この政令は、平成十六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 目次の改正規定（「還付（第百五十五条の四十七」を「申告及び還付（第百五十五条の四十七」に改める部分を除く。）、第百四十条の二第六項の改正規定、第百八十八条の改正規定、第百九十条の改正規定、第百八十九条の二の改正規定、第三編中第四章を第五章とし、第三章を第四章とし、第二章の次に一章を加える改正規定、同編第二章第二節中第百八十九条を第百九十一条とする改正規定及び同章第一節中第百八十八条の三を第百九十条とし、第百八十八条の二を第百八十九条とする改正規定並びに附則第十一条及び第十二条の規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日 第五条の改正規定（同条第一項第二号ニ、第三号ハ及び第五号に係る部分に限る。）及び附則第三条の規定 中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号）の施行の日
目次の改正規定（「還付（第百五十五条の四十七」を「申告及び還付（第百五十五条の四十七」に改める部分を除く。）、第百四十条の二第六項の改正規定、第百八十八条の改正規定、第百九十条の改正規定、第百八十九条の二の改正規定、第三編中第四章を第五章とし、第三章を第四章とし、第二章の次に一章を加える改正規定、同編第二章第二節中第百八十九条を第百九十一条とする改正規定及び同章第一節中第百八十八条の三を第百九十条とし、第百八十八条の二を第百八十九条とする改正規定並びに附則第十一条及び第十二条の規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日
第五条の改正規定（同条第一項第二号ニ、第三号ハ及び第五号に係る部分に限る。）及び附則第三条の規定 中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号）の施行の日
この附則に別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号。以下「改正法」という。）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第五条第一項（第二号ニ、第三号ハ及び第五号ルに係る部分に限る。）（収益事業の範囲）の規定は、法人の附則第一条第二号（施行期日）に定める日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第五条第一項（第二号ニ及び第三号ハに係る部分に限る。）（収益事業の範囲）に規定する法人の同日前に開始する事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第九条の二第一項第一号及び第三号（連結法人株式の譲渡等に伴う利益積立金額又は連結個別利益積立金額の増加・減少）の規定は、施行日以後に同項第一号又は第三号に掲げる事由が生ずる場合における新法第二条第十八号ヘ（定義）に掲げる金額の計算について適用し、施行日前に旧令第九条の二第一項第一号又は第三号（連結法人株式の譲渡等に伴う利益積立金額又は連結個別利益積立金額の増加・減少）に掲げる事由が生じた場合における改正法第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正前の法人税法第二条第十八号ヘ（定義）に掲げる金額の計算については、なお従前の例による。
新令第四十八条第三項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法）の規定は、施行日以後に当該評価換えが行われた同項に規定する減価償却資産について適用する。
新令第四十八条第四項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）及び第五項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）の規定は、施行日以後にこれらの評価換えが行われた同条第四項に規定する鉱業用減価償却資産若しくは鉱業権又は同条第五項の国外リース資産について適用する。
新令第五十四条第四項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）（減価償却資産の取得価額）の規定は、施行日以後に当該評価換えが行われた減価償却資産について適用する。
改正法附則第四十条第十項、第十二項、第十四項又は第十六項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号）附則第四十条第十項、第十二項、第十四項若しくは第十六項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条の三（第一項第二号に係る部分に限る。）、第四十七条第一項、第四十七条の二若しくは第四十八条（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）の規定」とする。
新令第六十四条第二項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）及び第三項（同項に規定する評価換えに係る部分に限る。）（繰延資産の償却限度額）の規定は、施行日以後にこれらの評価換えが行われた同条第二項に規定する繰延資産又は同条第三項に規定する繰延資産について適用する。
新令第七十七条第一項第一号の二から第三号まで（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
法人が民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人で施行日の前日において旧令第七十七条第一項第二号ル（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）に掲げるものに該当するものに対して支出する寄附金のうち施行日から二年以内の期間で財務省令で定める期間内に支出するものについては、新令第七十七条第一項第三号に掲げる法人に対して支出する寄附金とみなす。
改正法附則第四十九条第十項、第十二項、第十四項又は第十六項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の六（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の準用）の規定の適用については、同条第二項の表第六十条の二第一項の項中「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）の規定」と、「又は第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「若しくは第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号。以下この項において「平成十六年改正法」という。）附則第四十九条第十項、第十二項若しくは第十六項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成十六年改正法第七条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十二（第一項第二号に係る部分に限る。）、第六十八条の三十四第一項若しくは第六十八条の三十六（農業経営改善計画等を実施する法人の機械等の割増償却等）若しくは平成十六年改正法附則第四十九条第十四項の規定により読み替えて適用する租税特別措置法第六十八条の三十五（特定再開発建築物等の割増償却）の規定」とする。