この政令は、平成十四年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第二十三条第十三項、第十五項、第十七項、第十九項又は第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）附則第二十三条第十三項、第十五項、第十七項、第十九項若しくは第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条（第一項第一号に係る部分に限る。）、第四十六条の三（第一項第三号に係る部分に限る。）、第四十七条（第一項に係る部分に限る。）、第四十七条の二若しくは第四十八条（経営基盤強化計画を実施する特定組合等の構成員の機械等の割増償却等）の規定」とする。
新令第七十七条第一項第三号（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十九条第一項第六号、第八号及び第十一号（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に交付を受けるこれらの規定に規定する助成金、補助金又は給付金について適用し、法人が施行日前に交付を受けた改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第七十九条第一項第四号（国庫補助金等の範囲）に規定する補助金については、なお従前の例による。
保険会社が施行日以後最初に開始する事業年度（以下この条において「改正事業年度」という。）開始の時において有する有価証券（償還期限の定めのあるものに限るものとし、新令第百十九条の二第三項第一号及び第二号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる有価証券に該当するものを除く。以下この条において同じ。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における同項第三号から第五号までの規定の適用については、その有価証券のうち、改正事業年度開始の日において同項第三号に規定する債務の履行に備えるために保有している旨をその保有に関する帳簿書類に記載したものは、同号に掲げる有価証券（以下この条において「責任準備金対応有価証券」という。）とみなす。
保険会社が改正事業年度開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第一項第一号に掲げる移動平均法によりその一単位当たりの帳簿価額を算出するものに限る。以下この項において同じ。）が前項の規定により責任準備金対応有価証券とみなされた場合には、そのみなされた有価証券（以下この項において「開始時責任準備金対応有価証券」という。）の一単位当たりの帳簿価額は、その開始時責任準備金対応有価証券の改正事業年度の前事業年度終了の時における帳簿価額の合計額をその開始時責任準備金対応有価証券の総数で除して計算した金額とする。
保険会社が改正事業年度開始の時において有する有価証券が第一項の規定により責任準備金対応有価証券とみなされた場合には、その時にそのみなされた有価証券を取得したものとみなして、新令第百十九条の五第二項（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の選定及びその手続）の規定を適用する。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）及び第百四十二条第一項（外国税額の控除限度額の計算）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における新令第百四十条の規定の適用については、同条中「特別控除）の規定」とあるのは、「特別控除）若しくは租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の十一（製品輸入額が増加した場合の法人税額の特別控除）の規定」とする。
新令第百四十一条第四項（外国法人税の範囲等）の規定は、内国法人が施行日以後に行う同項に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合について適用し、内国法人が施行日前に行った旧令第百四十一条第四項（外国法人税の範囲等）に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合については、なお従前の例による。
新令第百五十六条の六の二第一項（特定信託に係る外国税額の控除の対象とならない取引）の規定は、特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産につき施行日以後に行う同項に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合について適用し、特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産につき施行日前に行った旧令第百五十六条の六の二（特定信託に係る外国税額の控除の対象とならない取引）に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合については、なお従前の例による。
施行日前に旧令第百七十七条第一項第四号（国内にある資産の所得）に掲げる利益の分配を受ける権利の運用又は保有から生じた所得については、なお従前の例による。