この政令は、平成十三年三月三十一日から施行する。 ただし、第十九条の三の改正規定、第七十七条第一項第三号エの改正規定、第七十九条第一項の改正規定、第百四十一条の改正規定及び第百五十六条の六の次に一条を加える改正規定並びに附則第三条から第五条まで及び第九条の規定は、同年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成十三年四月一日以後に合併、分割、現物出資、事後設立（法人税法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第六号。以下「改正法」という。）第一条の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立をいう。以下同じ。）、資本若しくは出資の減少、解散による残余財産の分配、株式（出資を含む。以下この条において同じ。）の消却又は社員の退社若しくは脱退による持分の払戻しが行われる場合における法人（新法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の各事業年度の所得に対する法人税、特定信託（新法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下同じ。）の各計算期間の所得に対する法人税、退職年金等積立金に対する法人税及び同日以後に解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）が行われる場合における法人の清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、同日前に合併、現物出資、事後設立、資本若しくは出資の減少、解散による残余財産の分配、株式の消却又は社員の退社若しくは脱退による持分の払戻しが行われた場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税、退職年金等積立金に対する法人税及び同日前に解散又は合併が行われた場合における法人の清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第十九条の三第一項（証券投資信託の収益の分配のうち配当等の額から成る部分の金額）の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に開始する事業年度において受ける新法第二条第二十八号（定義）に規定する証券投資信託（以下この条において「証券投資信託」という。）の収益の分配について適用し、法人が同日前に開始した事業年度において受ける証券投資信託の収益の分配については、なお従前の例による。
新令第二十二条第一項第二号ロ（株式等に係る負債の利子の額）の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に開始する事業年度において新法第二十三条第三項第一号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額を計算する場合における証券投資信託の受益証券の帳簿価額の計算について適用し、法人が同日前に開始した事業年度において改正法第一条の規定による改正前の法人税法第二十三条第三項第一号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額を計算する場合における証券投資信託の受益証券の帳簿価額の計算については、なお従前の例による。
前二項に規定する証券投資信託がこの政令の施行の際現に存するものである場合における法人の平成十三年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する事業年度の新令第十九条の三第一項及び第二十二条第一項第二号ロの規定の適用については、新令第十九条の三第二項中「又は主として株式（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十一項（定義）に規定する投資口を除く。以下この項において同じ。）以外の資産に運用する」とあるのは「に運用する」と、「又は株式以外の資産への運用割合」とあるのは「への運用割合」とする。
新令第七十七条第一項第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に支出する寄附金について適用し、法人が同日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十九条第一項第五号から第七号まで（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が平成十三年四月一日以後に交付を受けるこれらの号に規定する助成金について適用する。
新令第九十七条（貸倒実績率の特別な計算方法）の規定は、法人が平成十三年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度に分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人となる適格分割、適格現物出資又は適格事後設立を行った場合について準用する。
法人が平成十三年四月一日以後に合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人（次項において「合併法人等」という。）となる所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下この条において「平成十五年新法」という。）第五十七条第五項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）に規定する適格合併等（以下この項及び次項において「適格合併等」という。）を行う場合において、当該法人の当該適格合併等の日の属する事業年度開始の日前五年以内に開始した各事業年度（次項において「前五年内事業年度」という。）で同条第五項第一号に規定する欠損金額の生じた事業年度（同年四月一日前に開始した事業年度で同号に規定する特定資本関係事業年度前の事業年度に限る。）のうちに、みなし欠損金額（当該適格合併等の前に行った同条第二項に規定する適格合併等（以下この項において「直前適格合併等」という。）において同条第二項の規定により当該法人の当該直前適格合併等の日の属する事業年度前の事業年度において生じた欠損金額とみなされたものをいう。次項において同じ。）が生じたものとされた事業年度があるときにおける同条第五項の規定の適用については、同項中「第二項又は」とあるのは「第二項の規定により当該内国法人の欠損金額とみなされたもの（第一号において「みなし欠損金額」という。）及び」と、同項第一号中「欠損金額（第一項」とあるのは「欠損金額（平成十三年四月一日前に開始した各事業年度（以下この号において「経過措置事業年度」という。）にあつてはみなし欠損金額（当該みなし欠損金額が生じたものとされた基因となつた第二項に規定する適格合併等の日の属する事業年度から当該合併等事業年度の前事業年度までの各事業年度において、当該経過措置事業年度において生じた欠損金額につき第一項の規定により当該各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されたもの及びこの項又は第九項の規定によりないものとされたものを除く。）とし、同年四月一日以後に開始した各事業年度にあつては当該事業年度において生じた欠損金額（同項」と、「次号において同じ」とあるのは「次号において同じ。）とする」とする。
法人が平成十三年四月一日以後に合併法人等となる適格合併等を行う場合において、当該法人の当該適格合併等の日の属する事業年度の前五年内事業年度で平成十五年新法第五十七条第五項第二号に規定する欠損金額の生じた事業年度（平成十三年四月一日前に開始した事業年度で同号の特定資本関係事業年度以後の事業年度に限る。）のうちにみなし欠損金額が生じたものとされた事業年度があるときにおける法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十一号）による改正後の法人税法施行令（次項において「平成十五年新令」という。）第百十二条第十項（特定資産譲渡等損失相当額から成る欠損金額の算定）において準用する同条第八項の規定の適用については、同条第十項中「「同条第二項又は第六項の規定により当該被合併法人等」とあるのは「当該適格合併等の前に同条第二項の規定により当該内国法人の欠損金額とみなされたもの、同条第六項の規定により当該内国法人」」とあるのは「「除く。以下」とあるのは「除くものとし、平成十三年四月一日前に開始した各事業年度（以下この項において「経過措置事業年度」という。）にあつては当該各事業年度のうち法第五十七条第五項に規定する適格合併等の前に同条第二項の規定により当該内国法人の欠損金額とみなされたもの（以下この項において「みなし欠損金額」という。）が生じたものとされた事業年度に限る。以下」と、「法第五十七条第一項の規定の適用があるものに限るものとし、同条第二項又は第六項の規定により当該被合併法人等の欠損金額とみなされたもの及び同条第五項」とあるのは「経過措置事業年度にあつてはみなし欠損金額に限るものとし、法第五十七条第五項」」と、「「内国法人に」」とあるのは「「内国法人に」と、「当該前五年内事業年度」とあるのは「当該前五年内事業年度（当該対象事業年度が経過措置事業年度である場合には、みなし欠損金額が生じたものとされた基因となつた同条第二項に規定する適格合併等の日の属する事業年度以後の各事業年度に限る。）」」とする。
前二項の場合において、これらの規定に規定する法人がこれらの規定に規定する適格合併等に係る当該法人の平成十五年新法第五十七条第五項各号に掲げる欠損金額につき平成十五年新令第百十三条（引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例）の規定の適用を受ける場合における同条第四項において準用する同条第一項及び第二項の規定の適用については、同条第四項中「「被合併法人等の」」とあるのは「同項第一号中「被合併法人等の」」と、「「第五十七条第五項第一号に規定する」」とあるのは「「第五十七条第五項第一号に規定する」と、同項第二号中「被合併法人等の」とあるのは「内国法人の」」と、「「前五年内事業年度」と、「日の前日の属する事業年度」とあるのは「日の属する事業年度の前事業年度」」とあるのは「「前五年内事業年度」と、「の制限対象金額に係る特定資本関係前未処理欠損金額」とあるのは「の制限対象金額に係る特定資本関係前未処理欠損金額（当該事業年度が平成十三年四月一日前に開始した各事業年度（ロ及び次号において「経過措置事業年度」という。）である場合には、みなし欠損金額（当該特定資本関係事業年度開始の時までに法第五十七条第二項の規定により当該内国法人の欠損金額とみなされたものをいう。ロ及び次号において同じ。）に限る。）」と、「特定資本関係事業年度から当該」とあるのは「特定資本関係事業年度（当該事業年度が経過措置事業年度である場合には、みなし欠損金額が生じたものとされた基因となつた同条第二項に規定する適格合併等の日の属する事業年度）から同条第五項の」と、同項第三号中「被合併法人等の」とあるのは「内国法人の」と、「被合併法人等前五年内事業年度」とあるのは「前五年内事業年度」と、「第五十七条第三項第一号に掲げる欠損金額」とあるのは「第五十七条第五項第一号に掲げる欠損金額（経過措置事業年度にあつてはみなし欠損金額に限るものとし、当該みなし欠損金額が生じたものとされた基因となつた同条第二項に規定する適格合併等の日の属する事業年度から同条第五項の適格合併等の日の属する事業年度の前事業年度までの各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額及び当該各事業年度において同条第五項又は第九項の規定によりないものとされたものを除く。）」と、「特定資産譲渡等損失相当額となる金額」とあるのは「特定資産譲渡等損失相当額となる金額（経過措置事業年度にあつては、当該経過措置事業年度の簿価純資産超過額に相当する金額に係る特定資産譲渡等損失相当額となる金額又は当該経過措置事業年度に係るみなし欠損金額のうちいずれか少ない金額」」とする。
法人が平成十三年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度において当該法人が合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人となる新法第六十二条の七第一項（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）に規定する特定適格合併等を行った場合における当該法人の当該事業年度に係る同項の規定の適用については、同項中「特定適格合併等事業年度開始の日から同日以後」とあるのは、「特定適格合併等の日から当該特定適格合併等事業年度開始の日以後」とする。
新令第百四十一条第三項の規定は、内国法人の平成十三年四月一日以後に開始する事業年度又は特定信託の同日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同日前に開始した事業年度又は特定信託の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
前条の規定による改正後の法人税法施行令の一部を改正する政令附則第十五条の規定は、平成十三年四月一日以後に合併、分割、現物出資又は事後設立が行われる場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税及び同日以後に解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）が行われる場合における法人の清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、同日前に合併、現物出資又は事後設立が行われた場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税及び同日前に解散又は合併が行われた場合における法人の清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。