この政令は、昭和四十二年六月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得及び退職年金積立金に対する法人税並びに同日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得及び退職年金積立金に対する法人税並びに同日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第五十条（特別な償却率による償却の方法）（同条第一項の認定に係る部分に限る。）及び第五十七条（耐用年数の短縮）（同条第一項の承認に係る部分に限る。）の規定は、法人が昭和四十二年九月一日以後に当該認定又は承認を受けるために提出する申請から適用し、同日前に提出されるこれらの申請については、なお従前の例による。
改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第五十条（特別な償却率による償却の方法）若しくは第五十七条（耐用年数の短縮）の規定又はこれらの例によつてされた国税庁長官の認定又は承認は、新令第五十条又は第五十七条の規定によつてされた国税局長の認定又は承認とみなす。
施行日以後最初に開始する事業年度前の各事業年度において生じた旧令第五十八条第三項（減価償却資産の償却範囲額）又は第六十五条第一項第二号（青色申告法人の繰延資産の償却範囲額の特例）に規定する償却費に係る不足額については、旧令第五十八条、第六十条及び第六十五条（法人税法施行令附則第六条（減価償却資産及び繰延資産の償却に関する経過規定）を含む。）の規定の例による。
新令第百七条及び第百八条（退職給与引当金勘定の金額の取りくずし等）並びに第百十一条及び第百十二条（特別修繕引当金の対象資産及び特別の修繕の範囲等）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度に係る法人税から適用し、法人の同日前に終了した事業年度に係る法人税については、なお従前の例による。
生命保険会社の施行日以後に終了する事業年度において第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超える場合には、当該生命保険会社に係る法人税法第六十条第一項ただし書（保険会社の契約者配当の損金算入）に規定する政令で定める金額は、当分の間、法人税法施行令第百十八条の二（契約者配当の損金算入額）の規定の適用を受ける生命保険会社にあつては、同条の規定により計算した金額から第一号に掲げる金額と第二号に掲げる金額との差額に相当する金額を控除した金額とし、同条の規定の適用を受けない生命保険会社にあつては、当該事業年度において保険契約に基づき保険契約者に対して分配する金額（以下この条において「契約者配当の額」という。）から当該差額に相当する金額を控除した金額とする。 当該事業年度の剰余金の額（株式会社である生命保険会社にあつては当該事業年度の利益の額と当該事業年度の契約者配当の額との合計額とし、これらの金額のうち団体定期保険、再保険及び心身障害者扶養者生命保険に係るものとして計算される金額については当該金額の百分の五十に相当する金額とみなして計算した金額とする。）の百分の七に相当する金額 当該事業年度の所得の金額
当該事業年度の剰余金の額（株式会社である生命保険会社にあつては当該事業年度の利益の額と当該事業年度の契約者配当の額との合計額とし、これらの金額のうち団体定期保険、再保険及び心身障害者扶養者生命保険に係るものとして計算される金額については当該金額の百分の五十に相当する金額とみなして計算した金額とする。）の百分の七に相当する金額
当該事業年度の所得の金額
前項第二号に規定する所得の金額は、法人税法第二十七条（中間申告における繰戻しによる還付に係る災害損失欠損金額の益金算入）、第五十七条第一項（欠損金の繰越し）、第五十九条（会社更生等による債務免除等があつた場合の欠損金の損金算入）、第六十一条の十一第一項（完全支配関係がある法人の間の取引の損益）（適格合併に該当しない合併による合併法人への資産の移転に係る部分に限る。）、第六十二条第二項（合併及び分割による資産等の時価による譲渡）、第六十二条の五第二項及び第五項（現物分配による資産の譲渡）、第六十四条の五第一項及び第三項（損益通算）、第六十四条の七第六項（欠損金の通算）並びに第百四十二条の二の二（中間申告における繰戻しによる還付に係る災害損失欠損金額の益金算入）の規定を適用せず、かつ、当該生命保険会社の当該事業年度の契約者配当の額の全額（法人税法施行令第百十八条の二の規定の適用を受ける生命保険会社にあつては、同条の規定により計算した金額）を損金の額に算入するものとして計算するものとする。
第一項の規定の適用がある場合において、法人税法施行令第七十三条第二項（一般寄附金の損金算入限度額）及び第七十七条の二第二項（特定公益増進法人に対する寄附金の特別損金算入限度額）並びに第百四十二条の二第四項及び第百九十五条第三項（外国税額控除の対象とならない外国法人税の額）の規定の適用については、これらの規定中「規定を」とあるのは、「規定並びに法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）附則第五条第一項及び第二項（契約者配当に関する経過規定）の規定を」とする。
新令第百三十六条の二（農産物の価格安定等のための負担金の損金算入）の規定は、法人が施行日以後に支出する同条に規定する負担金について適用し、同日前に支出した当該負担金については、なお従前の例による。
新令第百五十九条（適格退職年金契約の要件）及び第百六十条（適格退職年金契約の承認）の規定は、法人が施行日以後に提出する同条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項に規定する届出書に係る同条第一項に規定する信託又は生命保険の契約につき同項（同条第五項において準用する場合を含む。）の承認を受けようとする場合について適用し、同日前に提出した旧令第百六十条第一項に規定する申請書に係る当該契約につき当該承認を受けようとする場合については、なお従前の例による。