法人税法施行令 附　則 （平成一九年三月三〇日政令第八三号）

この政令は、平成十九年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第四条の二の改正規定（同条第二十三項に係る部分、同項を同条第二十四項とする部分、同条第二十二項に係る部分、同項を同条第二十三項とする部分、同条第二十一項に係る部分、同項を同条第二十二項とする部分、同条第二十項に係る部分、同項を同条第二十一項とする部分、同条第十九項を削る部分、同条第十八項に係る部分、同項を同条第二十項とする部分、同条第十七項に係る部分、同項を同条第十九項とする部分、同条第十六項に係る部分、同項を同条第十八項とする部分、同条第十五項第三号に係る部分、同項第六号中「全部を直接に」を「全部を」に改める部分、同項を同条第十七項とする部分、同条第十四項を削る部分、同条第十三項に係る部分、同項を同条第十六項とする部分、同条第十二項を削る部分、同条第十一項を同条第十三項とし、同項の次に二項を加える部分（第十四項に係る部分を除く。）、同条第十項第二号に係る部分、同項を同条第十二項とし、同条第九項を同条第十一項とする部分、同条第八項第一号に係る部分、同項を同条第十項とし、同条第七項を同条第九項とする部分、同条第六項第二号に係る部分、同項を同条第八項とし、同条第五項を同条第七項とする部分、同条第四項第一号に係る部分、同項を同条第六項とする部分、同条第三項を同条第四項とする部分、同条第二項を同条第三項とする部分、同条第一項第一号中「第三項」を「第四項」に改める部分及び同項を同条第二項とする部分を除く。）、第八条第一項第五号の改正規定、同項第六号の改正規定、同項第七号の改正規定、同項第十一号の改正規定（「合計額」の下に「をいい、適格株式交換により株式交換完全子法人の株主に法第二条第十二号の十六に規定する株式交換完全支配親法人株式（以下この号において「株式交換完全支配親法人株式」という。）を交付した場合にあつては、当該定める金額にその交付した株式交換完全支配親法人株式の当該適格株式交換の直前の帳簿価額を加算した金額」を加える部分に限る。）、同項第二十一号の改正規定、第九条第一項第二号の次に一号を加える改定規定、同項第五号の改定規定、同条第二項第一号の改正規定（同号ヘ中「第六十一条の二第十一項第一号」を「第六十一条の二第十四項第一号」に改める部分を除く。）、同項第三号ロ及びハの改正規定、第九条の二第一項の改正規定（同項第一号に係る部分を除く。）、第二十三条第三項の改正規定（同項第一号に係る部分、同項第二号に係る部分及び同号の次に一号を加える部分を除く。）、第七十二条の二第九項第十一号を同項第十二号とし、同項第十号の次に一号を加える改正規定、第七十三条第二項の改正規定（同項第十二号を同項第十三号とし、同項第十一号の次に一号を加える部分に限る。）、第百十二条第十五項の改正規定（同項を同条第十六項とする部分を除く。）、同条第十四項の改正規定（同項を同条第十五項とする部分を除く。）、同条第十二項の改正規定（同項を同条第十三項とする部分を除く。）、同条第十項の次に一項を加える改正規定、第百十六条の二の改正規定（同条第五項中「第百十二条第十四項」を「第百十二条第十五項」に改める部分を除く。）、第百十九条第一項第五号の改正規定、同項第六号の改正規定、同項第七号の改正規定、同項第八号の改正規定、同条第三項の改正規定、第百十九条の七の次に一条を加える改正規定、第百十九条の八第二項の改正規定、第百十九条の十一の二を第百十九条の十一とし、同条の次に一条を加える改正規定（第百十九条の十一の二を第百十九条の十一とする部分を除く。）、第百十九条の十二第四号の改正規定、第百四十二条の二第一号の改正規定（同号中「ヌまで」を「チまで」に改める部分並びに同号リ及びヌを削る部分を除く。）、第百四十二条の三第四項の改正規定、第百五十五条の二第一項第十号を同項第十一号とし、同項第九号の次に一号を加える改正規定、第百五十五条の五第七号の改正規定（「前各号」を「第二号から前号まで」に改める部分に限る。）、同号を同条第八号とする改正規定、同条第六号を同条第七号とする改正規定、同条第五号を同条第六号とする改正規定、同条第四号を同条第五号とする改正規定、同条第三号を同条第四号とする改正規定、同条第二号を同条第三号とする改正規定、同条第一号の改正規定（「第三号」を「第四号」に改める部分に限る。）、同号を同条第二号とし、同条に第一号として一号を加える改正規定、第百五十五条の十三第二項の改正規定（同項第十号を同項第十一号とし、同項第九号の次に一号を加える部分に限る。）、第百五十五条の二十七第四項の改正規定、第百五十五条の二十九第一号の改正規定（同号中「ヌまで」を「チまで」に改める部分並びに同号リ及びヌを削る部分を除く。）、第百七十六条に一項を加える改正規定、第百八十七条第七項第一号の改正規定、第百八十八条第一項第十九号を同項第二十号とする改正規定、同項第十八号の改正規定、同号を同項第十九号とする改正規定、同項第十七号の改正規定、同号を同項第十八号とする改正規定、同項第十六号の次に一号を加える改正規定、同条第四項を同条第十項とする改正規定、同条第三項の表第九十六条第二項第一号の項の次に次のように加える改正規定（同表第百三十一条の三第一項の項に係る部分を除く。）、同条第三項を同条第九項とする改正規定、同条第二項第一号の改正規定（同号イに係る部分及び同号ロに係る部分を除く。）、同項第二号の改正規定（同号イに係る部分及び同号ロに係る部分を除く。）、同項を同条第八項とする改正規定並びに同条第一項の次に六項を加える改正規定並びに附則第四条第三項及び第四項、第五条第三項、第十五条、第十七条第二項、第二十二条第一項、第二十五条第一項並びに第二十六条の規定 平成十九年五月一日 目次の改正規定（「／第三目の三 リース取引（第百三十六条の三）／第三目の四 株式譲渡請求権に係る自己株式の譲渡（第百三十六条の四）／第三目の五 信託の設定（第百三十六条の五）／」を「第三目の三 株式譲渡請求権に係る自己株式の譲渡（第百三十六条の三）」に改める部分に限る。）、第十四条の五第二号イの改正規定、第四十八条第一項第六号の改正規定（「第百三十六条の三第一項」を「法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十九年政令第八十三号）による改正前の法人税法施行令第百三十六条の三第一項」に改める部分に限る。）、第六十三条第一項の改正規定、第八十四条の次に一条を加える改正規定、第八十八条第一項の改正規定、第百一条第一項第一号の改正規定、第百二十四条の改正規定、第百二十五条（見出しを含む。）の改正規定、第百二十五条の二を削る改正規定、第百二十六条の改正規定、第百二十六条の二の改正規定、第百二十六条の三を削る改正規定、第百二十七条の改正規定、第百二十八条の改正規定、第二編第一章第一節第三款の次に二款を加える改正規定（第三款の二に係る部分に限る。）、第百三十三条の改正規定、第百三十三条の二第一項の改正規定、同節第四款第三目の三を削る改正規定、同款第三目の四中第百三十六条の四を第百三十六条の三とし、同目を同款第三目の三とする改正規定、第百三十九条の十の改正規定（「第四十二条の四第六項若しくは第七項」を「第四十二条の四第七項」に改める部分及び「、同法第四十二条の十二第一項（同条第二項に規定する中小企業者等が適用を受ける場合に限る。）（教育訓練費の額が増加した場合の法人税額の特別控除）若しくは同条第二項」を削る部分を除く。）、第百四十二条第一項の改正規定（「試験研究費」の下に「の額」を加える部分を除く。）、第百五十五条の六第一項第一号の改正規定、第百五十五条の二十五第一号の改正規定（「第六十八条の九第六項若しくは第七項」を「第六十八条の九第七項」に改める部分及び「、同法第六十八条の十五の二第一項（連結親法人が同条第二項に規定する中小連結親法人に該当する場合に限る。）（教育訓練費の額が増加した場合の法人税額の特別控除）若しくは同条第二項」を削る部分を除く。）、同条第二号の改正規定、第百五十五条の二十八第一項の改正規定、第百八十八条第一項第十四号の改正規定、同項第十九号の改正規定及び同項に一号を加える改正規定並びに附則第二十一条の規定 平成二十年四月一日 目次の改正規定（「第七目 減価償却資産の償却限度額等（第五十八条―第六十三条）」を「／第七目 減価償却資産の償却限度額等（第五十八条―第六十三条）／第七目の二 減価償却資産の償却費の計算の細目（第六十三条の二）／」に、「第一目 有価証券の一単位当たりの帳簿価額及び時価評価金額（第百十九条―第百十九条の十六）」を「／第一目 短期売買商品の一単位当たりの帳簿価額及び時価評価金額（第百十八条の四―第百十八条の八）／第一目の二 有価証券の一単位当たりの帳簿価額及び時価評価金額（第百十九条―第百十九条の十六）／」に改める部分及び「社債等の発行差益」を「金銭債務の償還差損益」に、「／第三目の三 リース取引（第百三十六条の三）／第三目の四 株式譲渡請求権に係る自己株式の譲渡（第百三十六条の四）／第三目の五 信託の設定（第百三十六条の五）／」を「第三目の三 株式譲渡請求権に係る自己株式の譲渡（第百三十六条の三）」に、「第百五十五条の二十五の三」を「第百五十五条の二十五の二」に改める部分を除く。）、第一条の改正規定、第九条第一項第一号の改正規定、第九条の二第一項第一号の改正規定、第一編第一章の二中第十四条の六を第十四条の九とする改正規定、第十四条の五を第十四条の八とする改正規定、第十四条の四を第十四条の七とする改正規定、第十四条の三第二項の改正規定（「第十四条の三第一項」を「第十四条の六第一項」に改める部分に限る。）、同条第三項の改正規定（同項第一号に係る部分を除く。）、同条第四項第二号の改正規定、同章中同条を第十四条の六とする改正規定、第十四条の二の改正規定（「第二条第二十九号の三イ（２）」を「第二条第二十九号ロ（２）」に改める部分に限る。）、同編第一章中同条を第十四条の三とし、同条の次に二条を加える改正規定、第十四条の次に一条を加える改正規定、同編第三章を削る改正規定、第十五条（見出しを含む。）の改正規定、同編中第二章を第三章とし、第一章の二の次に一章を加える改正規定、第十七条の改正規定、第二編の編名の改正規定、第十九条の二を削る改正規定、第十九条の三第一項の改正規定（同項第二号に係る部分を除く。）、同条を第十九条の二とする改正規定、第二十二条の改正規定（同条第一項第二号イ中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改める部分及び「受益証券」を「受益権」に改める部分並びに同号ロ中「受益証券」を「受益権」に改める部分を除く。）、第七十二条の二第九項第十号の改正規定、同項第十一号の改正規定（同号を同項第十二号とする部分を除く。）、第七十三条第二項の改正規定（同項第十二号を同項第十三号とし、同項第十一号の次に一号を加える部分を除く。）、第七十七条の二の改正規定（同条第一項第四号ロに係る部分を除く。）、第百十九条第一項第二十一号を同項第二十二号とし、同号の次に二号を加える改正規定（同項第二十一号を同項第二十二号とする部分を除く。）、第百十九条の三の改正規定（同条第十二項に係る部分を除く。）、第百十九条の四第一項の改正規定、第百十九条の八の二の次に一条を加える改正規定、第百十九条の十二第二号の改正規定、第百二十二条の十二第三項及び第百二十二条の十三第一項の改正規定、同編第一章第一節第三款の次に二款を加える改正規定（第三款の二に係る部分を除く。）、同節第四款第三目の五を削る改正規定、第百三十九条の八の改正規定、第百四十条の二第一項第一号の改正規定、同条第三項の改正規定（「受益証券」を「受益権」に改める部分を除く。）、同条第六項の改正規定（「投資信託若しくは特定目的信託」を「集団投資信託」に改める部分に限る。）、第百四十二条第二項の改正規定、第百四十二条の二第一号の改正規定（同号中「ヌまで」を「チまで」に改める部分並びに同号リ及びヌを削る部分に限る。）、第百五十五条の二第一項第九号の改正規定、同項第十号の改正規定（同号を同項第十一号とする部分を除く。）、第百五十五条の八の改正規定（同条第一項第二号イ中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改める部分及び「受益証券」を「受益権」に改める部分並びに同号ロ中「受益証券」を「受益権」に改める部分を除く。）、第百五十五条の十三第二項の改正規定（同項第十号を同項第十一号とし、同項第九号の次に一号を加える部分を除く。）、第百五十五条の二十三に一項を加える改正規定、第百五十五条の二十六第三項の改正規定（「受益証券」を「受益権」に改める部分を除く。）、第百五十五条の二十八第二項の改正規定、第百五十五条の二十九第一号の改正規定（同号中「ヌまで」を「チまで」に改める部分並びに同号リ及びヌを削る部分に限る。）、第百五十五条の四十三に一項を加える改正規定、同編第一章の三を削る改正規定、同編第二章中第百五十六条の十七を第百五十六条の二とする改正規定、第百五十七条第一項の改正規定、第百七十四条第一項第二号の改正規定、第百七十四条の二を削る改正規定、第三編の編名の改正規定、第百七十七条第二項第五号の改正規定、第百八十七条第一項第四号の改正規定、同条第二項の改正規定（「第十項」を「第九項」に改める部分に限る。）、同条第五項の改正規定、同条第六項の改正規定、同条第八項第一号の改正規定、同項第二号を削る改正規定、同項第三号の改正規定、同号を同項第二号とする改正規定、同項第四号の改正規定、同号を同項第三号とする改正規定、同項第五号の改正規定、同号を同項第四号とする改正規定、同条第九項を削る改正規定、同条第十項の改正規定（同項第一号に係る部分を除く。）、同項を同条第九項とする改正規定、同条第十一項第三号イの改正規定、同項を同条第十項とする改正規定、同条第十二項を削る改正規定、同条第十三項を同条第十一項とする改正規定、第百八十八条第三項の表第九十六条第二項第一号の項の次に次のように加える改正規定（同表第百三十一条の三第一項の項に係る部分に限る。）、同編第三章を削る改正規定、第百九十九条の改正規定、同編第四章中同条を第百九十二条とする改正規定、同章を同編第三章とする改正規定、第二百条の改正規定、同編第五章中同条を第百九十三条とする改正規定、同章を同編第四章とする改正規定並びに附則第十三条第一項の改正規定並びに附則第八条、第十九条、第二十二条第二項、第二十五条第二項、第二十七条、第二十九条及び第三十条の規定 信託法（平成十八年法律第百八号）の施行の日 第五条第一項第二号ニの改正規定、同項第三号ハの改正規定及び同項第五号ルの改正規定 企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律（平成十九年法律第四十号）の施行の日 第八条第一項第四号ハの改正規定、第十一条の改正規定、第十四条の三第三項第一号の改正規定、第十四条の二の改正規定（「第二条第二十九号の三イ（２）」を「第二条第二十九号ロ（２）」に改める部分及び第一編第一章中同条を第十四条の三とする部分を除く。）、第十九条の三の改正規定（同条第一項に係る部分（同項第二号に係る部分を除く。）及び同条を第十九条の二とする部分を除く。）、第二十二条第一項第二号イの改正規定（「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改める部分及び「受益証券」を「受益権」に改める部分に限る。）、同号ロの改正規定（「受益証券」を「受益権」に改める部分に限る。）、第二十三条第三項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同号の次に一号を加える改正規定、第七十七条の二第一項第四号ロの改正規定、第百十九条の十三の改正規定、第百四十条の二の改正規定（同条第三項中「受益証券」を「受益権」に改める部分及び同条第六項に係る部分（「投資信託若しくは特定目的信託」を「集団投資信託」に改める部分を除く。）に限る。）、第百四十二条の三第二項第一号の改正規定、第百五十五条の八第一項第二号イの改正規定（「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改める部分及び「受益証券」を「受益権」に改める部分に限る。）、同号ロの改正規定（「受益証券」を「受益権」に改める部分に限る。）、第百五十五条の二十六第三項の改正規定（「受益証券」を「受益権」に改める部分に限る。）、第百五十五条の二十七第二項第一号の改正規定、第百七十七条第一項第一号の改正規定、同条第二項第二号の改正規定、同項第三号ニの改正規定、第百八十七条第二項の改正規定（「第十項」を「第九項」に改める部分を除く。）、同条第十項第一号の改正規定、附則第十六条の改正規定及び附則第十七条第八項の改正規定並びに附則第六条及び第九条第二項の規定 証券取引法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第六十五号）の施行の日

別段の定めがあるものを除き、この政令（前条第三号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号。以下「改正法」という。）第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間の所得に対する法人税及び法人の施行日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第四条の二第十五項及び第十八項から第二十一項まで（適格組織再編成における株式の保有関係等）の規定は、法人が施行日以後に行う株式交換又は株式移転について適用し、法人が施行日前に行った株式交換又は株式移転については、なお従前の例による。

法人が施行日から平成十九年四月三十日までの間に株式移転を行う場合における新令第四条の二第十九項及び第二十一項第六号の規定の適用については、同条第十九項中「（同条第十二号の八に規定する合併親法人株式が交付されるものを除く。）、適格分割（同条第十二号の十一に規定する分割承継親法人株式が交付されるものを除く。）」とあるのは「、適格分割」と、同号中「及び法第二条第十二号の八に規定する合併親法人株式が交付されるものを除く。）、適格分割（同条第十二号の十一に規定する分割承継親法人株式が交付されるものを除く。）」とあるのは「を除く。）、適格分割」とする。

新令第八条第一項第十一号（同号に規定する適格株式交換に係る部分を除く。）、第十二号、第十六号、第十九号及び第二十号（資本金等の額）の規定は、法人が施行日以後に同項第十一号の株式交換、同項第十二号の株式移転、同項第十六号の分割型分割、同項第十九号の資本の払戻し等又は同項第二十号の自己株式の取得等を行う場合について適用する。

施行日前に改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第八条第一項第十一号（資本金等の額）の株式交換、同項第十二号の株式移転、同項第十六号の分割型分割、同項第十九号の資本の払戻し等又は同項第二十号の自己株式の取得等を行った法人の新令第八条第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第十四号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第十五号から第二十一号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における資本金等の額から同日における資本金の額又は出資金の額を減算した金額とする。

新令第八条第一項第五号から第七号まで、第十一号（同号に規定する適格株式交換に係る部分に限る。）及び第二十一号の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に同項第五号の合併、同項第六号の分割型分割、同項第七号の分社型分割、同項第十一号の株式交換又は同項第二十一号の自己の株式の取得を行う場合について適用する。

平成十九年五月一日前に旧令第八条第一項第五号の合併、同項第六号の分割型分割、同項第七号の分社型分割、同項第十一号の株式交換又は同項第二十一号の自己の株式の取得を行った法人の新令第八条第一項の規定の適用については、同日前の同項第一号から第十四号までに掲げる金額の合計額から同日前の同項第十五号から第二十一号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、同年四月三十日における資本金等の額から同日における資本金の額又は出資金の額を減算した金額とする。

新令第九条第一項第九号（利益積立金額）の規定は、法人が施行日以後に同号の適格分割型分割を行う場合について適用する。

施行日前に旧令第九条第一項第九号の適格分割型分割を行った法人の新令第九条第一項の規定の適用については、施行日前の同項第一号から第四号までに掲げる金額の合計額から施行日前の同項第五号から第九号までに掲げる金額の合計額を減算した金額は、施行日の前日における利益積立金額とする。

新令第九条第一項第二号の二及び第九条の二第一項第二号の二（連結利益積立金額）の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に行う合併について適用する。

新令第十一条第一号（有価証券に準ずるものの範囲）の規定は、法人が附則第一条第五号（施行期日）に定める日以後に取得する新令第十一条第一号に掲げる権利について適用し、法人が同日前に取得した旧令第十一条第一号及び第二号（有価証券に準ずるものの範囲）に掲げる権利については、なお従前の例による。

法人が施行日前に支出した旧令第十四条第一項第三号（繰延資産の範囲）に掲げる試験研究費については、なお従前の例による。

新令第十四条第一項第三号から第五号まで（繰延資産の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出するこれらの規定に掲げる費用について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第十四条第一項第四号から第六号までに掲げる費用については、なお従前の例による。

法人の発行した旧令第十四条第一項第七号に規定する社債等が施行日以後最初に開始する事業年度開始の時において償還されていない場合には、当該開始の時において当該社債等の券面金額から同号に掲げる社債発行差金の当該開始の時における帳簿価額を控除した金額により当該社債等の償還があったものとみなす。

前項の規定は、法人が施行日以後に開始する事業年度において適格組織再編成（適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立をいう。）により旧令第十四条第一項第七号に規定する社債等（前項の規定により償還があったものとみなされたものを除く。）の償還等に係る義務の引継ぎを受けた場合について準用する。 この場合において、前項中「当該開始の時において」とあるのは「次項に規定する適格組織再編成の時において」と、「開始の時における」とあるのは「適格組織再編成の時における」と読み替えるものとする。

この政令（附則第一条第三号（施行期日）に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令の規定は、同号に定める日（以下「信託法施行日」という。）以後に効力が生ずる信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日以後に遺言がされたものに限り、信託法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第百九号）第三条第一項、第六条第一項、第十一条第二項、第十五条第二項、第二十六条第一項、第三十条第二項又は第五十六条第二項（新法の適用等）の規定により同法第三条第一項に規定する新法信託とされた信託（以下この条において「新法信託」という。）を含む。）について適用し、信託法施行日前に効力が生じた信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日前に遺言がされたものを含み、新法信託を除く。）については、なお従前の例による。

新令第二十三条第一項第二号から第四号まで（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）の規定は、法人が施行日以後に行う同項第二号に規定する分割型分割、同項第三号に規定する払戻し等又は同項第四号に規定する自己株式の取得等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第二十三条第一項第二号（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）に規定する分割型分割、同項第三号に規定する払戻し等又は同項第四号に規定する自己株式の取得等については、なお従前の例による。

新令第二十三条第三項第三号の規定は、附則第一条第五号（施行期日）に定める日以後に生ずる同項第三号に掲げる事由による取得について適用する。

施行日の前日の属する事業年度においてその有する棚卸資産について旧令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に規定する低価法を選定している法人が、施行日から平成二十年三月三十一日までの間に開始する各事業年度（以下この条において「経過事業年度」という。）において、その選定に係る事業の種類及び資産の区分（新令第二十九条第一項（棚卸資産の評価の方法の選定）に規定する事業の種類及び資産の区分をいう。以下この条において同じ。）と同一の事業の種類及び資産の区分に属する当該経過事業年度終了の時において有する棚卸資産（当該終了の時におけるその取得のために通常要する価額（以下この条において「再調達原価」という。）が新令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に規定する原価法により評価した価額に満たないものに限るものとし、当該経過事業年度において当該事業の種類及び資産の区分に属する棚卸資産につき同項第一号に規定する原価法を選定した場合における当該棚卸資産を除く。）について、その確定した決算の基礎となった棚卸資産の受入れ及び払出しに関する帳簿に、その後の各事業年度における棚卸資産の評価額の計算の基礎とすべきものとして当該再調達原価を記載した場合には、当該再調達原価を新令第二十八条第一項第二号に規定する終了の時における価額及び同条第二項第一号に規定する価額として、同条の規定を適用する。

新令第二編第一章第一節第二款第五目から第七目の二まで（新令第六十一条第二項及び第三項（減価償却資産の償却累積額による償却限度額の特例）を除く。）（減価償却資産の償却の方法等）の規定は、法人が施行日以後に取得をする減価償却資産（新令第四十八条の二第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に掲げる減価償却資産にあっては、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同条第五項第五号に規定する所有権移転外リース取引の契約に係るもの）について適用する。

法人が施行日前に取得をし、かつ、施行日以後に事業の用に供した減価償却資産については、当該事業の用に供した日において当該減価償却資産の取得をしたものとみなして、新令第二編第一章第一節第二款第五目から第七目の二までの規定を適用する。

施行日以後最初に終了する事業年度において、減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった法人がよるべきこととされている新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所又は船舶を有する法人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定していないものが事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する新法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。

改正法附則第九十三条第十五項、第十八項又は第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第九十三条第十五項、第十八項若しくは第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条の二第二項、第四十六条の三若しくは第四十七条（第三項に係る部分に限る。）（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。

新令第四十八条第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に規定する改正前リース取引に係る賃貸人である法人が、当該改正前リース取引の目的とされている資産について、施行日以後に終了する各事業年度においてリース投資資産としてその帳簿に記載された金額を減額した場合には、その減額した金額は、償却費として損金経理をした金額に含まれるものとする。

旧令第六十九条第二項（定期同額給与の範囲等）の規定による届出は、新令第六十九条第二項（定期同額給与の範囲等）の規定による届出とみなして、同条第三項の規定を適用する。

施行日前に旧令第七十九条第二号（国庫補助金等の範囲）に掲げる助成金の交付を受けることができることとなった法人が、施行日以後に雇用保険法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十号）附則第六条第一項（雇用福祉事業の廃止に伴う経過措置）に規定する暫定雇用福祉事業（同項第二号に掲げる事業に限る。）に係る助成金の交付を受けたときは、旧令第七十九条（第二号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同条第二号中「建設労働者の雇用の改善等に関する法律（昭和五十一年法律第三十三号）第九条第一項第一号又は第三号（建設労働者の福祉等に関する事業）」とあるのは、「雇用保険法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十号）附則第六条第一項（雇用福祉事業の廃止に伴う経過措置）」とする。

法人が施行日前に交付を受けた旧令第七十九条第六号に掲げる補助金については、なお従前の例による。

新令第八十四条第四号（保険金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支払を受ける同条に規定する共済金について適用する。

新令第百十二条第十五項及び第十六項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）の規定は、平成十九年五月一日以後に行われる同条第十五項に規定する適格合併等に係る同項に規定する被合併法人等の同項に規定する未処理欠損金額及び同日以後に行われる同条第十六項に規定する適格合併、適格分割若しくは適格現物出資に係る同項に規定する被合併法人若しくは分割法人の同項に規定する未処理欠損金額又は同項に規定する合併法人等の同項に規定する欠損金額について適用し、同日前に行われた旧令第百十二条第十四項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）に規定する適格合併等に係る同項に規定する被合併法人等の同項に規定する未処理欠損金額及び同日前に行われた同条第十五項に規定する適格合併、適格分割若しくは適格現物出資に係る同項に規定する被合併法人若しくは分割法人の同項に規定する未処理欠損金額又は同項に規定する合併法人等の同項に規定する欠損金額については、なお従前の例による。

新令第百十八条の四（短期売買商品の範囲）及び第百十八条の五（短期売買商品の取得価額）の規定は、施行日以後に開始する事業年度において取得する資産（有価証券を除く。以下この条において同じ。）について適用する。

新令第百十八条の四第一号に規定する短期売買目的（以下この項及び次項第一号において「短期売買目的」という。）で行う取引に専ら従事する者が施行日から平成二十年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において短期売買目的で取得の取引を行った資産（次項第二号において「専担者取得資産」という。）については、前項の規定にかかわらず、同条第一号に規定する専担者売買商品に該当しないものとすることができる。

次の各号に掲げる資産は、当該各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める事業年度以後の各事業年度においては、新令第百十八条の四第一号に掲げる資産に該当する新法第六十一条第一項（短期売買商品の譲渡損益及び時価評価損益の益金又は損金算入）に規定する短期売買商品（次項において「短期売買商品」という。）とみなして、同条の規定を適用する。 施行日以後最初に開始する事業年度（以下この号において「最初事業年度」という。）開始の時において有する資産のうち短期売買目的で保有している旨を当該最初事業年度開始の日においてその保有に関する帳簿書類に記載したもの 当該最初事業年度以後の各事業年度 専担者取得資産のうち前項の規定の適用を受ける最終の事業年度の翌事業年度（以下この号において「経過措置直後事業年度」という。）開始の時において有するもの 当該経過措置直後事業年度以後の各事業年度

前項の規定により短期売買商品とみなされる資産（以下この項において「みなし短期売買商品」という。）は、前項第一号に規定する最初事業年度又は同項第二号に規定する経過措置直後事業年度開始の日において、当該開始の日の前日の属する事業年度終了の時における帳簿価額（当該前日の属する事業年度において旧令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に掲げる低価法（当該前日の属する事業年度が施行日以後に開始する事業年度である場合にあっては、新令第二十八条第一項第二号（棚卸資産の評価の方法）に掲げる低価法）により当該前日の属する事業年度終了の時における評価をした棚卸資産であったみなし短期売買商品にあっては、当該前日の属する事業年度終了の時における評価額）により取得したものとみなして、新法第六十一条第一項及び新令第百十八条の六第四項（短期売買商品の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法及びその選定の手続）の規定を適用する。

新令第百十九条第一項第四号（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に取得する同号に掲げる有価証券について適用し、法人が施行日前に取得した旧令第百十九条第一項第四号（有価証券の取得価額）に掲げる有価証券については、なお従前の例による。

新令第百十九条第一項第五号から第八号までの規定は、法人が平成十九年五月一日以後に取得するこれらの号に掲げる有価証券について適用し、法人が同日前に取得した旧令第百十九条第一項第五号から第八号までに掲げる有価証券については、なお従前の例による。

新令第百十九条第一項第二十号の規定は、法人が施行日以後に開始する事業年度において取得する同号に掲げる有価証券について適用する。

新令第百十九条の九第二項（資本の払戻し等の場合の株式の譲渡原価の額等）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する払戻し等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第百十九条の九第二項（資本の払戻し等の場合の株式の譲渡原価の額等）に規定する払戻し等については、なお従前の例による。

新令第百二十三条の十第十項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等）の規定は、法人が施行日以後に行う自己を被合併法人とする合併について適用し、法人が施行日前に行った自己を被合併法人とする合併については、なお従前の例による。

信託法施行日から平成二十年三月三十一日までの間における旧令第百二十五条の二（連結納税の開始等に伴う長期割賦販売等に係る収益及び費用の処理に関する規定の不適用）の規定の適用については、同条第二号中「第十四条の五第二号ロ」とあるのは、「第十四条の八第二号ロ」とする。

新令第百三十六条の二（金銭債務に係る債務者の償還差益又は償還差損の益金又は損金算入）の規定は、施行日以後に開始する事業年度において金銭債務に係る債務者となった法人のその金銭債務について適用する。

法人の発行した旧令第百三十六条の二第一項（社債等を発行した場合の発行差益の益金算入等）に規定する社債等が施行日以後最初に開始する事業年度開始の時において償還されていない場合には、当該開始の時において当該社債等の券面金額から当該社債等に係る旧令第十四条第一項第七号（繰延資産の範囲）に掲げる社債発行差金の当該開始の時における帳簿価額を控除した金額又は当該社債等の券面金額に旧令第百三十六条の二第一項に規定する超える部分の金額（当該最初に開始する事業年度の前事業年度までの各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入された金額を除く。）を加算した金額により当該社債等の償還があり、直ちに当該法人が当該控除した金額又は加算した金額を収入額とする金銭債務に係る債務者となったものとみなして、新令第百三十六条の二の規定を適用する。

前項の規定は、法人が施行日以後に開始する事業年度において旧令第百三十六条の二第二項に規定する適格組織再編成により同条第一項に規定する社債等（前項の規定により償還があったものとみなされたものを除く。）の償還等に係る義務の引継ぎを受けた場合について準用する。 この場合において、前項中「当該開始の時」とあるのは「次項に規定する適格組織再編成の時」と、「当該最初に開始する事業年度の前事業年度までの」とあるのは「当該適格組織再編成に係る同条第三項に規定する被合併法人等の」と読み替えるものとする。

平成二十年四月一日前に締結された契約に係る旧令第百三十六条の三第三項（リース取引に係る所得の計算）に規定するリース取引については、なお従前の例による。

新令第百四十二条の二第一号ニ、ト及びチ（控除限度額の計算の特例）の規定は、内国法人の平成十九年五月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、同日から信託法施行日の前日までの間における同号ニの規定の適用については、同号ニ中「租税特別措置法」とあるのは、「租税特別措置法第六十六条の九の三第一項（内国法人における特定外国信託の課税対象留保金額に係る外国税額の控除）（同条第二項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定により当該内国法人が納付する控除対象外国法人税の額とみなされる金額及び同法」とする。

旧令第百四十二条の二第一号リ及びヌに掲げる金額がある場合の内国法人の信託法施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

附則第十一条第三項（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）の規定は、連結法人が新法第八十一条の三第一項（個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入）の規定を適用する場合について準用する。 この場合において、附則第十一条第三項の規定中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

改正法附則第百十七条第十五項、第十八項又は第二十一項（連結法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の六（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の準用）の規定の適用については、同条第二項の表第六十条の二第一項の項の規定中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

新令第百五十五条の二十一の二第九項（同項第一号イ及びロに係る部分に限る。）（特定株主等によって支配された欠損等連結法人の連結欠損金の繰越しの不適用）の規定は、同号イに規定する欠損等連結法人である連結親法人が施行日以後に同号イに規定する適格合併等を行う場合における同号イに規定する未処理災害損失欠損金額及び同号ロに規定する連結親法人又は連結子法人の同号ロに規定する最初連結親法人事業年度開始の日が施行日以後の日である場合における同号ロに規定する災害損失欠損金額について適用する。

新令第百五十五条の二十九第一号ニ、ト及びチ（連結控除限度額の計算の特例）の規定は、連結法人の平成十九年五月一日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、同日から信託法施行日の前日までの間における同号ニの規定の適用については、同号ニ中「租税特別措置法」とあるのは、「租税特別措置法第六十八条の九十三の三第一項（連結法人における特定外国信託の個別課税対象留保金額に係る外国税額の控除）（同条第二項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定により各連結法人が納付する個別控除対象外国法人税の額とみなされる金額の合計額及び同法」とする。

旧令第百五十五条の二十九第一号リ及びヌに掲げる金額がある場合の連結法人の信託法施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百七十六条第七項（国内において行う事業から生ずる所得）及び第百八十八条第二項（外国法人の国内源泉所得に係る所得の金額の計算）の規定は、平成十九年五月一日以後にこれらの規定に規定する国内事業管理親法人株式につき同項各号に掲げる行為が行われる場合について適用する。

新令第百八十八条第一項第十七号の規定は、平成十九年五月一日以後に合併、分割型分割又は株式交換が行われる場合について適用する。

新令第百八十八条第五項及び第六項の規定は、平成十九年五月一日以後に交付を受けるこれらの規定に規定する国内事業管理親法人株式について適用する。

新令第百八十八条第九項（同項の表第百十九条第一項第五号の項、第百十九条第一項第六号の項及び第百十九条第一項第八号の項に係る部分に限る。）の規定は、外国法人が平成十九年五月一日以後に行われる合併、分割型分割又は株式交換により交付を受ける株式（出資を含む。）について適用する。