この政令は、平成十七年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第七十七条第一項第一号の三の改正規定、第百五十六条の十七第一号の改正規定（「掛金の額（」の下に「当該加入員が六十五歳に達したとき以後に支給する老齢年金給付に係る掛金の額に限るものとし、」を加え、「附則第三十条第一項」を「附則第三十二条第一項」に、「掛金の額）」を「掛金の額とする。）」に改める部分を除く。）、同条第七号イの改正規定（「厚生年金基金連合会」を「企業年金連合会」に改める部分に限る。）、同号ロの改正規定（「厚生年金基金連合会」を「企業年金連合会」に、「第百六十二条の三第二項」を「第百六十一条第二項」に改める部分及び「第百五十九条第三項第一号」を「第百五十九条第四項第一号」に、「第百六十二条の三第五項」を「第百六十一条第五項」に改める部分に限る。）、同条第九号ロの改正規定（同号を同条第十号とする部分を除く。）、同条第十四号の改正規定（同号を同条第十五号とする部分を除く。）、第百五十七条の改正規定（同条第一項第四号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、第百五十八条の改正規定（同条第一項第三号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、第百五十八条の二第一項第一号の改正規定、同項第三号の改正規定（「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、同条第二項第二号の改正規定、第百五十八条の四の改正規定（同条第一項第三号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、第百五十八条の六の改正規定（同条第一項第三号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）及び附則第十六条第一項第九号ヘの改正規定 平成十七年十月一日 第五条第一項第二号ニの改正規定及び同項第五号ルの改正規定 中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）の施行の日 第五条第一項第三号チの改正規定 民間事業者の能力を活用した市街地の整備を推進するための都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十四号）附則第一条ただし書に規定する日 第十三条第八号ワの改正規定 日本道路公団等民営化関係法施行法（平成十六年法律第百二号）の施行の日 第百八十七条第四項の次に一項を加える改正規定（同条第五項第三号に係る部分に限る。） 有限責任事業組合契約に関する法律（平成十七年法律第四十号）の施行の日
第七十七条第一項第一号の三の改正規定、第百五十六条の十七第一号の改正規定（「掛金の額（」の下に「当該加入員が六十五歳に達したとき以後に支給する老齢年金給付に係る掛金の額に限るものとし、」を加え、「附則第三十条第一項」を「附則第三十二条第一項」に、「掛金の額）」を「掛金の額とする。）」に改める部分を除く。）、同条第七号イの改正規定（「厚生年金基金連合会」を「企業年金連合会」に改める部分に限る。）、同号ロの改正規定（「厚生年金基金連合会」を「企業年金連合会」に、「第百六十二条の三第二項」を「第百六十一条第二項」に改める部分及び「第百五十九条第三項第一号」を「第百五十九条第四項第一号」に、「第百六十二条の三第五項」を「第百六十一条第五項」に改める部分に限る。）、同条第九号ロの改正規定（同号を同条第十号とする部分を除く。）、同条第十四号の改正規定（同号を同条第十五号とする部分を除く。）、第百五十七条の改正規定（同条第一項第四号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、第百五十八条の改正規定（同条第一項第三号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、第百五十八条の二第一項第一号の改正規定、同項第三号の改正規定（「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、同条第二項第二号の改正規定、第百五十八条の四の改正規定（同条第一項第三号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）、第百五十八条の六の改正規定（同条第一項第三号中「千分の二十・二五」を「厚生年金基金水準給付率」に改める部分を除く。）及び附則第十六条第一項第九号ヘの改正規定 平成十七年十月一日
第五条第一項第二号ニの改正規定及び同項第五号ルの改正規定 中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）の施行の日
第五条第一項第三号チの改正規定 民間事業者の能力を活用した市街地の整備を推進するための都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十四号）附則第一条ただし書に規定する日
第十三条第八号ワの改正規定 日本道路公団等民営化関係法施行法（平成十六年法律第百二号）の施行の日
第百八十七条第四項の次に一項を加える改正規定（同条第五項第三号に係る部分に限る。） 有限責任事業組合契約に関する法律（平成十七年法律第四十号）の施行の日
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号。以下「改正法」という。）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第五条第一項第二号ニ及び第五号ル（収益事業の範囲）の規定は、法人の附則第一条第二号（施行期日）に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第五条第一項第二号ニ及び第五号ル（収益事業の範囲）に規定する法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第九条の二第二項及び第三項（連結法人株式の譲渡等に伴う利益積立金額又は連結個別利益積立金額の増加・減少）の規定は、施行日以後に同項第一号に規定する適格合併等、同項第二号に規定する適格分割型分割又は同項第三号に規定する前適格合併等若しくは前適格分割型分割が行われる場合について適用し、施行日前に行った適格合併又は適格分割型分割については、なお従前の例による。
新令第九条の二第四項の規定は、施行日以後に同条第一項第三号に掲げる事由（連結子法人が解散（合併による解散を除く。以下この項において同じ。）をした場合に限る。）が生ずる場合における新法第二条第十八号ヘ（定義）に掲げる金額の計算について適用し、施行日前に旧令第九条の二第一項第三号（連結法人株式の譲渡等に伴う利益積立金額又は連結個別利益積立金額の増加・減少）に掲げる事由（連結子法人が解散をした場合に限る。）が生じた場合における改正法第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正前の法人税法第二条第十八号ヘ（定義）に掲げる金額の計算については、なお従前の例による。
施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第二十四条の二第二項（再生計画認可の決定に準ずる事実等）の規定の適用については、同項第三号中「投資事業有限責任組合契約及び有限責任事業組合契約に関する法律（平成十七年法律第四十号）第三条第一項（有限責任事業組合契約）に規定する有限責任事業組合契約」とあるのは、「投資事業有限責任組合契約」とする。
新令第四十八条第三項から第五項まで、第五十四条第四項及び第六十一条第一項（これらの規定のうち会社更生等評価換え（新令第四十八条第六項第四号に規定する会社更生等評価換えをいう。以下この項において同じ。）に係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法等）の規定は、施行日以後に会社更生等評価換えが行われる新令第四十八条第三項の減価償却資産、同条第四項に規定する鉱業用減価償却資産若しくは鉱業権若しくは同条第五項の国外リース資産、新令第五十四条第四項に規定する減価償却資産又は新令第六十一条第一項に規定する減価償却資産について適用し、施行日前に会社更生法（平成十四年法律第百五十四号）又は金融機関等の更生手続の特例等に関する法律（平成八年法律第九十五号）の規定に従って評価換えが行われた旧令第四十八条第三項（減価償却資産の償却の方法）に規定する減価償却資産、同条第四項に規定する鉱業用減価償却資産若しくは鉱業権若しくは同条第五項の国外リース資産、旧令第五十四条第四項（減価償却資産の取得価額）に規定する減価償却資産又は旧令第六十一条第一項（減価償却資産の償却可能限度額）に規定する減価償却資産については、なお従前の例による。
改正法附則第三十三条第十四項、第十五項、第十八項、第十九項又は第二十三項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号）附則第三十三条第十四項、第十五項、第十八項、第十九項若しくは第二十三項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第五条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条の二第二項（第一号に係る部分に限る。）、第四十六条（第一項第一号に係る部分に限る。）、第四十七条第一項、第四十七条の二（第三項第二号に係る部分に限る。）若しくは第四十八条（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。
新令第六十四条第二項から第四項まで（会社更生等評価換え（同条第五項第二号に規定する会社更生等評価換えをいう。以下この条において同じ。）に係る部分に限る。）（繰延資産の償却限度額）の規定は、施行日以後に会社更生等評価換えが行われる新令第六十四条第二項に規定する繰延資産、同条第三項に規定する繰延資産又は同条第四項に規定する繰延資産について適用し、施行日前に会社更生法又は金融機関等の更生手続の特例等に関する法律の規定に従って評価換えが行われた旧令第六十四条第二項（繰延資産の償却限度額）に規定する繰延資産又は同条第三項に規定する繰延資産については、なお従前の例による。
施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第七十三条第二項（寄附金の損金算入限度額）の規定の適用については、同項第十二号中「第二項並びに第六十七条の十三第一項及び第二項」とあるのは、「第二項」とする。
新令第七十七条第一項第一号の三（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が平成十七年十月一日以後に支出する寄附金について適用し、法人が同日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第百十九条の八第三項（分割型分割の場合の譲渡対価の額及び譲渡原価の額等）の規定は、法人が施行日以後に行う分割型分割について適用し、法人が施行日前に行った分割型分割については、なお従前の例による。
新令第百十九条の九第二項（減資等の場合の株式の譲渡原価の額等）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する払戻し等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第百十九条の九第二項（減資等の場合の株式の譲渡原価の額等）に規定する払戻し等については、なお従前の例による。
新令第百四十二条第二項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における同項の規定の適用については、同項中「第六十七条の十二及び第六十七条の十三」とあるのは、「第六十七条の十二」とする。
改正法附則第四十七条第十四項、第十五項、第十八項、第十九項又は第二十三項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の六（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の準用）の規定の適用については、同条第二項の表の第六十条の二第一項の項中「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「第四十八条（倉庫用建物等の割増償却）の規定」と、「又は第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）」とあるのは「若しくは第六十八条の三十六（倉庫用建物等の割増償却）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号）附則第四十七条第十四項、第十五項、第十八項、第十九項若しくは第二十三項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第五条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の二十九第二項（同法第四十五条の二第二項第一号に係る部分に限る。）、第六十八条の三十（第一項第一号に係る部分に限る。）、第六十八条の三十四第一項、第六十八条の三十五（第三項第二号に係る部分に限る。）若しくは第六十八条の三十六（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。
新令第百五十五条の八第一項第二号イ（株式等に係る負債の利子の額）の規定は、同号の連結法人の連結親法人事業年度（新法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、旧令第百五十五条の八第一項第二号（株式等に係る負債の利子の額）の連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における新令第百五十五条の十三第二項（寄附金の連結損金算入限度額）の規定の適用については、同項第十号中「第二項並びに第六十八条の百五の三第一項及び第二項」とあるのは、「第二項」とする。
新令第百五十五条の二十八第二項（連結控除限度額の計算）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における同項の規定の適用については、同項中「並びに租税特別措置法第六十八条の百五の二及び第六十八条の百五の三」とあるのは、「及び租税特別措置法第六十八条の百五の二」とする。