この省令は、公布の日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 目次の改正規定、第一条の二第一項の改正規定、第三十一条第三号の改正規定、第三十二条の改正規定、第三十四条の改正規定、第三十五条を削る改正規定、第二編第一章第三節第三款中第三十五条の二を第三十五条とし、第三十五条の三を第三十五条の二とする改正規定、第八十一条の三十六の次に四条を加える改正規定、第九十条の二第一項の改正規定、第九十条の五の次に一条を加える改正規定、第九十一条の改正規定、第九十七条の四の改正規定（同条第五項に係る部分に限る。）、別表第五（二十九）の改正規定、別表第五（三十一）の改正規定及び同表の次に一表を加える改正規定 平成二十四年一月一日 第八十六条の改正規定（同条第一項第四号に係る部分を除く。）、第八十七条の改正規定（同条第一項第四号に係る部分を除く。）、第九十四条の二第一項第五号の改正規定、別表第五（十二）の改正規定、別表第五（十四）の改正規定及び別表第六（三）の改正規定並びに次条第一項、附則第三条第一項並びに附則第四条第二項及び第四項の規定 平成二十五年一月一日 第九十七条の四の改正規定（同条第五項に係る部分を除く。） 平成二十六年一月一日 別表第三（三）の改正規定及び別表第五（二十八）の改正規定並びに附則第四条第三項及び第六項の規定 特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成二十四年法律第五十五号）の施行の日
目次の改正規定、第一条の二第一項の改正規定、第三十一条第三号の改正規定、第三十二条の改正規定、第三十四条の改正規定、第三十五条を削る改正規定、第二編第一章第三節第三款中第三十五条の二を第三十五条とし、第三十五条の三を第三十五条の二とする改正規定、第八十一条の三十六の次に四条を加える改正規定、第九十条の二第一項の改正規定、第九十条の五の次に一条を加える改正規定、第九十一条の改正規定、第九十七条の四の改正規定（同条第五項に係る部分に限る。）、別表第五（二十九）の改正規定、別表第五（三十一）の改正規定及び同表の次に一表を加える改正規定 平成二十四年一月一日
第八十六条の改正規定（同条第一項第四号に係る部分を除く。）、第八十七条の改正規定（同条第一項第四号に係る部分を除く。）、第九十四条の二第一項第五号の改正規定、別表第五（十二）の改正規定、別表第五（十四）の改正規定及び別表第六（三）の改正規定並びに次条第一項、附則第三条第一項並びに附則第四条第二項及び第四項の規定 平成二十五年一月一日
第九十七条の四の改正規定（同条第五項に係る部分を除く。） 平成二十六年一月一日
別表第三（三）の改正規定及び別表第五（二十八）の改正規定並びに附則第四条第三項及び第六項の規定 特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成二十四年法律第五十五号）の施行の日
改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）第八十六条（第二項に係る部分に限る。）（生命保険金等の支払調書）の規定は、平成二十五年一月一日以後に支払の確定する現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号。次項において「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第二百九条第二号（源泉徴収を要しない年金）に掲げる年金について適用する。
平成二十三年及び平成二十四年において支払の確定した前項に規定する年金（その支払開始の日の属する年が平成二十三年又は平成二十四年であるものに限る。）の支払をする者は、その支払開始の日の属する年分の当該年金に係る改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第二百二十五条第一項（支払調書）に規定する調書を提出する場合における改正前の所得税法施行規則（以下「旧規則」という。）第八十六条第一項（生命保険金等の支払調書）の規定の適用については、「掲げる事項」とあるのは、「掲げる事項及び当該生命保険金等が法第二百九条第二号（源泉徴収を要しない年金）に掲げる年金である旨」とする。
新規則第八十七条（第二項に係る部分に限る。）（損害保険等給付の支払調書）の規定は、平成二十五年一月一日以後に支払の確定する新法第二百九条第二号（源泉徴収を要しない年金）に掲げる年金について適用する。
平成二十三年及び平成二十四年において支払の確定した前項に規定する年金（その支払開始の日の属する年が平成二十三年又は平成二十四年であるものに限る。）の支払をする者は、その支払開始の日の属する年分の当該年金に係る旧法第二百二十五条第一項（支払調書）に規定する調書を提出する場合における旧規則第八十七条第一項（損害保険等給付の支払調書）の規定の適用については、「掲げる事項」とあるのは、「掲げる事項及び当該損害保険等給付が法第二百九条第二号（源泉徴収を要しない年金）に掲げる年金である旨」とする。
新規則第九十六条（信託の計算書）の規定及び別表第七（一）に定める書式は、この省令の施行の日（以下この項において「施行日」という。）以後に新法第二百二十七条（信託の計算書）の規定により提出する同条に規定する計算書について適用し、施行日前に提出した旧法第二百二十七条（信託の計算書）に規定する計算書については、なお従前の例による。
新規則別表第五（十二）及び別表第五（十四）に定める書式は、平成二十五年以後の各年において支払の確定した居住者に支払う新法第二百二十五条第一項第四号（支払調書）に規定する給付及び非居住者に支払う新法第百六十一条第十号（国内源泉所得）に規定する給付のうち年金並びに非居住者に支払う新法第二百九条第二号（源泉徴収を要しない年金）に掲げる年金について同項の規定により提出する同項に規定する調書について適用し、平成二十四年以前の各年において支払の確定した居住者に支払う旧法第二百二十五条第一項第四号（支払調書）に規定する給付及び非居住者に支払う旧法第百六十一条第十号（国内源泉所得）に規定する給付のうち年金について同項の規定により提出する同項に規定する調書については、なお従前の例による。
新規則別表第五（二十八）に定める書式は、附則第一条第四号に定める日以後に新法第二百二十五条第一項の規定により提出する同項に規定する調書について適用し、同日前に旧法第二百二十五条第一項の規定により提出した同項に規定する調書については、なお従前の例による。
新規則別表第六（三）に定める書式は、平成二十五年以後の各年において支払の確定した新法第二百二十六条第三項（源泉徴収票）に規定する公的年金等について同項の規定により提出し、又は同項若しくは同条第四項ただし書の規定により交付する同条第三項に規定する源泉徴収票について適用し、平成二十四年以前の各年において支払の確定した旧法第二百二十六条第三項（源泉徴収票）に規定する公的年金等について同項の規定により提出し、又は同項若しくは同条第四項ただし書の規定により交付する同条第三項に規定する源泉徴収票については、なお従前の例による。
前各項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める調書、源泉徴収票又は計算書に、新規則別表第五（十二）、別表第五（十四）、別表第五（二十八）、別表第六（三）及び別表第七（一）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
附則第一条第四号に定める日から平成二十三年十二月三十一日までの間における新規則別表第五（二十八）に定める書式の適用については、同表の備考１中「第１９条の３第２３項」とあるのは「第１９条の３第２５項」と、同表の備考２（２）及び（５）中「第１９条の３第２４項」とあるのは「第１９条の３第２６項」とする。