この省令は、平成二十一年四月一日から施行する。 ただし、目次の改正規定、第二編第一章第三節第一款の款名の改正規定、第二十二条の改正規定、第六十条の改正規定、第九十条の五の改正規定（「第八十一条の三十二第一項」を「第八十一条の三十六第一項」に改める部分を除く。）、別表第五（二十八）の表の改正規定（「平成 年分 株式等の譲渡の対価の支払調書」を「平成 年分 株式等の譲渡の対価等の支払調書」に、「支払を受ける者」を「支払又は交付を受ける者」に、「銘柄」を「銘柄又は名称」に、「支払金額」を「支払金額又は交付金額」に、「支払確定年月日」を「支払又は交付確定年月日」に改める部分を除く。）、同表の備考２に次のように加える改正規定及び別表第五（三十一）の改正規定並びに附則第四条、第五条及び第七条第三項の規定は、平成二十二年一月一日から施行する。
改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）第四条第三十六号（障害者等の範囲）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号。以下「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する預入等をする同項に規定する預貯金、合同運用信託、特定公募公社債等運用投資信託又は有価証券について適用し、施行日前に改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する預入等をした同項に規定する預貯金、合同運用信託、特定公募公社債等運用投資信託又は有価証券については、なお従前の例による。
新規則第七条第一項第四十三号（障害者等に該当する旨を証する書類の範囲等）の規定は、施行日以後に新法第十条第五項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）の規定による告知又は所得税法施行令の一部を改正する政令（平成二十一年政令第百四号。以下「改正令」という。）による改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）第四十三条第一項（非課税貯蓄に関する異動申告書）の規定による同項の申告書の提出若しくは新令第四十七条第二項（非課税貯蓄相続申込書）の規定による同項の非課税貯蓄相続申込書の提出の際に提示するこれらの規定に規定する書類について適用し、施行日前に旧法第十条第五項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）の規定による告知又は改正令による改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第四十三条第一項（非課税貯蓄に関する異動申告書）の規定による同項の申告書の提出若しくは旧令第四十七条第二項（非課税貯蓄相続申込書）の規定による同項の非課税貯蓄相続申込書の提出の際に提示したこれらの規定に規定する書類については、なお従前の例による。
新規則第二十二条（特別な評価方法の承認申請書の記載事項）の規定は、個人が平成二十二年一月一日以後に提出する新令第九十九条の二第二項（たな卸資産の特別な評価の方法）の申請書について適用し、個人が同日前に提出した旧令第九十九条の二第二項（たな卸資産の特別な評価の方法）の申請書については、なお従前の例による。
改正令附則第四条第五項（棚卸資産の評価の方法等に関する経過措置）に規定する財務省令で定める事項は、同条第四項の規定の適用を受けようとする棚卸資産に係る事業の種類及び資産の区分（同条第一項に規定する事業の種類及び資産の区分をいう。）その他参考となるべき事項とする。
改正令附則第四条第一項に規定する旧評価方法適用者が平成二十二年十二月三十一日（その者が年の中途において死亡し、又は出国をした場合には、その死亡又は出国の時）において有する棚卸資産につき棚卸表を作成する場合の当該棚卸表に係る新規則第六十条第三項（決算）の規定の適用については、同項中「第九十九条（棚卸資産の評価の方法）」とあるのは、「第九十九条（棚卸資産の評価の方法）若しくは所得税法施行令の一部を改正する政令（平成二十一年政令第百四号）附則第四条第一項（棚卸資産の評価の方法等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の所得税法施行令第九十九条（棚卸資産の評価の方法）」とする。
新規則第九十六条第三項（信託の計算書）の規定は、施行日以後に新法第二百二十七条（信託の計算書）の規定により提出する同条に規定する計算書について適用する。
新規則別表第三（一）、別表第三（二）及び別表第三（四）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十条（源泉徴収に係る所得税の納付手続）の規定により添付する同条に規定する計算書について適用し、施行日前に旧法第二百二十条（源泉徴収に係る所得税の納付手続）の規定により添付した同条に規定する計算書については、なお従前の例による。
新規則別表第五（十七）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十五条第一項（支払調書）の規定により提出する同項に規定する調書について適用し、施行日前に旧法第二百二十五条第一項（支払調書）の規定により提出した同項に規定する調書については、なお従前の例による。
別表第五（二十八）の改正規定（附則第一条ただし書（施行期日）に規定する同表の改正規定に限る。）による新規則別表第五（二十八）に定める書式は、平成二十二年一月一日以後に新法第二百二十五条第一項の規定により提出する同項に規定する調書について適用し、同日前に旧法第二百二十五条第一項の規定により提出した同項に規定する調書については、なお従前の例による。
新規則別表第六（一）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）の規定により提出し、又は同項若しくは同条第四項ただし書の規定により交付する同条第一項に規定する源泉徴収票について適用し、施行日前に旧法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）の規定により提出し、又は同項若しくは同条第四項ただし書の規定により交付した同条第一項に規定する源泉徴収票については、なお従前の例による。
新規則別表第七（二）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十七条の二（有限責任事業組合等に係る組合員所得に関する計算書）の規定により提出する同条に規定する計算書について適用し、施行日前に旧法第二百二十七条の二（有限責任事業組合等に係る組合員所得に関する計算書）の規定により提出した同条に規定する計算書については、なお従前の例による。
前各項に規定する書式は、当分の間、改正前の所得税法施行規則の相当の規定に定める計算書、調書又は源泉徴収票に、新規則別表第三（一）、別表第三（二）、別表第三（四）、別表第五（十七）、別表第五（二十八）、別表第六（一）及び別表第七（二）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
施行日から平成二十一年十二月三十一日までの間における新規則第九十条の二（株式等の譲渡の対価等の支払調書）の規定及び新規則別表第五（二十八）に定める書式の適用については、同条第一項第二号中「令第三百四十六条第一項第一号」とあるのは「所得税法施行令の一部を改正する政令（平成二十一年政令第百四号）附則第十条（株式等証券投資信託等の償還金等の受領者の告知等に関する経過措置）の規定により読み替えられた令第三百四十六条第一項第一号」と、「株式等証券投資信託等」とあるのは「公募株式等証券投資信託」と、新規則別表第五（二十八）の表の備考２（４）中「株式等証券投資信託等」とあるのは「公募株式等証券投資信託」と、「令第３４６条第１項第１号」とあるのは「所得税法施行令の一部を改正する政令（平成２１年政令第１０４号）附則第１０条の規定により読み替えられた令第３４６条第１項第１号」と、「若しくは一部の解約又は特定受益証券発行信託に係る信託の分割」とあるのは「又は一部の解約」とする。