この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第一条中法人税法施行令第九十六条第四項の改正規定、同令第百三十九条の十第二項第二号ロの改正規定（「、第四十二条の十二の四」を「又は第四十二条の十二の四」に改め、「又は第四十二条の十二の五第七項及び第八項（生産性向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）（同法第四十二条の四第二項に規定する中小企業者等が適用を受ける場合に限る。）」を削る部分に限る。）及び同令第百五十五条の二十五第一号ハ（１）の改正規定（「、第六十八条の十五の五」を「又は第六十八条の十五の五」に改め、「又は第六十八条の十五の六第七項及び第八項（生産性向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）（連結親法人が同法第六十八条の九第二項に規定する中小連結親法人に該当する場合に限る。）」を削る部分に限る。）並びに附則第八条の規定 平成二十九年四月一日 第一条中法人税法施行令第百三十九条の十第一項の改正規定（「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分に限る。）及び同令第百五十五条の二十五の改正規定（「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分に限る。）並びに附則第十条第一項及び第十二条第一項の規定 令和元年十月一日 第一条中法人税法施行令第五条第一項第二号ホの改正規定及び附則第四条の規定 都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第七十二号）の施行の日 第一条中法人税法施行令第五十四条の改正規定、同令第百三十一条の四の改正規定及び同令第百三十一条の五の改正規定 医療法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第七十四号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日 第一条中法人税法施行令第七十三条第二項第十三号の改正規定及び同令第百五十五条の十三第二項第十号の改正規定 国家戦略特別区域法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第五十五号）の施行の日 第一条中法人税法施行令第百三十九条の十第一項の改正規定（「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分を除く。）、同令第百五十五条の二十五の改正規定（「。以下この条において同じ」を削り、「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分、同条第一号に係る部分及び同条第二号に係る部分を除く。）及び同令第百五十五条の四十三第二項第八号の改正規定並びに附則第十条第二項、第十二条第二項及び第十三条の規定 地域再生法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第三十号）の施行の日 第一条中法人税法施行令第百三十九条の十第二項第二号ロの改正規定（「の規定の適用を受ける同項」を削る部分に限る。）及び同令第百五十五条の二十五第一号ハ（１）の改正規定（「であつて同項の規定の適用を受ける場合」を削る部分に限る。）並びに附則第十条第三項及び第十二条第三項の規定 地方税法等の一部を改正する等の法律（平成二十八年法律第十三号）附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日
第一条中法人税法施行令第九十六条第四項の改正規定、同令第百三十九条の十第二項第二号ロの改正規定（「、第四十二条の十二の四」を「又は第四十二条の十二の四」に改め、「又は第四十二条の十二の五第七項及び第八項（生産性向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）（同法第四十二条の四第二項に規定する中小企業者等が適用を受ける場合に限る。）」を削る部分に限る。）及び同令第百五十五条の二十五第一号ハ（１）の改正規定（「、第六十八条の十五の五」を「又は第六十八条の十五の五」に改め、「又は第六十八条の十五の六第七項及び第八項（生産性向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）（連結親法人が同法第六十八条の九第二項に規定する中小連結親法人に該当する場合に限る。）」を削る部分に限る。）並びに附則第八条の規定 平成二十九年四月一日
第一条中法人税法施行令第百三十九条の十第一項の改正規定（「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分に限る。）及び同令第百五十五条の二十五の改正規定（「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分に限る。）並びに附則第十条第一項及び第十二条第一項の規定 令和元年十月一日
第一条中法人税法施行令第五条第一項第二号ホの改正規定及び附則第四条の規定 都市再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第七十二号）の施行の日
第一条中法人税法施行令第五十四条の改正規定、同令第百三十一条の四の改正規定及び同令第百三十一条の五の改正規定 医療法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第七十四号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日
第一条中法人税法施行令第七十三条第二項第十三号の改正規定及び同令第百五十五条の十三第二項第十号の改正規定 国家戦略特別区域法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第五十五号）の施行の日
第一条中法人税法施行令第百三十九条の十第一項の改正規定（「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分を除く。）、同令第百五十五条の二十五の改正規定（「。以下この条において同じ」を削り、「百分の十六・三」を「百分の十・四」に改める部分、同条第一号に係る部分及び同条第二号に係る部分を除く。）及び同令第百五十五条の四十三第二項第八号の改正規定並びに附則第十条第二項、第十二条第二項及び第十三条の規定 地域再生法の一部を改正する法律（平成二十八年法律第三十号）の施行の日
第一条中法人税法施行令第百三十九条の十第二項第二号ロの改正規定（「の規定の適用を受ける同項」を削る部分に限る。）及び同令第百五十五条の二十五第一号ハ（１）の改正規定（「であつて同項の規定の適用を受ける場合」を削る部分に限る。）並びに附則第十条第三項及び第十二条第三項の規定 地方税法等の一部を改正する等の法律（平成二十八年法律第十三号）附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日
別段の定めがあるものを除き、第一条の規定による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第四条の三第四項、第八項、第十八項、第十九項第二号、第二十一項第一号ロ及び第二号ロ並びに第二十二項（適格組織再編成における株式の保有関係等）の規定は、法人が施行日以後に行う合併、分割、株式交換又は株式移転について適用し、法人が施行日前に行った合併、分割、株式交換又は株式移転については、なお従前の例による。
新令第五条第一項（第二号ホ及び第五号トに係る部分に限る。）（収益事業の範囲）の規定は、法人の附則第一条第二号（施行期日）に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第八条第一項第六号（資本金等の額）の規定は、法人が施行日以後に分割を行う場合について適用する。
施行日前に分割を行った法人の新令第八条第一項の規定の適用については、当該分割に係る第一条の規定による改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第八条第一項第六号（資本金等の額）に掲げる金額をもって、当該分割に係る新令第八条第一項第六号に掲げる金額とみなす。
新令第二編第一章第一節第二款第五目（減価償却資産の償却の方法）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の新令第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の旧令第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算については、なお従前の例による。
施行日以後最初に終了する事業年度において、新令第十三条第一号及び第二号（減価償却資産の範囲）に掲げる減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった法人がよるべきこととされている新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所を有する法人で事業所ごとに償却の方法を選定していないものが事業所ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、法人税法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する同法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）又は同法第百四十四条の六第一項若しくは第二項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する同法第百四十四条の四第一項又は第二項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間について同条第一項各号又は第二項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
法人が施行日の前日の属する事業年度の当該前日以前の期間内に減価償却資産について支出した金額について新令第五十五条第四項又は第五項（資本的支出の取得価額の特例）の規定により当該事業年度の翌事業年度開始の時において新たに取得したものとされる減価償却資産に係る法人税法施行令第四十八条の二第一項（第一号又は第三号に係る部分に限る。）（減価償却資産の償却の方法）及び第四十八条の三第一項（適格分社型分割等があった場合の減価償却資産の償却の方法）の規定の適用については、当該減価償却資産は、施行日前に取得をされた資産に該当するものとする。
法人が施行日前に交付を受けた旧令第七十九条第四号及び第七号（国庫補助金等の範囲）に掲げる補助金及び給付金については、なお従前の例による。
新令第七十九条（第六号に係る部分に限る。）（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける同号に掲げる助成金について適用する。
新令第九十六条第四項（第三号に係る部分に限る。）（貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定は、法人の平成二十九年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
新令第百十九条第一項（第九号ロ及び第十一号ロに係る部分に限る。）（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に行われる株式交換又は株式移転により取得をする当該株式交換に係る株式交換完全子法人又は当該株式移転に係る株式移転完全子法人の株式について適用し、法人が施行日前に行われた株式交換又は株式移転により取得をした当該株式交換に係る株式交換完全子法人又は当該株式移転に係る株式移転完全子法人の株式については、なお従前の例による。
第一条の規定（附則第一条第一号の二（施行期日）に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令第百三十九条の十第一項（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
法人の令和元年十月一日前に開始した事業年度における新令第百三十九条の十第一項の規定の適用については、同項中「控除する金額に百分の十・四」とあるのは、「控除する金額に百分の十六・三」とする。
第一条の規定（附則第一条第六号に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令第百三十九条の十第二項第二号ロの規定は、法人の附則第一条第六号に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百五十五条の六第一項第二号から第四号まで、第二項及び第三項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定は、附則第六条第二項（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）の規定により行うべき納税地の所轄税務署長に対する届出、同項の規定によりあったものとみなされる新令第五十二条第一項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の承認及び附則第六条第二項に規定する提出期限について準用する。 この場合において、同項に規定する届出書の記載事項その他必要な事項は、財務省令で定める。
第一条の規定（附則第一条第一号の二（施行期日）に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）が以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
連結法人の連結親法人事業年度が令和元年十月一日前に開始した連結事業年度における新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、同条中「百分の十・四を乗じて計算した金額を」とあるのは、「百分の十六・三を乗じて計算した金額を」とする。
第一条の規定（附則第一条第六号に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令第百五十五条の二十五第一号ハ（１）の規定は、連結法人の附則第一条第六号に定める日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
連結法人の連結親法人事業年度が令和元年十月一日前に開始した連結事業年度における法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成二十九年政令第百六号）第一条の規定による改正後の法人税法施行令第百五十五条の四十三第二項（第九号に係る部分に限る。）（連結留保税額の個別帰属額の計算）の規定の適用については、同号中「百分の十・四」とあるのは、「百分の十六・三」とする。