この政令は、昭和五十七年四月一日から施行する。 ただし、目次の改正規定、第八条、第九条、第四十一条及び第四十二条の改正規定、第二編第一章第四款第六目の目名の改正規定並びに第百三十九条の八の改正規定は、同年十月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得及び退職年金等積立金に対する法人税並びに施行日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得及び退職年金等積立金に対する法人税並びに施行日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第七十七条第一号（試験研究法人等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
新令第八十条（国庫補助金等で取得した固定資産等についての圧縮記帳に代わる経理方法）、第八十三条（工事負担金等で取得した固定資産等についての圧縮記帳に代わる経理方法）及び第八十六条（保険金等で取得した固定資産等についての圧縮記帳に代わる経理方法）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第九十七条（貸倒引当金勘定への繰入限度額）（同条第一項第三号を除く。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、新令第九十七条第一項第一号、第二号、第四号又は第五号に掲げる事業を主として営む法人の施行日から昭和五十八年三月三十一日までの間に終了する事業年度の所得の金額に係る法人税法第五十二条第一項（貸倒引当金）に規定する政令で定めるところにより計算した金額を計算する場合における新令第九十七条第一項第一号、第二号、第四号又は第五号の規定の適用については、同項第一号中「千分の十三」とあるのは「千分の十四」と、同項第二号中「千分の十」とあるのは「千分の十一」と、同項第四号中「千分の十六」とあるのは「千分の十八」と、同項第五号中「千分の八」とあるのは「千分の九」とする。
新令第百十二条第一項（特別修繕引当金勘定への繰入限度額）の規定は、法人が施行日以後に取得又は建造若しくは築造をしてその事業の用に供する法人税法第五十六条第一項（特別修繕引当金）の固定資産について適用し、法人が施行日前に取得又は建造若しくは築造をした当該固定資産をその事業の用に供した場合については、なお従前の例による。
新令第百三十八条第一項（借地権の設定等により地価が著しく低下する場合の土地等の帳簿価額の一部の損金算入）の規定は、昭和五十七年一月一日以後に行う地役権の設定について適用する。
新令第百五十五条第一項（中間納付額に係る延滞税の還付金額の計算）及び第百七十四条第一項（更正又は決定による中間納付額に係る延滞税の還付金額の計算）（これらの規定を新令第百八十九条（申告による還付）及び第百九十条（更正及び決定）において準用する場合を含む。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度に係る法人税（施行日以後に終了する事業年度に係る法人税法第二条第三十号（定義）に規定する中間申告書で昭和五十七年六月一日前に提出期限の到来するもの（以下この条において「特定中間申告書」という。）に係る法人税を除く。）について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度に係る法人税及び特定中間申告書に係る法人税については、なお従前の例による。
新令第百五十九条（適格退職年金契約の要件）及び第百六十条（適格退職年金契約の承認）の規定は、法人が施行日以後に提出する同条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項若しくは第七項に規定する届出書に係る同条第一項に規定する信託、生命保険又は生命共済の契約に係る同項（同条第五項において準用する場合を含む。）の承認について適用する。