この政令は、公布の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の昭和四十八年四月一日以後に開始する事業年度の所得及び同日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下同じ。）について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得及び同日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第二十二条第三項（株式等に係る負債の利子の額）の規定（合併をした内国法人に係る部分に限る。）は、昭和四十六年四月一日以後に合併した法人の昭和四十八年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
新令第三十八条第一項（有価証券の取得価額）の規定は、法人が昭和四十八年四月一日以後に取得する同項に規定する有価証券について適用し、法人が同日前に取得した当該有価証券については、なお従前の例による。
昭和四十八年四月一日から同年六月三十日までの間に開始する事業年度開始の日の前日において二以上の船舶を有する法人で、当該事業年度において、その有する船舶ごとに異なる償却の方法を選定しようとするものについては、新令第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）中「その新たな償却の方法を採用しようとする事業年度開始の日の前日」とあるのは「昭和四十八年六月三十日」と、同条第三項中「内国法人が現によつている償却の方法を採用してから相当期間を経過していないとき、又は」とあるのは「内国法人が」として、同条の規定を適用する。
新令第七十七条第二号（試験研究法人等の範囲）の規定は、法人が昭和四十八年四月一日以後に支出する寄付金について適用し、法人が同日前に支出した寄付金については、なお従前の例による。
新令第九十六条第二項（貸倒引当金に係る貸金から除外される債権）の規定は、昭和四十六年四月一日以後に合併した法人の昭和四十八年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
新令第九十七条（貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定は、法人のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の昭和四十八年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百五十九条第八号及び第九号（適格退職年金契約の要件）の規定は、法人が施行日以後に提出する第百六十条第一項（適格退職年金契約の承認）（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項に規定する届出書に係る同条第一項に規定する信託又は生命保険の契約につき同項（同条第五項において準用する場合を含む。）の承認を受けようとする場合について適用し、同日前に提出したこれらの規定に規定する申請書又は届出書に係る当該契約につき当該承認を受けようとする場合については、なお従前の例による。