法人税法施行令 附　則 （平成二三年一二月二日政令第三七九号）

この政令は、公布の日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第十四条の十第六項の表の改正規定、第十四条の十一第二項第二号及び第三項第十二号の改正規定、第四十八条第一項の改正規定、第四十八条の二第一項の改正規定、第五十五条第四項の改正規定、第七十三条第一項の改正規定、同条第二項の改正規定（同項第十号の三に係る部分を除く。）、第七十七条の二第一項の改正規定、第九十六条の改正規定、第九十七条の改正規定、第九十八条の改正規定、第百十二条の改正規定、第百十三条第一項の改正規定、同条第四項の改正規定、同条第五項の改正規定、第百十六条の二の改正規定、第百十六条の三の改正規定、第百十七条の二の改正規定、第百二十三条の八第七項第一号の改正規定、第百三十九条の十の改正規定、第百四十二条の改正規定、第百四十二条の二を削る改正規定、第百四十二条の三の改正規定、同条を第百四十二条の二とする改正規定、第百四十四条の改正規定、第百四十六条第六項第一号イの改正規定、第百五十五条の二の改正規定、第百五十五条の十三第一項の改正規定、第百五十五条の十三の二第一項の改正規定、第百五十五条の十九第二項の改正規定、同条第三項の改正規定、同条第八項の改正規定、第百五十五条の二十第一項第二号の改正規定、同条第五項の改正規定、同条第八項の改正規定、同条第九項第一号イの改正規定、第百五十五条の二十一第二項第二号の改正規定、第百五十五条の二十五の改正規定、第百五十五条の二十七の改正規定、第百五十五条の二十八の改正規定、第百五十五条の二十九の改正規定、第百五十五条の三十第一号の改正規定、第百五十五条の三十二の改正規定、第百五十五条の三十四第六項第二号イの改正規定並びに第百八十八条の改正規定並びに次条並びに附則第三条、第五条、第六条第三項、第七条第二項、第八条から第十三条まで、第十四条第四項及び第十五条から第二十条までの規定 平成二十四年四月一日 第百五十二条を削り、第百五十一条の二を第百五十二条とする改正規定、第百五十四条第二項第一号の改正規定、第百五十五条の四十八第一項の改正規定（「第百五十一条の二第一号」を「第百五十二条第一号」に改める部分に限る。）、第百五十五条の四十七の改正規定（同条を第百五十五条の四十八とする部分を除く。）及び第百七十四条第四項の改正規定（「第百五十一条の二」を「第百五十二条」に改める部分に限る。） 平成二十五年一月一日 第七十三条第二項第十号の三の改正規定 特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成二十四年法律第五十五号）の施行の日（平成二十四年十一月一日）

別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号。以下「改正法」という。）第二条の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十四年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第四十八条の二第一項（減価償却資産の償却の方法）の規定は、法人の平成二十四年四月一日以後に終了する事業年度の新令第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算については、なお従前の例による。

法人が、平成二十四年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度（以下この条において「改正事業年度」という。）においてその有する減価償却資産（新令第四十八条の二第一項第二号又は第三号に掲げる減価償却資産に限る。以下この項及び次項において同じ。）につきそのよるべき償却の方法として新令第四十八条の二第一項第二号ロに規定する定率法（以下この項及び次項において「定率法」という。）を選定している場合（その償却の方法を届け出なかったことに基因して新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）の規定によりその有する減価償却資産につき定率法により新令第四十八条第一項に規定する償却限度額の計算をすべきこととされている場合を含む。）において、当該改正事業年度（次項の規定の適用を受ける事業年度を除く。）の同日以後の期間内に減価償却資産の取得をするときは、当該減価償却資産を同年三月三十一日以前に取得をされた資産とみなして、次項並びに法人税法施行令第四十八条の二第一項（第一号から第三号までに係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法）、第四十八条の三第一項（適格分社型分割等があった場合の減価償却資産の償却の方法）及び第五十五条第五項（資本的支出の取得価額の特例）の規定を適用することができる。

法人が、平成二十四年四月一日の属する事業年度においてその有する減価償却資産につきそのよるべき償却の方法として定率法を選定している場合（その償却の方法を届け出なかったことに基因して新令第五十三条の規定によりその有する減価償却資産につき定率法により新令第四十八条第一項に規定する償却限度額の計算をすべきこととされている場合を含む。）において、当該事業年度の新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（同日の属する新法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、次に掲げる事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、その届出書に記載された第二号に規定する事業年度以後の各事業年度における法人税法施行令第四十八条の二第一項（第一号から第三号までに係る部分に限る。）、第四十八条の三第一項及び第五十五条第五項の規定の適用については、その減価償却資産（新令第四十八条の二第一項第二号ロ（２）に掲げる資産及びその届出書に記載された第二号に規定する事業年度において同条第五項第二号イに規定する調整前償却額が同項第一号に規定する償却保証額に満たない資産を除く。）は、同日以後に取得をされた資産とみなす。 この項の規定の適用を受ける旨 この項の規定の適用を受けようとする最初の事業年度（改正事業年度又は平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度に限る。）開始の日及び終了の日 その他財務省令で定める事項

新令第五十五条第四項（資本的支出の取得価額の特例）の規定は、法人が平成二十四年四月一日以後に減価償却資産について支出する金額（改正事業年度の同日以後の期間内に減価償却資産について支出する金額につき同条第一項の規定により新たに取得したものとされる減価償却資産について第二項の規定の適用を受ける場合のその支出する金額（以下この条において「経過旧資本的支出額」という。）を除き、改正事業年度の同日前の期間内に減価償却資産について支出した金額につき旧令第五十五条第一項（資本的支出の取得価額の特例）の規定により新たに取得したものとされる減価償却資産について前項の規定の適用を受ける場合のその支出した金額（以下この条において「経過新資本的支出額」という。）を含む。）について適用し、法人が同日前に減価償却資産について支出した金額（経過旧資本的支出額を含み、経過新資本的支出額を除く。）については、次項に規定する場合を除き、なお従前の例による。

法人が平成二十四年三月三十一日の属する事業年度の同日以前の期間内に減価償却資産について支出した金額（当該事業年度が改正事業年度である場合には、経過旧資本的支出額を含み、経過新資本的支出額を除く。）について旧令第五十五条第四項又は第五項の規定により当該事業年度の翌事業年度開始の時において新たに取得したものとされる減価償却資産（当該法人が当該資産につき当該翌事業年度において第三項の規定の適用を受ける場合における当該資産を除く。以下この項において同じ。）に係る法人税法施行令第四十八条の二第一項（第一号から第三号までに係る部分に限る。）、第四十八条の三第一項及び第五十五条第五項の規定の適用については、当該減価償却資産は、同日以前に取得をされた資産に該当するものとする。

法人の改正事業年度の翌事業年度における新令第五十五条第五項の規定の適用については、平成二十四年四月一日前に減価償却資産について支出した金額（経過旧資本的支出額を含み、経過新資本的支出額を除く。）に係る旧令第五十五条第四項に規定する追加償却資産（以下この項において「旧追加償却資産」という。）と同日以後に減価償却資産について支出する金額（経過旧資本的支出額を除き、経過新資本的支出額を含む。）に係る新令第五十五条第四項に規定する追加償却資産で旧追加償却資産と種類及び耐用年数を同じくするものとは、異なる種類及び耐用年数の資産とみなす。

第三項の規定の適用を受けた減価償却資産の取得価額及び耐用年数の調整その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。

新令第七十三条の二第二項（公益社団法人又は公益財団法人の寄附金の損金算入限度額の特例）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十二条（貸倒引当金）の規定に基づく旧令第九十六条から第九十八条まで（貸倒引当金）の規定は、なおその効力を有する。

新法第五十二条第一項第三号（貸倒引当金）に掲げる法人が平成二十四年四月一日以後最初に同条第二項又は第六項の規定の適用を受ける事業年度（改正法附則第十三条第一項に規定する経過措置事業年度及び平成二十七年四月一日以後最初に開始する事業年度に限り、設立の日の属する事業年度を除く。）の確定申告書（当該事業年度の中間申告書で新法第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したものを提出する場合には、その中間申告書）にこの項の規定の適用を受ける旨の記載をした場合には、当該法人の当該事業年度から当該事業年度開始の日以後四年を経過する日の属する事業年度までの各事業年度については、当該法人は当該開始の日に設立されたものとみなして新令第九十六条第六項（貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定を適用する。

改正法附則第十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十二条第二項又は第六項の規定の適用を受ける法人の第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第九十六条第二項（貸倒引当金勘定への繰入限度額）に規定する貸倒実績率の計算については、同項第二号に掲げる金額は、同号の規定にかかわらず、新令第九十六条第六項第二号イ中「第五十二条第九項各号」とあるのを「第五十二条第九項第二号」と読み替えて同条第六項から第八項までの規定を適用した場合における同号に掲げる金額とする。

法人が平成二十四年三月三十一日の属する事業年度（以下この項及び次項において「最後事業年度」という。）終了の時において旧令第九十六条第一項第四号に規定する事由が生じていた金銭債権につき当該最後事業年度において旧法第五十二条第一項の規定の適用を受けた場合（当該最後事業年度が当該法人を被合併法人とする適格合併の日の前日又は当該法人を現物分配法人とする適格現物分配に係る残余財産の確定の日の属する事業年度である場合を除く。）には、当該金銭債権の当該最後事業年度の翌事業年度開始の時における帳簿価額は、当該金銭債権の当該最後事業年度終了の時における帳簿価額から、当該最後事業年度において当該金銭債権につき貸倒引当金勘定に繰り入れた金額のうち同項の規定により当該最後事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額に相当する金額を控除した金額（第六項において「切下帳簿価額」という。）とすることができる。

法人が、最後事業年度において、その終了の時に旧令第九十六条第一項第四号に規定する事由が生じていた金銭債権につき旧法第五十二条第一項の規定の適用を受けた場合（当該最後事業年度が当該法人を被合併法人とする適格合併の日の前日又は当該法人を現物分配法人とする適格現物分配に係る残余財産の確定の日の属する事業年度である場合に限る。）又は当該最後事業年度において行った同条第五項に規定する適格分割等（以下この項において「適格分割等」という。）の直前の時に同号に規定する事由が生じていた金銭債権につき同条第五項の規定の適用を受けた場合において、これらの金銭債権の移転を受けた法人のその移転を受けた日の属する事業年度が平成二十四年四月一日以後に開始する事業年度であるときは、その移転を受けた法人のその移転を受けた時におけるこれらの金銭債権の帳簿価額は、これらの金銭債権の当該最後事業年度終了の時又は当該適格分割等の直前の時における帳簿価額から、当該最後事業年度においてこれらの金銭債権につき貸倒引当金勘定又は同項に規定する期中個別貸倒引当金勘定に繰り入れた金額のうち同条第一項又は第五項の規定により当該最後事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額に相当する金額を控除した金額（次項において「移転切下帳簿価額」という。）とすることができる。

第四項の法人の有する金銭債権で同項の規定により同項に規定する翌事業年度開始の時における帳簿価額を切下帳簿価額とされたもの又は前項に規定する移転を受けた法人の有する金銭債権で同項の規定により同項に規定する移転を受けた時における帳簿価額を移転切下帳簿価額とされたもの（次項において「経過措置金銭債権」という。）については、当該翌事業年度又は前項に規定する移転を受けた日の属する事業年度においては、改正法附則第十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十二条第十項及び第十一項の規定は、適用しない。

経過措置金銭債権については、第四項の法人の同項に規定する翌事業年度以後の各事業年度又は第五項に規定する移転を受けた法人の同項に規定する移転を受けた日の属する事業年度以後の各事業年度（適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格現物分配により当該経過措置金銭債権の移転を受けた法人のその移転を受けた日の属する事業年度以後の各事業年度を含む。）においては、新法第五十二条第一項、第二項、第五項及び第六項並びに改正法附則第十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十二条第一項、第二項、第五項及び第六項の規定は、適用しない。

旧令第九十七条第一項（貸倒実績率の特別な計算方法）の承認を受けた法人（新令第九十六条第五項各号に掲げる法人に該当するものに限る。）が、新法第五十二条第二項又は第六項の規定の適用を受ける場合において、同条第二項の事業年度（その承認の基因となった旧令第九十七条第一項に規定する適格分割等に係る同項に規定する調整事業年度に該当する事業年度に限る。）終了の時において新法第五十二条第一項第一号イからハまで若しくは第二号イからハまでに掲げる法人（以下この項及び第十項において「貸倒引当金対象法人」という。）に該当しないとき、又は同条第六項の適格分割等（当該調整事業年度に該当する事業年度の期間内に行うものに限る。）の直前の時において貸倒引当金対象法人に該当しないとき（既にこの項の規定によりその承認を取り消されたものとみなされた場合を除く。）は、当該終了の時又は直前の時においてその承認を取り消されたものとみなす。

新令第九十七条第七項（貸倒実績率の特別な計算方法）の規定は、前項の規定により承認を取り消されたものとみなされた場合について準用する。

旧令第九十七条第一項の承認を受けた法人（新令第九十六条第五項各号に掲げる法人に該当するものに限る。）は、新法第五十二条第二項又は第六項の規定の適用を受けようとする最初の事業年度（その承認の基因となった旧令第九十七条第一項に規定する適格分割等に係る同項に規定する調整事業年度に該当する事業年度に限る。）開始の時において貸倒引当金対象法人に該当しない場合（当該最初の事業年度において貸倒引当金対象法人に該当しないこととなった場合を含む。）には、当該調整事業年度における新令第九十七条第一項に規定する貸倒実績率の計算の方法については、同項の規定による承認を受けることができる。 この場合において、同条第二項中「同項の適格分割等の日」とあるのは、「法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第三百七十九号）附則第五条第十項（貸倒引当金勘定への繰入限度額等に関する経過措置）に規定する最初の事業年度開始の日（同項に規定する貸倒引当金対象法人に該当しないこととなつた場合にあつては、その該当しないこととなつた日）」とする。

新令第百十三条第二項及び第三項（引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例）（同条第四項において準用する場合を含む。）並びに同条第六項及び第七項の規定は、施行日以後に確定申告書等（新法第七十一条第一項（中間申告）の規定による申告書で新法第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したもの及び新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書をいう。以下同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

新令第百十三条の二第十四項（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用）の規定は、施行日以後に確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

新令第百二十三条の八第三項第五号（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）（同条第十三項、第十六項又は第十七項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）又は第十九条第一項（連結事業年度における貸倒引当金に関する経過措置）の場合において、新令第百二十三条の八第七項の規定の適用については、同項第一号中「法第五十二条第一項」とあるのは「経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号。以下この号において「改正法」という。）附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下この号において「旧効力法」という。）第五十二条第一項」と、「法第八十一条の三第一項」とあるのは「改正法附則第十九条第一項（連結事業年度における貸倒引当金に関する経過措置）の規定により読み替えられた法第八十一条の三第一項」と、「法第五十二条第八項」とあるのは「旧効力法第五十二条第八項」とする。

新令第百二十三条の九第二項及び第三項（特定資産に係る譲渡等損失額の計算の特例）（同条第四項から第六項までにおいて準用する場合を含む。）並びに同条第八項及び第九項の規定は、施行日以後に確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

新令第百三十九条の十（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の平成二十四年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、改正法附則第五十五条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四十二条の五（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける法人に係る新令第百三十九条の十の規定の適用については、同条中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第百四十二条第一項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の平成二十四年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、改正法附則第五十五条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の五（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける内国法人に係る同項の規定の適用については、同項中「）の規定」とあるのは、「）並びに経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第五十五条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第五項（連結納税の承認を取り消された場合のエネルギー需給構造改革推進設備等に係る法人税額）の規定」とする。

内国法人の平成二十四年四月一日から平成二十六年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における新令第百四十二条第三項の規定の適用については、同項中「所得の金額を」とあるのは、「所得の金額の六分の五に相当する金額を」とする。

新令第百四十二条の二第一項（外国税額控除の対象とならない外国法人税の額）の規定は、内国法人の平成二十四年四月一日以後に開始する事業年度において納付することとなる同項に規定する外国法人税の額について適用し、内国法人の同日前に開始した事業年度において納付することとなった旧令第百四十二条の三第一項（外国税額控除の対象とならない外国法人税の額）に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の六第一項第二号及び第四号、第二項並びに第三項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定は、附則第三条第三項（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）の規定により行うべき納税地の所轄税務署長に対する届出及び同項に規定する提出期限について準用する。

改正法附則第十九条第一項（連結事業年度における貸倒引当金に関する経過措置）の規定により読み替えて適用される新法第八十一条の三第一項（個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入）の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における新令第百五十五条の六（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定の適用については、同条第一項第一号中「次に掲げる規定」とあるのは「次に掲げる規定及び経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法（次号において「旧効力法」という。）第五十二条第三項（貸倒引当金）の規定」と、同項第二号中「次に掲げる規定」とあるのは「次に掲げる規定並びに旧効力法第五十二条第七項及び法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第三百七十九号）附則第五条第一項（貸倒引当金勘定への繰入限度額等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行令（次号において「旧効力令」という。）第九十七条第二項（貸倒実績率の特別な計算方法）の規定」と、同項第三号中「次に掲げる規定」とあるのは「次に掲げる規定並びに旧効力令第九十七条第一項、第三項及び第四項の規定」とする。

新令第百五十五条の十三第一項（一般寄附金の連結損金算入限度額）及び第百五十五条の十三の二第一項（特定公益増進法人に対する寄附金の連結特別損金算入限度額）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（新法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）が平成二十四年四月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の十九第十項（みなし連結欠損金額の帰属連結事業年度等）において準用する新令第百十三条第二項及び第三項（引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例）の規定は、施行日以後に連結確定申告書等（新法第八十一条の十九第一項（連結中間申告）の規定による申告書で新法第八十一条の二十第一項各号（仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項）に掲げる事項を記載したもの及び新法第八十一条の二十二第一項（連結確定申告）の規定による申告書をいう。以下この条において同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の二十第七項（連結欠損金額のうちないものとされる連結欠損金個別帰属額に相当する金額）において準用する新令第百十三条第四項において準用する同条第二項及び第三項並びに新令第百五十五条の二十第七項において準用する新令第百十三条第六項及び第七項の規定は、施行日以後に連結確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の二十二第七項（特定株主等によって支配された欠損等連結法人の連結欠損金の繰越しの不適用）において準用する新令第百十三条の二第十四項（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用）の規定は、施行日以後に連結確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、連結法人の平成二十四年四月一日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、改正法附則第七十二条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける連結法人に係る新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第百五十五条の二十七第一項（外国税額控除の対象とならない外国法人税の額）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が平成二十四年四月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の二十八第一項（連結控除限度額の計算）の規定は、連結法人の平成二十四年四月一日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、改正法附則第七十二条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける連結法人に係る同項の規定の適用については、同項中「）の規定」とあるのは、「）並びに経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第七十二条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の十第五項（連結納税の承認を取り消された場合のエネルギー需給構造改革推進設備等に係る法人税額）の規定」とする。

新令第百五十五条の二十八第三項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が平成二十四年四月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、連結法人の連結親法人事業年度が同日から平成二十六年三月三十一日までの間に開始する連結事業年度における同項の規定の適用については、同項中「所得の金額を」とあるのは、「所得の金額の六分の五に相当する金額を」とする。

旧令第百五十五条の二十九（連結控除限度額の計算の特例）に規定する連結法人の連結親法人事業年度が平成二十四年四月一日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。