この政令は、昭和六十一年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得及び施行日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得及び施行日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第三十四条第一項第一号イ（１）（有価証券の評価の方法）に規定する証券会社に係る新令第三十五条（有価証券の評価の方法の選定）の規定の適用については、同条第二項中「除く」とあるのは「除くものとし、昭和六十一年四月一日以後最初に開始する事業年度の開始の日において前項に規定する商品有価証券を有している場合を含む」と、「同日の属する事業年度」とあるのは「その取得をした日の属する事業年度（昭和六十一年四月一日以後最初に開始する事業年度の開始の日において同項に規定する商品有価証券を有している場合には、当該事業年度）」とする。
新令第七十七条第一項第二号（試験研究法人等の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用する。
新令第百十一条（特別修繕引当金の対象資産及び特別の修繕の範囲）及び第百十二条（特別修繕引当金勘定への繰入限度額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に係る法人税について適用する。 この場合において、新令第百十一条第三号に掲げるガスホルダーにつき施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度の所得に係る法人税法第五十六条第一項（特別修繕引当金）に規定する政令で定めるところにより計算した金額を計算する場合における新令第百十二条第一項の規定の適用については、同項第一号中「完了した場合」とあるのは「完了した場合（昭和六十一年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度（以下この項において「改正事業年度」という。）においてハに掲げるガスホルダー（以下この項において「ガスホルダー」という。）の特別の修繕を完了した場合を除く。）」と、「期間の月数）」とあるのは「期間の月数とし、当該固定資産がガスホルダーであり、かつ、当該事業年度が改正事業年度である場合には、昭和六十一年四月一日（同日の翌日から改正事業年度終了の日までの間にガスホルダーの修繕を完了した場合には、その完了の日）から改正事業年度終了の日までの期間の月数とする。）」と、同項第三号中「築造した場合」とあるのは「築造した場合（改正事業年度においてガスホルダーを取得し、又は建造した場合を除く。）」と、「期間の月数」とあるのは「期間の月数とし、当該固定資産がガスホルダーであり、かつ、当該事業年度が改正事業年度である場合には、昭和六十一年四月一日（同日の翌日から改正事業年度終了の日までの間にガスホルダーを取得し、又は建造した場合には、その取得し、又は建造した日）から改正事業年度終了の日までの期間の月数とする。」とする。
新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。 この場合において、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十九年法律第六号）附則第十条（省エネルギー設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）又は租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第十三号）附則第十二条（エネルギー利用効率化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定の適用を受けるこれらの規定に規定する法人に係る新令第百四十条の規定の適用については、同条中「第三項（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の法人税額の特別控除）若しくは同法」とあるのは、「第三項（エネルギー基盤高度化設備を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十九年法律第六号）附則第十条第一項（省エネルギー設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十二条の四第三項（省エネルギー設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）、租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第十三号）附則第十二条第一項（エネルギー利用効率化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第二項若しくは第三項（エネルギー利用効率化設備等を取得した場合の法人税額の特別控除）若しくは租税特別措置法」とする。