この政令は、昭和五十三年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得及び施行日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得及び施行日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第二十八条の二（たな卸資産の特別な評価の方法）（同条第一項の承認に係る部分に限る。）、第四十八条の二（減価償却資産の特別な償却の方法）（同条第一項の承認に係る部分に限る。）及び第百三十九条の四（外貨建債権債務の特別な換算の方法）（同条第一項の承認に係る部分に限る。）の規定は、法人が昭和五十三年七月一日以後に新令第二十八条の二第一項、第四十八条の二第一項又は第百三十九条の四第一項の承認を受けるため申請書を提出する場合について適用し、法人が同日前にこれらの申請書を提出する場合については、なお従前の例による。
改正前の法人税法施行令第二十八条の二（たな卸資産の特別な評価の方法）、第四十八条の二（減価償却資産の特別な償却の方法）又は第百三十九条の四（外貨建債権債務の特別な換算の方法）の規定によりされた国税局長の承認は、新令第二十八条の二、第四十八条の二又は第百三十九条の四の規定によつてされた税務署長の承認とみなす。
新令第七十三条（寄付金の損金算入限度額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の寄附金の損金算入限度額の計算について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の当該損金算入限度額の計算については、なお従前の例による。 この場合において、租税特別措置法及び国税収納金整理資金に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第十一号）（附則第七条において「昭和五十三年改正措置法」という。）附則第十五条第七項又は第十八条第四項の規定の適用を受ける法人に係る新令第七十三条の規定の適用については、同条第二項第九号中「租税特別措置法第六十六条の二」とあるのは「租税特別措置法第六十六条の二（租税特別措置法及び国税収納金整理資金に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第十一号）附則第十八条第四項を含む。）」とし、同条第三項中「価格変動準備金」とあるのは「価格変動準備金、公害防止準備金」とする。
新令第七十九条第七号（国庫補助金等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける補助金について適用する。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百四十二条第五項（外国税額の控除限度額の計算）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の外国税額の控除限度額の計算について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の当該控除限度額の計算については、なお従前の例による。 この場合において、昭和五十三年改正措置法附則第十五条第七項の規定により公害防止準備金を積み立てる法人に係る新令第百四十二条第五項の規定の適用については、同項中「若しくは第五十八条の二」とあるのは、「、第五十八条の二若しくは租税特別措置法及び国税収納金整理資金に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第十一号）附則第十五条第七項」とする。