この政令は、昭和五十五年四月一日から施行する。
改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第三十七条第二項（有価証券の法定評価方法）の規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に行う同項の更正又は決定について適用する。
新令第七十三条（寄付金の損金算入限度額）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に終了する事業年度の寄附金の損金算入限度額の計算について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の当該損金算入限度額の計算については、なお従前の例による。 この場合において、租税特別措置法及び国税収納金整理資金に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第十一号）附則第十八条第四項若しくは第七項又は租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第九号）附則第二十条第四項の規定の適用を受ける法人に係る新令第七十三条の規定の適用については、同条第二項第十号中「租税特別措置法第六十六条の十四第一項（石炭鉱業会社の所得計算の特例）」とあるのは、「租税特別措置法第六十六条の十四第一項（石炭鉱業会社の所得計算の特例）並びに租税特別措置法及び国税収納金整理資金に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第十一号）附則第十八条第四項及び第七項（合併の場合の課税の特例に関する経過措置等）並びに租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第九号）附則第二十条第四項（合併の場合の課税の特例に関する経過措置）」とする。
新令第百六条から第百八条まで（退職給与引当金勘定への繰入限度額等）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
施行日以後最初に終了する事業年度（以下この条において「改正事業年度」という。）において、第二号に掲げる金額が第一号に掲げる金額を超える法人については、新令第百六条第一項第二号及び第百七条第一項第二号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額は、これらの規定にかかわらず、第二号に掲げる金額とする。 改正事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額 次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額 改正事業年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項（退職給与引当金）に規定する退職給与引当金勘定の金額（改正事業年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額） 改正事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の五十に相当する金額
改正事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額
次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額 改正事業年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項（退職給与引当金）に規定する退職給与引当金勘定の金額（改正事業年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額） 改正事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の五十に相当する金額
改正事業年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項（退職給与引当金）に規定する退職給与引当金勘定の金額（改正事業年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額）
改正事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の五十に相当する金額
前項の規定の適用を受けた法人の新令第百六条第一項第二号及び第百七条第一項第二号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額が第一号に掲げる金額を超えることとなる最初の事業年度の直前の事業年度までの各事業年度（平成十年四月一日以後に開始する事業年度を除く。）においては、新令第百六条第一項第二号及び第百七条第一項第二号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額は、これらの規定にかかわらず、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額とする。 当該事業年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（当該事業年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額） 当該事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の五十に相当する金額
当該事業年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（当該事業年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額）
当該事業年度終了の時において新令第百六条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の五十に相当する金額
次に掲げる法人の改正事業年度以後の各事業年度（平成十年四月一日以後に開始する事業年度を除く。）における新令第百八条第一項第三号の規定の適用については、同号中「この号の規定を適用しないで計算した場合における前条第一項第二号に掲げる金額（以下この号において「調整前累積限度超過額」という。）」とあるのは「調整前累積限度超過額（法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十一号。以下この号において「昭和五十五年改正令」という。）附則第四条第四項第一号に掲げる法人の移行年度にあつては昭和五十五年改正令による改正前の法人税法施行令（以下この号において「旧令」という。）第百八条第一項第三号の規定を適用しないで計算した場合における旧令第百七条第一項第二号に掲げる金額をいい、昭和五十五年改正令附則第四条第四項第二号に掲げる法人の移行年度にあつてはこの号の規定を適用しないで、かつ、同条第二項又は第三項の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号に掲げる金額をいう。以下この号において同じ。）」と、「その時におけるこの号の規定を適用しないで計算した前条第一項第二号」とあるのは「その時においてこの号の規定を適用しないで、かつ、昭和五十五年改正令附則第四条第二項又は第三項の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号」と、「同項第二号」とあるのは「昭和五十五年改正令附則第四条第二項又は第三項の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号」とする。 改正事業年度の直前の事業年度において改正前の法人税法施行令第百八条第一項第三号の規定の適用を受けた法人 新令第百八条第一項第三号に規定する法人のうち、同号に規定する移行年度が施行日以後に終了する事業年度であり、かつ、当該移行年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（当該移行年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額）が当該移行年度終了の時において新令第百八条第一項第一号の規定を適用しないで計算した場合における新令第百六条第一項第一号イに規定する退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額を超える法人
改正事業年度の直前の事業年度において改正前の法人税法施行令第百八条第一項第三号の規定の適用を受けた法人
新令第百八条第一項第三号に規定する法人のうち、同号に規定する移行年度が施行日以後に終了する事業年度であり、かつ、当該移行年度の直前の事業年度終了の時における法人税法第五十五条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（当該移行年度において合併によりその合併に係る被合併法人から引き継いだ当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額）が当該移行年度終了の時において新令第百八条第一項第一号の規定を適用しないで計算した場合における新令第百六条第一項第一号イに規定する退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額を超える法人
第二項及び第三項の規定は、前項の規定により読み替えられた新令第百八条第一項第三号の規定の適用を受けた法人の同号の規定の適用を受けないこととなる最初の事業年度以後の各事業年度（平成十年四月一日以後に開始する事業年度を除く。）について準用する。 この場合において、第二項中「施行日以後最初に終了する事業年度」とあるのは、「第四項の規定により読み替えられた新令第百八条第一項第三号の規定の適用を受けた法人の同号の規定の適用を受けないこととなる最初の事業年度」と読み替えるものとする。