この政令は、平成十五年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第四条の二の改正規定、第百十二条の改正規定、第百十三条の改正規定、第百十六条の改正規定、第百十六条の二の改正規定、第百二十二条の十二第二項の改正規定、第百二十三条の九の改正規定、第百五十五条の四の改正規定、第百五十五条の六第一項第二号の改正規定、第百五十五条の八第一項の改正規定、第百五十五条の十九から第百五十五条の二十一までの改正規定、第百五十五条の四十六の改正規定及び第百五十六条の改正規定並びに附則第三条、第十一条、第十五条、第十七条及び第十九条から第二十二条までの規定 平成十五年三月三十一日 第五条第一項第三十号の改正規定 平成十五年六月一日 第五条第一項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定（同号ハに係る部分に限る。）、同項第三号の改正規定（「（機構の業務）」の下に「及び都市再生特別措置法（平成十四年法律第二十二号）第二十九条第一項第一号（民間都市機構の業務の特例）」を加える部分を除く。）、同項第五号の改正規定、同項第六号の改正規定、同項第三十三号の改正規定、第十三条の改正規定、第七十七条第一項第一号の二の改正規定、同項第三号コ、エ及びアの改正規定、第七十九条の改正規定（同条第一項第三号に係る部分を除く。）及び第百三十五条の改正規定並びに附則第四条、第九条第一項、第十条第一項及び第十四条の規定 平成十五年十月一日 第七十九条の改正規定（同条第一項第三号に係る部分に限る。）及び附則第十条第二項の規定 平成十六年三月一日
第四条の二の改正規定、第百十二条の改正規定、第百十三条の改正規定、第百十六条の改正規定、第百十六条の二の改正規定、第百二十二条の十二第二項の改正規定、第百二十三条の九の改正規定、第百五十五条の四の改正規定、第百五十五条の六第一項第二号の改正規定、第百五十五条の八第一項の改正規定、第百五十五条の十九から第百五十五条の二十一までの改正規定、第百五十五条の四十六の改正規定及び第百五十六条の改正規定並びに附則第三条、第十一条、第十五条、第十七条及び第十九条から第二十二条までの規定 平成十五年三月三十一日
第五条第一項第三十号の改正規定 平成十五年六月一日
第五条第一項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定（同号ハに係る部分に限る。）、同項第三号の改正規定（「（機構の業務）」の下に「及び都市再生特別措置法（平成十四年法律第二十二号）第二十九条第一項第一号（民間都市機構の業務の特例）」を加える部分を除く。）、同項第五号の改正規定、同項第六号の改正規定、同項第三十三号の改正規定、第十三条の改正規定、第七十七条第一項第一号の二の改正規定、同項第三号コ、エ及びアの改正規定、第七十九条の改正規定（同条第一項第三号に係る部分を除く。）及び第百三十五条の改正規定並びに附則第四条、第九条第一項、第十条第一項及び第十四条の規定 平成十五年十月一日
第七十九条の改正規定（同条第一項第三号に係る部分に限る。）及び附則第十条第二項の規定 平成十六年三月一日
この附則に別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号。以下「平成十五年改正法」という。）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度（法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号。以下この条において「平成十四年改正法」という。）附則第三条第一項（連結納税の承認の申請等に関する経過措置）の規定の適用を受けて平成十五年改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第四条の二（連結納税義務者）の承認を受ける同項に規定する内国法人（以下この条において「経過措置適用親法人」という。）、同項の規定の適用を受けて旧法第四条の二の承認を受ける平成十四年改正法附則第三条第三項に規定する他の内国法人（以下「経過措置適用子法人」という。）及び当該経過措置適用親法人の各連結事業年度の連結所得に対する法人税を課される最初の連結親法人事業年度（旧法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。）において当該経過措置適用親法人との間に旧法第四条の二に規定する完全支配関係を有することとなった同条に規定する他の内国法人（以下「経過措置期間加入法人」という。）の平成十四年改正法附則第三条第一項に規定する経過措置対象年度（同項に規定する最初の連結事業年度としようとする期間に限る。以下「経過措置対象年度」という。）の期間内の各事業年度を除く。）の所得に対する法人税、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度（経過措置適用親法人、経過措置適用子法人及び経過措置期間加入法人の経過措置対象年度の期間内の連結事業年度を除く。）の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度並びに経過措置適用親法人、経過措置適用子法人及び経過措置期間加入法人の経過措置対象年度の期間内の各事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度並びに経過措置適用親法人、経過措置適用子法人及び経過措置期間加入法人の経過措置対象年度の期間内の連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間の所得に対する法人税並びに法人の施行日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第四条の二（適格組織再編成における株式の保有関係等）の規定は、法人が施行日以後に行う合併、分割、現物出資又は新法第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立について適用し、法人が施行日前に行った合併、分割、現物出資又は旧法第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立については、なお従前の例による。
新令第五条第一項（第二号ホ、第三号チ、第二十九号カ及び第三十号に係る部分を除く。）（収益事業の範囲）の規定は、法人の附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第五条第一項（第二号ホ、第三号チ、第二十九号カ及び第三十号に係る部分を除く。）（収益事業の範囲）に規定する法人の同日前に開始する事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
旧令第五条第一項第一号イに規定する法人が附則第一条第三号に定める日から独立行政法人日本スポーツ振興センター法（平成十四年法律第百六十二号）附則第六条第一項（業務の特例等）に規定する政令で定める日までの間に行う旧令第五条第一項第一号イに掲げる販売業及び同項第六号イに掲げる製造業については、同項（第一号イ及び第六号イに係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同項第一号イ中「日本体育・学校健康センター法（昭和六十年法律第九十二号）」とあるのは、「独立行政法人日本スポーツ振興センター法（平成十四年法律第百六十二号）附則第六条第四項（業務の特例等）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法附則第九条（日本体育・学校健康センター法の廃止）の規定による廃止前の日本体育・学校健康センター法（昭和六十年法律第九十二号）」とする。
新令第八条の二第八項及び第九項（分割型分割による交付資産等）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第二条第十七号タ（定義）に規定する分割型分割又は同号ツに規定する減資等について適用し、法人が施行日前に行った旧法第二条第十七号タ（定義）に規定する分割型分割又は同号ツに規定する減資等については、なお従前の例による。
新令第九条第四項（適格組織再編成により引継ぎを受ける利益積立金額等）の規定は、法人が施行日以後に行う適格分割型分割について適用し、法人が施行日前に行った適格分割型分割については、なお従前の例による。
新令第二十三条第一項第二号及び第三号（所有株式に対応する資本等の金額又は連結個別資本等の金額の計算方法等）の規定は、法人が施行日以後に行う新法第二十四条第一項第二号（配当等の額とみなす金額）に掲げる分割型分割又は同項第三号に掲げる資本若しくは出資の減少若しくは解散による残余財産の分配について適用し、法人が施行日前に行った旧法第二十四条第一項第二号（配当等の額とみなす金額）に掲げる分割型分割又は同項第三号に掲げる資本若しくは出資の減少若しくは解散による残余財産の分配については、なお従前の例による。
新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、平成十五年改正法附則第九十六条第十六項、第十八項又は第二十項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十六条第十六項、第十八項若しくは第二十項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条の三（第一項第一号に係る部分に限る。）、第四十七条（第三項に係る部分に限る。）若しくは第四十七条の二（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
新令第七十七条第一項第一号の二並びに第三号コ、エ及びア（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する寄附金について適用し、法人が同日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十七条第一項第三号サ及び第四号の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第七十九条第一号、第二号及び第四号から第八号まで（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に交付を受ける新令第七十九条第一号、第二号又は第四号から第八号までに掲げる助成金、給付金又は補助金について適用し、法人が同日前に交付を受けた旧令第七十九条第一項第一号、第二号又は第四号から第九号まで（国庫補助金等の範囲）に掲げる助成金、給付金又は補助金については、なお従前の例による。
新令第七十九条第三号の規定は、法人が附則第一条第四号に定める日以後に交付を受ける新令第七十九条第三号に掲げる助成金について適用し、法人が同日前に交付を受けた旧令第七十九条第一項第三号に掲げる助成金については、なお従前の例による。
新令第百十二条第十四項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）（新令第百十六条の二第五項（被合併法人等の未処理災害損失欠損金額の引継ぎ）において準用する場合を含む。）の規定は、法人が施行日以後に当該法人を分割法人とする分割型分割を行う場合について適用し、法人が施行日前に当該法人を分割法人とする分割型分割を行った場合については、なお従前の例による。
経過措置適用子法人又は経過措置期間加入法人（以下この項において「経過措置適用子法人等」という。）が経過措置対象年度（施行日の属する経過措置対象年度にあっては、施行日からその経過措置対象年度終了の日までの期間）において当該経過措置適用子法人等を分割法人とする分割型分割を行った場合には、当該経過措置適用子法人等の当該分割型分割の日の前日の属する事業年度における新令第百十二条第十四項の規定の適用については、同項中「最初の連結親法人事業年度」とあるのは、「連結親法人事業年度（最初の連結親法人事業年度を除く。）」とする。
農業協同組合連合会が施行日以後最初に開始する事業年度（以下この条において「改正事業年度」という。）開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第三項第三号から第五号まで（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる株式又は出資に該当するものを除く。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における同項第一号及び第二号の規定の適用についてはその有価証券のうち同項第一号に規定する財務省令で定めるものに属する有価証券に該当するものは同号に掲げる有価証券（以下この条において「特別勘定有価証券」という。）とみなし、農業協同組合連合会又は共済水産業協同組合連合会（以下この条において「農業協同組合連合会等」という。）が改正事業年度開始の時において有する有価証券（償還期限の定めのあるものに限るものとし、同項第一号及び第二号に掲げる有価証券に該当するものを除く。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における同項第三号から第五号までの規定の適用についてはその有価証券のうち同項第三号に規定する債務の履行に備えるために保有している旨を改正事業年度開始の日においてその保有に関する帳簿書類に記載したものは同号に掲げる有価証券（以下この条において「責任準備金対応有価証券」という。）とみなす。
農業協同組合連合会等が改正事業年度開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第一項第一号に掲げる移動平均法によりその一単位当たりの帳簿価額を算出するものに限る。以下この項において同じ。）が前項の規定により特別勘定有価証券又は責任準備金対応有価証券とみなされた場合には、そのみなされた有価証券（以下この項においてそれぞれ「開始時特別勘定有価証券」又は「開始時責任準備金対応有価証券」という。）の一単位当たりの帳簿価額は、その開始時特別勘定有価証券又は開始時責任準備金対応有価証券の改正事業年度の前事業年度終了の時における帳簿価額の合計額をその開始時特別勘定有価証券又は開始時責任準備金対応有価証券の総数で除して計算した金額とする。
農業協同組合連合会等が改正事業年度開始の時において有する有価証券が第一項の規定により特別勘定有価証券又は責任準備金対応有価証券とみなされた場合には、その時にそのみなされた有価証券を取得したものとみなして、新令第百十九条の五第二項（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の選定及びその手続）の規定を適用する。
新令第百二十二条の十四第九項（分割等前事業年度等における連結法人間取引の損益の調整）の規定は、同項に規定する適格合併等前事業年度が施行日以後に開始する場合について適用し、当該適格合併等前事業年度が施行日前に開始した場合については、なお従前の例による。
新令第百三十五条第一号（確定給付企業年金等の掛金等の損金算入）（新令第百八十八条第三項（外国法人の国内源泉所得に係る所得の金額の計算）の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定は、法人の附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する新令第百三十五条第一号に掲げる掛金について適用し、法人の同日前に支出した掛金については、なお従前の例による。
新令第百五十五条の四（資産整理に伴う私財提供等があった場合の欠損金の損金算入額の計算）の規定は、連結親法人の平成十五年三月三十一日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用する。
新令第百五十五条の六第一項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の準用）において準用する新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、平成十五年改正法附則第百十五条第十六項、第十八項又は第二十項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の六第二項の規定の適用については、同項の表第六十条の二第一項の項中「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）の規定」と、「又は第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「若しくは第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百十五条第十六項、第十八項若しくは第二十項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十二（第一項第一号に係る部分に限る。）、第六十八条の三十四（第三項に係る部分に限る。）若しくは第六十八条の三十五（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
経過措置適用子法人又は経過措置期間加入法人（以下この条において「経過措置適用子法人等」という。）が経過措置対象年度の期間内の連結事業年度の開始の日において当該経過措置適用子法人等を分割法人とする分割型分割を行った場合には、当該経過措置適用子法人等の当該連結事業年度においては新令第百五十五条の八第一項第一号（株式等に係る負債の利子の額）中「連結親法人事業年度」とあるのは、「最初連結事業年度」と読み替えて同項の規定を適用する。
新令第百五十五条の二十二第八項（連結法人間取引の損益の調整）の規定は、同項に規定する適格合併等前事業年度が施行日以後に開始する場合について適用し、当該適格合併等前事業年度が施行日前に開始した場合については、なお従前の例による。
新令第百五十五条の四十六（連結欠損金の繰戻しによる還付金の個別帰属額の計算）の規定は、連結法人の平成十五年三月三十一日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用する。
新令第百五十六条第二項（連結欠損金の繰戻しによる還付）の規定は、連結親法人につき施行日以後に新法第八十一条の三十一第三項（連結欠損金の繰戻しによる還付）に規定する事実が生ずる場合について適用する。
前条の規定による改正後の法人税法施行令の一部を改正する政令附則第七条の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。