法人税法施行令 附　則 （平成二五年三月三〇日政令第一一二号）

この政令は、平成二十五年四月一日から施行する。

この政令による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第九条第三項（利益積立金額）の規定は、平成二十二年十月一日以後の同条第二項第四号に掲げる事由について適用する。 ただし、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）又は連結親法人の選択により、当該法人のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に開始した事業年度の所得に対する法人税又は当該連結親法人若しくは当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度（以下「連結親法人事業年度」という。）が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、この政令による改正前の法人税法施行令第九条第三項（利益積立金額）の規定を適用することができる。

新令第二十四条の二第四項第五号（再生計画認可の決定に準ずる事実等）の規定は、施行日以後に法人税法第二十五条第三項（資産の評価益の益金不算入等）に規定する事実が生ずる場合について適用し、施行日前に同項に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。

新令第七十三条第二項（一般寄附金の損金算入限度額）の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百十二条第五項から第八項まで（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）の規定は、法人税法第五十七条第三項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）に規定する内国法人と施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった同項の被合併法人との間で行われる同項の適格合併又は施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった同項の他の内国法人の残余財産の確定について適用し、同項に規定する内国法人と施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった同項の被合併法人との間で行われた同項の適格合併又は施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった同項の他の内国法人の残余財産の確定については、なお従前の例による。

新令第百十二条第十一項の規定は、法人税法第五十七条第四項の内国法人と施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人（同項に規定する支配関係法人をいう。以下この項において同じ。）との間で行われる同条第四項に規定する適格組織再編成等について適用し、当該内国法人と施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人との間で行われた同項に規定する適格組織再編成等については、なお従前の例による。

新令第百二十三条の八第十二項及び第十五項（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）の規定は、法人税法第六十二条の七第一項（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入）の内国法人と施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人（同項に規定する支配関係法人をいう。以下この条において同じ。）との間で行われる同項に規定する特定適格組織再編成等について適用し、当該内国法人と施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人との間で行われた同項に規定する特定適格組織再編成等については、なお従前の例による。

新令第百三十九条の八（留保金額から控除する金額等）の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百三十九条の十（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号。以下「改正法」という。）附則第六十三条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四十二条の四の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号。以下「平成二十六年改正法」という。）第十条の規定による改正後の租税特別措置法第四十二条の四（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百三十八号）による改正後の法人税法施行令（以下「平成二十六年新令」という。）第百三十九条の十（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定の適用については、同条中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第六十三条（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この条において同じ。）、租税特別措置法」とする。

租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号。以下「平成二十四年改正法」という。）附則第二十二条第一項（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十四年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（次項において「平成二十四年旧効力措置法」という。）第四十二条の十（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける法人に係る平成二十六年新令第百三十九条の十の規定の適用については、同条中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

平成二十四年旧効力措置法第四十二条の十の規定の適用がある場合であって、平成二十六年改正法第十三条の規定による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号。以下「平成二十六年新震災特例法」という。）第十七条の二から第十七条の三の三まで（復興産業集積区域等において機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における平成二十六年新令第百三十九条の十の規定の適用については、前項並びに東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十九号）による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令（平成二十三年政令第百十二号。以下「平成二十六年新震災特例法施行令」という。）第十七条の二第四項（復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第十七条の二の二第二項（企業立地促進区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第十七条の二の三（避難解除区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第十七条の三第二項（復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）、第十七条の三の二第四項（企業立地促進区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）及び第十七条の三の三第二項（避難解除区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）の規定にかかわらず、平成二十六年新令第百三十九条の十中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第百四十二条第一項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、改正法附則第六十三条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する改正法第八条の規定による改正後の租税特別措置法第四十二条の四（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における新令第百四十二条第一項の規定の適用については、同項中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第六十三条（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、租税特別措置法」とする。

新令第百五十五条の十三第二項（一般寄附金の連結損金算入限度額）の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の二十三第二項（連結留保金額から控除する金額等）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

改正法附則第七十五条（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する平成二十六年改正法第十条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の九（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における平成二十六年新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定の適用については、同条第二号中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第七十五条（連結法人が試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。）、租税特別措置法」とする。

平成二十四年改正法附則第三十三条第一項（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十四年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（次項において「平成二十四年旧効力措置法」という。）第六十八条の十四（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける連結法人に係る平成二十六年新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

平成二十四年旧効力措置法第六十八条の十四の規定の適用がある場合であって、平成二十六年新震災特例法第二十五条の二から第二十五条の三の三まで（連結法人が復興産業集積区域等において機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における平成二十六年新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、前項並びに平成二十六年新震災特例法施行令第二十二条の二第六項（連結法人が復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第二十二条の二の二第五項（連結法人が企業立地促進区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第二十二条の二の三第四項（連結法人が避難解除区域等において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）、第二十二条の三第三項（連結法人が復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）、第二十二条の三の二第五項（連結法人が企業立地促進区域において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）及び第二十二条の三の三第三項（連結法人が避難解除区域等において避難対象雇用者等を雇用した場合の法人税額の特別控除）の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる平成二十六年新令第百五十五条の二十五の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

新令第百五十五条の二十八第一項（連結控除限度額の計算）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、改正法附則第七十五条（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する改正法第八条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の九（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における新令第百五十五条の二十八第一項の規定の適用については、同項中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第七十五条（連結法人が試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、租税特別措置法」とする。

新令第百五十五条の四十三第二項（連結留保税額の個別帰属額の計算）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。