは「平成十二年旧令第百三十九条の三第一項第二号」と、「第百三十九条の三第一項第一号ロ又は」とあるのは「平成十二年旧令第百三十九条の三第一項第一号ロ又は」と、同条第三項中「第百三十九条の三第一項第二号」とあるのは「平成十二年旧令第百三十九条の三第一項第二号」と、同条第九項中「第百三十九条の六第二項から第五項まで」とあるのは「平成十二年旧令第百三十九条の六第二項から第五項まで」と、「第百三十九条の八第五項」とあるのは「平成十二年旧令第百三十九条の八第五項」と読み替えるものとする。
改正事業年度開始の時において新法第六十一条の九第一項（外貨建資産等の期末換算）に規定する外貨建資産等を有する法人については、その時にその外貨建資産等の取得又は発生の基因となった外貨建取引（新法第六十一条の八第一項（外貨建取引の換算）に規定する外貨建取引をいう。）を行ったものとみなして、新令第百二十二条の五（外貨建資産等の期末換算の方法の選定の手続）の規定を適用する。
新令第百三十五条（適格退職年金契約等の掛金等の損金算入）（新令第百八十八条第三項（外国法人の国内源泉所得に係る所得の金額の計算）の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定は、法人の施行日以後に支出する新令第百五十九条第二項（適格退職年金契約の要件等）の規定に基づく新令第百三十五条第二号に掲げる掛金又は保険料について適用し、法人の施行日前に支出した掛金又は保険料については、なお従前の例による。
新令第百三十六条の五（信託の設定についての所得の計算）の規定は、法人の施行日以後に行う同条に規定する株式の移転について適用する。