この政令は、昭和四十一年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定（新令第七十七条（試験研究法人等の範囲）及び第百五十条の二（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う控除法人税額の範囲）を除く。）は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に終了する事業年度の所得及び退職年金積立金に対する法人税並びに同日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得及び退職年金積立金に対する法人税並びに同日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第五条第一項第一号、第四号、第十号及び第十二号（収益事業の範囲）並びに第百三条（賞与引当金勘定への繰入限度額）の規定は、法人の昭和四十一年三月三十一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
改正前の法人税法施行令第七十九条第二号（国庫補助金等の範囲）の規定は、同号に規定する助成金で施行日前に交付を受けたものについては、なおその効力を有する。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、内国法人の昭和四十一年一月一日以後に開始し、施行日以後に終了する事業年度及び同年一月一日前に開始し、同年六月三十日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同年一月一日前に開始し、同年六月三十日前に終了する事業年度及び同年一月一日以後に開始し、施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、内国法人の同年一月一日前に開始し、同年六月三十日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税に係る同条の規定の適用については、同条中「百分の十七・七」とあるのは、「百分の十七・二」とする。
法人の施行日以後に終了する事業年度につき租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第十二条第一項（法人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第五十八条の四（新規重要物産の製造等による所得の免税）の規定の適用を受ける法人については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えてこれらの規定を適用する。
第百四十一条第四項（外国法人税の範囲）
二 租税特別措置法第四十六条の二第三項（技術等海外取引の意義）に規定する技術等海外取引による所得で、同法第五十八条第一項から第四項まで（技術等海外取引に係る所得の特別控除）の規定により損金の額に算入される金額に対応するもの
二 租税特別措置法第四十六条の二第三項（技術等海外取引の意義）に規定する技術等海外取引による所得で、同法第五十八条第一項から第四項まで（技術等海外取引に係る所得の特別控除）の規定により損金の額に算入される金額に対応するもの三 租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十一年法律第三十五号）附則第十二条第一項（法人の新規重要物産の製造等による所得の免税に関する経過規定）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第五十八条の四第一項（新規重要物産の製造等による所得の免税）に規定する新規重要物産の製造又は採掘の業務から生じた所得で、同項の規定により法人税を免除されるもの
第百四十二条第二項（控除限度額の計算）
規定を適用しないで
規定の適用をせず、かつ、当該事業年度の所得のうちに前条第四項第三号に掲げる所得があるときは、当該所得がないものとして
第百四十二条第三項
（当該所得のうちに前条第四項第一号に掲げる所得がある場合には、その所得を除く。）
（当該所得のうちに前条第四項第一号又は第三号に掲げる所得がある場合には、これらの所得を除く。）
新令第九条（合併差益金のうち被合併法人の資本積立金額及び合併減資益金から成る部分の金額）、第二十三条（みなし配当金額の計算方法）、第四十四条（合併により取得した株式の取得価額）及び第百七十条の二（合併交付金の計算）の規定は、内国法人である普通法人又は協同組合等の施行日以後の合併に係る交付金について適用し、同日前の合併に係る交付金については、なお従前の例による。